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OPENSEQ.org
S aureus FtsIMreC
Genes: A B A+B
Length: 744 280 892
Sequences: 871 1815 51
Seq/Len: 1.17 6.48 0.06
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.98
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.20 0.00 0.00
2 0.20 0.00 0.02
5 0.20 0.00 0.02
10 0.20 0.00 0.04
20 0.21 0.00 0.05
100 0.21 0.00 0.07
∞ 0.22 0.00 0.27
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
261_E 255_D 1.78 0.22 0.00
462_K 96_K 1.58 0.17 0.00
289_F 162_V 1.54 0.16 0.00
289_F 165_I 1.53 0.15 0.00
280_I 160_S 1.49 0.15 0.00
552_Y 117_R 1.48 0.14 0.00
158_L 165_I 1.48 0.14 0.00
441_F 166_S 1.43 0.13 0.00
373_M 5_F 1.40 0.13 0.00
459_P 231_I 1.40 0.13 0.00
32_R 250_V 1.38 0.12 0.00
495_S 145_S 1.37 0.12 0.00
518_Q 117_R 1.34 0.12 0.00
519_V 122_W 1.33 0.11 0.00
441_F 233_E 1.33 0.11 0.00
286_R 228_N 1.33 0.11 0.00
511_E 90_A 1.30 0.11 0.00
204_D 152_V 1.29 0.11 0.00
555_M 264_V 1.28 0.11 0.00
219_D 114_V 1.28 0.10 0.00
73_G 213_G 1.27 0.10 0.00
7_K 133_K 1.27 0.10 0.00
25_L 250_V 1.27 0.10 0.00
105_D 132_S 1.26 0.10 0.00
602_V 181_G 1.26 0.10 0.00
609_D 21_I 1.25 0.10 0.00
455_S 165_I 1.24 0.10 0.00
315_T 84_K 1.24 0.10 0.00
465_F 139_N 1.24 0.10 0.00
434_M 162_V 1.24 0.10 0.00
533_P 228_N 1.23 0.10 0.00
61_Q 46_F 1.23 0.10 0.00
138_F 235_T 1.22 0.10 0.00
343_I 255_D 1.20 0.09 0.00
258_G 257_T 1.20 0.09 0.00
55_Y 61_T 1.20 0.09 0.00
323_A 69_G 1.20 0.09 0.00
364_G 115_L 1.20 0.09 0.00
377_Q 128_I 1.20 0.09 0.00
475_K 160_S 1.19 0.09 0.00
126_K 188_L 1.18 0.09 0.00
11_N 255_D 1.18 0.09 0.00
577_I 129_D 1.18 0.09 0.00
240_V 231_I 1.18 0.09 0.00
441_F 262_V 1.17 0.09 0.00
540_G 117_R 1.17 0.09 0.00
335_K 36_P 1.17 0.09 0.00
553_A 160_S 1.17 0.09 0.00
173_N 228_N 1.17 0.09 0.00
441_F 210_I 1.17 0.09 0.00
261_E 129_D 1.16 0.09 0.00
204_D 248_V 1.16 0.09 0.00
554_G 144_T 1.16 0.09 0.00
189_D 192_Y 1.16 0.09 0.00
307_Q 233_E 1.16 0.09 0.00
188_P 210_I 1.16 0.09 0.00
450_P 128_I 1.16 0.09 0.00
537_S 117_R 1.16 0.09 0.00
489_L 227_S 1.15 0.09 0.00
434_M 67_K 1.15 0.09 0.00
395_G 265_A 1.15 0.09 0.00
12_K 128_I 1.15 0.09 0.00
38_I 165_I 1.15 0.09 0.00
366_T 255_D 1.14 0.09 0.00
419_K 117_R 1.14 0.09 0.00
624_P 36_P 1.14 0.09 0.00
140_R 51_V 1.14 0.09 0.00
459_P 162_V 1.14 0.08 0.00
378_D 117_R 1.13 0.08 0.00
458_N 129_D 1.13 0.08 0.00
617_V 149_V 1.13 0.08 0.00
456_V 164_L 1.13 0.08 0.00
46_D 51_V 1.13 0.08 0.00
132_K 160_S 1.13 0.08 0.00
378_D 189_I 1.13 0.08 0.00
94_S 145_S 1.12 0.08 0.00
335_K 82_E 1.12 0.08 0.00
28_I 221_L 1.12 0.08 0.00
624_P 22_A 1.12 0.08 0.00
508_Y 38_Q 1.11 0.08 0.00
164_L 64_D 1.11 0.08 0.00
233_Q 58_V 1.11 0.08 0.00
532_N 15_C 1.11 0.08 0.00
214_L 48_Q 1.11 0.08 0.00
62_Q 176_V 1.11 0.08 0.00
180_L 162_V 1.11 0.08 0.00
431_P 33_Q 1.11 0.08 0.00
459_P 129_D 1.10 0.08 0.00
577_I 56_N 1.10 0.08 0.00
161_I 259_L 1.10 0.08 0.00
175_N 231_I 1.10 0.08 0.00
540_G 262_V 1.10 0.08 0.00
76_L 173_K 1.10 0.08 0.00
145_L 207_R 1.10 0.08 0.00
381_G 189_I 1.10 0.08 0.00
38_I 149_V 1.10 0.08 0.00
244_I 204_I 1.09 0.08 0.00
463_R 258_D 1.09 0.08 0.00
437_A 10_L 1.09 0.08 0.00
239_D 146_Q 1.09 0.08 0.00
46_D 106_K 1.09 0.08 0.00
272_V 165_I 1.09 0.08 0.00
291_P 221_L 1.09 0.08 0.00
256_L 136_I 1.09 0.08 0.00
45_Q 157_K 1.09 0.08 0.00
96_N 5_F 1.09 0.08 0.00
438_Q 110_I 1.08 0.08 0.00
32_R 216_V 1.08 0.08 0.00
633_I 12_V 1.08 0.08 0.00
601_K 23_L 1.08 0.08 0.00
138_F 231_I 1.08 0.08 0.00
69_Y 176_V 1.08 0.08 0.00
605_V 12_V 1.08 0.08 0.00
618_S 21_I 1.08 0.08 0.00
9_K 250_V 1.07 0.08 0.00
354_V 127_V 1.07 0.08 0.00
546_N 179_Q 1.07 0.08 0.00
159_P 124_N 1.07 0.07 0.00
174_G 188_L 1.07 0.07 0.00
126_K 192_Y 1.07 0.07 0.00
422_S 197_S 1.07 0.07 0.00
282_A 128_I 1.06 0.07 0.00
459_P 264_V 1.06 0.07 0.00
274_D 250_V 1.06 0.07 0.00
320_G 39_Y 1.06 0.07 0.00
122_E 175_S 1.06 0.07 0.00
561_N 170_R 1.06 0.07 0.00
234_P 201_I 1.06 0.07 0.00
138_F 108_D 1.06 0.07 0.00
348_I 238_Q 1.06 0.07 0.00
270_A 132_S 1.05 0.07 0.00
286_R 189_I 1.05 0.07 0.00
343_I 175_S 1.05 0.07 0.00
640_A 15_C 1.05 0.07 0.00
463_R 263_Y 1.05 0.07 0.00
193_L 176_V 1.05 0.07 0.00
481_T 259_L 1.05 0.07 0.00
555_M 193_D 1.05 0.07 0.00
501_A 152_V 1.05 0.07 0.00
141_K 78_I 1.04 0.07 0.00
173_N 263_Y 1.04 0.07 0.00
482_A 106_K 1.04 0.07 0.00
411_G 160_S 1.04 0.07 0.00
381_G 135_G 1.04 0.07 0.00
540_G 201_I 1.04 0.07 0.00
617_V 160_S 1.04 0.07 0.00
69_Y 122_W 1.04 0.07 0.00
357_G 95_L 1.04 0.07 0.00
245_D 197_S 1.04 0.07 0.00
426_S 160_S 1.04 0.07 0.00
129_S 77_K 1.04 0.07 0.00
413_S 186_F 1.04 0.07 0.00
239_D 176_V 1.03 0.07 0.00
351_W 223_D 1.03 0.07 0.00
465_F 255_D 1.03 0.07 0.00
37_M 265_A 1.03 0.07 0.00
174_G 75_K 1.03 0.07 0.00
41_H 28_I 1.03 0.07 0.00
455_S 122_W 1.03 0.07 0.00
5_K 79_S 1.03 0.07 0.00
359_I 145_S 1.03 0.07 0.00
117_I 99_L 1.03 0.07 0.00
458_N 255_D 1.03 0.07 0.00
473_A 128_I 1.03 0.07 0.00
376_L 129_D 1.03 0.07 0.00
615_D 46_F 1.03 0.07 0.00
261_E 231_I 1.02 0.07 0.00
511_E 56_N 1.02 0.07 0.00
364_G 265_A 1.02 0.07 0.00
12_K 223_D 1.02 0.07 0.00
148_Q 103_D 1.02 0.07 0.00
378_D 201_I 1.02 0.07 0.00
548_K 63_G 1.02 0.07 0.00
473_A 51_V 1.02 0.07 0.00
429_V 128_I 1.01 0.07 0.00
376_L 108_D 1.01 0.07 0.00
457_E 50_V 1.01 0.07 0.00
114_S 28_I 1.01 0.07 0.00
280_I 162_V 1.01 0.07 0.00
403_D 228_N 1.01 0.07 0.00
456_V 139_N 1.01 0.07 0.00
546_N 231_I 1.01 0.07 0.00
461_S 179_Q 1.01 0.07 0.00
239_D 144_T 1.00 0.07 0.00
286_R 262_V 1.00 0.07 0.00
323_A 141_A 1.00 0.07 0.00
110_A 102_K 1.00 0.07 0.00
151_L 71_S 1.00 0.07 0.00
413_S 189_I 1.00 0.07 0.00
415_E 134_S 1.00 0.07 0.00
23_G 75_K 1.00 0.07 0.00
227_N 238_Q 1.00 0.07 0.00
246_S 188_L 1.00 0.07 0.00
199_V 138_S 1.00 0.07 0.00
627_I 101_L 1.00 0.07 0.00
625_V 13_V 1.00 0.07 0.00
12_K 117_R 1.00 0.07 0.00
39_T 201_I 0.99 0.07 0.00
556_S 190_D 0.99 0.07 0.00
566_Y 227_S 0.99 0.07 0.00
419_K 262_V 0.99 0.07 0.00
193_L 197_S 0.99 0.07 0.00
94_S 98_E 0.99 0.07 0.00
480_D 160_S 0.99 0.07 0.00
331_D 264_V 0.99 0.07 0.00
235_K 117_R 0.99 0.07 0.00
263_Y 264_V 0.99 0.07 0.00
609_D 39_Y 0.99 0.07 0.00
292_E 40_I 0.99 0.07 0.00
615_D 15_C 0.99 0.07 0.00
64_E 12_V 0.98 0.07 0.00
407_P 175_S 0.98 0.07 0.00
328_G 95_L 0.98 0.07 0.00
576_P 260_S 0.98 0.07 0.00
235_K 55_V 0.98 0.07 0.00
388_W 112_T 0.98 0.07 0.00
416_L 64_D 0.98 0.07 0.00
555_M 129_D 0.98 0.07 0.00
177_A 80_Q 0.98 0.07 0.00
483_E 264_V 0.98 0.07 0.00
597_A 46_F 0.98 0.07 0.00
637_S 47_G 0.98 0.07 0.00
193_L 247_E 0.98 0.07 0.00
93_A 161_Q 0.98 0.07 0.00
457_E 126_I 0.98 0.07 0.00
37_M 45_S 0.98 0.07 0.00
128_L 149_V 0.98 0.07 0.00
623_E 26_L 0.98 0.07 0.00
5_K 97_K 0.98 0.07 0.00
98_K 239_N 0.98 0.07 0.00
379_L 152_V 0.97 0.07 0.00
516_T 213_G 0.97 0.07 0.00
37_M 237_V 0.97 0.07 0.00
194_K 233_E 0.97 0.07 0.00
301_W 96_K 0.97 0.07 0.00
616_N 15_C 0.97 0.07 0.00
71_R 76_N 0.97 0.06 0.00
197_L 162_V 0.97 0.06 0.00
391_R 132_S 0.97 0.06 0.00
274_D 54_P 0.97 0.06 0.00
196_A 139_N 0.97 0.06 0.00
63_P 74_S 0.97 0.06 0.00
615_D 39_Y 0.97 0.06 0.00
174_G 262_V 0.97 0.06 0.00
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529_K 21_I 0.96 0.06 0.00
140_R 161_Q 0.96 0.06 0.00
455_S 70_D 0.96 0.06 0.00
611_Q 21_I 0.96 0.06 0.00
246_S 143_M 0.96 0.06 0.00
30_V 264_V 0.96 0.06 0.00
255_A 157_K 0.96 0.06 0.00
595_S 263_Y 0.96 0.06 0.00
413_S 262_V 0.96 0.06 0.00
470_K 89_E 0.96 0.06 0.00
642_N 78_I 0.96 0.06 0.00
5_K 105_S 0.96 0.06 0.00
379_L 257_T 0.96 0.06 0.00
546_N 165_I 0.96 0.06 0.00
5_K 223_D 0.96 0.06 0.00
501_A 124_N 0.96 0.06 0.00
78_E 216_V 0.96 0.06 0.00
244_I 77_K 0.96 0.06 0.00
286_R 117_R 0.96 0.06 0.00
203_F 56_N 0.95 0.06 0.00
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6_I 142_V 0.89 0.06 0.00
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49_M 171_A 0.88 0.06 0.00
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147_Y 124_N 0.88 0.06 0.00
160_G 219_S 0.88 0.06 0.00
408_G 219_S 0.88 0.06 0.00
45_Q 249_R 0.88 0.06 0.00
125_E 255_D 0.88 0.06 0.00
199_V 237_V 0.88 0.06 0.00
149_D 169_T 0.88 0.06 0.00
480_D 228_N 0.88 0.06 0.00
179_H 262_V 0.88 0.06 0.00
27_F 168_N 0.88 0.06 0.00
27_F 266_K 0.87 0.06 0.00
90_D 216_V 0.87 0.06 0.00
628_G 162_V 0.87 0.06 0.00
521_A 51_V 0.87 0.06 0.00
519_V 96_K 0.87 0.06 0.00
490_D 231_I 0.87 0.06 0.00
631_T 43_S 0.87 0.06 0.00
6_I 261_H 0.87 0.06 0.00
322_A 134_S 0.87 0.06 0.00
551_V 136_I 0.87 0.06 0.00
233_Q 19_V 0.87 0.06 0.00
138_F 124_N 0.87 0.06 0.00
458_N 180_H 0.87 0.06 0.00
466_Y 165_I 0.87 0.06 0.00
526_G 223_D 0.87 0.05 0.00
623_E 22_A 0.87 0.05 0.00
591_K 43_S 0.87 0.05 0.00
351_W 166_S 0.87 0.05 0.00
553_A 165_I 0.87 0.05 0.00
199_V 55_V 0.87 0.05 0.00
40_G 248_V 0.86 0.05 0.00
526_G 128_I 0.86 0.05 0.00
610_K 46_F 0.86 0.05 0.00
307_Q 120_D 0.86 0.05 0.00
350_D 105_S 0.86 0.05 0.00
22_F 257_T 0.86 0.05 0.00
386_K 43_S 0.86 0.05 0.00
294_G 204_I 0.86 0.05 0.00
440_A 5_F 0.86 0.05 0.00
388_W 204_I 0.86 0.05 0.00
617_V 152_V 0.86 0.05 0.00
53_E 221_L 0.86 0.05 0.00
222_G 169_T 0.86 0.05 0.00
377_Q 160_S 0.86 0.05 0.00
418_Q 206_N 0.86 0.05 0.00
532_N 16_A 0.86 0.05 0.00
542_A 24_I 0.86 0.05 0.00
7_K 121_Q 0.86 0.05 0.00
9_K 61_T 0.86 0.05 0.00
110_A 50_V 0.86 0.05 0.00
601_K 136_I 0.86 0.05 0.00
98_K 76_N 0.86 0.05 0.00
236_R 33_Q 0.86 0.05 0.00
108_E 155_V 0.86 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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