May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
DaCutCD
Genes: A B A+B
Length: 846 310 1049
Sequences: 638 1142 555
Seq/Len: 0.75 3.68 0.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.64
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.41
2 0.01 0.01 0.45
5 0.01 0.01 0.47
10 0.01 0.01 0.47
20 0.01 0.01 0.48
100 0.02 0.04 0.48
∞ 0.10 0.08 0.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
743_K 126_F 2.25 0.94 0.72
783_T 125_P 1.71 0.73 0.32
743_K 122_E 1.24 0.38 0.08
349_Y 173_E 1.20 0.35 0.07
299_S 217_E 1.15 0.32 0.06
630_R 289_A 1.14 0.31 0.05
465_D 136_L 1.13 0.30 0.05
576_P 260_L 1.13 0.30 0.05
179_K 219_K 1.09 0.28 0.04
277_A 115_E 1.09 0.28 0.04
644_D 45_L 1.08 0.27 0.04
555_W 153_A 1.07 0.26 0.04
413_D 196_R 1.06 0.26 0.04
539_Y 141_V 1.06 0.26 0.04
345_M 206_E 1.06 0.26 0.04
644_D 280_I 1.06 0.26 0.04
628_D 210_S 1.04 0.25 0.04
472_L 49_Q 1.03 0.24 0.03
312_N 210_S 1.03 0.24 0.03
278_Y 127_Y 1.03 0.24 0.03
816_V 186_L 1.02 0.24 0.03
729_P 235_S 1.01 0.23 0.03
823_S 108_G 1.00 0.23 0.03
161_S 50_V 1.00 0.22 0.03
271_Y 294_V 0.99 0.22 0.03
636_Q 210_S 0.99 0.22 0.03
355_S 213_T 0.99 0.22 0.03
400_V 70_G 0.99 0.22 0.03
86_K 131_G 0.99 0.22 0.03
453_R 104_L 0.99 0.22 0.03
630_R 88_Q 0.98 0.21 0.03
641_L 116_L 0.98 0.21 0.03
627_Y 45_L 0.98 0.21 0.03
292_K 224_I 0.96 0.20 0.03
426_R 122_E 0.96 0.20 0.03
543_E 112_T 0.95 0.20 0.02
653_A 101_S 0.94 0.19 0.02
220_G 152_L 0.94 0.19 0.02
718_R 136_L 0.94 0.19 0.02
162_E 260_L 0.93 0.19 0.02
63_V 210_S 0.93 0.19 0.02
636_Q 65_P 0.93 0.19 0.02
630_R 136_L 0.93 0.19 0.02
675_L 209_L 0.92 0.18 0.02
313_F 144_Q 0.92 0.18 0.02
174_P 126_F 0.92 0.18 0.02
300_E 97_D 0.91 0.18 0.02
265_A 263_Y 0.91 0.18 0.02
83_A 255_F 0.91 0.18 0.02
714_A 43_G 0.91 0.18 0.02
644_D 151_L 0.91 0.18 0.02
835_D 294_V 0.91 0.18 0.02
283_A 112_T 0.91 0.18 0.02
261_V 39_S 0.90 0.18 0.02
348_F 245_Y 0.90 0.17 0.02
76_I 163_A 0.90 0.17 0.02
540_D 195_A 0.90 0.17 0.02
159_Y 153_A 0.90 0.17 0.02
803_L 90_I 0.90 0.17 0.02
243_Q 115_E 0.90 0.17 0.02
265_A 286_L 0.90 0.17 0.02
465_D 212_L 0.89 0.17 0.02
269_M 136_L 0.89 0.17 0.02
293_A 111_K 0.88 0.17 0.02
719_A 207_L 0.88 0.16 0.02
235_R 150_N 0.88 0.16 0.02
736_K 119_V 0.87 0.16 0.02
485_C 258_I 0.87 0.16 0.02
349_Y 150_N 0.87 0.16 0.02
831_K 182_V 0.87 0.16 0.02
631_K 66_V 0.87 0.16 0.02
312_N 214_W 0.87 0.16 0.02
779_T 130_S 0.86 0.16 0.02
350_R 296_A 0.86 0.16 0.02
641_L 207_L 0.86 0.16 0.02
627_Y 242_L 0.86 0.16 0.02
739_T 123_D 0.86 0.16 0.02
269_M 111_K 0.86 0.16 0.02
628_D 187_Y 0.86 0.16 0.02
118_H 114_S 0.85 0.15 0.01
740_A 113_I 0.85 0.15 0.01
633_T 49_Q 0.85 0.15 0.01
121_I 150_N 0.85 0.15 0.01
573_E 180_Q 0.85 0.15 0.01
335_G 268_V 0.85 0.15 0.01
426_R 224_I 0.84 0.15 0.01
670_M 178_A 0.84 0.15 0.01
235_R 237_D 0.84 0.15 0.01
543_E 178_A 0.84 0.15 0.01
354_D 222_V 0.84 0.15 0.01
544_K 189_V 0.84 0.15 0.01
553_I 228_L 0.84 0.15 0.01
349_Y 231_G 0.84 0.15 0.01
468_I 146_E 0.84 0.15 0.01
693_L 276_W 0.84 0.15 0.01
788_G 44_Q 0.84 0.15 0.01
808_H 65_P 0.84 0.15 0.01
406_E 209_L 0.84 0.15 0.01
275_L 179_A 0.83 0.15 0.01
627_Y 84_A 0.83 0.15 0.01
234_Q 56_L 0.83 0.14 0.01
348_F 295_E 0.83 0.14 0.01
627_Y 170_A 0.82 0.14 0.01
308_H 145_P 0.82 0.14 0.01
607_V 165_E 0.82 0.14 0.01
635_A 164_I 0.82 0.14 0.01
71_K 239_L 0.82 0.14 0.01
166_K 156_K 0.82 0.14 0.01
650_Q 62_A 0.82 0.14 0.01
235_R 235_S 0.82 0.14 0.01
497_R 249_Y 0.82 0.14 0.01
311_S 222_V 0.82 0.14 0.01
808_H 293_R 0.81 0.14 0.01
585_E 116_L 0.81 0.14 0.01
529_V 169_Y 0.81 0.14 0.01
646_A 87_A 0.81 0.14 0.01
538_Q 243_V 0.81 0.14 0.01
615_Y 291_L 0.80 0.14 0.01
452_I 291_L 0.80 0.13 0.01
293_A 109_E 0.80 0.13 0.01
811_K 196_R 0.80 0.13 0.01
99_L 165_E 0.80 0.13 0.01
397_N 51_L 0.80 0.13 0.01
413_D 215_L 0.80 0.13 0.01
400_V 64_V 0.79 0.13 0.01
695_H 182_V 0.79 0.13 0.01
545_F 274_L 0.79 0.13 0.01
355_S 54_E 0.79 0.13 0.01
284_A 194_S 0.79 0.13 0.01
259_K 52_Y 0.79 0.13 0.01
286_E 112_T 0.79 0.13 0.01
763_L 116_L 0.79 0.13 0.01
289_P 196_R 0.79 0.13 0.01
812_Y 269_G 0.79 0.13 0.01
797_L 110_Q 0.79 0.13 0.01
94_L 56_L 0.79 0.13 0.01
188_Q 141_V 0.79 0.13 0.01
541_T 47_Q 0.79 0.13 0.01
684_R 170_A 0.79 0.13 0.01
584_Y 163_A 0.78 0.13 0.01
735_Y 277_E 0.78 0.13 0.01
413_D 145_P 0.78 0.13 0.01
353_I 282_G 0.78 0.13 0.01
296_Q 222_V 0.78 0.13 0.01
447_K 234_D 0.77 0.12 0.01
233_I 164_I 0.77 0.12 0.01
788_G 202_G 0.77 0.12 0.01
372_V 86_G 0.77 0.12 0.01
350_R 158_H 0.77 0.12 0.01
632_Y 112_T 0.77 0.12 0.01
627_Y 240_R 0.77 0.12 0.01
203_V 169_Y 0.77 0.12 0.01
424_H 122_E 0.77 0.12 0.01
814_D 258_I 0.77 0.12 0.01
813_R 176_M 0.77 0.12 0.01
352_D 208_I 0.77 0.12 0.01
739_T 126_F 0.77 0.12 0.01
635_A 207_L 0.77 0.12 0.01
796_Y 65_P 0.77 0.12 0.01
714_A 178_A 0.77 0.12 0.01
542_Y 223_K 0.77 0.12 0.01
622_I 257_G 0.76 0.12 0.01
82_V 98_V 0.76 0.12 0.01
701_S 187_Y 0.76 0.12 0.01
807_K 90_I 0.76 0.12 0.01
282_L 276_W 0.76 0.12 0.01
787_L 126_F 0.76 0.12 0.01
152_S 120_I 0.76 0.12 0.01
137_E 302_D 0.76 0.12 0.01
109_E 179_A 0.76 0.12 0.01
786_M 50_V 0.76 0.12 0.01
663_N 264_H 0.76 0.12 0.01
796_Y 71_V 0.76 0.12 0.01
550_K 58_V 0.76 0.12 0.01
623_K 212_L 0.76 0.12 0.01
748_M 168_G 0.76 0.12 0.01
345_M 168_G 0.75 0.12 0.01
64_K 217_E 0.75 0.12 0.01
280_A 118_E 0.75 0.12 0.01
555_W 165_E 0.75 0.12 0.01
86_K 127_Y 0.75 0.12 0.01
315_E 147_A 0.75 0.12 0.01
653_A 289_A 0.75 0.12 0.01
819_V 150_N 0.75 0.12 0.01
542_Y 241_G 0.75 0.12 0.01
749_A 286_L 0.75 0.12 0.01
415_T 72_H 0.74 0.12 0.01
771_P 182_V 0.74 0.12 0.01
348_F 160_I 0.74 0.11 0.01
415_T 212_L 0.74 0.11 0.01
292_K 115_E 0.74 0.11 0.01
404_T 228_L 0.74 0.11 0.01
543_E 269_G 0.74 0.11 0.01
130_R 165_E 0.74 0.11 0.01
794_F 271_Y 0.74 0.11 0.01
716_G 188_D 0.74 0.11 0.01
716_G 190_K 0.74 0.11 0.01
242_E 296_A 0.74 0.11 0.01
289_P 213_T 0.74 0.11 0.01
664_D 122_E 0.74 0.11 0.01
701_S 165_E 0.74 0.11 0.01
317_I 248_P 0.74 0.11 0.01
544_K 127_Y 0.74 0.11 0.01
445_L 108_G 0.73 0.11 0.01
527_K 51_L 0.73 0.11 0.01
633_T 267_G 0.73 0.11 0.01
622_I 111_K 0.73 0.11 0.01
442_Q 150_N 0.73 0.11 0.01
768_L 152_L 0.73 0.11 0.01
518_N 213_T 0.73 0.11 0.01
732_G 239_L 0.73 0.11 0.01
804_D 272_K 0.73 0.11 0.01
433_A 104_L 0.73 0.11 0.01
778_I 228_L 0.73 0.11 0.01
645_F 204_R 0.73 0.11 0.01
162_E 167_C 0.73 0.11 0.01
253_D 194_S 0.73 0.11 0.01
357_R 204_R 0.73 0.11 0.01
527_K 160_I 0.73 0.11 0.01
555_W 181_Y 0.73 0.11 0.01
239_E 160_I 0.73 0.11 0.01
280_A 272_K 0.73 0.11 0.01
797_L 230_R 0.72 0.11 0.01
358_L 256_K 0.72 0.11 0.01
643_A 87_A 0.72 0.11 0.01
69_F 193_D 0.72 0.11 0.01
547_A 73_T 0.72 0.11 0.01
255_I 240_R 0.72 0.11 0.01
618_S 161_N 0.72 0.11 0.01
541_T 106_V 0.72 0.11 0.01
83_A 127_Y 0.72 0.11 0.01
798_D 53_K 0.72 0.11 0.01
191_E 134_V 0.72 0.11 0.01
253_D 147_A 0.72 0.11 0.01
763_L 231_G 0.72 0.11 0.01
315_E 116_L 0.72 0.11 0.01
399_C 274_L 0.72 0.11 0.01
674_D 207_L 0.72 0.11 0.01
259_K 293_R 0.72 0.11 0.01
366_L 228_L 0.72 0.11 0.01
86_K 244_E 0.71 0.11 0.01
233_I 95_C 0.71 0.10 0.01
158_F 123_D 0.71 0.10 0.01
354_D 284_P 0.71 0.10 0.01
313_F 201_T 0.71 0.10 0.01
516_V 159_G 0.71 0.10 0.01
646_A 114_S 0.71 0.10 0.01
780_L 262_P 0.71 0.10 0.01
303_A 236_E 0.71 0.10 0.01
639_E 45_L 0.71 0.10 0.01
465_D 148_A 0.71 0.10 0.01
807_K 64_V 0.71 0.10 0.01
366_L 260_L 0.71 0.10 0.01
811_K 48_Y 0.71 0.10 0.01
509_W 152_L 0.71 0.10 0.01
787_L 125_P 0.71 0.10 0.01
296_Q 65_P 0.71 0.10 0.01
406_E 115_E 0.71 0.10 0.01
620_A 193_D 0.71 0.10 0.01
308_H 109_E 0.71 0.10 0.01
803_L 285_A 0.71 0.10 0.01
443_K 136_L 0.71 0.10 0.01
100_R 228_L 0.71 0.10 0.01
509_W 134_V 0.71 0.10 0.01
464_D 165_E 0.71 0.10 0.01
672_A 140_E 0.70 0.10 0.01
666_D 73_T 0.70 0.10 0.01
576_P 243_V 0.70 0.10 0.01
803_L 122_E 0.70 0.10 0.01
577_K 203_V 0.70 0.10 0.01
763_L 228_L 0.70 0.10 0.01
179_K 146_E 0.70 0.10 0.01
315_E 162_T 0.70 0.10 0.01
783_T 195_A 0.70 0.10 0.01
314_W 224_I 0.70 0.10 0.01
166_K 243_V 0.70 0.10 0.01
292_K 177_K 0.70 0.10 0.01
661_Y 265_K 0.70 0.10 0.01
622_I 119_V 0.70 0.10 0.01
227_K 88_Q 0.70 0.10 0.01
354_D 171_K 0.70 0.10 0.01
786_M 129_T 0.70 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13052 0.53 DaCutCD Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.72 Done - Shared
3436 0.45 CutCD Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.41 Done - Shared
Page generated in 0.6469 seconds.