May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PQ
Genes: A B A+B
Length: 223 486 679
Sequences: 28518 2605 2292
Seq/Len: 127.88 5.36 3.38
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 3.23
2 0.01 0.00 3.26
5 0.05 0.00 3.29
10 0.08 0.03 3.31
20 0.13 0.03 3.32
100 0.24 0.06 3.39
∞ 0.30 0.15 3.43
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
12_L 284_A 2.92 1.00 1.00
104_H 291_R 2.75 1.00 1.00
82_E 326_S 2.10 1.00 0.99
15_H 288_S 1.74 0.99 0.96
19_Q 292_S 1.54 0.97 0.92
11_L 306_V 1.48 0.96 0.90
192_V 392_K 1.38 0.94 0.86
9_N 285_V 1.29 0.91 0.80
11_L 310_Q 1.27 0.90 0.79
100_T 280_K 1.26 0.89 0.78
84_W 291_R 1.14 0.81 0.68
196_R 268_Y 1.08 0.77 0.62
192_V 393_Y 1.03 0.71 0.56
11_L 309_E 1.00 0.68 0.52
36_A 281_T 1.00 0.68 0.52
106_E 295_S 0.99 0.67 0.51
105_I 292_S 0.98 0.66 0.49
9_N 313_R 0.96 0.64 0.47
15_H 289_T 0.93 0.60 0.44
193_L 327_M 0.90 0.56 0.40
12_L 285_V 0.90 0.56 0.39
114_A 388_D 0.89 0.56 0.39
58_D 214_A 0.89 0.55 0.39
11_L 285_V 0.89 0.55 0.38
79_T 274_D 0.88 0.54 0.38
9_N 388_D 0.88 0.54 0.38
14_H 306_V 0.88 0.54 0.37
23_A 295_S 0.86 0.51 0.35
15_H 378_D 0.86 0.51 0.34
47_I 156_T 0.83 0.48 0.32
22_D 393_Y 0.83 0.47 0.32
153_F 393_Y 0.83 0.47 0.31
84_W 387_L 0.83 0.47 0.31
104_H 287_Q 0.82 0.47 0.31
174_L 197_Y 0.82 0.46 0.30
194_M 276_T 0.82 0.46 0.30
190_I 305_P 0.81 0.45 0.29
162_I 453_T 0.81 0.44 0.29
15_H 285_V 0.81 0.44 0.29
58_D 444_V 0.81 0.44 0.29
75_I 465_S 0.81 0.44 0.29
153_F 444_V 0.80 0.44 0.28
201_I 424_K 0.80 0.43 0.28
56_D 93_G 0.78 0.41 0.26
12_L 281_T 0.78 0.41 0.26
174_L 25_V 0.78 0.41 0.26
175_M 381_E 0.77 0.40 0.25
196_R 322_L 0.77 0.39 0.24
179_Y 245_R 0.76 0.39 0.24
132_F 24_V 0.76 0.39 0.24
53_G 439_R 0.76 0.38 0.24
190_I 392_K 0.75 0.38 0.23
210_I 355_Y 0.74 0.36 0.22
188_H 258_L 0.74 0.36 0.22
164_N 96_L 0.74 0.36 0.21
52_L 247_L 0.73 0.35 0.21
83_S 274_D 0.73 0.35 0.21
144_N 336_E 0.73 0.35 0.21
88_V 280_K 0.73 0.35 0.21
196_R 86_T 0.72 0.34 0.20
83_S 279_L 0.72 0.34 0.20
91_L 216_W 0.72 0.34 0.20
195_G 228_V 0.72 0.34 0.20
212_T 314_I 0.72 0.33 0.20
62_L 219_R 0.72 0.33 0.20
176_L 269_R 0.71 0.33 0.19
60_L 420_I 0.71 0.33 0.19
25_H 217_S 0.71 0.33 0.19
24_G 344_L 0.71 0.32 0.19
127_I 352_N 0.71 0.32 0.19
12_L 268_Y 0.71 0.32 0.19
9_N 281_T 0.71 0.32 0.19
3_V 425_R 0.70 0.32 0.18
7_E 260_S 0.70 0.32 0.18
117_R 283_L 0.70 0.31 0.18
135_D 25_V 0.70 0.31 0.18
87_K 255_N 0.69 0.31 0.18
143_I 264_R 0.69 0.31 0.18
195_G 392_K 0.69 0.31 0.18
75_I 181_I 0.69 0.31 0.18
152_A 93_G 0.69 0.31 0.18
196_R 351_L 0.69 0.31 0.17
47_I 261_E 0.69 0.31 0.17
174_L 264_R 0.69 0.31 0.17
162_I 290_L 0.69 0.30 0.17
70_D 317_Q 0.69 0.30 0.17
215_G 326_S 0.69 0.30 0.17
135_D 411_I 0.69 0.30 0.17
159_E 374_G 0.69 0.30 0.17
75_I 293_L 0.68 0.29 0.17
201_I 307_M 0.68 0.29 0.17
179_Y 257_L 0.68 0.29 0.17
153_F 271_T 0.68 0.29 0.16
188_H 276_T 0.68 0.29 0.16
68_S 216_W 0.68 0.29 0.16
54_L 24_V 0.68 0.29 0.16
48_A 421_P 0.67 0.29 0.16
178_L 476_F 0.67 0.28 0.16
9_N 257_L 0.67 0.28 0.16
193_L 328_R 0.67 0.28 0.16
66_W 422_L 0.67 0.28 0.16
72_S 343_L 0.67 0.28 0.15
23_A 290_L 0.67 0.28 0.15
194_M 33_G 0.67 0.28 0.15
131_P 269_R 0.66 0.28 0.15
9_N 470_A 0.66 0.27 0.15
155_Y 231_L 0.66 0.27 0.15
153_F 275_L 0.66 0.27 0.15
110_A 432_G 0.66 0.27 0.15
87_K 290_L 0.66 0.27 0.15
7_E 320_Y 0.66 0.27 0.15
190_I 393_Y 0.66 0.27 0.15
171_K 455_Q 0.65 0.27 0.14
107_E 281_T 0.65 0.26 0.14
9_N 420_I 0.65 0.26 0.14
166_G 454_E 0.65 0.26 0.14
196_R 328_R 0.65 0.26 0.14
147_V 233_E 0.65 0.26 0.14
187_S 176_V 0.65 0.26 0.14
86_D 270_T 0.65 0.26 0.14
19_Q 44_F 0.64 0.26 0.14
148_I 344_L 0.64 0.25 0.14
61_S 194_W 0.64 0.25 0.14
6_V 33_G 0.64 0.25 0.14
130_P 474_V 0.64 0.25 0.13
161_L 392_K 0.64 0.25 0.13
5_V 55_E 0.64 0.25 0.13
186_E 98_A 0.64 0.25 0.13
64_R 426_E 0.64 0.25 0.13
179_Y 278_S 0.63 0.25 0.13
6_V 405_T 0.63 0.25 0.13
16_L 363_S 0.63 0.24 0.13
179_Y 288_S 0.63 0.24 0.13
27_V 221_I 0.63 0.24 0.13
171_K 321_Y 0.63 0.24 0.13
99_V 212_V 0.63 0.24 0.12
52_L 351_L 0.63 0.24 0.12
192_V 388_D 0.63 0.24 0.12
191_D 221_I 0.63 0.24 0.12
194_M 427_V 0.63 0.24 0.12
18_V 13_L 0.63 0.24 0.12
5_V 470_A 0.62 0.24 0.12
194_M 423_S 0.62 0.24 0.12
180_P 385_N 0.62 0.24 0.12
135_D 302_D 0.62 0.24 0.12
100_T 391_C 0.62 0.23 0.12
87_K 314_I 0.62 0.23 0.12
112_M 280_K 0.62 0.23 0.12
88_V 229_R 0.62 0.23 0.12
155_Y 225_A 0.62 0.23 0.12
90_V 276_T 0.62 0.23 0.12
191_D 179_D 0.62 0.23 0.12
201_I 372_F 0.62 0.23 0.12
183_E 449_A 0.62 0.23 0.12
196_R 129_T 0.62 0.23 0.12
78_L 447_A 0.62 0.23 0.12
53_G 436_D 0.62 0.23 0.12
146_E 342_P 0.62 0.23 0.12
219_L 447_A 0.62 0.23 0.12
31_E 397_F 0.61 0.23 0.12
61_S 459_K 0.61 0.23 0.12
71_V 436_D 0.61 0.23 0.12
191_D 217_S 0.61 0.23 0.12
162_I 346_N 0.61 0.23 0.12
70_D 212_V 0.61 0.23 0.12
189_T 84_T 0.61 0.22 0.11
160_T 231_L 0.61 0.22 0.11
126_V 207_I 0.61 0.22 0.11
7_E 322_L 0.61 0.22 0.11
41_N 457_E 0.61 0.22 0.11
88_V 435_V 0.61 0.22 0.11
174_L 370_I 0.61 0.22 0.11
25_H 284_A 0.61 0.22 0.11
46_D 383_M 0.61 0.22 0.11
44_I 457_E 0.60 0.22 0.11
105_I 291_R 0.60 0.22 0.11
161_L 193_S 0.60 0.22 0.11
9_N 310_Q 0.60 0.22 0.11
179_Y 244_T 0.60 0.22 0.11
128_S 360_V 0.60 0.22 0.11
189_T 220_P 0.60 0.22 0.11
114_A 441_G 0.60 0.22 0.11
3_V 19_L 0.60 0.22 0.11
174_L 209_L 0.60 0.22 0.11
152_A 264_R 0.60 0.22 0.11
163_R 428_I 0.60 0.21 0.11
37_D 357_R 0.60 0.21 0.11
6_V 385_N 0.60 0.21 0.11
19_Q 293_L 0.60 0.21 0.11
62_L 450_R 0.60 0.21 0.11
47_I 441_G 0.59 0.21 0.10
91_L 158_S 0.59 0.21 0.10
20_I 17_F 0.59 0.21 0.10
119_N 416_D 0.59 0.21 0.10
146_E 476_F 0.59 0.21 0.10
192_V 244_T 0.59 0.21 0.10
110_A 322_L 0.59 0.21 0.10
88_V 196_I 0.59 0.21 0.10
53_G 320_Y 0.59 0.21 0.10
188_H 257_L 0.59 0.21 0.10
216_Q 453_T 0.59 0.21 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10955 3.84 PhoPQ Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.98 Done - Shared
5226 3.46 phoPQ (A, all) (B, all)_delta1-2 Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
5215 30.85 phoPQ (A, 1-110) (B, 265-475)_delta1-2 Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done
1239 3.38 PQ Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 1.00 Done
0685 19.86 phoPQ Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 1.00 Done
Page generated in 2.2026 seconds.