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OPENSEQ.org
BT_1043vsBT_1044
Genes: A B A+B
Length: 546 364 864
Sequences: 916 212 124
Seq/Len: 1.68 0.58 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.64
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.13
2 0.01 0.00 0.13
5 0.04 0.04 0.14
10 0.05 0.07 0.14
20 0.06 0.07 0.14
100 0.08 0.07 0.15
∞ 0.13 0.11 0.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
227_V 348_L 1.56 0.28 0.00
137_E 128_K 1.51 0.26 0.00
384_Q 358_V 1.50 0.25 0.00
21_A 18_S 1.47 0.24 0.00
283_E 129_A 1.43 0.23 0.00
429_N 179_K 1.42 0.22 0.00
16_A 20_S 1.35 0.20 0.00
16_A 164_E 1.29 0.18 0.00
381_F 23_T 1.26 0.17 0.00
239_E 18_S 1.24 0.16 0.00
174_Q 20_S 1.24 0.16 0.00
351_S 64_E 1.23 0.16 0.00
217_L 60_A 1.22 0.15 0.00
288_A 357_Q 1.21 0.15 0.00
386_I 244_T 1.20 0.15 0.00
324_V 185_F 1.19 0.15 0.00
379_K 230_M 1.18 0.14 0.00
144_N 339_Y 1.17 0.14 0.00
174_Q 129_A 1.15 0.14 0.00
436_D 123_E 1.15 0.14 0.00
381_F 173_I 1.15 0.14 0.00
406_G 91_L 1.13 0.13 0.00
172_D 338_D 1.13 0.13 0.00
361_T 128_K 1.13 0.13 0.00
238_K 175_D 1.13 0.13 0.00
120_I 77_F 1.13 0.13 0.00
298_K 12_S 1.12 0.13 0.00
232_I 98_V 1.12 0.13 0.00
179_R 111_S 1.11 0.13 0.00
149_R 189_Y 1.11 0.12 0.00
25_N 281_I 1.10 0.12 0.00
206_I 310_G 1.10 0.12 0.00
182_L 54_T 1.09 0.12 0.00
177_V 121_F 1.08 0.12 0.00
371_Y 69_P 1.06 0.11 0.00
177_V 26_E 1.05 0.11 0.00
269_P 45_A 1.05 0.11 0.00
226_A 126_G 1.05 0.11 0.00
400_T 14_L 1.05 0.11 0.00
288_A 70_H 1.05 0.11 0.00
160_N 164_E 1.05 0.11 0.00
460_Y 293_G 1.04 0.11 0.00
173_S 67_K 1.04 0.11 0.00
432_P 103_L 1.04 0.11 0.00
365_K 217_I 1.04 0.11 0.00
327_T 62_I 1.04 0.11 0.00
430_T 25_E 1.04 0.11 0.00
24_T 333_Y 1.03 0.11 0.00
137_E 309_E 1.03 0.11 0.00
21_A 17_L 1.03 0.11 0.00
15_S 111_S 1.03 0.11 0.00
145_I 60_A 1.02 0.11 0.00
75_G 332_T 1.02 0.11 0.00
433_K 17_L 1.02 0.10 0.00
148_L 250_H 1.02 0.10 0.00
400_T 331_G 1.01 0.10 0.00
402_L 128_K 1.01 0.10 0.00
280_E 112_D 1.01 0.10 0.00
234_E 227_A 1.01 0.10 0.00
405_T 28_E 1.00 0.10 0.00
46_M 308_M 1.00 0.10 0.00
206_I 294_G 0.99 0.10 0.00
461_P 122_Q 0.99 0.10 0.00
357_R 181_N 0.99 0.10 0.00
352_P 91_L 0.99 0.10 0.00
351_S 57_E 0.99 0.10 0.00
405_T 211_N 0.99 0.10 0.00
96_N 22_W 0.98 0.10 0.00
19_Y 282_I 0.98 0.10 0.00
36_P 254_Q 0.98 0.10 0.00
361_T 252_I 0.98 0.10 0.00
46_M 127_G 0.98 0.10 0.00
235_T 231_L 0.98 0.10 0.00
281_Y 316_Y 0.98 0.10 0.00
386_I 127_G 0.97 0.10 0.00
163_G 338_D 0.97 0.10 0.00
93_A 189_Y 0.97 0.10 0.00
87_W 94_L 0.97 0.10 0.00
252_V 138_L 0.96 0.10 0.00
156_P 349_R 0.96 0.10 0.00
110_Y 348_L 0.96 0.10 0.00
46_M 50_D 0.96 0.09 0.00
384_Q 16_I 0.96 0.09 0.00
452_I 357_Q 0.96 0.09 0.00
436_D 20_S 0.96 0.09 0.00
182_L 68_T 0.96 0.09 0.00
294_L 21_D 0.95 0.09 0.00
428_G 65_Y 0.95 0.09 0.00
325_A 357_Q 0.95 0.09 0.00
433_K 53_P 0.95 0.09 0.00
150_A 90_Y 0.95 0.09 0.00
236_L 196_S 0.95 0.09 0.00
282_N 350_K 0.95 0.09 0.00
456_Y 133_W 0.94 0.09 0.00
140_N 237_P 0.94 0.09 0.00
365_K 258_E 0.94 0.09 0.00
381_F 351_A 0.94 0.09 0.00
453_T 255_A 0.94 0.09 0.00
9_L 189_Y 0.93 0.09 0.00
433_K 61_Q 0.93 0.09 0.00
452_I 129_A 0.93 0.09 0.00
175_E 65_Y 0.93 0.09 0.00
368_A 102_S 0.93 0.09 0.00
175_E 23_T 0.93 0.09 0.00
324_V 205_I 0.93 0.09 0.00
396_S 187_I 0.93 0.09 0.00
433_K 179_K 0.93 0.09 0.00
379_K 135_I 0.92 0.09 0.00
353_L 73_G 0.92 0.09 0.00
250_G 333_Y 0.92 0.09 0.00
307_T 130_L 0.92 0.09 0.00
181_M 69_P 0.92 0.09 0.00
386_I 309_E 0.92 0.09 0.00
172_D 125_K 0.92 0.09 0.00
268_M 252_I 0.92 0.09 0.00
255_D 116_A 0.91 0.09 0.00
225_I 126_G 0.91 0.09 0.00
304_A 333_Y 0.91 0.09 0.00
167_I 103_L 0.91 0.09 0.00
210_N 77_F 0.91 0.09 0.00
208_N 222_A 0.91 0.09 0.00
207_Y 123_E 0.91 0.09 0.00
216_K 57_E 0.91 0.09 0.00
215_V 228_G 0.91 0.09 0.00
14_M 64_E 0.91 0.09 0.00
174_Q 30_F 0.91 0.08 0.00
285_R 128_K 0.91 0.08 0.00
35_G 284_V 0.91 0.08 0.00
386_I 208_S 0.91 0.08 0.00
137_E 49_E 0.90 0.08 0.00
11_L 72_K 0.90 0.08 0.00
120_I 127_G 0.90 0.08 0.00
371_Y 115_K 0.90 0.08 0.00
94_N 195_H 0.90 0.08 0.00
394_G 56_R 0.90 0.08 0.00
353_L 347_W 0.90 0.08 0.00
158_A 352_L 0.90 0.08 0.00
120_I 28_E 0.90 0.08 0.00
162_A 359_Y 0.90 0.08 0.00
161_S 355_G 0.90 0.08 0.00
303_S 25_E 0.90 0.08 0.00
378_P 97_S 0.90 0.08 0.00
389_S 58_Y 0.90 0.08 0.00
327_T 349_R 0.89 0.08 0.00
252_V 166_V 0.89 0.08 0.00
445_E 18_S 0.89 0.08 0.00
303_S 255_A 0.89 0.08 0.00
323_P 38_R 0.89 0.08 0.00
435_D 282_I 0.89 0.08 0.00
216_K 16_I 0.89 0.08 0.00
232_I 316_Y 0.88 0.08 0.00
243_K 264_V 0.88 0.08 0.00
389_S 125_K 0.88 0.08 0.00
125_K 170_A 0.88 0.08 0.00
31_D 116_A 0.88 0.08 0.00
184_D 344_P 0.88 0.08 0.00
281_Y 191_P 0.88 0.08 0.00
19_Y 211_N 0.88 0.08 0.00
120_I 121_F 0.88 0.08 0.00
409_T 118_L 0.88 0.08 0.00
361_T 67_K 0.88 0.08 0.00
181_M 338_D 0.88 0.08 0.00
289_T 177_I 0.87 0.08 0.00
332_K 357_Q 0.87 0.08 0.00
229_V 238_D 0.87 0.08 0.00
148_L 167_K 0.87 0.08 0.00
450_K 70_H 0.87 0.08 0.00
43_F 223_R 0.87 0.08 0.00
47_Q 233_M 0.87 0.08 0.00
202_Q 189_Y 0.87 0.08 0.00
186_S 227_A 0.87 0.08 0.00
117_W 283_T 0.87 0.08 0.00
103_N 249_D 0.87 0.08 0.00
453_T 177_I 0.87 0.08 0.00
18_D 292_T 0.87 0.08 0.00
79_G 338_D 0.87 0.08 0.00
36_P 275_D 0.87 0.08 0.00
210_N 282_I 0.86 0.08 0.00
289_T 134_I 0.86 0.08 0.00
16_A 53_P 0.86 0.08 0.00
114_F 230_M 0.86 0.08 0.00
151_T 20_S 0.86 0.08 0.00
46_M 51_L 0.86 0.08 0.00
377_D 76_W 0.86 0.08 0.00
114_F 21_D 0.86 0.08 0.00
358_A 60_A 0.86 0.08 0.00
391_Q 342_D 0.85 0.08 0.00
19_Y 260_S 0.85 0.08 0.00
294_L 238_D 0.85 0.08 0.00
139_A 58_Y 0.85 0.08 0.00
46_M 101_V 0.85 0.08 0.00
257_S 63_R 0.85 0.07 0.00
361_T 354_F 0.85 0.07 0.00
149_R 135_I 0.85 0.07 0.00
95_W 276_W 0.85 0.07 0.00
327_T 37_H 0.85 0.07 0.00
358_A 64_E 0.85 0.07 0.00
176_V 64_E 0.85 0.07 0.00
428_G 241_S 0.85 0.07 0.00
24_T 346_K 0.85 0.07 0.00
323_P 314_L 0.85 0.07 0.00
146_A 22_W 0.85 0.07 0.00
43_F 24_S 0.85 0.07 0.00
294_L 255_A 0.85 0.07 0.00
304_A 111_S 0.85 0.07 0.00
350_N 198_T 0.85 0.07 0.00
327_T 189_Y 0.84 0.07 0.00
378_P 30_F 0.84 0.07 0.00
389_S 338_D 0.84 0.07 0.00
362_Y 116_A 0.84 0.07 0.00
457_L 358_V 0.84 0.07 0.00
323_P 37_H 0.84 0.07 0.00
292_G 288_Q 0.84 0.07 0.00
365_K 86_N 0.84 0.07 0.00
365_K 260_S 0.84 0.07 0.00
239_E 16_I 0.84 0.07 0.00
89_F 267_K 0.84 0.07 0.00
70_D 92_K 0.84 0.07 0.00
123_I 208_S 0.84 0.07 0.00
232_I 161_N 0.84 0.07 0.00
384_Q 167_K 0.84 0.07 0.00
255_D 218_E 0.84 0.07 0.00
167_I 258_E 0.83 0.07 0.00
354_Y 15_S 0.83 0.07 0.00
141_I 174_C 0.83 0.07 0.00
253_I 122_Q 0.83 0.07 0.00
323_P 272_N 0.83 0.07 0.00
157_I 77_F 0.83 0.07 0.00
32_G 12_S 0.83 0.07 0.00
464_V 66_R 0.83 0.07 0.00
250_G 132_C 0.83 0.07 0.00
260_A 99_D 0.83 0.07 0.00
345_P 254_Q 0.83 0.07 0.00
126_D 39_L 0.83 0.07 0.00
77_Y 231_L 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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