May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
EscV-EscU
Genes: A B A+B
Length: 675 345 944
Sequences: 1454 1878 1240
Seq/Len: 2.15 5.44 1.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.87
2 0.01 0.01 0.99
5 0.01 0.01 1.01
10 0.01 0.01 1.14
20 0.01 0.01 1.22
100 0.02 0.01 1.30
∞ 0.08 0.08 1.39
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
218_M 9_T 1.53 0.85 0.13
220_Q 138_E 1.28 0.67 0.06
85_V 175_T 1.24 0.64 0.06
187_S 242_S 1.20 0.60 0.05
504_L 226_D 1.20 0.60 0.05
125_I 157_G 1.16 0.56 0.04
227_E 243_E 1.12 0.52 0.04
117_L 214_K 1.07 0.47 0.03
670_V 35_L 1.07 0.47 0.03
605_I 266_I 1.06 0.46 0.03
506_K 196_L 1.04 0.45 0.03
330_G 147_V 1.03 0.44 0.03
138_V 180_A 1.03 0.43 0.03
82_S 152_I 1.03 0.43 0.03
311_A 118_A 1.02 0.43 0.03
167_D 191_L 0.99 0.40 0.03
484_F 278_P 0.99 0.40 0.02
200_I 10_P 0.98 0.39 0.02
578_N 8_P 0.98 0.39 0.02
250_I 234_K 0.98 0.39 0.02
196_K 26_E 0.98 0.39 0.02
133_K 257_T 0.97 0.38 0.02
135_A 270_L 0.97 0.38 0.02
199_A 126_N 0.97 0.38 0.02
637_R 288_D 0.97 0.38 0.02
38_V 7_K 0.97 0.38 0.02
69_F 6_E 0.96 0.36 0.02
41_I 259_I 0.96 0.36 0.02
299_I 98_V 0.95 0.36 0.02
118_V 6_E 0.95 0.36 0.02
244_Q 138_E 0.95 0.36 0.02
290_A 260_V 0.95 0.36 0.02
172_K 116_P 0.95 0.35 0.02
122_I 211_K 0.94 0.35 0.02
584_S 27_E 0.94 0.35 0.02
208_V 158_H 0.94 0.35 0.02
115_V 203_W 0.94 0.35 0.02
237_V 71_I 0.94 0.34 0.02
404_L 97_T 0.93 0.34 0.02
222_D 85_Y 0.93 0.34 0.02
16_D 261_K 0.92 0.33 0.02
577_L 121_I 0.92 0.33 0.02
121_T 9_T 0.92 0.33 0.02
364_S 254_K 0.92 0.33 0.02
362_Y 249_L 0.92 0.33 0.02
118_V 242_S 0.91 0.32 0.02
630_L 89_I 0.91 0.32 0.02
287_L 211_K 0.91 0.32 0.02
249_I 1_M 0.91 0.32 0.02
232_F 39_S 0.91 0.32 0.02
204_I 230_N 0.90 0.32 0.02
653_L 219_E 0.90 0.32 0.02
136_E 216_S 0.90 0.31 0.02
660_N 238_R 0.90 0.31 0.02
469_I 97_T 0.90 0.31 0.02
223_M 221_K 0.90 0.31 0.02
185_Y 244_I 0.90 0.31 0.02
353_L 256_S 0.90 0.31 0.02
635_I 118_A 0.89 0.31 0.02
375_W 250_A 0.89 0.31 0.02
207_L 199_V 0.89 0.30 0.02
174_L 103_S 0.89 0.30 0.02
170_E 9_T 0.89 0.30 0.02
509_Q 238_R 0.88 0.30 0.02
289_S 27_E 0.88 0.30 0.02
125_I 230_N 0.88 0.30 0.02
179_Q 226_D 0.88 0.30 0.02
210_L 220_V 0.88 0.30 0.02
203_I 87_L 0.88 0.29 0.02
85_V 214_K 0.88 0.29 0.02
378_F 230_N 0.88 0.29 0.02
528_N 226_D 0.88 0.29 0.02
485_I 259_I 0.87 0.29 0.01
540_T 194_Y 0.87 0.29 0.01
139_A 191_L 0.87 0.29 0.01
247_A 150_T 0.87 0.29 0.01
412_D 119_Q 0.87 0.29 0.01
126_V 206_K 0.87 0.29 0.01
529_V 77_A 0.87 0.29 0.01
553_I 120_K 0.86 0.28 0.01
237_V 260_V 0.86 0.28 0.01
398_S 31_A 0.86 0.28 0.01
71_T 222_R 0.86 0.28 0.01
311_A 139_L 0.86 0.28 0.01
219_W 227_T 0.86 0.28 0.01
497_M 112_E 0.86 0.28 0.01
187_S 124_K 0.86 0.28 0.01
82_S 239_R 0.86 0.28 0.01
44_A 203_W 0.86 0.28 0.01
131_I 230_N 0.86 0.28 0.01
114_V 219_E 0.85 0.28 0.01
172_K 85_Y 0.85 0.27 0.01
161_M 270_L 0.85 0.27 0.01
439_T 242_S 0.85 0.27 0.01
75_I 164_F 0.85 0.27 0.01
53_L 142_S 0.85 0.27 0.01
291_A 238_R 0.85 0.27 0.01
106_N 139_L 0.85 0.27 0.01
668_G 197_F 0.85 0.27 0.01
119_I 151_L 0.84 0.27 0.01
114_V 238_R 0.84 0.27 0.01
237_V 259_I 0.84 0.27 0.01
312_V 195_L 0.84 0.27 0.01
633_L 225_K 0.84 0.26 0.01
567_L 288_D 0.84 0.26 0.01
484_F 149_I 0.84 0.26 0.01
236_S 236_E 0.84 0.26 0.01
211_F 161_A 0.84 0.26 0.01
222_D 114_I 0.84 0.26 0.01
227_E 268_I 0.84 0.26 0.01
163_A 125_N 0.84 0.26 0.01
529_V 172_A 0.84 0.26 0.01
49_T 254_K 0.83 0.26 0.01
312_V 150_T 0.83 0.26 0.01
404_L 12_K 0.83 0.26 0.01
60_I 27_E 0.83 0.26 0.01
323_K 79_L 0.83 0.26 0.01
291_A 18_K 0.83 0.26 0.01
629_I 79_L 0.83 0.26 0.01
85_V 184_F 0.83 0.26 0.01
582_I 237_R 0.83 0.25 0.01
27_V 259_I 0.83 0.25 0.01
32_I 285_T 0.83 0.25 0.01
549_K 24_K 0.83 0.25 0.01
121_T 234_K 0.82 0.25 0.01
142_S 212_K 0.82 0.25 0.01
484_F 120_K 0.82 0.25 0.01
160_D 4_K 0.82 0.25 0.01
203_I 140_L 0.82 0.25 0.01
621_M 27_E 0.82 0.25 0.01
163_A 91_L 0.82 0.25 0.01
323_K 129_N 0.82 0.25 0.01
523_R 216_S 0.82 0.25 0.01
172_K 12_K 0.82 0.25 0.01
236_S 283_I 0.81 0.24 0.01
585_D 192_F 0.81 0.24 0.01
560_I 88_P 0.81 0.24 0.01
273_G 195_L 0.81 0.24 0.01
73_L 9_T 0.81 0.24 0.01
292_L 27_E 0.81 0.24 0.01
169_L 221_K 0.81 0.24 0.01
514_L 27_E 0.81 0.24 0.01
652_V 164_F 0.81 0.24 0.01
24_F 209_G 0.81 0.24 0.01
65_E 255_K 0.81 0.24 0.01
245_I 220_V 0.81 0.24 0.01
212_G 164_F 0.81 0.24 0.01
495_D 95_V 0.81 0.24 0.01
139_A 233_I 0.81 0.24 0.01
136_E 1_M 0.80 0.24 0.01
314_L 214_K 0.80 0.24 0.01
172_K 199_V 0.80 0.23 0.01
270_N 112_E 0.80 0.23 0.01
396_N 238_R 0.80 0.23 0.01
26_A 22_V 0.80 0.23 0.01
203_I 32_V 0.80 0.23 0.01
298_I 176_L 0.80 0.23 0.01
245_I 233_I 0.80 0.23 0.01
46_N 131_F 0.80 0.23 0.01
129_M 15_D 0.79 0.23 0.01
76_T 138_E 0.79 0.23 0.01
82_S 281_L 0.79 0.23 0.01
535_R 222_R 0.79 0.23 0.01
517_I 85_Y 0.79 0.23 0.01
548_E 113_K 0.79 0.23 0.01
216_I 195_L 0.79 0.23 0.01
222_D 17_K 0.79 0.23 0.01
529_V 74_I 0.79 0.23 0.01
672_D 99_T 0.79 0.22 0.01
350_A 9_T 0.79 0.22 0.01
282_N 75_L 0.79 0.22 0.01
219_W 84_L 0.78 0.22 0.01
476_L 121_I 0.78 0.22 0.01
514_L 146_L 0.78 0.22 0.01
206_V 144_F 0.78 0.22 0.01
621_M 243_E 0.78 0.22 0.01
52_L 75_L 0.78 0.22 0.01
324_K 200_F 0.78 0.22 0.01
19_L 37_L 0.78 0.22 0.01
402_F 96_G 0.78 0.22 0.01
513_G 60_I 0.78 0.22 0.01
135_A 164_F 0.78 0.22 0.01
402_F 200_F 0.78 0.22 0.01
109_V 42_S 0.78 0.22 0.01
375_W 212_K 0.78 0.22 0.01
505_V 195_L 0.78 0.22 0.01
629_I 24_K 0.78 0.22 0.01
129_M 87_L 0.78 0.22 0.01
247_A 138_E 0.78 0.22 0.01
29_M 205_Q 0.78 0.22 0.01
355_L 238_R 0.78 0.22 0.01
514_L 148_I 0.77 0.22 0.01
275_I 270_L 0.77 0.22 0.01
211_F 147_V 0.77 0.22 0.01
275_I 37_L 0.77 0.21 0.01
72_I 45_G 0.77 0.21 0.01
43_I 156_M 0.77 0.21 0.01
211_F 228_D 0.77 0.21 0.01
642_M 11_K 0.77 0.21 0.01
138_V 232_E 0.77 0.21 0.01
642_M 1_M 0.77 0.21 0.01
292_L 90_S 0.77 0.21 0.01
211_F 18_K 0.77 0.21 0.01
187_S 119_Q 0.77 0.21 0.01
56_L 79_L 0.77 0.21 0.01
577_L 164_F 0.77 0.21 0.01
251_S 86_I 0.77 0.21 0.01
23_F 30_A 0.77 0.21 0.01
653_L 216_S 0.77 0.21 0.01
613_I 239_R 0.77 0.21 0.01
86_S 209_G 0.77 0.21 0.01
360_N 261_K 0.77 0.21 0.01
345_N 220_V 0.76 0.21 0.01
407_E 16_L 0.76 0.21 0.01
312_V 166_N 0.76 0.21 0.01
364_S 249_L 0.76 0.21 0.01
317_I 140_L 0.76 0.21 0.01
156_S 27_E 0.76 0.21 0.01
313_C 109_F 0.76 0.21 0.01
210_L 137_F 0.76 0.21 0.01
298_I 4_K 0.76 0.21 0.01
582_I 192_F 0.76 0.21 0.01
68_S 150_T 0.76 0.21 0.01
523_R 219_E 0.76 0.21 0.01
146_S 272_Y 0.76 0.21 0.01
44_A 264_T 0.76 0.21 0.01
529_V 166_N 0.76 0.21 0.01
202_G 165_A 0.76 0.21 0.01
30_M 281_L 0.76 0.20 0.01
126_V 241_H 0.76 0.20 0.01
642_M 15_D 0.76 0.20 0.01
604_N 207_H 0.76 0.20 0.01
647_F 207_H 0.76 0.20 0.01
279_V 102_V 0.76 0.20 0.01
196_K 138_E 0.76 0.20 0.01
284_R 124_K 0.75 0.20 0.01
87_T 108_I 0.75 0.20 0.01
494_M 109_F 0.75 0.20 0.01
163_A 93_V 0.75 0.20 0.01
223_M 48_F 0.75 0.20 0.01
257_V 266_I 0.75 0.20 0.01
556_E 104_Q 0.75 0.20 0.01
413_T 59_T 0.75 0.20 0.01
390_V 260_V 0.75 0.20 0.01
472_L 284_E 0.75 0.20 0.01
167_D 243_E 0.75 0.20 0.01
531_I 94_F 0.75 0.20 0.01
50_A 142_S 0.75 0.20 0.01
247_A 204_F 0.75 0.20 0.01
298_I 91_L 0.75 0.20 0.01
167_D 289_A 0.75 0.20 0.01
314_L 144_F 0.75 0.20 0.01
119_I 220_V 0.75 0.20 0.01
234_V 28_V 0.75 0.20 0.01
514_L 194_Y 0.74 0.20 0.01
628_V 10_P 0.74 0.20 0.01
284_R 143_V 0.74 0.20 0.01
325_R 127_L 0.74 0.20 0.01
397_D 248_S 0.74 0.20 0.01
534_L 147_V 0.74 0.20 0.01
31_I 205_Q 0.74 0.20 0.01
315_L 235_G 0.74 0.20 0.01
661_N 147_V 0.74 0.20 0.01
86_S 202_F 0.74 0.20 0.01
383_I 148_I 0.74 0.20 0.01
658_V 86_I 0.74 0.20 0.01
66_L 155_F 0.74 0.20 0.01
247_A 219_E 0.74 0.20 0.01
196_K 12_K 0.74 0.19 0.01
47_I 214_K 0.74 0.19 0.01
58_I 230_N 0.74 0.19 0.01
23_F 15_D 0.74 0.19 0.01
445_K 256_S 0.74 0.19 0.01
347_S 8_P 0.74 0.19 0.01
437_L 109_F 0.74 0.19 0.01
208_V 36_I 0.74 0.19 0.01
192_M 145_K 0.74 0.19 0.01
139_A 175_T 0.74 0.19 0.01
480_N 132_S 0.74 0.19 0.01
514_L 132_S 0.74 0.19 0.01
515_S 156_M 0.74 0.19 0.01
211_F 28_V 0.74 0.19 0.01
203_I 79_L 0.74 0.19 0.01
420_Y 237_R 0.74 0.19 0.01
288_I 146_L 0.74 0.19 0.01
97_A 21_D 0.74 0.19 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12940 1.31 EscV-EscU Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.13 Done - Shared
12367 1.31 EscV_EscU Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
Page generated in 0.593 seconds.