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OPENSEQ.org
Katherine
Genes: A B A+B
Length: 280 400 593
Sequences: 2633 615 449
Seq/Len: 9.4 1.54 0.76
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.12 0.03 0.65
2 0.12 0.07 0.66
5 0.13 0.13 0.66
10 0.13 0.13 0.66
20 0.13 0.14 0.66
100 0.13 0.19 0.67
∞ 0.22 0.28 0.68
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
234_Y 27_V 1.73 0.83 0.07
225_V 171_L 1.72 0.83 0.07
277_N 59_K 1.65 0.79 0.06
212_L 131_H 1.63 0.77 0.06
34_M 234_I 1.55 0.73 0.05
269_V 63_R 1.53 0.71 0.04
280_G 61_K 1.51 0.70 0.04
28_L 14_A 1.49 0.69 0.04
138_V 262_A 1.40 0.61 0.03
169_I 130_A 1.40 0.61 0.03
79_S 58_A 1.36 0.58 0.03
234_Y 89_G 1.36 0.58 0.03
106_F 126_L 1.36 0.58 0.03
37_V 224_F 1.32 0.55 0.02
56_T 151_L 1.31 0.53 0.02
255_L 145_F 1.30 0.52 0.02
91_L 171_L 1.27 0.50 0.02
56_T 159_E 1.26 0.49 0.02
94_I 151_L 1.25 0.49 0.02
185_F 73_I 1.25 0.49 0.02
32_E 297_G 1.25 0.48 0.02
225_V 57_G 1.22 0.46 0.02
234_Y 86_I 1.22 0.45 0.02
71_V 138_Q 1.21 0.45 0.02
224_A 139_L 1.21 0.45 0.02
75_L 220_L 1.18 0.43 0.02
121_L 80_A 1.18 0.42 0.01
42_T 132_V 1.17 0.42 0.01
70_G 277_L 1.17 0.41 0.01
127_A 231_N 1.16 0.40 0.01
103_L 12_R 1.16 0.40 0.01
253_T 244_T 1.16 0.40 0.01
225_V 275_A 1.15 0.40 0.01
256_I 146_Q 1.14 0.39 0.01
234_Y 314_T 1.14 0.39 0.01
30_Y 185_L 1.14 0.39 0.01
79_S 63_R 1.14 0.39 0.01
168_I 287_F 1.13 0.38 0.01
234_Y 161_N 1.11 0.37 0.01
104_S 98_A 1.11 0.36 0.01
149_A 183_S 1.10 0.36 0.01
254_S 151_L 1.10 0.36 0.01
151_H 116_I 1.10 0.36 0.01
149_A 330_S 1.10 0.36 0.01
79_S 96_S 1.10 0.36 0.01
72_A 94_I 1.09 0.35 0.01
237_S 43_V 1.09 0.35 0.01
72_A 254_N 1.08 0.35 0.01
166_V 24_G 1.08 0.35 0.01
203_N 86_I 1.08 0.34 0.01
100_T 301_F 1.08 0.34 0.01
262_T 112_S 1.08 0.34 0.01
63_V 33_Y 1.07 0.33 0.01
127_A 54_M 1.07 0.33 0.01
155_Y 186_N 1.06 0.33 0.01
39_N 199_L 1.06 0.33 0.01
155_Y 45_V 1.06 0.33 0.01
111_V 59_K 1.05 0.32 0.01
181_F 185_L 1.05 0.32 0.01
154_S 170_G 1.05 0.32 0.01
118_G 167_L 1.05 0.32 0.01
42_T 210_A 1.04 0.32 0.01
166_V 312_L 1.04 0.31 0.01
279_S 312_L 1.04 0.31 0.01
279_S 234_I 1.03 0.30 0.01
127_A 279_V 1.03 0.30 0.01
257_V 239_D 1.03 0.30 0.01
273_S 15_A 1.02 0.30 0.01
150_V 94_I 1.02 0.30 0.01
162_I 125_P 1.01 0.29 0.01
158_S 66_Q 1.01 0.29 0.01
36_Y 89_G 1.01 0.29 0.01
168_I 19_A 1.01 0.29 0.01
218_A 107_I 1.01 0.29 0.01
73_A 20_G 1.01 0.29 0.01
129_A 104_G 1.01 0.29 0.01
195_A 86_I 1.00 0.28 0.01
99_L 268_D 1.00 0.28 0.01
179_A 221_N 1.00 0.28 0.01
147_C 266_F 1.00 0.28 0.01
220_A 92_G 1.00 0.28 0.01
188_V 158_L 1.00 0.28 0.01
103_L 72_D 1.00 0.28 0.01
150_V 151_L 0.99 0.28 0.01
253_T 312_L 0.99 0.28 0.01
33_T 139_L 0.99 0.28 0.01
148_M 163_T 0.99 0.28 0.01
142_I 316_S 0.99 0.27 0.01
138_V 269_A 0.98 0.27 0.01
228_V 165_S 0.98 0.27 0.01
186_T 243_D 0.98 0.27 0.01
100_T 35_A 0.98 0.27 0.01
174_L 221_N 0.98 0.27 0.01
168_I 141_V 0.98 0.27 0.01
164_G 54_M 0.98 0.27 0.01
211_L 257_E 0.98 0.27 0.01
249_Q 145_F 0.97 0.27 0.01
254_S 161_N 0.97 0.26 0.01
77_L 73_I 0.97 0.26 0.01
45_R 116_I 0.97 0.26 0.01
266_S 22_M 0.97 0.26 0.01
106_F 90_E 0.97 0.26 0.01
95_G 173_G 0.97 0.26 0.01
48_T 166_A 0.97 0.26 0.01
155_Y 42_T 0.96 0.26 0.01
169_I 225_D 0.96 0.26 0.01
149_A 337_S 0.96 0.26 0.01
276_F 143_T 0.96 0.26 0.01
119_I 134_A 0.95 0.25 0.01
139_S 132_V 0.95 0.25 0.01
251_V 152_L 0.95 0.25 0.01
127_A 55_E 0.95 0.25 0.01
94_I 198_A 0.95 0.25 0.01
52_V 188_L 0.95 0.25 0.01
150_V 282_D 0.95 0.25 0.01
36_Y 116_I 0.95 0.25 0.01
174_L 231_N 0.95 0.25 0.01
93_D 213_Y 0.95 0.25 0.01
260_V 178_L 0.95 0.25 0.01
150_V 244_T 0.95 0.25 0.01
31_G 133_A 0.95 0.25 0.01
71_V 234_I 0.95 0.25 0.01
277_N 66_Q 0.94 0.25 0.01
113_A 262_A 0.94 0.24 0.01
247_V 213_Y 0.94 0.24 0.01
75_L 314_T 0.94 0.24 0.01
91_L 270_I 0.94 0.24 0.01
92_G 98_A 0.94 0.24 0.01
121_L 106_T 0.93 0.24 0.01
247_V 289_C 0.93 0.24 0.01
237_S 114_E 0.93 0.24 0.01
33_T 192_A 0.93 0.24 0.01
92_G 252_S 0.93 0.24 0.01
124_T 289_C 0.93 0.24 0.01
222_S 148_L 0.93 0.24 0.01
61_A 37_F 0.93 0.24 0.01
43_R 222_T 0.93 0.24 0.01
99_L 128_P 0.93 0.24 0.01
85_V 234_I 0.93 0.23 0.01
43_R 124_K 0.93 0.23 0.01
179_A 107_I 0.92 0.23 0.01
72_A 37_F 0.92 0.23 0.01
247_V 47_S 0.92 0.23 0.01
232_Y 95_P 0.92 0.23 0.01
168_I 178_L 0.92 0.23 0.01
211_L 24_G 0.92 0.23 0.01
220_A 277_L 0.92 0.23 0.01
35_R 120_T 0.92 0.23 0.01
52_V 86_I 0.92 0.23 0.01
142_I 346_P 0.92 0.23 0.01
109_V 107_I 0.92 0.23 0.01
106_F 157_P 0.91 0.23 0.01
109_V 59_K 0.91 0.23 0.01
185_F 82_L 0.91 0.23 0.01
75_L 151_L 0.91 0.23 0.01
169_I 23_V 0.91 0.23 0.01
90_S 14_A 0.91 0.23 0.01
185_F 83_K 0.91 0.23 0.01
266_S 27_V 0.91 0.23 0.01
48_T 199_L 0.91 0.22 0.01
148_M 90_E 0.91 0.22 0.01
161_L 326_T 0.91 0.22 0.01
94_I 94_I 0.91 0.22 0.01
162_I 237_Q 0.90 0.22 0.01
148_M 198_A 0.90 0.22 0.01
266_S 151_L 0.90 0.22 0.01
152_S 207_A 0.90 0.22 0.01
279_S 240_N 0.90 0.22 0.01
94_I 55_E 0.90 0.22 0.01
122_A 18_L 0.90 0.22 0.01
32_E 81_R 0.90 0.22 0.01
228_V 141_V 0.89 0.22 0.01
90_S 97_N 0.89 0.21 0.01
112_V 297_G 0.89 0.21 0.01
176_V 101_R 0.89 0.21 0.01
150_V 167_L 0.89 0.21 0.01
174_L 254_N 0.89 0.21 0.01
149_A 322_A 0.89 0.21 0.01
62_L 151_L 0.89 0.21 0.01
273_S 172_R 0.89 0.21 0.01
75_L 22_M 0.89 0.21 0.01
179_A 155_I 0.89 0.21 0.01
179_A 265_N 0.89 0.21 0.01
203_N 187_T 0.89 0.21 0.01
106_F 324_S 0.89 0.21 0.01
199_D 155_I 0.88 0.21 0.01
216_M 96_S 0.88 0.21 0.01
234_Y 172_R 0.88 0.21 0.01
94_I 132_V 0.88 0.21 0.01
155_Y 184_G 0.88 0.21 0.01
162_I 21_L 0.88 0.21 0.01
118_G 312_L 0.88 0.21 0.01
99_L 270_I 0.88 0.21 0.01
37_V 124_K 0.88 0.21 0.01
169_I 248_T 0.88 0.21 0.01
219_I 30_Y 0.88 0.20 0.01
149_A 282_D 0.88 0.20 0.01
103_L 189_T 0.87 0.20 0.01
132_Q 325_Y 0.87 0.20 0.01
278_L 305_I 0.87 0.20 0.01
161_L 167_L 0.87 0.20 0.01
218_A 146_Q 0.87 0.20 0.01
51_L 294_I 0.87 0.20 0.01
139_S 54_M 0.87 0.20 0.01
256_I 22_M 0.87 0.20 0.01
166_V 232_K 0.87 0.20 0.01
225_V 88_S 0.87 0.20 0.01
217_Q 59_K 0.87 0.20 0.01
223_I 278_K 0.87 0.20 0.01
133_L 287_F 0.87 0.20 0.01
122_A 155_I 0.87 0.20 0.01
180_F 59_K 0.87 0.20 0.01
34_M 208_V 0.87 0.20 0.01
34_M 46_S 0.87 0.20 0.01
64_M 230_I 0.87 0.20 0.01
257_V 65_I 0.86 0.20 0.01
94_I 187_T 0.86 0.20 0.01
148_M 168_S 0.86 0.20 0.01
147_C 248_T 0.86 0.20 0.01
87_G 221_N 0.86 0.20 0.01
48_T 58_A 0.86 0.20 0.01
112_V 90_E 0.86 0.20 0.01
250_A 43_V 0.86 0.20 0.01
89_S 41_D 0.86 0.20 0.01
33_T 39_S 0.86 0.20 0.01
133_L 107_I 0.86 0.20 0.01
162_I 39_S 0.86 0.19 0.01
194_S 185_L 0.86 0.19 0.01
103_L 58_A 0.85 0.19 0.01
230_T 104_G 0.85 0.19 0.01
195_A 192_A 0.85 0.19 0.01
56_T 56_K 0.85 0.19 0.01
76_T 293_G 0.85 0.19 0.01
62_L 20_G 0.85 0.19 0.01
53_A 127_S 0.85 0.19 0.01
157_V 171_L 0.85 0.19 0.01
125_I 15_A 0.85 0.19 0.01
234_Y 296_R 0.85 0.19 0.01
94_I 167_L 0.85 0.19 0.01
69_V 130_A 0.85 0.19 0.01
189_F 20_G 0.85 0.19 0.01
161_L 67_V 0.85 0.19 0.01
237_S 243_D 0.84 0.19 0.01
166_V 9_T 0.84 0.19 0.01
195_A 73_I 0.84 0.19 0.01
226_M 49_R 0.84 0.19 0.01
71_V 233_T 0.84 0.19 0.01
65_I 284_S 0.84 0.18 0.01
181_F 219_D 0.84 0.18 0.01
203_N 20_G 0.84 0.18 0.01
46_K 247_A 0.83 0.18 0.01
181_F 139_L 0.83 0.18 0.01
195_A 25_S 0.83 0.18 0.01
189_F 234_I 0.83 0.18 0.01
273_S 213_Y 0.83 0.18 0.01
88_Y 280_T 0.83 0.18 0.00
152_S 168_S 0.83 0.18 0.00
181_F 243_D 0.83 0.18 0.00
226_M 331_L 0.83 0.18 0.00
71_V 107_I 0.83 0.18 0.00
91_L 253_N 0.83 0.18 0.00
120_A 251_L 0.83 0.18 0.00
56_T 26_A 0.83 0.18 0.00
30_Y 178_L 0.82 0.18 0.00
116_I 311_G 0.82 0.18 0.00
166_V 93_F 0.82 0.18 0.00
156_L 219_D 0.82 0.18 0.00
264_F 30_Y 0.82 0.18 0.00
180_F 107_I 0.82 0.18 0.00
109_V 104_G 0.82 0.18 0.00
117_A 123_P 0.82 0.18 0.00
222_S 106_T 0.82 0.18 0.00
151_H 301_F 0.82 0.18 0.00
235_N 72_D 0.82 0.18 0.00
171_L 37_F 0.82 0.18 0.00
254_S 234_I 0.82 0.18 0.00
33_T 22_M 0.82 0.18 0.00
234_Y 38_T 0.82 0.17 0.00
249_Q 57_G 0.82 0.17 0.00
176_V 309_K 0.82 0.17 0.00
166_V 17_L 0.82 0.17 0.00
40_A 320_L 0.82 0.17 0.00
161_L 247_A 0.82 0.17 0.00
166_V 127_S 0.82 0.17 0.00
277_N 165_S 0.82 0.17 0.00
256_I 101_R 0.82 0.17 0.00
216_M 17_L 0.82 0.17 0.00
34_M 9_T 0.82 0.17 0.00
270_Y 246_L 0.82 0.17 0.00
42_T 26_A 0.82 0.17 0.00
217_Q 104_G 0.81 0.17 0.00
69_V 271_N 0.81 0.17 0.00
75_L 344_G 0.81 0.17 0.00
41_I 307_V 0.81 0.17 0.00
69_V 214_A 0.81 0.17 0.00
139_S 290_L 0.81 0.17 0.00
43_R 214_A 0.81 0.17 0.00
150_V 267_I 0.81 0.17 0.00
65_I 289_C 0.81 0.17 0.00
174_L 163_T 0.81 0.17 0.00
52_V 218_G 0.81 0.17 0.00
209_S 46_S 0.81 0.17 0.00
45_R 65_I 0.81 0.17 0.00
88_Y 87_D 0.81 0.17 0.00
83_I 115_F 0.81 0.17 0.00
62_L 258_T 0.81 0.17 0.00
62_L 144_L 0.81 0.17 0.00
33_T 34_T 0.81 0.17 0.00
84_A 104_G 0.80 0.17 0.00
234_Y 305_I 0.80 0.17 0.00
250_A 73_I 0.80 0.17 0.00
235_N 211_N 0.80 0.17 0.00
162_I 180_A 0.80 0.17 0.00
256_I 150_D 0.80 0.17 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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