May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
T1046s1_T1046s2_FIX
Genes: A B A+B
Length: 232 365 560
Sequences: 997 922 755
Seq/Len: 4.3 2.53 1.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.06 0.98
2 0.06 0.06 1.08
5 0.06 0.06 1.14
10 0.06 0.06 1.20
20 0.06 0.06 1.26
100 0.06 0.06 1.30
∞ 0.09 0.09 1.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
52_F 133_V 2.85 1.00 1.00
50_S 170_V 1.88 0.96 0.92
70_R 72_T 1.68 0.91 0.84
82_L 257_S 1.35 0.74 0.59
206_E 270_L 1.29 0.69 0.52
222_L 253_V 1.26 0.67 0.49
50_S 136_L 1.26 0.66 0.49
185_N 286_R 1.25 0.66 0.48
222_L 158_N 1.23 0.64 0.46
147_T 302_T 1.21 0.62 0.44
157_V 242_M 1.18 0.59 0.40
49_G 128_G 1.17 0.58 0.40
144_F 275_V 1.17 0.58 0.40
179_R 143_V 1.16 0.57 0.38
130_N 244_V 1.12 0.54 0.35
49_G 158_N 1.10 0.51 0.32
39_P 262_V 1.08 0.49 0.30
141_S 272_S 1.08 0.49 0.30
188_T 261_S 1.07 0.48 0.29
80_I 116_L 1.07 0.48 0.29
51_I 128_G 1.06 0.48 0.29
80_I 18_Q 1.06 0.47 0.28
184_V 80_Q 1.06 0.47 0.28
66_F 58_T 1.05 0.47 0.28
103_N 48_T 1.05 0.46 0.27
50_S 89_V 1.05 0.46 0.27
196_P 295_T 1.04 0.46 0.27
80_I 221_I 1.04 0.45 0.26
21_G 203_T 1.03 0.44 0.26
168_Q 265_N 1.03 0.44 0.26
66_F 65_M 1.03 0.44 0.25
140_A 273_C 1.02 0.44 0.25
109_V 284_V 1.02 0.43 0.25
52_F 136_L 1.02 0.43 0.24
65_L 275_V 1.01 0.42 0.24
198_T 51_Q 1.01 0.42 0.24
136_G 358_L 1.00 0.42 0.23
186_P 96_F 1.00 0.41 0.23
202_D 360_A 1.00 0.41 0.23
185_N 261_S 0.99 0.40 0.22
197_S 345_L 0.98 0.40 0.21
50_S 22_I 0.98 0.40 0.21
195_V 352_M 0.98 0.39 0.21
72_R 109_S 0.97 0.39 0.21
154_Q 235_F 0.97 0.39 0.20
99_D 237_A 0.97 0.38 0.20
195_V 95_P 0.96 0.38 0.20
180_F 273_C 0.96 0.37 0.20
161_L 113_A 0.96 0.37 0.20
216_A 279_N 0.96 0.37 0.19
139_N 133_V 0.96 0.37 0.19
51_I 136_L 0.96 0.37 0.19
99_D 244_V 0.93 0.35 0.17
78_L 103_I 0.93 0.35 0.17
184_V 305_T 0.93 0.34 0.17
207_Y 328_L 0.93 0.34 0.17
18_S 239_I 0.93 0.34 0.17
160_N 364_I 0.92 0.34 0.17
185_N 150_A 0.92 0.34 0.17
174_G 101_Q 0.91 0.33 0.16
139_N 276_A 0.91 0.33 0.16
13_S 221_I 0.91 0.33 0.16
188_T 286_R 0.91 0.33 0.16
189_I 165_I 0.91 0.32 0.15
50_S 97_G 0.90 0.32 0.15
92_S 109_S 0.89 0.31 0.15
209_G 290_V 0.89 0.31 0.14
94_A 284_V 0.88 0.30 0.14
168_Q 281_S 0.88 0.30 0.14
180_F 112_N 0.88 0.30 0.14
16_V 296_P 0.88 0.30 0.14
201_A 365_I 0.88 0.30 0.14
88_A 250_D 0.88 0.30 0.14
48_N 178_Q 0.87 0.30 0.14
160_N 96_F 0.87 0.30 0.14
202_D 125_P 0.87 0.30 0.13
171_I 124_T 0.87 0.29 0.13
176_E 101_Q 0.87 0.29 0.13
204_R 236_L 0.87 0.29 0.13
202_D 334_A 0.87 0.29 0.13
99_D 131_S 0.87 0.29 0.13
186_P 23_R 0.87 0.29 0.13
229_L 287_Q 0.87 0.29 0.13
179_R 225_V 0.86 0.29 0.13
143_T 88_M 0.86 0.29 0.13
226_F 223_V 0.86 0.28 0.13
131_T 141_I 0.86 0.28 0.12
185_N 357_C 0.86 0.28 0.12
158_N 204_I 0.85 0.28 0.12
193_N 61_T 0.85 0.28 0.12
80_I 165_I 0.85 0.28 0.12
54_S 185_L 0.85 0.28 0.12
174_G 257_S 0.85 0.28 0.12
78_L 142_L 0.85 0.28 0.12
135_K 304_V 0.85 0.28 0.12
144_F 282_V 0.85 0.28 0.12
142_N 54_Q 0.85 0.27 0.12
103_N 227_S 0.84 0.27 0.12
21_G 133_V 0.84 0.27 0.12
15_L 297_F 0.84 0.27 0.12
218_N 358_L 0.84 0.27 0.12
126_A 295_T 0.84 0.27 0.12
196_P 296_P 0.84 0.27 0.12
183_V 364_I 0.84 0.27 0.12
52_F 270_L 0.84 0.27 0.12
158_N 304_V 0.84 0.27 0.11
96_A 270_L 0.84 0.27 0.11
173_Q 81_L 0.83 0.27 0.11
141_S 95_P 0.83 0.26 0.11
178_I 355_A 0.83 0.26 0.11
46_V 224_R 0.83 0.26 0.11
167_K 232_Q 0.83 0.26 0.11
94_A 254_V 0.83 0.26 0.11
19_L 13_V 0.83 0.26 0.11
34_A 236_L 0.83 0.26 0.11
75_G 336_N 0.83 0.26 0.11
124_V 27_S 0.82 0.26 0.11
16_V 14_T 0.82 0.26 0.11
68_D 113_A 0.82 0.26 0.11
135_K 298_G 0.82 0.26 0.11
81_V 143_V 0.82 0.26 0.11
15_L 169_A 0.82 0.26 0.11
176_E 157_V 0.82 0.26 0.11
176_E 232_Q 0.82 0.25 0.10
171_I 106_V 0.82 0.25 0.10
89_S 318_S 0.82 0.25 0.10
148_L 23_R 0.82 0.25 0.10
232_M 276_A 0.81 0.25 0.10
206_E 262_V 0.81 0.25 0.10
77_T 131_S 0.81 0.25 0.10
119_N 162_G 0.81 0.25 0.10
140_A 286_R 0.81 0.25 0.10
194_T 25_L 0.81 0.25 0.10
53_Q 127_K 0.81 0.25 0.10
202_D 64_N 0.81 0.25 0.10
189_I 27_S 0.81 0.25 0.10
65_L 123_M 0.81 0.25 0.10
123_D 235_F 0.81 0.24 0.10
215_E 97_G 0.81 0.24 0.10
15_L 312_L 0.81 0.24 0.10
83_Q 22_I 0.81 0.24 0.10
88_A 221_I 0.80 0.24 0.10
92_S 52_T 0.80 0.24 0.10
205_I 244_V 0.80 0.24 0.10
83_Q 296_P 0.80 0.24 0.09
216_A 157_V 0.80 0.23 0.09
72_R 165_I 0.80 0.23 0.09
102_T 71_I 0.79 0.23 0.09
201_A 288_A 0.79 0.23 0.09
80_I 161_N 0.79 0.23 0.09
77_T 170_V 0.79 0.23 0.09
183_V 255_I 0.79 0.23 0.09
148_L 159_Q 0.79 0.23 0.09
66_F 221_I 0.79 0.23 0.09
20_T 126_L 0.79 0.23 0.09
160_N 359_R 0.79 0.23 0.09
226_F 117_R 0.79 0.23 0.09
13_S 190_N 0.79 0.23 0.09
200_V 22_I 0.79 0.23 0.09
12_S 15_T 0.79 0.23 0.09
24_W 171_I 0.79 0.23 0.09
184_V 280_L 0.79 0.23 0.09
17_L 237_A 0.78 0.23 0.09
205_I 53_T 0.78 0.23 0.09
174_G 340_A 0.78 0.23 0.09
54_S 252_K 0.78 0.22 0.09
99_D 37_I 0.78 0.22 0.09
106_F 28_V 0.78 0.22 0.09
152_V 76_G 0.78 0.22 0.09
17_L 15_T 0.78 0.22 0.09
175_T 98_R 0.77 0.22 0.08
208_V 269_T 0.77 0.22 0.08
17_L 141_I 0.77 0.22 0.08
190_S 62_L 0.77 0.22 0.08
178_I 185_L 0.77 0.22 0.08
127_S 206_R 0.77 0.22 0.08
165_G 328_L 0.77 0.22 0.08
224_R 305_T 0.77 0.22 0.08
65_L 37_I 0.77 0.22 0.08
224_R 122_L 0.77 0.22 0.08
144_F 331_V 0.76 0.21 0.08
213_I 62_L 0.76 0.21 0.08
190_S 290_V 0.76 0.21 0.08
195_V 173_R 0.76 0.21 0.08
29_P 133_V 0.76 0.21 0.08
139_N 236_L 0.76 0.21 0.08
136_G 69_L 0.76 0.21 0.08
15_L 148_A 0.76 0.21 0.08
220_G 109_S 0.76 0.21 0.08
223_Q 295_T 0.76 0.21 0.08
195_V 170_V 0.76 0.21 0.08
183_V 200_I 0.76 0.21 0.08
220_G 259_T 0.76 0.21 0.08
151_T 360_A 0.76 0.21 0.08
39_P 152_G 0.76 0.21 0.08
101_K 221_I 0.75 0.21 0.08
206_E 331_V 0.75 0.21 0.08
92_S 204_I 0.75 0.21 0.08
133_N 254_V 0.75 0.21 0.07
113_L 28_V 0.75 0.21 0.07
207_Y 65_M 0.75 0.21 0.07
189_I 315_S 0.75 0.21 0.07
146_G 352_M 0.75 0.20 0.07
168_Q 341_T 0.75 0.20 0.07
218_N 269_T 0.75 0.20 0.07
97_S 204_I 0.75 0.20 0.07
65_L 241_N 0.75 0.20 0.07
149_T 256_N 0.75 0.20 0.07
192_S 244_V 0.75 0.20 0.07
172_N 221_I 0.75 0.20 0.07
88_A 264_M 0.75 0.20 0.07
130_N 156_Q 0.75 0.20 0.07
11_I 302_T 0.75 0.20 0.07
92_S 273_C 0.75 0.20 0.07
85_N 237_A 0.75 0.20 0.07
22_C 68_Q 0.74 0.20 0.07
90_K 158_N 0.74 0.20 0.07
114_Q 283_T 0.74 0.20 0.07
123_D 68_Q 0.74 0.20 0.07
77_T 304_V 0.74 0.20 0.07
82_L 108_S 0.74 0.20 0.07
148_L 284_V 0.74 0.20 0.07
189_I 48_T 0.74 0.20 0.07
79_T 129_V 0.74 0.20 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12376 1.35 T1046s1_T1046s2_FIX Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done - Shared
12278 1.35 FlgH-FlgI Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done - Shared
Page generated in 0.5361 seconds.