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OPENSEQ.org
S Aureus FtsI FtsW
Genes: A B A+B
Length: 744 414 958
Sequences: 871 2986 249
Seq/Len: 1.17 7.21 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.20 0.00 0.00
2 0.20 0.00 0.01
5 0.20 0.00 0.20
10 0.20 0.01 0.21
20 0.21 0.01 0.22
100 0.21 0.04 0.30
∞ 0.22 0.14 0.40
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
178_S 81_F 1.66 0.48 0.00
454_N 393_M 1.53 0.40 0.00
161_I 252_N 1.49 0.38 0.00
582_L 372_L 1.47 0.36 0.00
239_D 157_F 1.46 0.36 0.00
406_A 324_F 1.45 0.35 0.00
280_I 98_I 1.43 0.34 0.00
360_P 93_F 1.41 0.33 0.00
511_E 158_C 1.41 0.33 0.00
553_A 301_A 1.40 0.32 0.00
79_D 273_R 1.37 0.30 0.00
277_T 61_I 1.36 0.30 0.00
178_S 222_F 1.36 0.30 0.00
214_L 161_A 1.32 0.28 0.00
394_F 250_F 1.31 0.28 0.00
153_I 276_L 1.24 0.24 0.00
294_G 199_G 1.24 0.24 0.00
242_L 384_L 1.22 0.23 0.00
546_N 157_F 1.21 0.22 0.00
465_F 51_L 1.21 0.22 0.00
128_L 61_I 1.20 0.22 0.00
157_N 101_R 1.20 0.22 0.00
145_L 81_F 1.20 0.22 0.00
310_Y 309_Y 1.19 0.21 0.00
235_K 302_I 1.18 0.21 0.00
181_I 322_V 1.17 0.21 0.00
484_K 215_A 1.17 0.20 0.00
625_V 301_A 1.17 0.20 0.00
310_Y 64_T 1.15 0.20 0.00
535_F 356_A 1.15 0.20 0.00
555_M 277_W 1.15 0.20 0.00
538_F 374_L 1.15 0.20 0.00
363_L 301_A 1.15 0.20 0.00
26_F 352_F 1.14 0.19 0.00
551_V 211_M 1.13 0.19 0.00
166_E 263_Q 1.13 0.19 0.00
577_I 193_L 1.13 0.19 0.00
38_I 309_Y 1.12 0.19 0.00
484_K 336_I 1.12 0.19 0.00
416_L 146_I 1.12 0.19 0.00
160_G 261_G 1.12 0.18 0.00
633_I 329_I 1.11 0.18 0.00
88_V 196_P 1.11 0.18 0.00
361_M 383_S 1.11 0.18 0.00
342_D 93_F 1.11 0.18 0.00
577_I 354_F 1.11 0.18 0.00
517_A 243_R 1.11 0.18 0.00
304_D 69_P 1.10 0.18 0.00
564_E 348_I 1.10 0.18 0.00
134_F 179_L 1.10 0.18 0.00
174_G 164_L 1.09 0.17 0.00
284_S 225_I 1.09 0.17 0.00
517_A 198_L 1.09 0.17 0.00
294_G 296_T 1.09 0.17 0.00
449_K 50_W 1.09 0.17 0.00
335_K 81_F 1.08 0.17 0.00
268_L 102_L 1.08 0.17 0.00
178_S 157_F 1.08 0.17 0.00
633_I 60_F 1.08 0.17 0.00
181_I 166_R 1.07 0.17 0.00
239_D 110_Y 1.07 0.17 0.00
45_Q 315_A 1.07 0.17 0.00
633_I 154_L 1.06 0.17 0.00
222_G 196_P 1.06 0.17 0.00
412_W 315_A 1.06 0.16 0.00
121_P 211_M 1.05 0.16 0.00
149_D 160_I 1.05 0.16 0.00
236_R 87_V 1.05 0.16 0.00
35_Y 81_F 1.04 0.16 0.00
349_S 187_V 1.04 0.15 0.00
82_R 296_T 1.03 0.15 0.00
302_A 315_A 1.03 0.15 0.00
31_L 329_I 1.03 0.15 0.00
148_Q 55_L 1.03 0.15 0.00
178_S 349_G 1.03 0.15 0.00
452_F 367_L 1.03 0.15 0.00
311_E 261_G 1.03 0.15 0.00
289_F 205_F 1.03 0.15 0.00
414_N 159_Y 1.02 0.15 0.00
158_L 211_M 1.02 0.15 0.00
290_N 277_W 1.02 0.15 0.00
32_R 360_V 1.02 0.15 0.00
199_V 58_I 1.02 0.15 0.00
47_L 146_I 1.01 0.15 0.00
204_D 331_R 1.01 0.15 0.00
568_L 71_G 1.01 0.15 0.00
474_G 340_F 1.01 0.15 0.00
52_N 376_L 1.01 0.15 0.00
80_V 391_I 1.01 0.15 0.00
283_Y 357_L 1.01 0.15 0.00
79_D 137_R 1.01 0.15 0.00
432_V 242_Y 1.00 0.14 0.00
277_T 78_P 1.00 0.14 0.00
36_I 170_E 1.00 0.14 0.00
348_I 150_E 0.99 0.14 0.00
616_N 397_I 0.99 0.14 0.00
465_F 116_L 0.99 0.14 0.00
52_N 158_C 0.99 0.14 0.00
257_D 279_Q 0.99 0.14 0.00
585_L 90_I 0.99 0.14 0.00
619_A 141_L 0.99 0.14 0.00
180_L 135_A 0.99 0.14 0.00
275_A 215_A 0.99 0.14 0.00
26_F 310_V 0.98 0.14 0.00
632_Q 277_W 0.98 0.14 0.00
199_V 277_W 0.98 0.14 0.00
216_Y 137_R 0.98 0.14 0.00
279_E 319_V 0.98 0.14 0.00
216_Y 198_L 0.98 0.14 0.00
288_T 78_P 0.98 0.14 0.00
589_K 212_L 0.98 0.14 0.00
290_N 264_L 0.98 0.14 0.00
557_L 316_L 0.98 0.14 0.00
359_I 48_L 0.98 0.14 0.00
535_F 269_M 0.97 0.14 0.00
466_Y 84_R 0.97 0.14 0.00
427_T 264_L 0.97 0.14 0.00
29_L 361_G 0.97 0.14 0.00
449_K 78_P 0.97 0.13 0.00
536_V 356_A 0.97 0.13 0.00
126_K 98_I 0.97 0.13 0.00
282_A 161_A 0.97 0.13 0.00
293_T 388_S 0.97 0.13 0.00
183_R 289_E 0.97 0.13 0.00
234_P 77_D 0.97 0.13 0.00
236_R 155_S 0.96 0.13 0.00
612_K 102_L 0.96 0.13 0.00
121_P 161_A 0.96 0.13 0.00
421_S 373_T 0.96 0.13 0.00
250_V 151_L 0.96 0.13 0.00
480_D 317_L 0.96 0.13 0.00
319_Y 195_Q 0.96 0.13 0.00
244_I 310_V 0.96 0.13 0.00
398_T 267_S 0.96 0.13 0.00
574_F 301_A 0.96 0.13 0.00
32_R 281_L 0.96 0.13 0.00
586_N 312_V 0.95 0.13 0.00
235_K 218_K 0.95 0.13 0.00
163_L 354_F 0.95 0.13 0.00
390_E 320_F 0.95 0.13 0.00
32_R 324_F 0.95 0.13 0.00
177_A 61_I 0.95 0.13 0.00
77_A 325_R 0.95 0.13 0.00
581_T 321_F 0.95 0.13 0.00
542_A 322_V 0.95 0.13 0.00
276_K 393_M 0.95 0.13 0.00
442_F 97_I 0.95 0.13 0.00
449_K 247_V 0.95 0.13 0.00
611_Q 53_F 0.95 0.13 0.00
577_I 115_L 0.95 0.13 0.00
37_M 216_G 0.95 0.13 0.00
563_Q 157_F 0.95 0.13 0.00
452_F 91_L 0.95 0.13 0.00
551_V 161_A 0.95 0.13 0.00
574_F 81_F 0.94 0.13 0.00
406_A 323_A 0.94 0.13 0.00
289_F 82_A 0.94 0.13 0.00
604_D 212_L 0.94 0.12 0.00
459_P 169_D 0.94 0.12 0.00
44_G 86_G 0.94 0.12 0.00
284_S 222_F 0.94 0.12 0.00
585_L 320_F 0.94 0.12 0.00
483_E 226_I 0.94 0.12 0.00
59_N 271_F 0.94 0.12 0.00
225_A 205_F 0.93 0.12 0.00
605_V 383_S 0.93 0.12 0.00
554_G 137_R 0.93 0.12 0.00
160_G 292_P 0.93 0.12 0.00
502_N 302_I 0.93 0.12 0.00
615_D 135_A 0.93 0.12 0.00
268_L 262_Y 0.93 0.12 0.00
427_T 201_V 0.93 0.12 0.00
403_D 104_M 0.93 0.12 0.00
120_K 329_I 0.93 0.12 0.00
84_K 52_T 0.93 0.12 0.00
376_L 272_G 0.93 0.12 0.00
399_K 391_I 0.93 0.12 0.00
441_F 192_L 0.93 0.12 0.00
440_A 194_A 0.92 0.12 0.00
145_L 50_W 0.92 0.12 0.00
644_V 321_F 0.92 0.12 0.00
120_K 346_C 0.92 0.12 0.00
617_V 354_F 0.92 0.12 0.00
32_R 356_A 0.92 0.12 0.00
358_E 397_I 0.92 0.12 0.00
597_A 60_F 0.92 0.12 0.00
338_S 337_D 0.92 0.12 0.00
409_Q 109_R 0.92 0.12 0.00
255_A 337_D 0.92 0.12 0.00
217_I 262_Y 0.91 0.12 0.00
569_G 244_I 0.91 0.12 0.00
501_A 60_F 0.91 0.12 0.00
17_L 317_L 0.91 0.12 0.00
463_R 285_V 0.91 0.12 0.00
360_P 314_L 0.91 0.12 0.00
26_F 281_L 0.91 0.12 0.00
236_R 183_G 0.91 0.12 0.00
306_Y 393_M 0.91 0.12 0.00
75_V 81_F 0.91 0.12 0.00
284_S 81_F 0.91 0.12 0.00
360_P 222_F 0.91 0.12 0.00
174_G 316_L 0.91 0.12 0.00
45_Q 91_L 0.91 0.12 0.00
328_G 119_I 0.91 0.12 0.00
435_L 165_V 0.91 0.12 0.00
178_S 255_E 0.91 0.12 0.00
400_G 227_G 0.90 0.12 0.00
363_L 323_A 0.90 0.12 0.00
80_V 250_F 0.90 0.12 0.00
505_I 281_L 0.90 0.12 0.00
85_L 345_A 0.90 0.12 0.00
22_F 281_L 0.90 0.12 0.00
109_T 209_L 0.90 0.12 0.00
236_R 141_L 0.90 0.12 0.00
583_K 250_F 0.90 0.12 0.00
575_K 169_D 0.90 0.12 0.00
289_F 152_T 0.90 0.12 0.00
35_Y 64_T 0.90 0.12 0.00
355_G 363_A 0.90 0.12 0.00
206_Y 346_C 0.90 0.12 0.00
310_Y 310_V 0.90 0.12 0.00
423_F 356_A 0.90 0.12 0.00
18_L 166_R 0.90 0.12 0.00
263_Y 264_L 0.90 0.12 0.00
639_K 99_T 0.90 0.12 0.00
139_G 123_M 0.90 0.11 0.00
296_D 135_A 0.90 0.11 0.00
392_F 374_L 0.90 0.11 0.00
407_P 215_A 0.90 0.11 0.00
440_A 230_I 0.90 0.11 0.00
264_Q 213_F 0.90 0.11 0.00
275_A 243_R 0.89 0.11 0.00
551_V 222_F 0.89 0.11 0.00
308_N 137_R 0.89 0.11 0.00
221_W 203_V 0.89 0.11 0.00
82_R 128_V 0.89 0.11 0.00
63_P 99_T 0.89 0.11 0.00
89_I 291_L 0.89 0.11 0.00
175_N 245_R 0.89 0.11 0.00
452_F 211_M 0.89 0.11 0.00
613_A 289_E 0.89 0.11 0.00
15_A 281_L 0.89 0.11 0.00
319_Y 53_F 0.89 0.11 0.00
287_P 261_G 0.89 0.11 0.00
582_L 84_R 0.89 0.11 0.00
304_D 196_P 0.89 0.11 0.00
241_H 106_F 0.89 0.11 0.00
145_L 393_M 0.89 0.11 0.00
157_N 55_L 0.89 0.11 0.00
527_Y 369_T 0.89 0.11 0.00
142_G 137_R 0.88 0.11 0.00
504_R 255_E 0.88 0.11 0.00
52_N 151_L 0.88 0.11 0.00
380_V 315_A 0.88 0.11 0.00
640_A 79_F 0.88 0.11 0.00
47_L 363_A 0.88 0.11 0.00
535_F 134_G 0.88 0.11 0.00
179_H 186_L 0.88 0.11 0.00
347_R 391_I 0.88 0.11 0.00
472_I 227_G 0.88 0.11 0.00
33_I 139_I 0.88 0.11 0.00
88_V 199_G 0.88 0.11 0.00
200_E 147_Q 0.88 0.11 0.00
634_K 60_F 0.88 0.11 0.00
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347_R 183_G 0.88 0.11 0.00
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400_G 149_A 0.81 0.09 0.00
25_L 61_I 0.81 0.09 0.00
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536_V 302_I 0.81 0.09 0.00
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528_V 99_T 0.81 0.09 0.00
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266_K 86_G 0.80 0.09 0.00
459_P 51_L 0.80 0.09 0.00
284_S 73_R 0.80 0.09 0.00
569_G 382_S 0.80 0.09 0.00
290_N 203_V 0.80 0.09 0.00
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286_R 199_G 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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