May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3ABO-2
Genes: A B A+B
Length: 453 252 703
Sequences: 473 616 489
Seq/Len: 1.04 2.44 0.7
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.03 0.67
2 0.00 0.04 0.69
5 0.00 0.04 0.69
10 0.01 0.04 0.69
20 0.01 0.04 0.69
100 0.01 0.04 0.69
∞ 0.02 0.06 0.70
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_E 211_A 3.10 1.00 0.99
136_Y 43_R 2.27 0.96 0.93
257_E 209_V 1.95 0.90 0.83
45_V 53_L 1.88 0.88 0.79
400_I 32_V 1.82 0.85 0.75
370_D 60_K 1.50 0.66 0.47
417_Q 42_P 1.43 0.61 0.41
48_K 235_D 1.41 0.59 0.39
48_K 53_L 1.39 0.58 0.37
183_F 22_D 1.35 0.55 0.33
407_T 191_Q 1.26 0.47 0.26
423_P 53_L 1.21 0.43 0.21
18_K 131_I 1.21 0.43 0.21
158_S 170_I 1.19 0.41 0.20
42_Q 54_A 1.18 0.40 0.19
452_F 162_G 1.17 0.40 0.18
436_I 35_V 1.17 0.40 0.18
359_M 53_L 1.17 0.39 0.18
144_I 128_T 1.16 0.39 0.18
128_I 154_G 1.13 0.36 0.16
378_N 49_L 1.13 0.36 0.16
388_C 235_D 1.13 0.36 0.16
212_V 222_G 1.11 0.35 0.15
89_K 177_K 1.08 0.33 0.13
91_W 46_T 1.08 0.32 0.13
98_E 40_A 1.07 0.32 0.13
380_M 220_H 1.06 0.31 0.12
359_M 235_D 1.05 0.30 0.12
420_N 86_D 1.04 0.29 0.11
233_E 36_C 1.02 0.28 0.10
392_M 211_A 1.02 0.28 0.10
208_T 216_I 1.02 0.28 0.10
256_K 212_D 1.01 0.28 0.10
272_G 82_S 1.01 0.28 0.10
46_A 157_F 1.01 0.27 0.10
20_V 36_C 1.00 0.27 0.09
25_N 167_E 1.00 0.27 0.09
88_I 150_G 0.99 0.26 0.09
211_G 64_L 0.98 0.26 0.09
183_F 36_C 0.98 0.26 0.09
96_L 46_T 0.98 0.26 0.09
394_M 60_K 0.98 0.26 0.09
423_P 246_S 0.98 0.26 0.08
394_M 225_P 0.97 0.25 0.08
252_E 153_V 0.97 0.25 0.08
388_C 53_L 0.96 0.24 0.08
237_R 243_Q 0.96 0.24 0.08
7_L 54_A 0.96 0.24 0.08
297_G 131_I 0.95 0.24 0.08
9_G 170_I 0.95 0.24 0.07
407_T 220_H 0.94 0.23 0.07
183_F 38_G 0.94 0.23 0.07
390_Y 161_Y 0.94 0.23 0.07
384_A 220_H 0.94 0.23 0.07
11_V 173_I 0.94 0.23 0.07
41_S 201_Y 0.94 0.23 0.07
142_P 44_P 0.94 0.23 0.07
279_A 252_R 0.93 0.22 0.07
391_I 211_A 0.93 0.22 0.07
228_V 90_Y 0.93 0.22 0.07
185_V 246_S 0.93 0.22 0.07
110_I 72_V 0.93 0.22 0.07
41_S 54_A 0.92 0.22 0.06
128_I 49_L 0.92 0.22 0.06
43_E 134_N 0.92 0.22 0.06
185_V 211_A 0.91 0.22 0.06
260_V 180_I 0.91 0.21 0.06
9_G 175_G 0.91 0.21 0.06
196_T 117_D 0.91 0.21 0.06
98_E 46_T 0.91 0.21 0.06
27_L 22_D 0.90 0.21 0.06
48_K 166_I 0.90 0.21 0.06
16_D 208_T 0.90 0.21 0.06
378_N 219_I 0.89 0.20 0.06
353_K 213_R 0.89 0.20 0.06
417_Q 133_V 0.89 0.20 0.06
73_T 251_T 0.89 0.20 0.06
36_V 159_V 0.88 0.20 0.05
363_C 238_K 0.88 0.20 0.05
130_S 53_L 0.88 0.20 0.05
421_L 91_L 0.88 0.20 0.05
268_A 249_N 0.88 0.19 0.05
185_V 220_H 0.87 0.19 0.05
128_I 53_L 0.87 0.19 0.05
230_T 235_D 0.87 0.19 0.05
340_Q 195_L 0.87 0.19 0.05
390_Y 23_V 0.87 0.19 0.05
7_L 36_C 0.86 0.19 0.05
396_L 37_T 0.86 0.18 0.05
374_N 134_N 0.85 0.18 0.05
199_V 134_N 0.85 0.18 0.05
423_P 231_A 0.85 0.18 0.05
396_L 200_V 0.85 0.18 0.04
89_K 166_I 0.85 0.18 0.04
21_L 201_Y 0.85 0.18 0.04
136_Y 42_P 0.85 0.18 0.04
419_L 220_H 0.85 0.18 0.04
352_G 145_G 0.84 0.18 0.04
297_G 192_S 0.84 0.18 0.04
313_G 119_Q 0.84 0.17 0.04
307_M 43_R 0.84 0.17 0.04
86_N 134_N 0.83 0.17 0.04
442_L 53_L 0.83 0.17 0.04
390_Y 241_L 0.83 0.17 0.04
340_Q 130_A 0.83 0.17 0.04
12_Y 178_V 0.83 0.17 0.04
20_V 27_L 0.83 0.17 0.04
145_K 151_L 0.83 0.17 0.04
357_I 88_N 0.83 0.17 0.04
199_V 162_G 0.82 0.17 0.04
42_Q 58_R 0.82 0.17 0.04
338_D 252_R 0.82 0.17 0.04
309_A 211_A 0.82 0.17 0.04
390_Y 120_V 0.82 0.17 0.04
396_L 44_P 0.82 0.17 0.04
392_M 209_V 0.82 0.17 0.04
206_L 134_N 0.81 0.17 0.04
142_P 175_G 0.81 0.16 0.04
175_A 192_S 0.81 0.16 0.04
230_T 241_L 0.81 0.16 0.04
234_A 252_R 0.81 0.16 0.04
392_M 92_T 0.81 0.16 0.04
359_M 162_G 0.81 0.16 0.04
408_A 35_V 0.81 0.16 0.04
392_M 60_K 0.81 0.16 0.04
400_I 30_S 0.81 0.16 0.04
49_Q 63_V 0.81 0.16 0.04
128_I 216_I 0.81 0.16 0.04
206_L 53_L 0.81 0.16 0.04
91_W 225_P 0.81 0.16 0.04
129_C 61_D 0.81 0.16 0.04
40_S 199_A 0.81 0.16 0.04
18_K 36_C 0.81 0.16 0.04
131_N 49_L 0.80 0.16 0.04
202_L 53_L 0.80 0.16 0.04
436_I 235_D 0.80 0.16 0.04
410_H 38_G 0.80 0.16 0.04
65_I 74_A 0.80 0.16 0.04
196_T 144_A 0.80 0.16 0.04
103_D 128_T 0.80 0.16 0.04
337_N 101_C 0.80 0.16 0.04
305_V 62_T 0.80 0.16 0.04
307_M 133_V 0.80 0.16 0.04
434_M 128_T 0.80 0.16 0.04
128_I 78_L 0.80 0.15 0.03
128_I 131_I 0.80 0.15 0.03
256_K 177_K 0.80 0.15 0.03
44_R 53_L 0.79 0.15 0.03
352_G 197_C 0.79 0.15 0.03
10_N 211_A 0.79 0.15 0.03
135_I 170_I 0.79 0.15 0.03
196_T 32_V 0.79 0.15 0.03
140_K 100_L 0.79 0.15 0.03
318_Y 128_T 0.79 0.15 0.03
192_V 225_P 0.79 0.15 0.03
302_A 55_D 0.79 0.15 0.03
374_N 228_E 0.79 0.15 0.03
6_T 227_V 0.79 0.15 0.03
98_E 123_S 0.79 0.15 0.03
128_I 197_C 0.79 0.15 0.03
349_H 213_R 0.79 0.15 0.03
392_M 235_D 0.79 0.15 0.03
171_Q 201_Y 0.79 0.15 0.03
157_F 72_V 0.79 0.15 0.03
158_S 77_L 0.79 0.15 0.03
158_S 233_I 0.79 0.15 0.03
48_K 49_L 0.79 0.15 0.03
222_G 55_D 0.78 0.15 0.03
263_A 171_G 0.78 0.15 0.03
253_K 180_I 0.78 0.15 0.03
205_V 91_L 0.78 0.15 0.03
418_L 123_S 0.78 0.15 0.03
238_G 195_L 0.78 0.15 0.03
103_D 42_P 0.78 0.15 0.03
32_V 92_T 0.78 0.15 0.03
389_N 169_Q 0.78 0.15 0.03
45_V 92_T 0.78 0.15 0.03
95_E 86_D 0.78 0.15 0.03
374_N 159_V 0.77 0.15 0.03
407_T 192_S 0.77 0.15 0.03
182_S 166_I 0.77 0.15 0.03
158_S 47_Q 0.77 0.14 0.03
234_A 46_T 0.77 0.14 0.03
409_F 191_Q 0.77 0.14 0.03
114_R 64_L 0.77 0.14 0.03
100_V 137_E 0.77 0.14 0.03
421_L 193_E 0.77 0.14 0.03
228_V 27_L 0.77 0.14 0.03
447_G 241_L 0.77 0.14 0.03
212_V 201_Y 0.77 0.14 0.03
96_L 151_L 0.76 0.14 0.03
169_D 138_I 0.76 0.14 0.03
37_A 153_V 0.76 0.14 0.03
296_A 52_F 0.76 0.14 0.03
18_K 248_I 0.76 0.14 0.03
296_A 191_Q 0.76 0.14 0.03
151_I 173_I 0.76 0.14 0.03
196_T 246_S 0.76 0.14 0.03
19_E 103_E 0.76 0.14 0.03
65_I 195_L 0.76 0.14 0.03
21_L 134_N 0.76 0.14 0.03
72_V 142_L 0.76 0.14 0.03
424_S 131_I 0.76 0.14 0.03
380_M 43_R 0.76 0.14 0.03
204_R 101_C 0.76 0.14 0.03
270_A 72_V 0.75 0.14 0.03
98_E 150_G 0.75 0.14 0.03
452_F 159_V 0.75 0.14 0.03
83_T 66_E 0.75 0.14 0.03
252_E 200_V 0.75 0.14 0.03
236_R 150_G 0.75 0.14 0.03
361_C 211_A 0.75 0.14 0.03
108_D 121_V 0.75 0.14 0.03
314_L 45_R 0.75 0.14 0.03
25_N 181_L 0.75 0.14 0.03
232_I 40_A 0.75 0.14 0.03
41_S 142_L 0.75 0.14 0.03
159_A 53_L 0.75 0.14 0.03
435_G 205_M 0.75 0.14 0.03
403_N 135_Y 0.75 0.14 0.03
340_Q 228_E 0.75 0.14 0.03
414_T 43_R 0.75 0.14 0.03
269_R 96_M 0.74 0.14 0.03
434_M 23_V 0.74 0.14 0.03
41_S 51_R 0.74 0.13 0.03
270_A 199_A 0.74 0.13 0.03
252_E 49_L 0.74 0.13 0.03
105_T 99_R 0.74 0.13 0.03
374_N 53_L 0.74 0.13 0.03
156_T 143_M 0.74 0.13 0.03
64_V 153_V 0.74 0.13 0.03
370_D 230_A 0.74 0.13 0.03
226_A 192_S 0.74 0.13 0.03
422_R 205_M 0.74 0.13 0.03
91_W 44_P 0.74 0.13 0.03
23_K 246_S 0.74 0.13 0.03
423_P 235_D 0.74 0.13 0.03
260_V 170_I 0.74 0.13 0.03
357_I 58_R 0.73 0.13 0.03
88_I 85_S 0.73 0.13 0.03
342_I 25_T 0.73 0.13 0.03
447_G 67_V 0.73 0.13 0.03
252_E 174_L 0.73 0.13 0.03
122_V 197_C 0.73 0.13 0.03
213_I 118_V 0.73 0.13 0.02
105_T 74_A 0.73 0.13 0.02
25_N 99_R 0.73 0.13 0.02
231_Q 201_Y 0.73 0.13 0.02
361_C 237_A 0.73 0.13 0.02
217_N 99_R 0.73 0.13 0.02
261_E 113_V 0.73 0.13 0.02
54_M 91_L 0.73 0.13 0.02
232_I 82_S 0.73 0.13 0.02
60_R 167_E 0.73 0.13 0.02
406_T 26_E 0.72 0.13 0.02
412_T 220_H 0.72 0.13 0.02
50_V 85_S 0.72 0.13 0.02
218_I 246_S 0.72 0.13 0.02
215_K 166_I 0.72 0.13 0.02
183_F 35_V 0.72 0.13 0.02
378_N 77_L 0.72 0.13 0.02
313_G 32_V 0.72 0.13 0.02
397_G 193_E 0.72 0.13 0.02
88_I 142_L 0.72 0.12 0.02
283_C 251_T 0.72 0.12 0.02
410_H 35_V 0.72 0.12 0.02
41_S 178_V 0.72 0.12 0.02
198_D 58_R 0.72 0.12 0.02
438_A 146_L 0.72 0.12 0.02
144_I 36_C 0.72 0.12 0.02
95_E 222_G 0.71 0.12 0.02
231_Q 226_P 0.71 0.12 0.02
257_E 169_Q 0.71 0.12 0.02
41_S 170_I 0.71 0.12 0.02
292_S 209_V 0.71 0.12 0.02
16_D 36_C 0.71 0.12 0.02
43_E 246_S 0.71 0.12 0.02
12_Y 86_D 0.71 0.12 0.02
106_S 143_M 0.71 0.12 0.02
177_I 128_T 0.71 0.12 0.02
46_A 123_S 0.71 0.12 0.02
389_N 77_L 0.71 0.12 0.02
226_A 219_I 0.71 0.12 0.02
182_S 119_Q 0.71 0.12 0.02
9_G 104_A 0.71 0.12 0.02
132_A 252_R 0.71 0.12 0.02
23_K 235_D 0.71 0.12 0.02
16_D 180_I 0.71 0.12 0.02
65_I 158_F 0.70 0.12 0.02
207_D 216_I 0.70 0.12 0.02
277_R 215_C 0.70 0.12 0.02
40_S 61_D 0.70 0.12 0.02
151_I 103_E 0.70 0.12 0.02
393_G 92_T 0.70 0.12 0.02
202_L 211_A 0.70 0.12 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2437 seconds.