May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vulC vulB redo
Genes: A B A+B
Length: 610 144 676
Sequences: 460 268 137
Seq/Len: 0.75 1.86 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.05
2 0.00 0.00 0.16
5 0.01 0.00 0.18
10 0.01 0.01 0.18
20 0.01 0.01 0.18
100 0.02 0.01 0.18
∞ 0.08 0.05 0.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
378_L 112_V 1.48 0.31 0.00
331_Q 97_W 1.48 0.31 0.00
587_L 24_A 1.47 0.30 0.00
228_D 97_W 1.47 0.30 0.00
232_G 77_C 1.42 0.28 0.00
232_G 109_H 1.42 0.28 0.00
235_S 77_C 1.42 0.28 0.00
235_S 109_H 1.42 0.28 0.00
334_G 77_C 1.42 0.28 0.00
334_G 109_H 1.42 0.28 0.00
482_P 77_C 1.42 0.28 0.00
482_P 109_H 1.42 0.28 0.00
174_G 82_V 1.40 0.27 0.00
198_L 19_L 1.39 0.26 0.00
237_S 98_C 1.34 0.24 0.00
230_S 111_W 1.33 0.24 0.00
234_D 77_C 1.32 0.24 0.00
234_D 109_H 1.32 0.24 0.00
64_G 135_P 1.32 0.23 0.00
336_G 105_P 1.31 0.23 0.00
268_W 1_M 1.30 0.23 0.00
225_L 22_R 1.29 0.22 0.00
232_G 111_W 1.27 0.21 0.00
235_S 111_W 1.27 0.21 0.00
334_G 111_W 1.27 0.21 0.00
482_P 111_W 1.27 0.21 0.00
561_V 34_L 1.26 0.21 0.00
391_L 81_S 1.25 0.20 0.00
232_G 100_G 1.24 0.20 0.00
235_S 100_G 1.24 0.20 0.00
334_G 100_G 1.24 0.20 0.00
482_P 100_G 1.24 0.20 0.00
171_L 27_A 1.24 0.20 0.00
511_A 73_A 1.23 0.20 0.00
228_D 105_P 1.23 0.20 0.00
517_I 51_R 1.23 0.20 0.00
306_P 110_A 1.22 0.19 0.00
547_L 14_P 1.21 0.19 0.00
485_D 110_A 1.21 0.19 0.00
449_A 39_L 1.21 0.19 0.00
295_D 65_V 1.19 0.18 0.00
74_L 5_V 1.18 0.18 0.00
230_S 100_G 1.18 0.18 0.00
330_L 35_P 1.18 0.18 0.00
529_G 79_Q 1.17 0.18 0.00
234_D 111_W 1.17 0.18 0.00
65_T 2_S 1.17 0.17 0.00
138_I 112_V 1.17 0.17 0.00
142_I 35_P 1.17 0.17 0.00
587_L 78_L 1.17 0.17 0.00
154_Q 42_V 1.16 0.17 0.00
230_S 77_C 1.16 0.17 0.00
230_S 109_H 1.16 0.17 0.00
337_G 77_C 1.15 0.17 0.00
337_G 109_H 1.15 0.17 0.00
265_D 97_W 1.14 0.17 0.00
383_R 82_V 1.14 0.17 0.00
185_H 56_A 1.13 0.16 0.00
294_T 82_V 1.12 0.16 0.00
234_D 100_G 1.12 0.16 0.00
483_Y 38_R 1.12 0.16 0.00
165_W 36_P 1.11 0.16 0.00
495_V 88_C 1.11 0.15 0.00
485_D 100_G 1.11 0.15 0.00
532_S 85_V 1.10 0.15 0.00
239_A 27_A 1.10 0.15 0.00
593_L 34_L 1.10 0.15 0.00
237_S 36_P 1.09 0.15 0.00
484_L 58_A 1.09 0.15 0.00
147_L 83_A 1.08 0.15 0.00
233_M 54_T 1.08 0.15 0.00
346_S 123_E 1.08 0.14 0.00
150_H 73_A 1.08 0.14 0.00
343_P 118_P 1.08 0.14 0.00
389_Q 137_A 1.07 0.14 0.00
174_G 85_V 1.07 0.14 0.00
231_G 77_C 1.07 0.14 0.00
231_G 109_H 1.07 0.14 0.00
592_W 105_P 1.07 0.14 0.00
549_L 56_A 1.07 0.14 0.00
405_P 27_A 1.07 0.14 0.00
315_V 6_V 1.07 0.14 0.00
462_G 82_V 1.06 0.14 0.00
63_F 9_R 1.06 0.14 0.00
90_V 57_E 1.06 0.14 0.00
492_A 35_P 1.06 0.14 0.00
561_V 40_R 1.06 0.14 0.00
537_A 41_R 1.05 0.14 0.00
129_D 25_V 1.05 0.14 0.00
139_G 26_T 1.05 0.14 0.00
570_L 99_T 1.04 0.14 0.00
560_L 112_V 1.04 0.13 0.00
98_V 49_G 1.04 0.13 0.00
555_L 105_P 1.04 0.13 0.00
94_Y 20_L 1.03 0.13 0.00
583_V 128_F 1.03 0.13 0.00
107_Q 87_L 1.03 0.13 0.00
583_V 64_A 1.03 0.13 0.00
338_D 105_P 1.03 0.13 0.00
585_T 39_L 1.02 0.13 0.00
134_L 89_R 1.02 0.13 0.00
173_P 95_P 1.02 0.13 0.00
359_S 80_R 1.02 0.13 0.00
306_P 77_C 1.02 0.13 0.00
306_P 109_H 1.02 0.13 0.00
127_A 36_P 1.01 0.13 0.00
178_R 82_V 1.01 0.12 0.00
179_I 60_R 1.01 0.12 0.00
147_L 78_L 1.01 0.12 0.00
127_A 99_T 1.00 0.12 0.00
237_S 26_T 1.00 0.12 0.00
528_K 105_P 1.00 0.12 0.00
561_V 60_R 1.00 0.12 0.00
92_G 77_C 1.00 0.12 0.00
92_G 109_H 1.00 0.12 0.00
190_W 50_A 1.00 0.12 0.00
109_S 73_A 0.99 0.12 0.00
371_R 107_R 0.99 0.12 0.00
108_G 88_C 0.99 0.12 0.00
433_L 84_T 0.99 0.12 0.00
238_L 124_D 0.99 0.12 0.00
231_G 110_A 0.99 0.12 0.00
254_I 45_V 0.99 0.12 0.00
542_H 82_V 0.99 0.12 0.00
78_G 115_A 0.98 0.12 0.00
117_F 115_A 0.98 0.12 0.00
270_L 114_V 0.98 0.12 0.00
225_L 39_L 0.98 0.12 0.00
337_G 111_W 0.98 0.12 0.00
493_L 100_G 0.98 0.12 0.00
158_P 68_V 0.98 0.12 0.00
136_A 37_A 0.98 0.12 0.00
116_V 30_F 0.98 0.12 0.00
534_E 42_V 0.97 0.12 0.00
232_G 110_A 0.97 0.12 0.00
235_S 110_A 0.97 0.12 0.00
334_G 110_A 0.97 0.12 0.00
482_P 110_A 0.97 0.12 0.00
513_A 111_W 0.97 0.12 0.00
77_S 135_P 0.96 0.11 0.00
183_G 86_L 0.96 0.11 0.00
340_L 66_V 0.96 0.11 0.00
93_S 47_A 0.96 0.11 0.00
176_Y 82_V 0.96 0.11 0.00
204_A 92_G 0.96 0.11 0.00
218_R 58_A 0.96 0.11 0.00
497_L 101_V 0.96 0.11 0.00
393_T 135_P 0.96 0.11 0.00
487_Q 119_V 0.95 0.11 0.00
559_G 105_P 0.95 0.11 0.00
530_E 112_V 0.95 0.11 0.00
375_G 82_V 0.95 0.11 0.00
202_E 112_V 0.95 0.11 0.00
408_P 21_A 0.95 0.11 0.00
559_G 113_E 0.94 0.11 0.00
592_W 81_S 0.94 0.11 0.00
72_R 35_P 0.94 0.11 0.00
179_I 46_V 0.94 0.11 0.00
367_R 73_A 0.94 0.11 0.00
514_M 96_D 0.94 0.11 0.00
504_E 88_C 0.94 0.11 0.00
507_K 110_A 0.94 0.11 0.00
60_L 115_A 0.93 0.11 0.00
360_V 31_L 0.93 0.11 0.00
107_Q 88_C 0.93 0.11 0.00
378_L 84_T 0.93 0.11 0.00
96_A 128_F 0.93 0.11 0.00
195_S 82_V 0.93 0.11 0.00
592_W 113_E 0.93 0.11 0.00
347_F 126_Q 0.93 0.10 0.00
95_H 88_C 0.93 0.10 0.00
519_P 96_D 0.93 0.10 0.00
341_F 66_V 0.93 0.10 0.00
143_D 31_L 0.92 0.10 0.00
114_H 102_R 0.92 0.10 0.00
467_L 2_S 0.92 0.10 0.00
345_P 97_W 0.92 0.10 0.00
329_P 35_P 0.92 0.10 0.00
346_S 82_V 0.92 0.10 0.00
425_E 122_G 0.92 0.10 0.00
81_A 9_R 0.92 0.10 0.00
310_S 125_V 0.92 0.10 0.00
484_L 105_P 0.92 0.10 0.00
207_V 2_S 0.92 0.10 0.00
456_Q 22_R 0.92 0.10 0.00
234_D 78_L 0.92 0.10 0.00
554_R 24_A 0.92 0.10 0.00
103_E 82_V 0.92 0.10 0.00
566_V 43_L 0.91 0.10 0.00
427_V 27_A 0.91 0.10 0.00
548_A 45_V 0.91 0.10 0.00
179_I 115_A 0.91 0.10 0.00
511_A 99_T 0.91 0.10 0.00
314_A 83_A 0.91 0.10 0.00
331_Q 105_P 0.91 0.10 0.00
138_I 55_R 0.91 0.10 0.00
337_G 100_G 0.91 0.10 0.00
486_D 72_C 0.90 0.10 0.00
74_L 27_A 0.90 0.10 0.00
488_V 68_V 0.90 0.10 0.00
340_L 79_Q 0.90 0.10 0.00
519_P 77_C 0.90 0.10 0.00
519_P 109_H 0.90 0.10 0.00
462_G 6_V 0.90 0.10 0.00
489_V 90_A 0.90 0.10 0.00
456_Q 98_C 0.90 0.10 0.00
129_D 83_A 0.90 0.10 0.00
327_A 78_L 0.90 0.10 0.00
330_L 65_V 0.90 0.10 0.00
540_R 60_R 0.90 0.10 0.00
523_L 118_P 0.90 0.10 0.00
64_G 96_D 0.90 0.10 0.00
338_D 111_W 0.90 0.10 0.00
443_P 88_C 0.90 0.10 0.00
333_T 15_F 0.90 0.10 0.00
549_L 52_P 0.89 0.10 0.00
116_V 27_A 0.89 0.10 0.00
74_L 9_R 0.89 0.10 0.00
391_L 118_P 0.89 0.10 0.00
485_D 77_C 0.89 0.10 0.00
485_D 109_H 0.89 0.10 0.00
231_G 111_W 0.89 0.10 0.00
94_Y 104_Q 0.89 0.10 0.00
251_L 90_A 0.89 0.10 0.00
513_A 110_A 0.89 0.10 0.00
341_F 79_Q 0.89 0.10 0.00
65_T 138_T 0.89 0.10 0.00
207_V 90_A 0.89 0.10 0.00
109_S 72_C 0.89 0.10 0.00
453_E 99_T 0.89 0.10 0.00
200_L 117_C 0.88 0.10 0.00
73_A 6_V 0.88 0.10 0.00
549_L 92_G 0.88 0.10 0.00
71_L 8_E 0.88 0.10 0.00
108_G 97_W 0.88 0.10 0.00
503_A 96_D 0.88 0.10 0.00
345_P 37_A 0.88 0.10 0.00
486_D 94_W 0.88 0.10 0.00
528_K 132_M 0.88 0.10 0.00
255_R 99_T 0.88 0.10 0.00
564_T 12_H 0.88 0.09 0.00
73_A 7_P 0.87 0.09 0.00
65_T 8_E 0.87 0.09 0.00
597_E 133_R 0.87 0.09 0.00
161_G 22_R 0.87 0.09 0.00
81_A 11_T 0.87 0.09 0.00
266_A 108_A 0.87 0.09 0.00
164_V 51_R 0.87 0.09 0.00
412_W 43_L 0.87 0.09 0.00
522_L 96_D 0.87 0.09 0.00
461_C 101_V 0.86 0.09 0.00
363_L 108_A 0.86 0.09 0.00
269_A 118_P 0.86 0.09 0.00
494_S 70_S 0.86 0.09 0.00
182_D 58_A 0.86 0.09 0.00
549_L 49_G 0.86 0.09 0.00
154_Q 133_R 0.86 0.09 0.00
306_P 111_W 0.86 0.09 0.00
488_V 28_A 0.86 0.09 0.00
191_W 80_R 0.86 0.09 0.00
485_D 65_V 0.86 0.09 0.00
173_P 24_A 0.86 0.09 0.00
280_E 59_L 0.86 0.09 0.00
229_F 108_A 0.86 0.09 0.00
197_E 6_V 0.86 0.09 0.00
133_T 131_L 0.86 0.09 0.00
398_L 35_P 0.85 0.09 0.00
77_S 6_V 0.85 0.09 0.00
338_D 77_C 0.85 0.09 0.00
338_D 109_H 0.85 0.09 0.00
338_D 113_E 0.85 0.09 0.00
487_Q 24_A 0.85 0.09 0.00
425_E 51_R 0.85 0.09 0.00
60_L 60_R 0.85 0.09 0.00
292_S 4_P 0.85 0.09 0.00
310_S 24_A 0.85 0.09 0.00
188_V 65_V 0.85 0.09 0.00
488_V 56_A 0.85 0.09 0.00
351_L 53_A 0.84 0.09 0.00
203_G 107_R 0.84 0.09 0.00
295_D 99_T 0.84 0.09 0.00
555_L 81_S 0.84 0.09 0.00
128_A 131_L 0.84 0.09 0.00
78_G 9_R 0.84 0.09 0.00
115_E 114_V 0.84 0.09 0.00
555_L 121_E 0.84 0.09 0.00
234_D 110_A 0.84 0.09 0.00
77_S 4_P 0.83 0.09 0.00
205_R 31_L 0.83 0.09 0.00
92_G 111_W 0.83 0.09 0.00
333_T 41_R 0.83 0.09 0.00
165_W 73_A 0.83 0.09 0.00
198_L 58_A 0.83 0.09 0.00
321_R 25_V 0.83 0.09 0.00
541_H 104_Q 0.83 0.09 0.00
214_A 128_F 0.83 0.09 0.00
66_T 9_R 0.83 0.09 0.00
449_A 129_Q 0.83 0.09 0.00
309_W 82_V 0.83 0.09 0.00
215_V 101_V 0.83 0.09 0.00
59_L 35_P 0.83 0.09 0.00
60_L 8_E 0.83 0.09 0.00
237_S 96_D 0.83 0.09 0.00
302_D 71_K 0.83 0.09 0.00
108_G 94_W 0.82 0.08 0.00
72_R 8_E 0.82 0.08 0.00
152_L 49_G 0.82 0.08 0.00
422_A 9_R 0.82 0.08 0.00
589_C 50_A 0.82 0.08 0.00
382_L 65_V 0.82 0.08 0.00
540_R 81_S 0.82 0.08 0.00
71_L 137_A 0.82 0.08 0.00
411_G 84_T 0.82 0.08 0.00
137_R 119_V 0.82 0.08 0.00
315_V 81_S 0.82 0.08 0.00
132_D 50_A 0.82 0.08 0.00
231_G 100_G 0.82 0.08 0.00
205_R 24_A 0.82 0.08 0.00
472_T 96_D 0.81 0.08 0.00
81_A 135_P 0.81 0.08 0.00
75_S 112_V 0.81 0.08 0.00
148_V 46_V 0.81 0.08 0.00
337_G 39_L 0.81 0.08 0.00
439_A 115_A 0.81 0.08 0.00
348_Y 22_R 0.81 0.08 0.00
269_A 105_P 0.81 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13048 0.2 vulC vulB redo Δgene:(1, 100) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
13046 0 Lydia Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
12981 0.13 CB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
12980 0.09 vulC vulB Δgene:(1, 100) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
12979 0.13 vulC vulB Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.8216 seconds.