May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
JK
Genes: A B A+B
Length: 198 326 513
Sequences: 618 874 577
Seq/Len: 3.12 2.68 1.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.01
2 0.00 0.00 1.02
5 0.00 0.00 1.08
10 0.00 0.00 1.09
20 0.00 0.00 1.10
100 0.00 0.00 1.11
∞ 0.03 0.04 1.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
27_A 16_I 2.37 0.99 0.97
71_R 165_D 1.93 0.95 0.88
184_G 53_G 1.57 0.84 0.67
35_M 23_L 1.47 0.78 0.58
30_V 13_V 1.45 0.76 0.56
107_R 186_S 1.38 0.71 0.50
37_A 260_F 1.37 0.71 0.48
100_N 189_R 1.32 0.66 0.43
113_V 302_S 1.31 0.65 0.42
192_L 239_L 1.28 0.63 0.39
27_A 304_L 1.28 0.62 0.39
38_D 30_R 1.25 0.60 0.36
178_L 67_L 1.24 0.59 0.35
14_L 259_A 1.24 0.59 0.35
95_R 303_L 1.23 0.58 0.34
26_A 13_V 1.23 0.58 0.34
17_L 82_Q 1.22 0.57 0.33
91_I 56_T 1.20 0.55 0.31
6_R 238_T 1.17 0.53 0.29
61_D 99_D 1.17 0.52 0.28
111_Q 144_L 1.15 0.51 0.27
20_L 10_L 1.14 0.50 0.26
15_L 256_S 1.13 0.48 0.25
187_R 81_Q 1.12 0.48 0.24
53_L 316_R 1.12 0.48 0.24
106_P 229_L 1.11 0.47 0.23
160_W 319_G 1.10 0.46 0.23
31_L 16_I 1.09 0.45 0.22
15_L 132_E 1.08 0.44 0.21
174_L 98_T 1.08 0.44 0.21
68_R 189_R 1.04 0.40 0.18
24_S 300_Q 1.04 0.40 0.18
122_L 218_V 1.03 0.40 0.18
20_L 12_M 1.03 0.39 0.17
27_A 12_M 1.03 0.39 0.17
61_D 302_S 1.03 0.39 0.17
108_S 151_W 1.03 0.39 0.17
117_L 259_A 1.02 0.38 0.17
97_G 91_G 1.01 0.38 0.16
123_E 145_T 1.00 0.36 0.15
36_R 262_S 1.00 0.36 0.15
174_L 4_R 1.00 0.36 0.15
94_S 22_V 1.00 0.36 0.15
61_D 105_N 0.99 0.35 0.15
20_L 38_T 0.99 0.35 0.15
18_A 51_A 0.98 0.35 0.14
95_R 210_A 0.98 0.35 0.14
61_D 55_E 0.98 0.35 0.14
108_S 187_E 0.97 0.34 0.14
47_R 194_M 0.97 0.34 0.14
25_V 182_L 0.97 0.34 0.14
174_L 52_L 0.97 0.34 0.14
31_L 30_R 0.97 0.34 0.13
109_E 186_S 0.96 0.34 0.13
51_L 308_G 0.96 0.34 0.13
155_Y 77_Q 0.95 0.33 0.13
23_L 184_D 0.95 0.32 0.12
41_T 287_A 0.94 0.32 0.12
68_R 168_Y 0.94 0.32 0.12
163_E 216_V 0.94 0.32 0.12
131_D 165_D 0.94 0.32 0.12
113_V 260_F 0.94 0.31 0.12
134_P 8_V 0.94 0.31 0.12
46_G 11_L 0.94 0.31 0.12
182_Q 191_L 0.94 0.31 0.12
114_S 24_A 0.93 0.30 0.11
188_R 37_Q 0.93 0.30 0.11
10_L 7_G 0.93 0.30 0.11
115_Y 194_M 0.92 0.30 0.11
28_V 48_K 0.92 0.30 0.11
191_L 6_R 0.92 0.30 0.11
11_V 13_V 0.91 0.29 0.11
19_I 301_R 0.91 0.29 0.11
61_D 291_V 0.91 0.29 0.11
109_E 36_Q 0.91 0.29 0.11
176_V 158_A 0.91 0.29 0.10
103_G 199_Y 0.91 0.29 0.10
113_V 195_D 0.91 0.29 0.10
154_F 14_L 0.91 0.29 0.10
11_V 301_R 0.90 0.28 0.10
94_S 97_I 0.89 0.28 0.10
133_L 169_M 0.89 0.28 0.10
6_R 3_T 0.89 0.27 0.10
115_Y 39_A 0.89 0.27 0.10
164_W 91_G 0.89 0.27 0.10
186_I 102_A 0.89 0.27 0.10
15_L 106_L 0.88 0.27 0.09
97_G 186_S 0.88 0.27 0.09
62_F 148_L 0.88 0.27 0.09
48_M 104_F 0.88 0.27 0.09
113_V 249_R 0.88 0.26 0.09
153_R 129_R 0.88 0.26 0.09
15_L 223_P 0.87 0.26 0.09
130_Q 190_L 0.87 0.26 0.09
17_L 195_D 0.87 0.26 0.09
147_V 62_L 0.87 0.26 0.09
77_F 106_L 0.87 0.26 0.09
180_L 54_A 0.87 0.26 0.09
68_R 107_N 0.87 0.26 0.09
17_L 64_R 0.87 0.26 0.09
8_F 208_A 0.87 0.26 0.09
21_A 303_L 0.87 0.26 0.09
161_Q 307_Q 0.87 0.26 0.09
46_G 314_V 0.87 0.26 0.09
107_R 189_R 0.86 0.26 0.09
17_L 36_Q 0.86 0.26 0.09
193_T 311_F 0.86 0.26 0.09
51_L 280_V 0.86 0.25 0.08
31_L 135_G 0.86 0.25 0.08
112_N 208_A 0.86 0.25 0.08
191_L 207_C 0.85 0.25 0.08
147_V 268_K 0.85 0.25 0.08
6_R 206_V 0.85 0.25 0.08
67_P 294_G 0.85 0.25 0.08
13_M 258_A 0.85 0.25 0.08
19_I 36_Q 0.85 0.25 0.08
173_G 58_A 0.85 0.25 0.08
87_D 302_S 0.85 0.24 0.08
165_Q 294_G 0.85 0.24 0.08
15_L 29_E 0.85 0.24 0.08
23_L 149_R 0.85 0.24 0.08
6_R 302_S 0.84 0.24 0.08
61_D 217_N 0.84 0.24 0.08
184_G 319_G 0.84 0.24 0.08
93_F 178_G 0.84 0.24 0.08
117_L 238_T 0.84 0.24 0.08
50_A 310_T 0.84 0.24 0.08
11_V 302_S 0.83 0.23 0.07
24_S 88_V 0.83 0.23 0.07
50_A 281_H 0.83 0.23 0.07
48_M 185_V 0.83 0.23 0.07
152_L 127_F 0.83 0.23 0.07
17_L 52_L 0.83 0.23 0.07
52_Q 38_T 0.83 0.23 0.07
188_R 13_V 0.83 0.23 0.07
106_P 91_G 0.83 0.23 0.07
107_R 50_Y 0.83 0.23 0.07
13_M 36_Q 0.83 0.23 0.07
7_G 249_R 0.83 0.23 0.07
94_S 125_Q 0.83 0.23 0.07
63_S 45_L 0.82 0.23 0.07
29_T 254_W 0.82 0.23 0.07
40_L 106_L 0.82 0.23 0.07
115_Y 191_L 0.82 0.23 0.07
4_R 89_N 0.82 0.23 0.07
115_Y 296_A 0.82 0.23 0.07
24_S 126_V 0.82 0.23 0.07
36_R 191_L 0.82 0.23 0.07
71_R 178_G 0.82 0.23 0.07
48_M 35_Y 0.82 0.23 0.07
21_A 261_L 0.82 0.23 0.07
127_Y 134_L 0.82 0.23 0.07
138_P 295_S 0.82 0.23 0.07
25_V 222_Q 0.82 0.23 0.07
87_D 177_T 0.82 0.23 0.07
6_R 240_A 0.82 0.22 0.07
65_I 154_S 0.82 0.22 0.07
16_A 15_L 0.81 0.22 0.07
52_Q 8_V 0.81 0.22 0.07
62_F 246_L 0.81 0.22 0.07
120_D 24_A 0.81 0.22 0.07
24_S 94_Y 0.81 0.22 0.07
57_Q 30_R 0.81 0.22 0.07
97_G 237_L 0.81 0.22 0.07
114_S 20_M 0.81 0.22 0.07
113_V 5_Q 0.81 0.22 0.07
140_V 57_L 0.81 0.22 0.07
23_L 297_R 0.81 0.22 0.06
179_T 50_Y 0.81 0.21 0.06
4_R 275_R 0.81 0.21 0.06
77_F 261_L 0.80 0.21 0.06
34_V 80_A 0.80 0.21 0.06
171_P 10_L 0.80 0.21 0.06
11_V 59_A 0.80 0.21 0.06
115_Y 193_G 0.80 0.21 0.06
143_M 218_V 0.80 0.21 0.06
142_V 229_L 0.80 0.21 0.06
179_T 197_S 0.80 0.21 0.06
121_R 243_R 0.80 0.21 0.06
65_I 108_A 0.79 0.21 0.06
17_L 15_L 0.79 0.21 0.06
72_D 191_L 0.79 0.21 0.06
52_Q 44_N 0.79 0.20 0.06
98_W 189_R 0.79 0.20 0.06
174_L 273_A 0.79 0.20 0.06
176_V 256_S 0.79 0.20 0.06
6_R 185_V 0.79 0.20 0.06
6_R 4_R 0.79 0.20 0.06
52_Q 37_Q 0.79 0.20 0.06
30_V 207_C 0.79 0.20 0.06
119_G 294_G 0.79 0.20 0.06
72_D 176_L 0.79 0.20 0.06
13_M 103_C 0.79 0.20 0.06
177_T 121_P 0.79 0.20 0.06
98_W 186_S 0.79 0.20 0.06
164_W 187_E 0.78 0.20 0.06
34_V 191_L 0.78 0.20 0.06
149_A 198_L 0.78 0.20 0.06
104_I 13_V 0.78 0.20 0.06
29_T 22_V 0.78 0.20 0.06
150_F 279_A 0.78 0.20 0.06
35_M 300_Q 0.78 0.20 0.06
16_A 238_T 0.78 0.20 0.06
115_Y 20_M 0.78 0.20 0.06
23_L 256_S 0.78 0.20 0.06
34_V 194_M 0.78 0.20 0.06
192_L 218_V 0.78 0.20 0.06
91_I 221_L 0.77 0.20 0.06
21_A 78_N 0.77 0.20 0.06
52_Q 9_A 0.77 0.20 0.06
185_E 21_M 0.77 0.19 0.05
118_R 243_R 0.77 0.19 0.05
185_E 3_T 0.77 0.19 0.05
122_L 260_F 0.77 0.19 0.05
70_S 188_L 0.77 0.19 0.05
178_L 276_P 0.77 0.19 0.05
159_R 212_E 0.77 0.19 0.05
28_V 180_Q 0.77 0.19 0.05
159_R 98_T 0.77 0.19 0.05
27_A 123_P 0.77 0.19 0.05
51_L 204_P 0.77 0.19 0.05
36_R 6_R 0.77 0.19 0.05
23_L 206_V 0.77 0.19 0.05
108_S 190_L 0.77 0.19 0.05
24_S 13_V 0.77 0.19 0.05
142_V 206_V 0.77 0.19 0.05
65_I 65_D 0.77 0.19 0.05
21_A 165_D 0.77 0.19 0.05
24_S 103_C 0.76 0.19 0.05
160_W 164_E 0.76 0.19 0.05
39_T 292_V 0.76 0.19 0.05
58_M 240_A 0.76 0.19 0.05
110_I 93_I 0.76 0.19 0.05
14_L 216_V 0.76 0.19 0.05
152_L 129_R 0.76 0.19 0.05
15_L 166_E 0.76 0.19 0.05
188_R 55_E 0.76 0.19 0.05
175_E 15_L 0.76 0.19 0.05
45_G 34_M 0.76 0.19 0.05
25_V 39_A 0.76 0.19 0.05
105_L 134_L 0.76 0.18 0.05
188_R 65_D 0.76 0.18 0.05
97_G 177_T 0.76 0.18 0.05
16_A 9_A 0.75 0.18 0.05
91_I 245_L 0.75 0.18 0.05
164_W 151_W 0.75 0.18 0.05
13_M 20_M 0.75 0.18 0.05
23_L 101_Q 0.75 0.18 0.05
111_Q 208_A 0.75 0.18 0.05
58_M 18_A 0.75 0.18 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.461 seconds.