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OPENSEQ.org
4FHR-2
Genes: A B A+B
Length: 182 212 394
Sequences: 796 1109 516
Seq/Len: 4.37 5.23 1.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.03
2 0.00 0.00 0.05
5 0.00 0.00 0.20
10 0.00 0.00 0.82
20 0.00 0.00 1.31
100 0.00 0.01 1.52
∞ 0.02 0.04 1.81
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
102_I 18_T 1.90 0.96 0.81
36_V 93_M 1.62 0.89 0.61
20_R 187_R 1.53 0.85 0.54
158_V 32_A 1.48 0.82 0.49
118_L 32_A 1.47 0.81 0.48
52_V 141_L 1.46 0.81 0.47
158_V 70_K 1.45 0.80 0.47
141_F 93_M 1.40 0.77 0.41
16_E 47_L 1.38 0.75 0.40
137_T 27_D 1.35 0.73 0.37
98_P 144_V 1.34 0.73 0.37
110_E 140_V 1.34 0.72 0.36
173_F 176_L 1.31 0.70 0.34
139_P 54_E 1.29 0.69 0.32
179_L 40_E 1.28 0.67 0.31
86_I 7_L 1.25 0.65 0.29
58_I 123_M 1.25 0.64 0.28
123_S 159_E 1.24 0.64 0.27
70_A 163_K 1.22 0.62 0.26
46_E 32_A 1.19 0.59 0.23
152_L 135_R 1.19 0.59 0.23
60_I 4_P 1.19 0.59 0.23
125_F 144_V 1.18 0.59 0.23
18_F 149_L 1.17 0.57 0.22
169_V 180_L 1.16 0.56 0.22
82_M 19_I 1.16 0.56 0.21
160_W 72_I 1.16 0.56 0.21
105_S 63_E 1.15 0.56 0.21
130_P 56_T 1.13 0.53 0.19
158_V 121_R 1.12 0.53 0.19
152_L 60_V 1.09 0.50 0.17
80_Y 15_H 1.09 0.49 0.17
144_I 175_L 1.09 0.49 0.17
100_T 107_K 1.08 0.48 0.16
135_V 32_A 1.08 0.48 0.16
99_P 147_R 1.07 0.48 0.16
171_W 53_L 1.07 0.48 0.16
79_F 137_I 1.07 0.48 0.16
114_M 127_E 1.06 0.47 0.15
149_E 115_L 1.06 0.46 0.15
50_R 179_E 1.05 0.46 0.15
87_M 109_V 1.05 0.46 0.15
58_I 19_I 1.05 0.45 0.14
83_L 27_D 1.04 0.45 0.14
118_L 194_A 1.04 0.45 0.14
125_F 73_S 1.04 0.44 0.14
139_P 128_D 1.04 0.44 0.14
138_N 142_R 1.03 0.44 0.14
40_I 158_D 1.03 0.44 0.14
31_R 115_L 1.03 0.43 0.14
79_F 166_K 1.02 0.43 0.13
36_V 91_E 1.02 0.42 0.13
137_T 92_I 1.01 0.42 0.13
8_L 92_I 1.01 0.42 0.13
12_Q 155_G 1.01 0.42 0.13
167_I 164_I 1.01 0.42 0.13
35_D 190_D 1.01 0.41 0.12
30_L 97_D 1.01 0.41 0.12
142_V 161_K 1.00 0.41 0.12
169_V 107_K 1.00 0.41 0.12
108_R 212_V 1.00 0.40 0.12
35_D 23_L 0.99 0.40 0.12
79_F 78_R 0.99 0.40 0.12
51_S 38_L 0.99 0.39 0.12
4_S 151_L 0.98 0.39 0.11
91_G 160_L 0.98 0.39 0.11
75_R 165_F 0.97 0.38 0.11
151_V 45_E 0.97 0.38 0.11
158_V 166_K 0.97 0.38 0.11
155_T 23_L 0.97 0.38 0.11
113_N 91_E 0.96 0.37 0.10
76_L 157_S 0.96 0.37 0.10
60_I 181_E 0.96 0.37 0.10
143_Q 210_E 0.96 0.37 0.10
6_E 33_Q 0.96 0.37 0.10
141_F 211_I 0.96 0.36 0.10
137_T 42_L 0.96 0.36 0.10
131_S 26_L 0.96 0.36 0.10
49_I 176_L 0.95 0.36 0.10
133_E 193_E 0.95 0.36 0.10
167_I 120_R 0.95 0.36 0.10
41_D 47_L 0.95 0.36 0.10
138_N 104_I 0.95 0.35 0.10
72_F 144_V 0.94 0.35 0.10
103_E 14_E 0.94 0.35 0.10
106_I 4_P 0.94 0.35 0.10
154_V 196_Q 0.94 0.35 0.10
71_I 60_V 0.94 0.35 0.10
181_E 116_A 0.94 0.35 0.10
9_R 6_Q 0.94 0.35 0.10
160_W 34_I 0.93 0.34 0.09
156_A 45_E 0.93 0.34 0.09
48_F 179_E 0.93 0.34 0.09
179_L 68_L 0.93 0.34 0.09
88_G 17_Q 0.93 0.34 0.09
88_G 126_F 0.93 0.34 0.09
69_S 22_V 0.92 0.33 0.09
167_I 98_R 0.92 0.33 0.09
169_V 166_K 0.92 0.33 0.09
65_V 184_G 0.91 0.32 0.08
106_I 59_E 0.91 0.32 0.08
175_L 125_V 0.91 0.32 0.08
16_E 192_E 0.91 0.32 0.08
144_I 45_E 0.91 0.32 0.08
31_R 25_Y 0.90 0.32 0.08
166_F 158_D 0.90 0.32 0.08
31_R 203_R 0.90 0.31 0.08
101_E 71_K 0.90 0.31 0.08
68_G 195_Q 0.90 0.31 0.08
173_F 172_A 0.90 0.31 0.08
119_A 70_K 0.90 0.31 0.08
149_E 51_A 0.90 0.31 0.08
155_T 175_L 0.90 0.31 0.08
161_G 166_K 0.90 0.31 0.08
82_M 178_D 0.89 0.31 0.08
124_D 32_A 0.89 0.31 0.08
117_L 12_Q 0.89 0.31 0.08
91_G 116_A 0.89 0.30 0.08
25_Y 161_K 0.89 0.30 0.08
86_I 22_V 0.89 0.30 0.08
99_P 180_L 0.89 0.30 0.07
41_D 114_E 0.88 0.30 0.07
110_E 41_E 0.88 0.30 0.07
60_I 39_P 0.88 0.30 0.07
83_L 157_S 0.88 0.30 0.07
70_A 201_I 0.88 0.29 0.07
34_V 188_L 0.88 0.29 0.07
79_F 128_D 0.88 0.29 0.07
146_P 45_E 0.88 0.29 0.07
150_I 132_L 0.88 0.29 0.07
20_R 203_R 0.87 0.29 0.07
178_P 135_R 0.87 0.29 0.07
173_F 195_Q 0.87 0.29 0.07
89_G 123_M 0.87 0.29 0.07
22_L 89_A 0.87 0.29 0.07
126_Q 179_E 0.87 0.29 0.07
159_S 121_R 0.87 0.29 0.07
82_M 183_M 0.87 0.29 0.07
56_S 34_I 0.86 0.28 0.07
47_E 73_S 0.86 0.28 0.07
89_G 156_A 0.86 0.28 0.07
9_R 206_E 0.86 0.28 0.07
75_R 82_K 0.86 0.28 0.07
108_R 32_A 0.86 0.28 0.07
148_N 108_L 0.86 0.28 0.07
41_D 83_V 0.86 0.28 0.07
1_T 208_A 0.86 0.28 0.07
16_E 195_Q 0.85 0.28 0.07
36_V 76_V 0.85 0.28 0.07
107_M 93_M 0.85 0.28 0.07
64_D 46_V 0.85 0.28 0.07
49_I 125_V 0.85 0.28 0.07
26_L 180_L 0.85 0.27 0.07
24_T 90_A 0.85 0.27 0.07
30_L 202_I 0.85 0.27 0.06
173_F 29_P 0.85 0.27 0.06
45_Y 84_G 0.85 0.27 0.06
69_S 87_D 0.85 0.27 0.06
177_E 143_E 0.85 0.27 0.06
30_L 104_I 0.84 0.27 0.06
4_S 57_S 0.84 0.27 0.06
148_N 119_I 0.84 0.27 0.06
152_L 170_K 0.84 0.27 0.06
106_I 32_A 0.84 0.27 0.06
80_Y 179_E 0.84 0.27 0.06
65_V 90_A 0.84 0.27 0.06
6_E 190_D 0.84 0.27 0.06
162_E 33_Q 0.84 0.27 0.06
61_F 83_V 0.84 0.27 0.06
13_M 67_N 0.84 0.26 0.06
104_T 24_S 0.84 0.26 0.06
105_S 79_T 0.84 0.26 0.06
118_L 52_L 0.84 0.26 0.06
56_S 100_T 0.84 0.26 0.06
146_P 137_I 0.84 0.26 0.06
31_R 9_N 0.84 0.26 0.06
16_E 23_L 0.84 0.26 0.06
96_N 19_I 0.83 0.26 0.06
102_I 206_E 0.83 0.26 0.06
16_E 28_P 0.83 0.26 0.06
70_A 110_Q 0.83 0.26 0.06
85_I 128_D 0.83 0.25 0.06
33_F 68_L 0.83 0.25 0.06
81_T 105_M 0.82 0.25 0.06
25_Y 129_I 0.82 0.25 0.06
83_L 201_I 0.82 0.25 0.06
102_I 128_D 0.82 0.25 0.06
148_N 110_Q 0.82 0.25 0.06
45_Y 169_S 0.82 0.25 0.06
11_F 35_L 0.82 0.25 0.06
106_I 21_V 0.82 0.25 0.06
18_F 85_G 0.82 0.25 0.06
133_E 39_P 0.82 0.25 0.06
20_R 138_Q 0.82 0.25 0.06
177_E 177_K 0.82 0.25 0.06
21_A 108_L 0.82 0.25 0.06
102_I 64_I 0.82 0.25 0.05
63_G 91_E 0.82 0.25 0.05
29_R 157_S 0.82 0.25 0.05
158_V 161_K 0.82 0.25 0.05
129_I 212_V 0.81 0.24 0.05
120_Q 127_E 0.81 0.24 0.05
49_I 113_P 0.81 0.24 0.05
43_L 183_M 0.81 0.24 0.05
60_I 91_E 0.81 0.24 0.05
153_L 7_L 0.81 0.24 0.05
66_F 51_A 0.81 0.24 0.05
121_A 135_R 0.81 0.24 0.05
150_I 134_D 0.81 0.24 0.05
16_E 109_V 0.81 0.24 0.05
66_F 185_P 0.81 0.24 0.05
141_F 156_A 0.80 0.24 0.05
179_L 157_S 0.80 0.24 0.05
62_T 139_L 0.80 0.23 0.05
57_F 32_A 0.80 0.23 0.05
30_L 69_E 0.80 0.23 0.05
171_W 2_M 0.80 0.23 0.05
14_I 39_P 0.80 0.23 0.05
2_K 196_Q 0.80 0.23 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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