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OPENSEQ.org
SaFtsWI
Genes: A B A+B
Length: 373 745 946
Sequences: 3892 858 272
Seq/Len: 10.43 1.15 0.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.20 0.00
2 0.01 0.20 0.02
5 0.01 0.20 0.22
10 0.02 0.20 0.24
20 0.02 0.21 0.24
100 0.05 0.21 0.34
∞ 0.14 0.22 0.44
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
105_I 240_D 1.46 0.38 0.00
205_L 395_F 1.41 0.35 0.00
103_A 237_R 1.38 0.33 0.00
56_I 240_D 1.36 0.32 0.00
256_A 46_Q 1.36 0.32 0.00
170_V 179_S 1.34 0.31 0.00
264_L 39_I 1.34 0.31 0.00
38_F 361_P 1.30 0.29 0.00
324_V 583_L 1.30 0.28 0.00
264_L 311_Y 1.27 0.27 0.00
27_Y 290_F 1.26 0.27 0.00
26_F 336_K 1.25 0.26 0.00
109_P 215_L 1.24 0.25 0.00
345_L 146_L 1.24 0.25 0.00
257_I 236_K 1.22 0.24 0.00
163_S 485_K 1.22 0.24 0.00
284_F 634_I 1.21 0.24 0.00
132_L 290_F 1.21 0.24 0.00
279_Y 407_A 1.19 0.23 0.00
231_V 154_I 1.19 0.23 0.00
256_A 306_L 1.19 0.23 0.00
144_K 223_G 1.18 0.23 0.00
147_G 295_G 1.18 0.23 0.00
256_A 554_A 1.18 0.23 0.00
228_N 80_D 1.18 0.23 0.00
236_L 23_F 1.17 0.22 0.00
217_Y 534_P 1.17 0.22 0.00
44_I 272_V 1.17 0.22 0.00
26_F 51_K 1.17 0.22 0.00
345_L 455_N 1.16 0.22 0.00
207_D 162_I 1.16 0.22 0.00
304_F 27_F 1.16 0.22 0.00
163_S 276_A 1.15 0.21 0.00
26_F 284_Y 1.14 0.21 0.00
143_Q 200_V 1.14 0.21 0.00
270_V 413_W 1.14 0.21 0.00
256_A 328_E 1.13 0.20 0.00
159_I 552_V 1.12 0.20 0.00
3_Y 36_Y 1.12 0.20 0.00
159_I 466_F 1.11 0.19 0.00
94_L 536_F 1.10 0.19 0.00
159_I 549_K 1.10 0.19 0.00
63_I 466_F 1.10 0.19 0.00
285_A 494_V 1.09 0.19 0.00
109_P 283_A 1.09 0.19 0.00
159_I 116_T 1.08 0.18 0.00
144_K 89_V 1.08 0.18 0.00
99_L 251_V 1.08 0.18 0.00
105_I 547_N 1.08 0.18 0.00
272_T 18_L 1.07 0.18 0.00
244_G 184_R 1.07 0.18 0.00
256_A 461_V 1.07 0.18 0.00
256_A 43_S 1.06 0.18 0.00
216_G 161_G 1.06 0.18 0.00
38_F 265_Q 1.06 0.18 0.00
8_V 305_D 1.06 0.17 0.00
217_Y 218_I 1.05 0.17 0.00
144_K 38_M 1.05 0.17 0.00
198_L 235_P 1.05 0.17 0.00
218_H 167_E 1.05 0.17 0.00
319_I 453_F 1.05 0.17 0.00
167_V 471_K 1.04 0.17 0.00
325_P 427_S 1.04 0.17 0.00
272_T 481_D 1.04 0.17 0.00
38_F 343_D 1.04 0.17 0.00
112_I 555_G 1.04 0.17 0.00
127_L 135_F 1.04 0.17 0.00
143_Q 380_L 1.04 0.17 0.00
26_F 36_Y 1.04 0.17 0.00
256_A 275_D 1.03 0.17 0.00
30_Q 254_E 1.03 0.17 0.00
309_F 589_G 1.03 0.17 0.00
349_V 617_N 1.03 0.17 0.00
94_L 417_L 1.03 0.17 0.00
349_V 509_Y 1.03 0.17 0.00
29_R 511_V 1.03 0.16 0.00
288_T 485_K 1.03 0.16 0.00
142_L 441_A 1.03 0.16 0.00
109_P 34_I 1.02 0.16 0.00
232_F 556_M 1.02 0.16 0.00
48_M 613_K 1.02 0.16 0.00
232_F 633_Q 1.02 0.16 0.00
289_S 307_Y 1.02 0.16 0.00
219_I 291_N 1.02 0.16 0.00
246_L 90_I 1.01 0.16 0.00
300_I 565_E 1.01 0.16 0.00
334_S 114_L 1.01 0.16 0.00
251_T 295_G 1.01 0.16 0.00
36_M 112_K 1.01 0.16 0.00
256_A 364_L 1.01 0.16 0.00
268_L 31_V 1.01 0.16 0.00
112_I 175_G 1.01 0.16 0.00
313_G 30_L 1.01 0.15 0.00
250_H 418_Q 1.01 0.15 0.00
108_I 150_D 1.00 0.15 0.00
232_F 380_L 1.00 0.15 0.00
26_F 179_S 1.00 0.15 0.00
271_I 558_L 1.00 0.15 0.00
284_F 32_L 1.00 0.15 0.00
170_V 397_K 1.00 0.15 0.00
105_I 179_S 1.00 0.15 0.00
132_L 237_R 1.00 0.15 0.00
157_V 472_Q 1.00 0.15 0.00
198_L 276_A 0.99 0.15 0.00
135_G 350_S 0.99 0.15 0.00
27_Y 128_R 0.99 0.15 0.00
269_L 361_P 0.99 0.15 0.00
265_I 245_I 0.99 0.15 0.00
26_F 575_F 0.99 0.15 0.00
32_A 237_R 0.99 0.15 0.00
315_I 356_G 0.99 0.15 0.00
269_L 512_E 0.99 0.15 0.00
210_Q 179_S 0.99 0.15 0.00
141_F 578_I 0.98 0.15 0.00
300_I 552_V 0.98 0.15 0.00
222_S 399_T 0.98 0.15 0.00
170_V 332_D 0.98 0.15 0.00
83_S 181_L 0.98 0.14 0.00
170_V 361_P 0.98 0.14 0.00
159_I 24_G 0.97 0.14 0.00
159_I 159_L 0.97 0.14 0.00
43_F 330_A 0.97 0.14 0.00
26_F 111_A 0.97 0.14 0.00
160_I 284_Y 0.97 0.14 0.00
272_T 342_R 0.97 0.14 0.00
153_L 290_F 0.97 0.14 0.00
45_A 64_P 0.96 0.14 0.00
251_T 85_K 0.96 0.14 0.00
198_L 518_A 0.96 0.14 0.00
326_L 539_F 0.96 0.14 0.00
232_F 200_V 0.96 0.14 0.00
216_G 288_P 0.96 0.14 0.00
270_V 46_Q 0.96 0.14 0.00
26_F 509_Y 0.96 0.14 0.00
227_G 377_L 0.96 0.14 0.00
109_P 552_V 0.96 0.14 0.00
349_V 359_E 0.96 0.14 0.00
145_D 89_V 0.96 0.14 0.00
173_F 472_Q 0.96 0.14 0.00
236_L 506_I 0.96 0.14 0.00
89_L 237_R 0.96 0.14 0.00
107_Y 415_N 0.95 0.14 0.00
104_I 466_F 0.95 0.14 0.00
247_P 161_G 0.95 0.14 0.00
8_V 554_A 0.95 0.14 0.00
85_S 339_S 0.95 0.14 0.00
83_S 297_D 0.95 0.14 0.00
106_L 512_E 0.95 0.14 0.00
256_A 626_V 0.95 0.14 0.00
2_V 319_S 0.95 0.14 0.00
105_I 79_E 0.95 0.14 0.00
256_A 575_F 0.95 0.14 0.00
313_G 472_Q 0.94 0.14 0.00
219_I 428_T 0.94 0.14 0.00
231_V 216_R 0.94 0.14 0.00
197_Y 431_T 0.94 0.13 0.00
226_I 60_N 0.94 0.13 0.00
143_Q 292_P 0.94 0.13 0.00
114_K 182_I 0.94 0.13 0.00
325_P 422_S 0.94 0.13 0.00
27_Y 329_G 0.94 0.13 0.00
105_I 146_L 0.94 0.13 0.00
239_S 37_I 0.94 0.13 0.00
335_S 645_V 0.94 0.13 0.00
105_I 395_F 0.94 0.13 0.00
146_V 518_A 0.94 0.13 0.00
174_G 484_E 0.93 0.13 0.00
106_L 53_N 0.93 0.13 0.00
103_A 549_K 0.93 0.13 0.00
312_I 214_S 0.93 0.13 0.00
147_G 89_V 0.93 0.13 0.00
85_S 217_Y 0.93 0.13 0.00
312_I 33_R 0.93 0.13 0.00
224_L 536_F 0.93 0.13 0.00
39_I 25_L 0.93 0.13 0.00
142_L 76_V 0.93 0.13 0.00
127_L 388_S 0.93 0.13 0.00
256_A 205_D 0.92 0.13 0.00
328_F 53_N 0.92 0.13 0.00
170_V 450_K 0.92 0.13 0.00
31_L 45_G 0.92 0.13 0.00
89_L 240_D 0.92 0.13 0.00
102_I 634_I 0.92 0.13 0.00
231_V 176_N 0.92 0.13 0.00
297_C 325_A 0.92 0.13 0.00
57_K 285_S 0.92 0.13 0.00
82_G 536_F 0.92 0.13 0.00
267_G 587_N 0.92 0.13 0.00
24_T 378_Q 0.92 0.13 0.00
3_Y 311_Y 0.92 0.13 0.00
223_L 73_N 0.91 0.12 0.00
112_I 475_G 0.91 0.12 0.00
3_Y 235_P 0.91 0.12 0.00
349_V 455_N 0.91 0.12 0.00
109_P 122_P 0.91 0.12 0.00
48_M 29_I 0.91 0.12 0.00
284_F 640_K 0.91 0.12 0.00
236_L 532_P 0.91 0.12 0.00
33_Y 443_F 0.91 0.12 0.00
10_A 569_L 0.91 0.12 0.00
181_F 441_A 0.90 0.12 0.00
48_M 158_N 0.90 0.12 0.00
159_I 16_A 0.90 0.12 0.00
199_T 570_G 0.90 0.12 0.00
23_G 450_K 0.90 0.12 0.00
134_L 274_M 0.90 0.12 0.00
83_S 616_D 0.90 0.12 0.00
271_I 275_D 0.90 0.12 0.00
231_V 241_V 0.90 0.12 0.00
36_M 453_F 0.90 0.12 0.00
256_A 361_P 0.90 0.12 0.00
284_F 62_Q 0.89 0.12 0.00
138_F 450_K 0.89 0.12 0.00
274_E 280_E 0.89 0.12 0.00
95_Q 201_E 0.89 0.12 0.00
153_L 226_A 0.89 0.12 0.00
54_S 408_P 0.89 0.12 0.00
280_R 78_A 0.89 0.12 0.00
144_K 305_D 0.89 0.12 0.00
71_L 140_G 0.89 0.12 0.00
37_S 382_G 0.89 0.12 0.00
347_L 200_V 0.89 0.12 0.00
270_V 303_A 0.89 0.12 0.00
11_T 638_S 0.89 0.12 0.00
142_L 320_Y 0.89 0.12 0.00
286_N 164_L 0.88 0.12 0.00
147_G 339_S 0.88 0.12 0.00
26_F 146_L 0.88 0.12 0.00
55_N 128_R 0.88 0.12 0.00
113_S 175_G 0.88 0.12 0.00
257_I 537_V 0.88 0.12 0.00
324_V 386_M 0.88 0.12 0.00
291_Y 26_L 0.88 0.12 0.00
71_L 385_K 0.88 0.12 0.00
328_F 236_K 0.88 0.12 0.00
280_R 144_T 0.88 0.12 0.00
245_Y 437_Q 0.88 0.12 0.00
161_F 265_Q 0.88 0.12 0.00
227_G 77_L 0.88 0.12 0.00
47_L 158_N 0.88 0.12 0.00
265_I 35_S 0.88 0.12 0.00
203_S 490_L 0.88 0.12 0.00
134_L 247_S 0.88 0.12 0.00
236_L 16_A 0.88 0.12 0.00
282_F 236_K 0.87 0.12 0.00
298_V 207_Y 0.87 0.12 0.00
270_V 231_K 0.87 0.11 0.00
335_S 362_M 0.87 0.11 0.00
246_L 75_K 0.87 0.11 0.00
346_L 37_I 0.87 0.11 0.00
159_I 247_S 0.87 0.11 0.00
205_L 584_K 0.87 0.11 0.00
173_F 31_V 0.87 0.11 0.00
106_L 445_D 0.87 0.11 0.00
35_I 586_L 0.87 0.11 0.00
272_T 185_A 0.87 0.11 0.00
50_V 404_D 0.87 0.11 0.00
161_F 37_I 0.87 0.11 0.00
164_G 38_M 0.87 0.11 0.00
113_S 436_L 0.87 0.11 0.00
217_Y 269_L 0.87 0.11 0.00
139_L 153_K 0.87 0.11 0.00
255_F 243_L 0.87 0.11 0.00
308_T 536_F 0.87 0.11 0.00
160_I 237_R 0.86 0.11 0.00
85_S 555_G 0.86 0.11 0.00
162_Y 536_F 0.86 0.11 0.00
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307_Q 538_S 0.80 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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