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OPENSEQ.org
EnvC-AmiA
Genes: A B A+B
Length: 385 255 603
Sequences: 2169 1725 53
Seq/Len: 5.63 6.76 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.97
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.00
10 0.01 0.01 0.05
20 0.01 0.01 0.08
100 0.01 0.01 0.16
∞ 0.02 0.06 1.05
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
159_E 53_I 1.66 0.24 0.00
176_K 170_L 1.57 0.21 0.00
306_R 131_E 1.45 0.18 0.00
320_V 107_K 1.44 0.17 0.00
178_L 179_K 1.42 0.17 0.00
343_G 203_P 1.38 0.16 0.00
98_G 55_K 1.36 0.15 0.00
299_V 47_K 1.36 0.15 0.00
299_V 80_L 1.36 0.15 0.00
102_I 242_F 1.35 0.15 0.00
293_A 25_V 1.35 0.15 0.00
242_K 214_N 1.34 0.15 0.00
357_S 43_G 1.34 0.15 0.00
331_L 157_D 1.34 0.15 0.00
76_K 174_I 1.32 0.14 0.00
299_V 196_V 1.31 0.14 0.00
263_Q 96_M 1.30 0.14 0.00
266_W 53_I 1.29 0.14 0.00
320_V 24_V 1.29 0.13 0.00
276_Y 227_R 1.28 0.13 0.00
219_R 174_I 1.27 0.13 0.00
335_N 101_D 1.27 0.13 0.00
335_N 112_S 1.27 0.13 0.00
378_N 234_I 1.26 0.13 0.00
51_T 204_S 1.26 0.13 0.00
37_Q 74_G 1.25 0.13 0.00
277_G 72_R 1.25 0.13 0.00
277_G 75_D 1.25 0.13 0.00
300_K 205_V 1.25 0.12 0.00
181_L 226_F 1.24 0.12 0.00
68_S 204_S 1.24 0.12 0.00
324_H 171_G 1.24 0.12 0.00
294_S 170_L 1.23 0.12 0.00
320_V 225_A 1.23 0.12 0.00
130_A 170_L 1.23 0.12 0.00
353_A 130_S 1.21 0.12 0.00
156_L 204_S 1.21 0.12 0.00
307_V 49_V 1.20 0.12 0.00
199_E 218_E 1.20 0.12 0.00
199_E 214_N 1.19 0.11 0.00
310_A 212_I 1.18 0.11 0.00
37_Q 220_L 1.18 0.11 0.00
310_A 100_A 1.17 0.11 0.00
195_L 100_A 1.17 0.11 0.00
41_I 107_K 1.16 0.11 0.00
199_E 204_S 1.16 0.11 0.00
72_L 123_S 1.16 0.11 0.00
184_S 214_N 1.15 0.11 0.00
132_L 55_K 1.15 0.11 0.00
175_K 29_P 1.15 0.10 0.00
156_L 106_P 1.14 0.10 0.00
384_G 44_S 1.14 0.10 0.00
119_G 129_L 1.14 0.10 0.00
343_G 87_A 1.13 0.10 0.00
228_R 40_G 1.13 0.10 0.00
150_Q 157_D 1.12 0.10 0.00
231_Q 27_L 1.12 0.10 0.00
267_P 28_D 1.12 0.10 0.00
267_P 30_G 1.12 0.10 0.00
267_P 31_H 1.12 0.10 0.00
267_P 33_G 1.12 0.10 0.00
267_P 37_G 1.12 0.10 0.00
267_P 46_E 1.12 0.10 0.00
267_P 83_R 1.12 0.10 0.00
267_P 99_H 1.12 0.10 0.00
267_P 110_G 1.12 0.10 0.00
267_P 208_E 1.12 0.10 0.00
305_G 28_D 1.12 0.10 0.00
305_G 30_G 1.12 0.10 0.00
305_G 31_H 1.12 0.10 0.00
305_G 33_G 1.12 0.10 0.00
305_G 37_G 1.12 0.10 0.00
305_G 46_E 1.12 0.10 0.00
305_G 83_R 1.12 0.10 0.00
305_G 99_H 1.12 0.10 0.00
305_G 110_G 1.12 0.10 0.00
305_G 208_E 1.12 0.10 0.00
379_P 28_D 1.12 0.10 0.00
379_P 30_G 1.12 0.10 0.00
379_P 31_H 1.12 0.10 0.00
379_P 33_G 1.12 0.10 0.00
379_P 37_G 1.12 0.10 0.00
379_P 46_E 1.12 0.10 0.00
379_P 83_R 1.12 0.10 0.00
379_P 99_H 1.12 0.10 0.00
379_P 110_G 1.12 0.10 0.00
379_P 208_E 1.12 0.10 0.00
317_G 70_L 1.11 0.10 0.00
121_L 209_T 1.11 0.10 0.00
324_H 132_R 1.11 0.10 0.00
355_V 53_I 1.10 0.10 0.00
82_S 29_P 1.10 0.10 0.00
277_G 51_L 1.10 0.10 0.00
300_K 114_F 1.09 0.10 0.00
149_K 213_T 1.08 0.09 0.00
57_Q 86_I 1.07 0.09 0.00
268_V 227_R 1.07 0.09 0.00
351_P 29_P 1.07 0.09 0.00
296_G 105_N 1.07 0.09 0.00
299_V 32_G 1.07 0.09 0.00
299_V 35_D 1.07 0.09 0.00
299_V 97_S 1.07 0.09 0.00
299_V 197_L 1.07 0.09 0.00
299_V 206_L 1.07 0.09 0.00
172_N 27_L 1.07 0.09 0.00
349_G 72_R 1.06 0.09 0.00
349_G 75_D 1.06 0.09 0.00
270_G 52_A 1.06 0.09 0.00
161_R 29_P 1.06 0.09 0.00
24_Q 192_A 1.05 0.09 0.00
84_A 55_K 1.05 0.09 0.00
201_R 146_D 1.05 0.09 0.00
342_V 64_H 1.05 0.09 0.00
121_L 133_E 1.05 0.09 0.00
164_Q 185_H 1.05 0.09 0.00
322_V 26_V 1.05 0.09 0.00
215_A 158_L 1.04 0.09 0.00
346_V 218_E 1.04 0.09 0.00
287_K 114_F 1.04 0.09 0.00
86_Q 229_K 1.04 0.09 0.00
346_V 213_T 1.04 0.09 0.00
45_T 86_I 1.04 0.09 0.00
94_G 217_E 1.04 0.09 0.00
304_D 131_E 1.04 0.09 0.00
297_T 78_I 1.04 0.09 0.00
195_L 119_R 1.03 0.09 0.00
91_F 82_D 1.03 0.09 0.00
99_I 154_V 1.03 0.09 0.00
334_Y 157_D 1.03 0.09 0.00
235_T 86_I 1.02 0.09 0.00
289_M 25_V 1.02 0.09 0.00
299_V 72_R 1.02 0.09 0.00
299_V 75_D 1.02 0.09 0.00
176_K 231_A 1.02 0.08 0.00
129_I 238_V 1.01 0.08 0.00
277_G 203_P 1.01 0.08 0.00
346_V 231_A 1.01 0.08 0.00
347_R 34_I 1.01 0.08 0.00
276_Y 50_V 1.01 0.08 0.00
308_I 217_E 1.01 0.08 0.00
310_A 133_E 1.01 0.08 0.00
131_Q 53_I 1.01 0.08 0.00
277_G 47_K 1.00 0.08 0.00
277_G 80_L 1.00 0.08 0.00
175_K 221_L 1.00 0.08 0.00
378_N 43_G 1.00 0.08 0.00
193_S 107_K 1.00 0.08 0.00
137_E 98_I 1.00 0.08 0.00
102_I 220_L 1.00 0.08 0.00
216_R 126_A 1.00 0.08 0.00
271_P 96_M 1.00 0.08 0.00
167_L 94_L 1.00 0.08 0.00
123_Q 174_I 0.99 0.08 0.00
153_Q 214_N 0.99 0.08 0.00
378_N 70_L 0.99 0.08 0.00
270_G 29_P 0.99 0.08 0.00
60_K 239_I 0.99 0.08 0.00
98_G 131_E 0.99 0.08 0.00
78_A 205_V 0.99 0.08 0.00
66_N 238_V 0.99 0.08 0.00
123_Q 52_A 0.98 0.08 0.00
294_S 234_I 0.98 0.08 0.00
154_Q 74_G 0.98 0.08 0.00
26_Q 84_V 0.98 0.08 0.00
321_V 93_D 0.98 0.08 0.00
169_Q 221_L 0.98 0.08 0.00
98_G 39_I 0.98 0.08 0.00
113_R 70_L 0.98 0.08 0.00
231_Q 111_A 0.98 0.08 0.00
351_P 27_L 0.97 0.08 0.00
319_V 114_F 0.97 0.08 0.00
301_A 213_T 0.97 0.08 0.00
161_R 96_M 0.97 0.08 0.00
353_A 101_D 0.97 0.08 0.00
353_A 112_S 0.97 0.08 0.00
60_K 219_R 0.97 0.08 0.00
378_N 174_I 0.97 0.08 0.00
100_Q 214_N 0.97 0.08 0.00
191_Q 29_P 0.96 0.08 0.00
43_E 74_G 0.96 0.08 0.00
205_S 114_F 0.96 0.08 0.00
326_K 68_A 0.96 0.08 0.00
242_K 23_R 0.96 0.08 0.00
382_W 200_P 0.96 0.08 0.00
332_Y 231_A 0.96 0.07 0.00
208_R 240_S 0.96 0.07 0.00
278_E 119_R 0.95 0.07 0.00
165_A 170_L 0.95 0.07 0.00
352_I 221_L 0.95 0.07 0.00
102_I 48_H 0.95 0.07 0.00
254_T 214_N 0.95 0.07 0.00
194_E 178_I 0.95 0.07 0.00
235_T 165_K 0.95 0.07 0.00
13_I 113_V 0.95 0.07 0.00
286_W 198_K 0.95 0.07 0.00
167_L 175_L 0.95 0.07 0.00
86_Q 48_H 0.95 0.07 0.00
329_M 163_T 0.95 0.07 0.00
214_K 238_V 0.94 0.07 0.00
242_K 230_I 0.94 0.07 0.00
291_I 50_V 0.94 0.07 0.00
285_R 38_A 0.94 0.07 0.00
80_E 114_F 0.94 0.07 0.00
182_E 213_T 0.94 0.07 0.00
304_D 44_S 0.94 0.07 0.00
309_L 29_P 0.94 0.07 0.00
203_R 235_A 0.94 0.07 0.00
265_F 88_H 0.94 0.07 0.00
352_I 48_H 0.94 0.07 0.00
41_I 27_L 0.94 0.07 0.00
166_K 106_P 0.94 0.07 0.00
353_A 200_P 0.94 0.07 0.00
50_E 20_G 0.94 0.07 0.00
301_A 229_K 0.94 0.07 0.00
338_A 157_D 0.94 0.07 0.00
119_G 214_N 0.94 0.07 0.00
179_A 242_F 0.94 0.07 0.00
58_L 134_N 0.94 0.07 0.00
228_R 177_K 0.93 0.07 0.00
44_A 242_F 0.93 0.07 0.00
307_V 29_P 0.93 0.07 0.00
343_G 72_R 0.93 0.07 0.00
343_G 75_D 0.93 0.07 0.00
274_H 220_L 0.93 0.07 0.00
147_E 24_V 0.93 0.07 0.00
310_A 114_F 0.93 0.07 0.00
139_V 213_T 0.93 0.07 0.00
238_G 93_D 0.93 0.07 0.00
135_T 165_K 0.93 0.07 0.00
329_M 212_I 0.92 0.07 0.00
325_G 86_I 0.92 0.07 0.00
140_A 242_F 0.92 0.07 0.00
214_K 94_L 0.92 0.07 0.00
83_L 174_I 0.92 0.07 0.00
19_A 84_V 0.92 0.07 0.00
218_E 238_V 0.92 0.07 0.00
294_S 171_G 0.92 0.07 0.00
103_L 76_T 0.92 0.07 0.00
218_E 111_A 0.92 0.07 0.00
117_Y 153_Q 0.92 0.07 0.00
121_L 153_Q 0.92 0.07 0.00
53_N 21_G 0.91 0.07 0.00
315_G 29_P 0.91 0.07 0.00
187_Q 94_L 0.91 0.07 0.00
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273_L 109_A 0.91 0.07 0.00
162_A 111_A 0.91 0.07 0.00
348_A 114_F 0.91 0.07 0.00
294_S 56_N 0.91 0.07 0.00
50_E 205_V 0.91 0.07 0.00
369_E 92_A 0.91 0.07 0.00
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103_L 217_E 0.90 0.07 0.00
301_A 69_R 0.90 0.07 0.00
277_G 196_V 0.90 0.07 0.00
300_K 217_E 0.90 0.07 0.00
82_S 27_L 0.90 0.07 0.00
220_E 41_R 0.90 0.07 0.00
369_E 116_L 0.90 0.07 0.00
50_E 229_K 0.90 0.07 0.00
290_V 172_S 0.90 0.07 0.00
370_I 117_S 0.90 0.07 0.00
160_Q 204_S 0.90 0.07 0.00
81_R 180_P 0.89 0.07 0.00
322_V 236_E 0.89 0.07 0.00
351_P 201_S 0.89 0.07 0.00
104_S 76_T 0.89 0.07 0.00
132_L 242_F 0.89 0.07 0.00
299_V 95_F 0.89 0.07 0.00
299_V 194_F 0.89 0.07 0.00
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48_L 131_E 0.88 0.07 0.00
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267_P 71_T 0.88 0.07 0.00
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379_P 71_T 0.88 0.07 0.00
190_Q 89_K 0.88 0.07 0.00
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332_Y 28_D 0.87 0.07 0.00
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332_Y 37_G 0.87 0.07 0.00
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332_Y 83_R 0.87 0.07 0.00
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53_N 24_V 0.87 0.06 0.00
106_E 227_R 0.87 0.06 0.00
119_G 54_A 0.87 0.06 0.00
89_A 135_R 0.87 0.06 0.00
48_L 20_G 0.87 0.06 0.00
109_Q 114_F 0.86 0.06 0.00
124_A 42_N 0.86 0.06 0.00
299_V 51_L 0.86 0.06 0.00
79_Q 106_P 0.86 0.06 0.00
202_L 179_K 0.86 0.06 0.00
277_G 197_L 0.86 0.06 0.00
148_E 25_V 0.86 0.06 0.00
167_L 174_I 0.86 0.06 0.00
24_Q 198_K 0.86 0.06 0.00
208_R 44_S 0.86 0.06 0.00
277_G 28_D 0.86 0.06 0.00
277_G 30_G 0.86 0.06 0.00
277_G 31_H 0.86 0.06 0.00
277_G 33_G 0.86 0.06 0.00
277_G 37_G 0.86 0.06 0.00
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277_G 208_E 0.86 0.06 0.00
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267_P 35_D 0.86 0.06 0.00
267_P 97_S 0.86 0.06 0.00
267_P 206_L 0.86 0.06 0.00
305_G 32_G 0.86 0.06 0.00
305_G 35_D 0.86 0.06 0.00
305_G 97_S 0.86 0.06 0.00
305_G 206_L 0.86 0.06 0.00
379_P 32_G 0.86 0.06 0.00
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379_P 97_S 0.86 0.06 0.00
379_P 206_L 0.86 0.06 0.00
309_L 67_D 0.86 0.06 0.00
101_L 127_K 0.86 0.06 0.00
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126_Q 169_T 0.86 0.06 0.00
20_V 233_A 0.85 0.06 0.00
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127_E 153_Q 0.85 0.06 0.00
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320_V 230_I 0.85 0.06 0.00
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301_A 48_H 0.85 0.06 0.00
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115_Q 86_I 0.85 0.06 0.00
172_N 214_N 0.85 0.06 0.00
62_I 104_T 0.85 0.06 0.00
89_A 62_R 0.85 0.06 0.00
313_L 162_D 0.85 0.06 0.00
32_A 85_E 0.85 0.06 0.00
170_A 94_L 0.84 0.06 0.00
55_L 230_I 0.84 0.06 0.00
123_Q 239_I 0.84 0.06 0.00
170_A 230_I 0.84 0.06 0.00
229_D 220_L 0.84 0.06 0.00
302_I 102_G 0.84 0.06 0.00
134_Q 42_N 0.84 0.06 0.00
119_G 238_V 0.84 0.06 0.00
267_P 72_R 0.84 0.06 0.00
267_P 75_D 0.84 0.06 0.00
305_G 72_R 0.84 0.06 0.00
305_G 75_D 0.84 0.06 0.00
379_P 72_R 0.84 0.06 0.00
379_P 75_D 0.84 0.06 0.00
378_N 98_I 0.84 0.06 0.00
369_E 94_L 0.84 0.06 0.00
103_L 178_I 0.84 0.06 0.00
92_R 227_R 0.84 0.06 0.00
384_G 68_A 0.84 0.06 0.00
283_E 90_H 0.84 0.06 0.00
87_L 221_L 0.84 0.06 0.00
268_V 187_R 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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