May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1ZUN-2
Genes: A B A+B
Length: 214 415 596
Sequences: 3907 5572 1136
Seq/Len: 18.26 13.43 1.91
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.13 0.05 1.66
2 0.16 0.06 1.73
5 0.19 0.06 1.76
10 0.20 0.06 1.76
20 0.23 0.07 1.81
100 0.24 0.09 2.01
∞ 0.30 0.19 2.95
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
55_G 243_A 2.03 0.99 0.96
49_R 274_F 1.99 0.99 0.95
172_I 32_I 1.86 0.98 0.93
121_K 338_R 1.38 0.85 0.68
172_I 30_K 1.17 0.69 0.47
170_L 369_L 1.17 0.69 0.47
46_H 286_A 1.15 0.67 0.45
133_F 92_T 1.09 0.60 0.38
159_I 92_T 1.08 0.59 0.37
182_P 341_S 1.04 0.55 0.33
83_E 225_L 1.03 0.54 0.32
203_V 182_V 1.02 0.54 0.31
189_V 343_V 1.02 0.53 0.31
87_D 141_I 1.00 0.51 0.29
172_I 267_R 0.99 0.50 0.28
115_M 132_I 0.98 0.48 0.27
76_F 186_A 0.97 0.48 0.26
100_G 328_M 0.96 0.46 0.25
44_M 48_G 0.95 0.46 0.25
87_D 45_K 0.95 0.45 0.24
85_G 206_S 0.93 0.43 0.23
55_G 227_F 0.92 0.43 0.22
113_D 187_L 0.92 0.42 0.22
172_I 79_Y 0.92 0.42 0.21
115_M 64_Q 0.92 0.42 0.21
96_G 165_Y 0.90 0.40 0.20
119_G 103_A 0.89 0.39 0.20
174_Q 86_K 0.88 0.38 0.19
207_T 184_M 0.88 0.38 0.18
61_V 290_T 0.87 0.37 0.18
121_K 60_V 0.87 0.37 0.18
142_K 29_S 0.87 0.37 0.18
174_Q 3_K 0.86 0.36 0.17
152_F 405_N 0.86 0.35 0.17
203_V 154_D 0.85 0.35 0.17
149_V 250_I 0.85 0.35 0.17
212_G 137_G 0.83 0.33 0.15
149_V 406_G 0.82 0.32 0.15
83_E 251_V 0.82 0.32 0.14
90_T 135_L 0.82 0.32 0.14
174_Q 357_N 0.82 0.32 0.14
205_T 114_I 0.82 0.32 0.14
159_I 209_E 0.82 0.32 0.14
132_A 405_N 0.82 0.32 0.14
44_M 123_Q 0.81 0.32 0.14
128_G 166_L 0.81 0.31 0.14
49_R 286_A 0.81 0.31 0.14
111_H 11_C 0.81 0.31 0.14
57_L 110_D 0.81 0.31 0.13
37_I 195_K 0.81 0.30 0.13
84_M 32_I 0.80 0.30 0.13
110_K 403_L 0.80 0.30 0.13
33_M 182_V 0.80 0.30 0.13
85_G 331_G 0.80 0.30 0.13
44_M 247_A 0.79 0.29 0.13
110_K 89_I 0.79 0.29 0.12
80_M 4_E 0.79 0.29 0.12
149_V 324_A 0.79 0.29 0.12
128_G 116_V 0.79 0.29 0.12
94_P 110_D 0.79 0.29 0.12
87_D 242_F 0.78 0.28 0.12
204_E 327_P 0.78 0.28 0.12
46_H 284_G 0.78 0.28 0.12
155_S 116_V 0.78 0.28 0.12
125_D 316_F 0.78 0.28 0.12
110_K 141_I 0.78 0.28 0.12
96_G 132_I 0.78 0.28 0.12
131_A 391_N 0.78 0.28 0.12
172_I 338_R 0.77 0.28 0.12
197_Y 402_R 0.77 0.27 0.11
100_G 270_S 0.77 0.27 0.11
204_E 246_L 0.77 0.27 0.11
150_Y 337_K 0.77 0.27 0.11
113_D 261_P 0.76 0.26 0.11
87_D 268_V 0.76 0.26 0.11
203_V 195_K 0.76 0.26 0.10
150_Y 352_H 0.76 0.26 0.10
89_I 316_F 0.75 0.26 0.10
82_E 252_H 0.75 0.26 0.10
55_G 313_S 0.75 0.26 0.10
96_G 245_T 0.75 0.26 0.10
55_G 50_T 0.75 0.26 0.10
57_L 285_Q 0.75 0.26 0.10
152_F 148_M 0.75 0.26 0.10
44_M 57_A 0.75 0.25 0.10
127_H 341_S 0.74 0.25 0.10
133_F 337_K 0.74 0.25 0.10
119_G 321_V 0.74 0.25 0.10
60_P 322_W 0.74 0.25 0.10
85_G 192_V 0.74 0.25 0.10
83_E 154_D 0.74 0.25 0.10
113_D 148_M 0.74 0.25 0.10
170_L 29_S 0.74 0.25 0.10
44_M 185_S 0.74 0.25 0.10
191_F 64_Q 0.74 0.24 0.10
149_V 350_I 0.74 0.24 0.10
100_G 208_M 0.73 0.24 0.09
100_G 114_I 0.73 0.24 0.09
207_T 84_K 0.73 0.24 0.09
132_A 394_T 0.72 0.24 0.09
172_I 142_V 0.72 0.23 0.09
161_V 31_M 0.72 0.23 0.09
130_D 126_T 0.72 0.23 0.09
123_A 165_Y 0.72 0.23 0.09
191_F 334_Y 0.72 0.23 0.09
164_L 194_N 0.72 0.23 0.09
98_A 81_S 0.72 0.23 0.09
118_E 337_K 0.72 0.23 0.09
205_T 194_N 0.72 0.23 0.09
214_V 105_G 0.71 0.23 0.09
206_R 349_S 0.71 0.23 0.09
53_F 155_E 0.71 0.23 0.08
182_P 289_L 0.71 0.23 0.08
44_M 266_S 0.71 0.22 0.08
154_D 116_V 0.71 0.22 0.08
95_D 297_I 0.71 0.22 0.08
81_V 248_S 0.71 0.22 0.08
121_K 11_C 0.71 0.22 0.08
76_F 57_A 0.71 0.22 0.08
100_G 345_G 0.71 0.22 0.08
177_Y 187_L 0.71 0.22 0.08
156_K 255_D 0.71 0.22 0.08
60_P 340_T 0.71 0.22 0.08
150_Y 237_L 0.70 0.22 0.08
201_G 78_R 0.70 0.21 0.08
206_R 34_E 0.70 0.21 0.08
206_R 324_A 0.69 0.21 0.08
64_V 213_T 0.69 0.21 0.08
166_N 75_V 0.69 0.21 0.08
126_K 377_V 0.69 0.21 0.08
188_K 199_S 0.69 0.21 0.08
206_R 65_A 0.69 0.21 0.08
46_H 338_R 0.69 0.21 0.08
115_M 9_L 0.69 0.21 0.07
118_E 261_P 0.69 0.21 0.07
48_A 359_L 0.69 0.21 0.07
100_G 404_T 0.69 0.21 0.07
44_M 32_I 0.68 0.20 0.07
74_Y 355_D 0.68 0.20 0.07
80_M 208_M 0.68 0.20 0.07
33_M 369_L 0.68 0.20 0.07
115_M 103_A 0.68 0.20 0.07
83_E 256_E 0.68 0.20 0.07
170_L 161_I 0.68 0.20 0.07
72_E 309_V 0.68 0.20 0.07
172_I 269_K 0.68 0.20 0.07
180_G 194_N 0.68 0.20 0.07
37_I 103_A 0.68 0.20 0.07
45_L 337_K 0.68 0.20 0.07
172_I 220_R 0.67 0.20 0.07
183_I 45_K 0.67 0.20 0.07
49_R 143_V 0.67 0.20 0.07
177_Y 111_L 0.67 0.20 0.07
79_Q 382_P 0.67 0.20 0.07
162_F 62_G 0.67 0.20 0.07
208_S 55_D 0.67 0.19 0.07
83_E 142_V 0.67 0.19 0.07
53_F 355_D 0.67 0.19 0.07
113_D 379_L 0.67 0.19 0.07
49_R 312_V 0.66 0.19 0.07
180_G 39_A 0.66 0.19 0.07
206_R 41_T 0.66 0.19 0.07
98_A 292_E 0.66 0.19 0.07
75_R 245_T 0.66 0.19 0.06
206_R 306_A 0.66 0.19 0.06
206_R 83_A 0.66 0.19 0.06
114_I 245_T 0.66 0.19 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.7045 seconds.