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OPENSEQ.org
NifBNifE-coev
Genes: A B A+B
Length: 503 483 873
Sequences: 295 2185 210
Seq/Len: 0.59 4.52 0.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.56
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.53 0.08
2 0.02 0.55 0.09
5 0.03 0.55 0.12
10 0.03 0.57 0.17
20 0.03 0.59 0.21
100 0.04 0.60 0.25
∞ 0.06 0.61 0.26
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
233_V 128_V 1.94 0.63 0.01
201_A 242_Y 1.51 0.37 0.00
250_A 157_I 1.51 0.37 0.00
382_T 114_I 1.50 0.36 0.00
238_L 206_V 1.49 0.36 0.00
378_M 179_M 1.48 0.35 0.00
161_E 306_A 1.46 0.34 0.00
167_I 114_I 1.40 0.30 0.00
230_I 229_G 1.35 0.28 0.00
459_L 274_G 1.33 0.27 0.00
382_T 165_Y 1.32 0.27 0.00
57_A 101_V 1.32 0.26 0.00
165_H 179_M 1.31 0.26 0.00
388_I 395_K 1.29 0.25 0.00
110_P 53_A 1.28 0.24 0.00
395_A 251_A 1.27 0.24 0.00
148_V 128_V 1.26 0.23 0.00
97_Q 178_A 1.23 0.22 0.00
52_A 332_G 1.23 0.22 0.00
201_A 254_N 1.22 0.22 0.00
249_G 57_V 1.22 0.22 0.00
388_I 286_T 1.18 0.20 0.00
278_P 310_A 1.18 0.20 0.00
479_V 415_A 1.18 0.20 0.00
250_A 435_G 1.18 0.20 0.00
410_F 371_K 1.16 0.19 0.00
135_R 384_M 1.14 0.19 0.00
174_I 82_S 1.13 0.18 0.00
220_G 266_A 1.12 0.18 0.00
277_E 224_L 1.12 0.18 0.00
442_G 57_V 1.12 0.18 0.00
128_K 225_L 1.12 0.18 0.00
228_V 130_N 1.12 0.18 0.00
181_I 233_L 1.10 0.17 0.00
464_I 423_L 1.10 0.17 0.00
135_R 146_K 1.09 0.17 0.00
233_V 271_E 1.09 0.17 0.00
103_K 226_D 1.08 0.16 0.00
225_V 147_A 1.07 0.16 0.00
245_V 420_V 1.07 0.16 0.00
78_Y 37_K 1.07 0.16 0.00
256_M 167_T 1.06 0.16 0.00
210_Q 245_V 1.06 0.16 0.00
137_L 151_R 1.06 0.16 0.00
201_A 441_E 1.06 0.16 0.00
446_V 151_R 1.06 0.16 0.00
246_K 400_Y 1.06 0.15 0.00
105_V 110_L 1.05 0.15 0.00
155_L 311_L 1.05 0.15 0.00
174_I 363_T 1.05 0.15 0.00
227_S 330_L 1.05 0.15 0.00
233_V 404_I 1.05 0.15 0.00
201_A 266_A 1.04 0.15 0.00
96_E 208_L 1.04 0.15 0.00
201_A 392_V 1.04 0.15 0.00
99_V 112_H 1.03 0.15 0.00
457_S 141_V 1.03 0.15 0.00
177_V 156_V 1.03 0.15 0.00
266_T 206_V 1.03 0.14 0.00
73_Y 405_L 1.02 0.14 0.00
221_I 206_V 1.02 0.14 0.00
316_E 274_G 1.02 0.14 0.00
464_I 281_S 1.02 0.14 0.00
161_E 146_K 1.01 0.14 0.00
269_G 283_Y 1.01 0.14 0.00
53_H 170_L 1.01 0.14 0.00
196_I 434_A 1.01 0.14 0.00
398_F 134_P 1.01 0.14 0.00
132_D 228_L 1.01 0.14 0.00
125_A 77_N 1.01 0.14 0.00
456_W 446_L 1.00 0.14 0.00
321_K 208_L 1.00 0.14 0.00
401_Y 152_F 1.00 0.14 0.00
125_A 415_A 0.99 0.14 0.00
265_G 349_S 0.99 0.14 0.00
253_H 365_K 0.99 0.13 0.00
376_V 178_A 0.99 0.13 0.00
241_V 405_L 0.99 0.13 0.00
206_I 374_I 0.99 0.13 0.00
450_K 405_L 0.99 0.13 0.00
398_F 139_D 0.98 0.13 0.00
252_L 419_R 0.98 0.13 0.00
220_G 276_P 0.98 0.13 0.00
66_A 288_T 0.98 0.13 0.00
443_C 57_V 0.98 0.13 0.00
149_S 51_Q 0.97 0.13 0.00
287_A 371_K 0.97 0.13 0.00
225_V 206_V 0.97 0.13 0.00
406_S 57_V 0.97 0.13 0.00
131_L 37_K 0.97 0.13 0.00
229_M 179_M 0.96 0.13 0.00
250_A 381_D 0.96 0.13 0.00
150_T 46_S 0.96 0.13 0.00
150_T 439_M 0.96 0.12 0.00
89_V 130_N 0.96 0.12 0.00
208_Q 374_I 0.96 0.12 0.00
438_R 450_L 0.96 0.12 0.00
105_V 125_A 0.96 0.12 0.00
449_S 222_L 0.96 0.12 0.00
411_I 270_Q 0.96 0.12 0.00
227_S 277_W 0.96 0.12 0.00
202_A 183_V 0.96 0.12 0.00
96_E 310_A 0.95 0.12 0.00
241_V 52_I 0.95 0.12 0.00
318_T 100_D 0.95 0.12 0.00
263_E 401_Q 0.95 0.12 0.00
478_A 55_L 0.95 0.12 0.00
442_G 240_A 0.95 0.12 0.00
113_S 453_P 0.95 0.12 0.00
477_E 404_I 0.95 0.12 0.00
158_C 57_V 0.95 0.12 0.00
210_Q 181_K 0.95 0.12 0.00
146_L 298_L 0.95 0.12 0.00
277_E 274_G 0.95 0.12 0.00
398_F 260_K 0.94 0.12 0.00
247_A 314_R 0.94 0.12 0.00
350_K 380_D 0.94 0.12 0.00
150_T 445_Q 0.94 0.12 0.00
309_L 159_V 0.94 0.12 0.00
461_T 347_V 0.94 0.12 0.00
143_D 400_Y 0.93 0.12 0.00
400_V 406_I 0.93 0.12 0.00
233_V 372_A 0.93 0.12 0.00
192_N 335_V 0.93 0.12 0.00
185_I 394_L 0.92 0.12 0.00
235_D 271_E 0.92 0.11 0.00
78_Y 262_M 0.92 0.11 0.00
177_V 253_V 0.92 0.11 0.00
277_E 273_Y 0.92 0.11 0.00
218_A 259_S 0.92 0.11 0.00
125_A 414_T 0.92 0.11 0.00
464_I 404_I 0.92 0.11 0.00
443_C 89_R 0.92 0.11 0.00
63_V 355_G 0.91 0.11 0.00
311_E 153_G 0.91 0.11 0.00
89_V 128_V 0.91 0.11 0.00
189_I 242_Y 0.91 0.11 0.00
265_G 377_L 0.91 0.11 0.00
241_V 392_V 0.91 0.11 0.00
167_I 71_A 0.91 0.11 0.00
57_A 117_A 0.90 0.11 0.00
382_T 386_D 0.90 0.11 0.00
126_N 77_N 0.90 0.11 0.00
481_A 179_M 0.90 0.11 0.00
134_F 378_M 0.90 0.11 0.00
189_I 450_L 0.90 0.11 0.00
430_E 178_A 0.90 0.11 0.00
51_E 114_I 0.89 0.11 0.00
137_L 248_M 0.89 0.11 0.00
205_L 371_K 0.89 0.11 0.00
196_I 337_L 0.89 0.11 0.00
56_F 417_K 0.89 0.11 0.00
136_M 251_A 0.89 0.11 0.00
148_V 244_E 0.89 0.11 0.00
166_N 151_R 0.88 0.11 0.00
240_E 332_G 0.88 0.11 0.00
381_A 159_V 0.88 0.10 0.00
282_Q 102_I 0.88 0.10 0.00
382_T 288_T 0.88 0.10 0.00
281_L 212_Y 0.88 0.10 0.00
382_T 213_N 0.88 0.10 0.00
162_L 457_A 0.88 0.10 0.00
159_V 400_Y 0.88 0.10 0.00
181_I 450_L 0.88 0.10 0.00
306_V 157_I 0.88 0.10 0.00
163_A 156_V 0.88 0.10 0.00
240_E 185_G 0.88 0.10 0.00
400_V 153_G 0.88 0.10 0.00
138_S 60_V 0.88 0.10 0.00
283_D 242_Y 0.88 0.10 0.00
446_V 276_P 0.88 0.10 0.00
398_F 110_L 0.88 0.10 0.00
189_I 177_E 0.88 0.10 0.00
162_L 149_A 0.88 0.10 0.00
128_K 206_V 0.88 0.10 0.00
310_G 405_L 0.87 0.10 0.00
340_H 407_A 0.87 0.10 0.00
448_C 126_V 0.87 0.10 0.00
323_E 310_A 0.87 0.10 0.00
99_V 266_A 0.87 0.10 0.00
137_L 218_F 0.87 0.10 0.00
194_K 96_L 0.87 0.10 0.00
382_T 234_C 0.87 0.10 0.00
178_D 110_L 0.87 0.10 0.00
182_G 397_V 0.87 0.10 0.00
149_S 361_T 0.87 0.10 0.00
162_L 334_R 0.87 0.10 0.00
189_I 230_L 0.87 0.10 0.00
160_E 359_V 0.86 0.10 0.00
73_Y 374_I 0.86 0.10 0.00
245_V 334_R 0.86 0.10 0.00
344_K 240_A 0.86 0.10 0.00
443_C 240_A 0.86 0.10 0.00
454_E 82_S 0.86 0.10 0.00
252_L 439_M 0.86 0.10 0.00
153_L 408_G 0.86 0.10 0.00
228_V 413_Y 0.85 0.10 0.00
105_V 78_R 0.85 0.10 0.00
237_H 94_T 0.85 0.10 0.00
154_A 406_I 0.85 0.10 0.00
401_Y 39_G 0.85 0.10 0.00
442_G 414_T 0.85 0.10 0.00
259_I 292_L 0.85 0.10 0.00
42_V 248_M 0.85 0.10 0.00
109_I 413_Y 0.85 0.10 0.00
161_E 406_I 0.85 0.10 0.00
258_L 229_G 0.85 0.10 0.00
136_M 374_I 0.85 0.10 0.00
349_E 303_D 0.85 0.10 0.00
160_E 449_T 0.85 0.10 0.00
338_A 298_L 0.84 0.10 0.00
382_T 124_P 0.84 0.10 0.00
401_Y 108_K 0.84 0.10 0.00
378_M 162_A 0.84 0.10 0.00
52_A 229_G 0.84 0.10 0.00
148_V 60_V 0.84 0.10 0.00
442_G 334_R 0.84 0.10 0.00
249_G 229_G 0.84 0.10 0.00
358_A 380_D 0.84 0.10 0.00
398_F 313_A 0.84 0.10 0.00
312_D 96_L 0.84 0.10 0.00
231_P 332_G 0.84 0.10 0.00
312_D 99_N 0.84 0.10 0.00
78_Y 290_Q 0.84 0.10 0.00
53_H 382_V 0.84 0.10 0.00
76_R 138_G 0.83 0.10 0.00
197_R 50_A 0.83 0.09 0.00
464_I 126_V 0.83 0.09 0.00
75_N 355_G 0.83 0.09 0.00
146_L 417_K 0.83 0.09 0.00
148_V 215_A 0.83 0.09 0.00
312_D 53_A 0.83 0.09 0.00
41_K 156_V 0.83 0.09 0.00
411_I 308_T 0.83 0.09 0.00
401_Y 96_L 0.83 0.09 0.00
268_Y 435_G 0.83 0.09 0.00
186_Y 104_G 0.83 0.09 0.00
56_F 36_P 0.83 0.09 0.00
97_Q 79_G 0.83 0.09 0.00
311_E 456_E 0.82 0.09 0.00
56_F 254_N 0.82 0.09 0.00
233_V 250_R 0.82 0.09 0.00
401_Y 357_K 0.82 0.09 0.00
436_S 216_G 0.82 0.09 0.00
177_V 102_I 0.82 0.09 0.00
149_S 209_I 0.82 0.09 0.00
398_F 46_S 0.82 0.09 0.00
466_P 372_A 0.82 0.09 0.00
172_I 59_D 0.82 0.09 0.00
477_E 157_I 0.82 0.09 0.00
143_D 78_R 0.82 0.09 0.00
434_A 224_L 0.82 0.09 0.00
162_L 274_G 0.82 0.09 0.00
225_V 102_I 0.82 0.09 0.00
240_E 229_G 0.82 0.09 0.00
125_A 240_A 0.82 0.09 0.00
266_T 347_V 0.82 0.09 0.00
248_K 251_A 0.81 0.09 0.00
130_T 355_G 0.81 0.09 0.00
184_K 273_Y 0.81 0.09 0.00
111_Q 95_D 0.81 0.09 0.00
269_G 388_G 0.81 0.09 0.00
183_A 337_L 0.81 0.09 0.00
281_L 299_L 0.81 0.09 0.00
159_V 249_H 0.81 0.09 0.00
476_E 343_K 0.81 0.09 0.00
292_M 303_D 0.81 0.09 0.00
265_G 125_A 0.81 0.09 0.00
166_N 96_L 0.81 0.09 0.00
158_C 313_A 0.81 0.09 0.00
233_V 151_R 0.81 0.09 0.00
434_A 408_G 0.81 0.09 0.00
468_G 392_V 0.81 0.09 0.00
202_A 136_L 0.81 0.09 0.00
225_V 252_E 0.81 0.09 0.00
259_I 312_I 0.81 0.09 0.00
240_E 401_Q 0.81 0.09 0.00
146_L 361_T 0.81 0.09 0.00
78_Y 452_C 0.81 0.09 0.00
440_L 406_I 0.80 0.09 0.00
425_T 269_L 0.80 0.09 0.00
388_I 207_N 0.80 0.09 0.00
125_A 76_D 0.80 0.09 0.00
351_A 303_D 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.59 > 0.4) of paralogs.
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