May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FtsW PBP3 Complex
Genes: A B A+B
Length: 588 414 913
Sequences: 5960 2986 1395
Seq/Len: 10.14 7.21 1.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.00 0.31
2 0.06 0.00 0.34
5 0.06 0.00 1.31
10 0.07 0.01 1.37
20 0.07 0.01 1.39
100 0.10 0.04 1.57
∞ 0.23 0.14 1.90
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
39_L 313_V 2.21 0.99 0.97
45_L 271_F 1.85 0.96 0.91
38_L 360_V 1.68 0.93 0.84
47_V 309_Y 1.60 0.91 0.80
42_V 312_V 1.55 0.89 0.76
43_A 309_Y 1.46 0.84 0.69
523_Q 107_W 1.28 0.72 0.52
47_V 276_L 1.22 0.67 0.45
376_L 382_S 1.17 0.62 0.40
38_L 366_M 1.14 0.59 0.37
417_F 88_Y 1.14 0.59 0.37
516_A 149_A 1.13 0.58 0.36
203_Q 91_L 1.11 0.56 0.34
39_L 316_L 1.11 0.56 0.33
192_V 146_I 1.06 0.51 0.29
545_V 56_A 1.05 0.50 0.28
219_E 369_T 1.03 0.48 0.26
37_F 366_M 1.03 0.48 0.26
45_L 284_S 1.03 0.47 0.26
319_Q 382_S 1.02 0.47 0.26
38_L 357_L 1.02 0.47 0.25
266_D 116_L 1.01 0.46 0.24
42_V 300_F 1.01 0.46 0.24
299_I 144_L 0.98 0.42 0.21
263_V 141_L 0.97 0.42 0.21
312_M 352_F 0.97 0.41 0.21
60_R 266_Q 0.96 0.41 0.20
449_V 107_W 0.96 0.40 0.20
279_P 253_P 0.95 0.40 0.20
317_A 92_A 0.95 0.40 0.20
33_L 300_F 0.95 0.40 0.19
348_S 149_A 0.95 0.40 0.19
435_I 382_S 0.95 0.39 0.19
272_V 357_L 0.94 0.39 0.18
272_V 123_M 0.94 0.38 0.18
237_D 292_P 0.93 0.37 0.18
35_L 320_F 0.93 0.37 0.18
319_Q 111_S 0.92 0.37 0.17
312_M 364_A 0.92 0.37 0.17
74_I 153_K 0.92 0.37 0.17
192_V 357_L 0.92 0.36 0.17
361_N 263_Q 0.92 0.36 0.17
227_Q 227_G 0.92 0.36 0.17
159_I 252_N 0.91 0.36 0.17
34_A 357_L 0.90 0.35 0.16
160_H 376_L 0.90 0.35 0.16
416_S 141_L 0.90 0.35 0.16
277_N 85_D 0.90 0.34 0.16
236_I 93_F 0.90 0.34 0.15
513_A 152_T 0.90 0.34 0.15
399_G 365_G 0.89 0.34 0.15
495_T 338_H 0.89 0.34 0.15
244_V 276_L 0.89 0.34 0.15
351_T 90_I 0.89 0.34 0.15
266_D 348_I 0.89 0.33 0.15
45_L 186_L 0.87 0.32 0.14
372_P 326_A 0.87 0.32 0.14
192_V 117_G 0.87 0.32 0.14
419_Y 273_R 0.87 0.32 0.14
282_N 132_V 0.86 0.32 0.14
47_V 299_I 0.86 0.31 0.13
40_G 397_I 0.86 0.31 0.13
236_I 277_W 0.85 0.30 0.13
449_V 146_I 0.85 0.30 0.13
39_L 314_L 0.85 0.30 0.13
419_Y 372_L 0.85 0.30 0.12
201_T 139_I 0.85 0.30 0.12
521_A 276_L 0.84 0.30 0.12
419_Y 85_D 0.84 0.29 0.12
81_P 161_A 0.84 0.29 0.12
114_A 383_S 0.84 0.29 0.12
38_L 364_A 0.84 0.29 0.12
231_N 265_T 0.83 0.29 0.12
258_E 262_Y 0.83 0.29 0.12
192_V 163_Y 0.83 0.28 0.11
41_R 364_A 0.83 0.28 0.11
246_R 217_A 0.82 0.28 0.11
449_V 93_F 0.82 0.28 0.11
228_A 187_V 0.82 0.28 0.11
246_R 348_I 0.82 0.28 0.11
314_V 212_L 0.82 0.27 0.11
531_V 190_V 0.81 0.27 0.11
148_A 266_Q 0.81 0.27 0.11
166_R 383_S 0.81 0.27 0.11
553_I 102_L 0.81 0.27 0.10
530_V 360_V 0.81 0.27 0.10
192_V 198_L 0.81 0.27 0.10
446_I 206_V 0.81 0.27 0.10
247_E 393_M 0.81 0.26 0.10
52_M 139_I 0.80 0.26 0.10
281_Y 291_L 0.80 0.26 0.10
356_L 139_I 0.80 0.26 0.10
50_P 309_Y 0.80 0.26 0.10
116_A 117_G 0.80 0.26 0.10
420_G 373_T 0.80 0.26 0.10
139_L 226_I 0.80 0.26 0.10
465_R 155_S 0.80 0.26 0.10
422_M 376_L 0.79 0.26 0.10
446_I 211_M 0.79 0.26 0.10
360_S 370_K 0.79 0.25 0.10
473_S 121_L 0.79 0.25 0.10
137_I 98_I 0.79 0.25 0.10
81_P 303_I 0.79 0.25 0.10
34_A 226_I 0.79 0.25 0.09
38_L 316_L 0.79 0.25 0.09
37_F 228_M 0.79 0.25 0.09
232_L 139_I 0.78 0.25 0.09
283_P 199_G 0.78 0.25 0.09
272_V 54_G 0.78 0.24 0.09
419_Y 338_H 0.78 0.24 0.09
268_N 80_F 0.78 0.24 0.09
385_L 250_F 0.77 0.24 0.09
412_R 398_D 0.77 0.24 0.09
283_P 197_D 0.77 0.24 0.09
361_N 282_G 0.77 0.24 0.09
399_G 199_G 0.77 0.23 0.09
192_V 180_K 0.77 0.23 0.09
40_G 57_A 0.77 0.23 0.09
146_D 111_S 0.77 0.23 0.09
438_Y 120_I 0.77 0.23 0.09
267_V 64_T 0.76 0.23 0.08
179_I 80_F 0.76 0.23 0.08
83_A 48_L 0.76 0.23 0.08
272_V 110_Y 0.76 0.23 0.08
57_G 286_Q 0.76 0.23 0.08
363_G 63_V 0.76 0.23 0.08
488_G 59_G 0.76 0.23 0.08
41_R 345_A 0.76 0.23 0.08
471_M 104_M 0.76 0.23 0.08
376_L 372_L 0.76 0.23 0.08
151_I 348_I 0.76 0.23 0.08
32_L 48_L 0.75 0.22 0.08
37_F 367_L 0.75 0.22 0.08
36_A 97_I 0.75 0.22 0.08
419_Y 373_T 0.75 0.22 0.08
355_V 107_W 0.75 0.22 0.08
486_I 281_L 0.75 0.22 0.08
205_G 149_A 0.75 0.22 0.08
66_Q 385_L 0.75 0.22 0.08
234_L 136_S 0.75 0.22 0.08
46_Q 216_G 0.74 0.22 0.08
551_G 315_A 0.74 0.22 0.08
45_L 367_L 0.74 0.22 0.08
367_L 250_F 0.74 0.21 0.07
170_P 55_L 0.74 0.21 0.07
465_R 222_F 0.74 0.21 0.07
415_F 385_L 0.74 0.21 0.07
350_L 296_T 0.74 0.21 0.07
114_A 198_L 0.74 0.21 0.07
179_I 382_S 0.74 0.21 0.07
264_L 366_M 0.74 0.21 0.07
530_V 301_A 0.73 0.21 0.07
506_R 195_Q 0.73 0.21 0.07
547_A 227_G 0.73 0.21 0.07
561_M 223_I 0.73 0.21 0.07
97_E 303_I 0.73 0.21 0.07
194_K 360_V 0.73 0.21 0.07
197_D 267_S 0.73 0.21 0.07
51_D 361_G 0.73 0.21 0.07
84_V 397_I 0.73 0.21 0.07
349_E 284_S 0.73 0.21 0.07
173_E 163_Y 0.72 0.20 0.07
32_L 317_L 0.72 0.20 0.07
199_W 190_V 0.72 0.20 0.07
42_V 309_Y 0.72 0.20 0.07
408_S 146_I 0.72 0.20 0.07
65_Q 360_V 0.72 0.20 0.07
526_F 124_I 0.72 0.20 0.07
383_F 374_L 0.72 0.20 0.07
321_G 352_F 0.72 0.20 0.07
33_L 389_T 0.72 0.20 0.07
498_A 148_P 0.72 0.20 0.07
314_V 115_L 0.72 0.20 0.07
126_A 61_I 0.72 0.20 0.07
526_F 364_A 0.72 0.20 0.07
144_N 49_L 0.72 0.20 0.07
192_V 354_F 0.72 0.20 0.07
314_V 300_F 0.72 0.20 0.07
546_S 251_W 0.72 0.20 0.07
331_T 288_L 0.71 0.20 0.07
228_A 202_V 0.71 0.20 0.07
555_G 391_I 0.71 0.19 0.06
90_A 391_I 0.71 0.19 0.06
360_S 291_L 0.71 0.19 0.06
522_S 210_A 0.71 0.19 0.06
231_N 120_I 0.71 0.19 0.06
198_K 212_L 0.71 0.19 0.06
38_L 361_G 0.71 0.19 0.06
448_K 329_I 0.71 0.19 0.06
235_S 301_A 0.71 0.19 0.06
371_M 343_F 0.71 0.19 0.06
46_Q 304_G 0.70 0.19 0.06
210_R 373_T 0.70 0.19 0.06
481_G 48_L 0.70 0.19 0.06
34_A 307_L 0.70 0.19 0.06
525_R 323_A 0.70 0.19 0.06
514_Y 319_V 0.70 0.19 0.06
69_T 218_K 0.70 0.19 0.06
250_N 136_S 0.70 0.19 0.06
33_L 92_A 0.70 0.19 0.06
137_I 361_G 0.70 0.19 0.06
73_M 303_I 0.70 0.19 0.06
369_L 294_A 0.70 0.19 0.06
385_L 379_Y 0.70 0.19 0.06
530_V 212_L 0.70 0.19 0.06
139_L 231_S 0.70 0.19 0.06
127_R 109_R 0.70 0.19 0.06
31_I 353_S 0.70 0.19 0.06
182_T 372_L 0.70 0.19 0.06
236_I 127_V 0.70 0.19 0.06
492_A 136_S 0.70 0.19 0.06
58_D 340_F 0.70 0.19 0.06
381_S 107_W 0.70 0.19 0.06
350_L 103_P 0.70 0.19 0.06
236_I 393_M 0.70 0.19 0.06
532_I 79_F 0.70 0.19 0.06
120_P 145_R 0.70 0.19 0.06
42_V 304_G 0.70 0.19 0.06
113_L 71_G 0.70 0.19 0.06
80_R 314_L 0.70 0.18 0.06
351_T 276_L 0.70 0.18 0.06
197_D 151_L 0.70 0.18 0.06
36_A 57_A 0.70 0.18 0.06
385_L 108_Q 0.69 0.18 0.06
535_P 287_K 0.69 0.18 0.06
367_L 56_A 0.69 0.18 0.06
533_N 266_Q 0.69 0.18 0.06
242_A 372_L 0.69 0.18 0.06
179_I 322_V 0.69 0.18 0.06
27_L 207_T 0.69 0.18 0.06
134_G 315_A 0.69 0.18 0.06
236_I 84_R 0.69 0.18 0.06
132_P 203_V 0.69 0.18 0.06
175_T 211_M 0.69 0.18 0.06
393_L 382_S 0.69 0.18 0.06
401_Y 127_V 0.69 0.18 0.06
53_L 272_G 0.69 0.18 0.06
390_N 341_S 0.69 0.18 0.06
257_A 63_V 0.69 0.18 0.06
380_Y 342_G 0.69 0.18 0.06
124_L 358_V 0.69 0.18 0.06
156_L 213_F 0.69 0.18 0.06
417_F 365_G 0.69 0.18 0.06
313_V 355_Q 0.69 0.18 0.06
374_S 222_F 0.69 0.18 0.06
465_R 87_V 0.69 0.18 0.06
286_L 199_G 0.68 0.18 0.06
234_L 138_W 0.68 0.18 0.06
52_M 178_F 0.68 0.18 0.06
85_S 149_A 0.68 0.18 0.06
231_N 382_S 0.68 0.18 0.06
492_A 207_T 0.68 0.18 0.06
469_H 205_F 0.68 0.18 0.05
312_M 71_G 0.68 0.17 0.05
387_K 219_L 0.68 0.17 0.05
114_A 102_L 0.68 0.17 0.05
139_L 71_G 0.68 0.17 0.05
231_N 397_I 0.68 0.17 0.05
356_L 310_V 0.68 0.17 0.05
382_R 183_G 0.68 0.17 0.05
393_L 226_I 0.68 0.17 0.05
88_V 103_P 0.68 0.17 0.05
355_V 336_I 0.68 0.17 0.05
419_Y 307_L 0.68 0.17 0.05
70_S 342_G 0.67 0.17 0.05
55_K 151_L 0.67 0.17 0.05
550_F 301_A 0.67 0.17 0.05
550_F 291_L 0.67 0.17 0.05
164_E 263_Q 0.67 0.17 0.05
274_A 247_V 0.67 0.17 0.05
179_I 224_A 0.67 0.17 0.05
550_F 115_L 0.67 0.17 0.05
510_K 91_L 0.67 0.17 0.05
408_S 393_M 0.67 0.17 0.05
515_T 54_G 0.67 0.17 0.05
328_V 249_A 0.67 0.17 0.05
499_K 84_R 0.67 0.17 0.05
372_P 349_G 0.67 0.17 0.05
528_L 224_A 0.67 0.17 0.05
236_I 154_L 0.67 0.17 0.05
38_L 266_Q 0.67 0.17 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12988 1.53 FtsW PBP3 Complex Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done - Shared
10910 2.08 FTSW vs PBP3 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.71 Done
6907 1.53 ftsi-ftsw Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done
3872 3.53 FTSW_PBP3 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
Page generated in 2.3422 seconds.