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OPENSEQ.org
vulC vulB
Genes: A B A+B
Length: 610 144 668
Sequences: 141 69 63
Seq/Len: 0.23 0.48 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.08
5 0.01 0.00 0.08
10 0.01 0.00 0.08
20 0.02 0.00 0.08
100 0.03 0.00 0.08
∞ 0.12 0.05 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
561_V 35_P 2.00 0.38 0.00
383_R 82_V 1.73 0.27 0.00
179_I 46_V 1.73 0.27 0.00
517_I 51_R 1.67 0.25 0.00
150_H 119_V 1.61 0.23 0.00
207_V 39_L 1.52 0.20 0.00
233_M 54_T 1.52 0.20 0.00
207_V 2_S 1.49 0.19 0.00
268_W 1_M 1.46 0.18 0.00
462_G 82_V 1.44 0.17 0.00
164_V 51_R 1.40 0.16 0.00
477_V 114_V 1.38 0.16 0.00
150_H 73_A 1.36 0.15 0.00
202_E 112_V 1.36 0.15 0.00
368_S 96_D 1.32 0.14 0.00
198_L 19_L 1.32 0.14 0.00
90_V 57_E 1.31 0.14 0.00
174_G 85_V 1.31 0.14 0.00
115_E 114_V 1.30 0.14 0.00
228_D 108_A 1.29 0.14 0.00
65_T 2_S 1.29 0.14 0.00
203_G 107_R 1.28 0.13 0.00
137_R 129_Q 1.26 0.13 0.00
295_D 99_T 1.25 0.13 0.00
130_R 32_I 1.25 0.13 0.00
486_D 94_W 1.25 0.12 0.00
278_G 23_A 1.25 0.12 0.00
449_A 39_L 1.23 0.12 0.00
102_G 128_F 1.21 0.12 0.00
340_L 66_V 1.20 0.12 0.00
453_E 99_T 1.19 0.11 0.00
348_Y 120_G 1.18 0.11 0.00
549_L 56_A 1.18 0.11 0.00
493_L 88_C 1.18 0.11 0.00
254_I 45_V 1.18 0.11 0.00
138_I 112_V 1.18 0.11 0.00
405_P 27_A 1.17 0.11 0.00
194_P 43_L 1.17 0.11 0.00
477_V 79_Q 1.17 0.11 0.00
64_G 126_Q 1.17 0.11 0.00
534_E 42_V 1.16 0.11 0.00
174_G 82_V 1.16 0.11 0.00
484_L 24_A 1.16 0.11 0.00
532_S 85_V 1.16 0.11 0.00
152_L 64_A 1.16 0.11 0.00
341_F 39_L 1.16 0.11 0.00
448_E 99_T 1.15 0.11 0.00
129_D 32_I 1.15 0.11 0.00
514_M 88_C 1.15 0.11 0.00
145_Q 54_T 1.15 0.11 0.00
95_H 38_R 1.15 0.10 0.00
199_T 132_M 1.14 0.10 0.00
484_L 58_A 1.14 0.10 0.00
196_A 23_A 1.14 0.10 0.00
163_T 26_T 1.14 0.10 0.00
340_L 79_Q 1.14 0.10 0.00
364_R 18_R 1.14 0.10 0.00
470_R 99_T 1.13 0.10 0.00
315_V 6_V 1.13 0.10 0.00
526_T 51_R 1.12 0.10 0.00
518_V 14_P 1.11 0.10 0.00
207_V 90_A 1.11 0.10 0.00
243_S 68_V 1.10 0.10 0.00
314_A 67_S 1.10 0.10 0.00
357_L 42_V 1.10 0.10 0.00
131_P 96_D 1.10 0.10 0.00
129_D 83_A 1.10 0.10 0.00
449_A 129_Q 1.10 0.10 0.00
330_L 35_P 1.09 0.10 0.00
538_G 94_W 1.09 0.10 0.00
494_S 129_Q 1.09 0.10 0.00
408_P 21_A 1.09 0.10 0.00
411_G 58_A 1.08 0.09 0.00
59_L 35_P 1.08 0.09 0.00
477_V 55_R 1.07 0.09 0.00
240_F 99_T 1.07 0.09 0.00
223_P 85_V 1.07 0.09 0.00
521_A 60_R 1.07 0.09 0.00
383_R 37_A 1.06 0.09 0.00
553_M 32_I 1.06 0.09 0.00
227_C 13_V 1.06 0.09 0.00
194_P 86_L 1.06 0.09 0.00
274_A 51_R 1.06 0.09 0.00
107_Q 8_E 1.06 0.09 0.00
179_I 56_A 1.06 0.09 0.00
253_T 79_Q 1.05 0.09 0.00
122_G 35_P 1.05 0.09 0.00
105_R 87_L 1.05 0.09 0.00
589_C 90_A 1.05 0.09 0.00
128_A 98_C 1.05 0.09 0.00
219_A 130_T 1.05 0.09 0.00
225_L 22_R 1.04 0.09 0.00
171_L 27_A 1.04 0.09 0.00
228_D 97_W 1.04 0.09 0.00
228_D 105_P 1.04 0.09 0.00
228_D 106_F 1.04 0.09 0.00
354_S 37_A 1.04 0.09 0.00
378_L 112_V 1.04 0.09 0.00
480_H 79_Q 1.04 0.09 0.00
157_W 96_D 1.04 0.09 0.00
187_A 71_K 1.03 0.09 0.00
223_P 2_S 1.03 0.09 0.00
236_T 74_G 1.03 0.09 0.00
364_R 25_V 1.03 0.09 0.00
549_L 76_G 1.03 0.09 0.00
488_V 74_G 1.03 0.09 0.00
369_M 71_K 1.03 0.09 0.00
420_P 133_R 1.03 0.09 0.00
568_A 60_R 1.02 0.09 0.00
467_L 23_A 1.02 0.09 0.00
142_I 66_V 1.02 0.09 0.00
117_F 114_V 1.02 0.08 0.00
102_G 34_L 1.01 0.08 0.00
225_L 66_V 1.01 0.08 0.00
487_Q 67_S 1.01 0.08 0.00
476_G 74_G 1.01 0.08 0.00
90_V 10_R 1.01 0.08 0.00
311_R 103_T 1.01 0.08 0.00
368_S 18_R 1.01 0.08 0.00
425_E 51_R 1.01 0.08 0.00
234_D 1_M 1.01 0.08 0.00
596_V 115_A 1.00 0.08 0.00
378_L 84_T 1.00 0.08 0.00
395_S 87_L 1.00 0.08 0.00
165_W 97_W 1.00 0.08 0.00
165_W 105_P 1.00 0.08 0.00
165_W 106_F 1.00 0.08 0.00
290_P 131_L 1.00 0.08 0.00
237_S 73_A 0.99 0.08 0.00
107_Q 87_L 0.99 0.08 0.00
214_A 62_R 0.99 0.08 0.00
506_T 6_V 0.99 0.08 0.00
250_R 56_A 0.99 0.08 0.00
541_H 39_L 0.99 0.08 0.00
284_L 2_S 0.99 0.08 0.00
344_A 37_A 0.99 0.08 0.00
264_D 83_A 0.98 0.08 0.00
100_F 25_V 0.98 0.08 0.00
283_V 40_R 0.98 0.08 0.00
346_S 82_V 0.98 0.08 0.00
63_F 32_I 0.98 0.08 0.00
314_A 83_A 0.98 0.08 0.00
397_S 60_R 0.98 0.08 0.00
228_D 69_S 0.98 0.08 0.00
73_A 46_V 0.98 0.08 0.00
295_D 73_A 0.98 0.08 0.00
499_D 65_V 0.98 0.08 0.00
78_G 115_A 0.98 0.08 0.00
459_R 136_A 0.98 0.08 0.00
149_G 65_V 0.97 0.08 0.00
212_D 4_P 0.97 0.08 0.00
63_F 23_A 0.97 0.08 0.00
392_I 79_Q 0.97 0.08 0.00
467_L 2_S 0.97 0.08 0.00
503_A 96_D 0.97 0.08 0.00
68_A 59_L 0.96 0.08 0.00
64_G 135_P 0.96 0.08 0.00
588_A 56_A 0.96 0.08 0.00
585_T 58_A 0.96 0.08 0.00
270_L 117_C 0.96 0.08 0.00
500_R 116_G 0.96 0.08 0.00
477_V 115_A 0.96 0.08 0.00
546_L 79_Q 0.96 0.07 0.00
225_L 71_K 0.95 0.07 0.00
280_E 98_C 0.95 0.07 0.00
66_T 25_V 0.95 0.07 0.00
202_E 84_T 0.95 0.07 0.00
440_R 41_R 0.95 0.07 0.00
106_V 23_A 0.95 0.07 0.00
348_Y 117_C 0.94 0.07 0.00
432_G 51_R 0.94 0.07 0.00
64_G 96_D 0.94 0.07 0.00
542_H 82_V 0.94 0.07 0.00
128_A 26_T 0.94 0.07 0.00
570_L 79_Q 0.94 0.07 0.00
129_D 25_V 0.94 0.07 0.00
384_K 22_R 0.94 0.07 0.00
228_D 87_L 0.94 0.07 0.00
347_F 96_D 0.94 0.07 0.00
185_H 125_V 0.94 0.07 0.00
387_Y 35_P 0.94 0.07 0.00
543_K 61_S 0.93 0.07 0.00
187_A 93_H 0.93 0.07 0.00
304_E 79_Q 0.93 0.07 0.00
218_R 128_F 0.93 0.07 0.00
288_G 27_A 0.93 0.07 0.00
517_I 4_P 0.93 0.07 0.00
361_R 73_A 0.93 0.07 0.00
165_W 69_S 0.93 0.07 0.00
106_V 85_V 0.93 0.07 0.00
161_G 129_Q 0.92 0.07 0.00
107_Q 126_Q 0.92 0.07 0.00
160_S 56_A 0.92 0.07 0.00
463_T 64_A 0.92 0.07 0.00
269_A 81_S 0.92 0.07 0.00
338_D 74_G 0.92 0.07 0.00
466_R 92_G 0.92 0.07 0.00
545_E 6_V 0.92 0.07 0.00
504_E 96_D 0.92 0.07 0.00
161_G 84_T 0.92 0.07 0.00
551_E 19_L 0.91 0.07 0.00
390_W 101_V 0.91 0.07 0.00
204_A 61_S 0.91 0.07 0.00
309_W 82_V 0.91 0.07 0.00
341_F 66_V 0.91 0.07 0.00
72_R 35_P 0.91 0.07 0.00
129_D 65_V 0.91 0.07 0.00
200_L 117_C 0.91 0.07 0.00
529_G 39_L 0.91 0.07 0.00
432_G 27_A 0.91 0.07 0.00
94_Y 20_L 0.91 0.07 0.00
357_L 35_P 0.90 0.07 0.00
516_E 98_C 0.90 0.07 0.00
142_I 35_P 0.90 0.07 0.00
363_L 70_S 0.90 0.07 0.00
548_A 59_L 0.90 0.07 0.00
127_A 94_W 0.90 0.07 0.00
156_P 38_R 0.90 0.07 0.00
425_E 19_L 0.90 0.07 0.00
263_H 128_F 0.90 0.07 0.00
188_V 65_V 0.90 0.07 0.00
459_R 70_S 0.90 0.07 0.00
196_A 114_V 0.90 0.07 0.00
131_P 79_Q 0.90 0.07 0.00
101_D 8_E 0.89 0.07 0.00
390_W 94_W 0.89 0.07 0.00
282_V 128_F 0.89 0.07 0.00
295_D 65_V 0.89 0.07 0.00
240_F 14_P 0.89 0.07 0.00
102_G 108_A 0.89 0.07 0.00
389_Q 137_A 0.89 0.07 0.00
238_L 79_Q 0.89 0.07 0.00
449_A 132_M 0.89 0.07 0.00
119_A 46_V 0.89 0.07 0.00
260_D 127_Y 0.89 0.07 0.00
439_A 56_A 0.88 0.07 0.00
78_G 85_V 0.88 0.07 0.00
538_G 31_L 0.88 0.07 0.00
283_V 32_I 0.88 0.07 0.00
392_I 85_V 0.88 0.07 0.00
456_Q 22_R 0.88 0.07 0.00
120_T 42_V 0.88 0.07 0.00
89_S 42_V 0.88 0.07 0.00
279_A 79_Q 0.88 0.07 0.00
158_P 134_V 0.88 0.07 0.00
316_V 133_R 0.88 0.07 0.00
328_V 34_L 0.88 0.07 0.00
331_Q 69_S 0.88 0.07 0.00
292_S 4_P 0.87 0.07 0.00
356_G 53_A 0.87 0.07 0.00
504_E 79_Q 0.87 0.07 0.00
293_F 85_V 0.87 0.07 0.00
343_P 99_T 0.87 0.06 0.00
387_Y 95_P 0.87 0.06 0.00
455_L 94_W 0.87 0.06 0.00
509_V 76_G 0.87 0.06 0.00
188_V 24_A 0.87 0.06 0.00
156_P 88_C 0.87 0.06 0.00
430_C 70_S 0.87 0.06 0.00
504_E 70_S 0.87 0.06 0.00
510_L 132_M 0.87 0.06 0.00
263_H 127_Y 0.87 0.06 0.00
357_L 117_C 0.87 0.06 0.00
509_V 49_G 0.87 0.06 0.00
530_E 22_R 0.86 0.06 0.00
411_G 122_G 0.86 0.06 0.00
307_Y 113_E 0.86 0.06 0.00
594_R 116_G 0.86 0.06 0.00
367_R 26_T 0.86 0.06 0.00
345_P 37_A 0.86 0.06 0.00
149_G 120_G 0.86 0.06 0.00
427_V 27_A 0.86 0.06 0.00
68_A 23_A 0.86 0.06 0.00
494_S 70_S 0.86 0.06 0.00
524_D 34_L 0.86 0.06 0.00
558_L 33_R 0.86 0.06 0.00
239_A 84_T 0.86 0.06 0.00
382_L 26_T 0.86 0.06 0.00
239_A 57_E 0.86 0.06 0.00
300_D 115_A 0.86 0.06 0.00
410_T 124_D 0.86 0.06 0.00
421_W 61_S 0.86 0.06 0.00
505_R 14_P 0.86 0.06 0.00
250_R 107_R 0.86 0.06 0.00
97_I 20_L 0.86 0.06 0.00
389_Q 91_R 0.86 0.06 0.00
580_F 60_R 0.86 0.06 0.00
141_D 14_P 0.86 0.06 0.00
244_R 131_L 0.86 0.06 0.00
117_F 68_V 0.86 0.06 0.00
499_D 128_F 0.85 0.06 0.00
265_D 43_L 0.85 0.06 0.00
151_L 21_A 0.85 0.06 0.00
83_L 67_S 0.85 0.06 0.00
238_L 124_D 0.85 0.06 0.00
228_D 53_A 0.85 0.06 0.00
557_R 56_A 0.85 0.06 0.00
300_D 128_F 0.85 0.06 0.00
255_R 79_Q 0.85 0.06 0.00
523_L 38_R 0.85 0.06 0.00
456_Q 90_A 0.85 0.06 0.00
466_R 61_S 0.85 0.06 0.00
149_G 118_P 0.85 0.06 0.00
422_A 125_V 0.85 0.06 0.00
90_V 131_L 0.85 0.06 0.00
323_L 136_A 0.84 0.06 0.00
108_G 61_S 0.84 0.06 0.00
201_A 63_R 0.84 0.06 0.00
293_F 56_A 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13048 0.2 vulC vulB redo Δgene:(1, 100) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
13046 0 Lydia Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
12981 0.13 CB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
12980 0.09 vulC vulB Δgene:(1, 100) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
12979 0.13 vulC vulB Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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