May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
HypDHypD-AE
Genes: A B A+B
Length: 789 303 1078
Sequences: 1151 1226 837
Seq/Len: 1.46 4.05 0.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.68
2 0.01 0.01 0.73
5 0.01 0.01 0.76
10 0.01 0.01 0.76
20 0.01 0.01 0.77
100 0.06 0.04 0.77
∞ 0.12 0.09 0.80
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
688_K 122_F 3.27 1.00 1.00
608_D 118_R 1.76 0.85 0.75
723_N 126_S 1.61 0.77 0.63
681_N 115_R 1.58 0.75 0.60
727_A 121_M 1.46 0.67 0.48
226_A 108_P 1.33 0.56 0.35
573_K 282_E 1.28 0.52 0.30
608_D 122_F 1.25 0.49 0.28
688_K 118_R 1.22 0.47 0.25
410_E 132_L 1.14 0.40 0.19
731_M 122_F 1.14 0.40 0.19
687_I 27_K 1.12 0.38 0.18
499_Y 150_K 1.03 0.31 0.12
402_G 265_G 1.02 0.30 0.12
596_N 97_Y 1.02 0.30 0.12
601_K 108_P 1.01 0.30 0.12
220_E 111_E 1.01 0.30 0.12
293_Y 170_E 1.01 0.29 0.11
684_T 119_D 1.00 0.29 0.11
612_A 268_L 0.99 0.28 0.10
733_G 265_G 0.99 0.28 0.10
758_D 14_V 0.98 0.28 0.10
683_P 13_S 0.98 0.28 0.10
289_L 203_R 0.97 0.27 0.09
646_T 162_D 0.96 0.26 0.09
683_P 14_V 0.96 0.26 0.09
430_G 252_V 0.96 0.26 0.09
235_K 221_L 0.95 0.26 0.09
110_E 161_I 0.93 0.24 0.08
684_T 35_W 0.93 0.24 0.08
687_I 257_Y 0.93 0.24 0.08
573_K 132_L 0.93 0.24 0.08
760_I 183_L 0.92 0.24 0.08
395_E 173_R 0.92 0.23 0.08
208_C 257_Y 0.92 0.23 0.08
681_N 216_G 0.92 0.23 0.07
302_L 207_E 0.91 0.23 0.07
579_T 207_E 0.91 0.23 0.07
767_S 104_G 0.90 0.22 0.07
618_E 219_I 0.90 0.22 0.07
225_M 110_K 0.90 0.22 0.07
299_N 210_K 0.89 0.22 0.07
239_L 219_I 0.89 0.22 0.07
105_F 186_M 0.89 0.22 0.07
705_Q 13_S 0.89 0.21 0.07
121_P 122_F 0.88 0.21 0.06
335_S 123_Y 0.88 0.21 0.06
180_E 181_T 0.88 0.21 0.06
453_I 137_V 0.88 0.21 0.06
497_L 225_V 0.88 0.21 0.06
351_D 206_L 0.87 0.21 0.06
587_N 43_V 0.87 0.21 0.06
204_M 37_H 0.87 0.21 0.06
687_I 188_A 0.87 0.21 0.06
703_L 20_I 0.87 0.20 0.06
605_Y 111_E 0.87 0.20 0.06
710_S 219_I 0.87 0.20 0.06
687_I 122_F 0.87 0.20 0.06
520_P 254_L 0.87 0.20 0.06
513_N 149_L 0.86 0.20 0.06
258_Q 240_D 0.86 0.20 0.06
33_E 127_G 0.86 0.20 0.06
608_D 22_T 0.86 0.20 0.06
429_G 13_S 0.85 0.20 0.06
398_R 100_R 0.85 0.20 0.06
302_L 201_D 0.85 0.19 0.05
227_E 191_P 0.84 0.19 0.05
291_P 11_K 0.84 0.19 0.05
417_M 47_E 0.84 0.19 0.05
305_D 292_L 0.84 0.19 0.05
593_A 60_S 0.84 0.19 0.05
752_N 286_C 0.84 0.19 0.05
571_D 207_E 0.84 0.19 0.05
226_A 166_D 0.84 0.19 0.05
236_K 107_I 0.83 0.19 0.05
47_L 162_D 0.83 0.18 0.05
558_I 284_M 0.83 0.18 0.05
226_A 127_G 0.83 0.18 0.05
607_N 258_H 0.83 0.18 0.05
687_I 211_R 0.82 0.18 0.05
573_K 195_L 0.82 0.18 0.05
579_T 63_P 0.82 0.18 0.05
605_Y 172_L 0.82 0.18 0.05
657_A 247_I 0.82 0.18 0.05
605_Y 268_L 0.81 0.18 0.04
57_E 176_L 0.81 0.17 0.04
707_F 112_L 0.81 0.17 0.04
484_Q 192_G 0.81 0.17 0.04
10_K 207_E 0.81 0.17 0.04
349_N 225_V 0.81 0.17 0.04
663_L 132_L 0.80 0.17 0.04
684_T 126_S 0.80 0.17 0.04
342_N 49_M 0.80 0.17 0.04
664_C 204_R 0.80 0.17 0.04
683_P 27_K 0.79 0.17 0.04
507_G 181_T 0.79 0.17 0.04
587_N 274_K 0.79 0.17 0.04
218_Y 176_L 0.79 0.17 0.04
430_G 14_V 0.79 0.17 0.04
596_N 56_V 0.79 0.16 0.04
608_D 115_R 0.79 0.16 0.04
345_T 68_N 0.79 0.16 0.04
674_P 231_S 0.79 0.16 0.04
177_K 231_S 0.79 0.16 0.04
616_M 136_E 0.79 0.16 0.04
614_E 114_R 0.79 0.16 0.04
30_L 249_L 0.78 0.16 0.04
612_A 212_L 0.78 0.16 0.04
703_L 13_S 0.78 0.16 0.04
164_G 149_L 0.78 0.16 0.04
605_Y 201_D 0.78 0.16 0.04
108_S 48_L 0.78 0.16 0.04
573_K 84_K 0.78 0.16 0.04
694_D 279_P 0.78 0.16 0.04
725_V 249_L 0.78 0.16 0.04
706_R 14_V 0.78 0.16 0.04
440_F 14_V 0.78 0.16 0.04
184_K 232_D 0.78 0.16 0.04
143_A 30_P 0.78 0.16 0.04
265_F 209_L 0.78 0.16 0.04
630_R 20_I 0.78 0.16 0.04
69_I 147_E 0.78 0.16 0.04
146_A 208_N 0.77 0.16 0.04
454_P 112_L 0.77 0.15 0.04
255_T 211_R 0.77 0.15 0.04
177_K 233_E 0.77 0.15 0.04
442_K 245_N 0.77 0.15 0.04
41_S 54_R 0.77 0.15 0.04
680_T 271_T 0.77 0.15 0.04
378_N 100_R 0.77 0.15 0.04
602_T 160_N 0.77 0.15 0.04
346_G 130_V 0.76 0.15 0.03
724_L 14_V 0.76 0.15 0.03
571_D 184_Y 0.76 0.15 0.03
659_P 41_S 0.76 0.15 0.03
703_L 12_F 0.76 0.15 0.03
468_I 247_I 0.76 0.15 0.03
410_E 209_L 0.76 0.15 0.03
113_K 239_I 0.75 0.15 0.03
646_T 184_Y 0.75 0.15 0.03
657_A 6_I 0.75 0.15 0.03
610_D 160_N 0.75 0.15 0.03
492_A 20_I 0.75 0.15 0.03
310_L 225_V 0.75 0.15 0.03
223_R 266_P 0.75 0.15 0.03
570_F 238_M 0.75 0.15 0.03
736_I 257_Y 0.75 0.15 0.03
202_E 50_V 0.75 0.15 0.03
487_E 143_G 0.75 0.15 0.03
758_D 160_N 0.75 0.15 0.03
470_K 291_W 0.75 0.14 0.03
178_D 2_R 0.75 0.14 0.03
279_A 262_S 0.75 0.14 0.03
588_F 234_E 0.74 0.14 0.03
66_G 110_K 0.74 0.14 0.03
483_F 137_V 0.74 0.14 0.03
488_E 186_M 0.74 0.14 0.03
109_E 114_R 0.74 0.14 0.03
657_A 208_N 0.74 0.14 0.03
212_V 173_R 0.74 0.14 0.03
683_P 12_F 0.74 0.14 0.03
683_P 20_I 0.74 0.14 0.03
298_E 219_I 0.74 0.14 0.03
716_K 257_Y 0.74 0.14 0.03
184_K 289_K 0.74 0.14 0.03
663_L 31_L 0.74 0.14 0.03
29_V 94_R 0.74 0.14 0.03
258_Q 112_L 0.74 0.14 0.03
736_I 171_N 0.74 0.14 0.03
181_A 34_A 0.73 0.14 0.03
751_K 196_T 0.73 0.14 0.03
487_E 268_L 0.73 0.14 0.03
550_I 162_D 0.73 0.14 0.03
740_V 69_A 0.73 0.14 0.03
560_D 136_E 0.73 0.14 0.03
316_V 82_R 0.73 0.14 0.03
256_Y 242_V 0.73 0.14 0.03
258_Q 144_Y 0.73 0.14 0.03
141_L 218_K 0.73 0.14 0.03
657_A 30_P 0.73 0.14 0.03
176_K 54_R 0.73 0.14 0.03
732_D 42_Q 0.72 0.14 0.03
391_K 177_P 0.72 0.14 0.03
724_L 229_N 0.72 0.14 0.03
126_R 216_G 0.72 0.13 0.03
436_E 162_D 0.72 0.13 0.03
733_G 5_N 0.72 0.13 0.03
657_A 24_V 0.72 0.13 0.03
532_I 225_V 0.72 0.13 0.03
493_F 111_E 0.72 0.13 0.03
752_N 63_P 0.72 0.13 0.03
486_Y 237_K 0.72 0.13 0.03
305_D 202_N 0.72 0.13 0.03
734_H 13_S 0.72 0.13 0.03
243_E 112_L 0.72 0.13 0.03
626_E 212_L 0.72 0.13 0.03
740_V 63_P 0.72 0.13 0.03
628_T 167_V 0.72 0.13 0.03
711_V 11_K 0.72 0.13 0.03
324_P 254_L 0.72 0.13 0.03
657_A 39_P 0.72 0.13 0.03
771_N 225_V 0.72 0.13 0.03
307_A 230_S 0.72 0.13 0.03
719_D 117_V 0.72 0.13 0.03
230_T 76_G 0.72 0.13 0.03
779_D 287_L 0.71 0.13 0.03
588_F 257_Y 0.71 0.13 0.03
605_Y 142_M 0.71 0.13 0.03
369_E 118_R 0.71 0.13 0.03
371_K 118_R 0.71 0.13 0.03
198_K 236_R 0.71 0.13 0.03
238_L 160_N 0.71 0.13 0.03
392_R 230_S 0.71 0.13 0.03
216_K 54_R 0.71 0.13 0.03
604_K 14_V 0.71 0.13 0.03
687_I 157_I 0.71 0.13 0.03
706_R 5_N 0.71 0.13 0.03
175_L 161_I 0.71 0.13 0.03
529_D 154_G 0.71 0.13 0.03
665_A 144_Y 0.71 0.13 0.03
294_E 155_E 0.70 0.13 0.03
744_N 43_V 0.70 0.13 0.03
408_N 137_V 0.70 0.13 0.03
292_F 113_V 0.70 0.13 0.03
684_T 205_I 0.70 0.13 0.03
587_N 214_L 0.70 0.13 0.03
573_K 237_K 0.70 0.13 0.02
604_K 12_F 0.70 0.13 0.02
494_K 231_S 0.70 0.13 0.02
230_T 90_A 0.70 0.12 0.02
703_L 122_F 0.70 0.12 0.02
691_A 249_L 0.70 0.12 0.02
707_F 227_G 0.70 0.12 0.02
752_N 191_P 0.70 0.12 0.02
503_I 126_S 0.70 0.12 0.02
730_N 125_T 0.70 0.12 0.02
237_D 6_I 0.70 0.12 0.02
138_P 2_R 0.70 0.12 0.02
243_E 93_S 0.70 0.12 0.02
410_E 145_L 0.69 0.12 0.02
532_I 276_F 0.69 0.12 0.02
510_V 157_I 0.69 0.12 0.02
579_T 153_H 0.69 0.12 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2123 seconds.