May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
EscV_EscU
Genes: A B A+B
Length: 675 345 944
Sequences: 1449 1879 1239
Seq/Len: 2.15 5.45 1.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.87
2 0.01 0.01 0.98
5 0.01 0.01 1.01
10 0.01 0.01 1.13
20 0.01 0.01 1.21
100 0.02 0.01 1.30
∞ 0.08 0.08 1.39
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
218_M 9_T 1.35 0.74 0.01
85_V 175_T 1.22 0.62 0.01
220_Q 138_E 1.22 0.62 0.01
187_S 242_S 1.19 0.59 0.01
504_L 226_D 1.11 0.52 0.01
670_V 35_L 1.11 0.52 0.01
117_L 214_K 1.10 0.51 0.01
114_V 219_E 1.10 0.50 0.01
200_I 10_P 1.08 0.48 0.01
330_G 147_V 1.06 0.46 0.01
121_T 9_T 1.05 0.45 0.01
82_S 152_I 1.03 0.44 0.01
210_L 220_V 1.03 0.43 0.01
125_I 157_G 1.02 0.43 0.01
311_A 118_A 1.02 0.43 0.01
578_N 8_P 1.02 0.43 0.01
250_I 234_K 1.00 0.41 0.01
167_D 191_L 0.99 0.40 0.01
115_V 203_W 0.98 0.39 0.01
199_A 126_N 0.98 0.38 0.01
485_I 259_I 0.97 0.38 0.01
506_K 196_L 0.97 0.38 0.01
484_F 278_P 0.96 0.37 0.01
227_E 268_I 0.96 0.37 0.01
629_I 79_L 0.96 0.37 0.01
122_I 211_K 0.95 0.36 0.01
364_S 254_K 0.94 0.35 0.01
244_Q 138_E 0.94 0.35 0.01
135_A 270_L 0.94 0.35 0.01
38_V 7_K 0.94 0.35 0.01
362_Y 249_L 0.94 0.35 0.01
126_V 241_H 0.94 0.34 0.01
222_D 85_Y 0.93 0.34 0.00
605_I 266_I 0.93 0.34 0.00
249_I 1_M 0.92 0.33 0.00
138_V 180_A 0.92 0.33 0.00
21_L 214_K 0.92 0.33 0.00
660_N 238_R 0.92 0.33 0.00
85_V 57_N 0.92 0.33 0.00
237_V 71_I 0.91 0.33 0.00
523_R 219_E 0.91 0.33 0.00
196_K 26_E 0.91 0.33 0.00
312_V 195_L 0.91 0.33 0.00
577_L 32_V 0.91 0.32 0.00
207_L 199_V 0.91 0.32 0.00
323_K 79_L 0.91 0.32 0.00
404_L 97_T 0.91 0.32 0.00
219_W 227_T 0.90 0.32 0.00
16_D 261_K 0.90 0.32 0.00
585_D 192_F 0.90 0.31 0.00
630_L 89_I 0.90 0.31 0.00
219_W 84_L 0.90 0.31 0.00
404_L 12_K 0.90 0.31 0.00
529_V 77_A 0.89 0.30 0.00
282_N 75_L 0.89 0.30 0.00
378_F 230_N 0.89 0.30 0.00
637_R 288_D 0.89 0.30 0.00
232_F 39_S 0.89 0.30 0.00
509_Q 238_R 0.89 0.30 0.00
69_F 6_E 0.88 0.30 0.00
71_T 222_R 0.88 0.30 0.00
119_I 220_V 0.88 0.30 0.00
245_I 233_I 0.88 0.30 0.00
172_K 85_Y 0.88 0.29 0.00
237_V 259_I 0.88 0.29 0.00
72_I 45_G 0.87 0.29 0.00
21_L 127_L 0.87 0.29 0.00
125_I 230_N 0.87 0.29 0.00
160_D 4_K 0.87 0.29 0.00
163_A 125_N 0.87 0.29 0.00
270_N 112_E 0.87 0.29 0.00
44_A 203_W 0.87 0.28 0.00
629_I 138_E 0.87 0.28 0.00
223_M 80_N 0.86 0.28 0.00
668_G 197_F 0.86 0.28 0.00
652_V 164_F 0.86 0.28 0.00
290_A 260_V 0.86 0.28 0.00
529_V 74_I 0.86 0.28 0.00
203_I 87_L 0.86 0.28 0.00
560_I 88_P 0.86 0.28 0.00
535_R 222_R 0.86 0.28 0.00
172_K 116_P 0.85 0.27 0.00
82_S 239_R 0.85 0.27 0.00
227_E 164_F 0.85 0.27 0.00
142_S 212_K 0.85 0.27 0.00
469_I 97_T 0.85 0.27 0.00
528_N 226_D 0.85 0.27 0.00
216_I 195_L 0.85 0.27 0.00
439_T 242_S 0.85 0.27 0.00
232_F 99_T 0.84 0.27 0.00
203_I 140_L 0.84 0.27 0.00
206_V 144_F 0.84 0.27 0.00
653_L 219_E 0.84 0.27 0.00
185_Y 244_I 0.84 0.27 0.00
291_A 18_K 0.84 0.27 0.00
247_A 204_F 0.84 0.26 0.00
513_G 60_I 0.84 0.26 0.00
364_S 249_L 0.84 0.26 0.00
161_M 270_L 0.84 0.26 0.00
360_N 261_K 0.84 0.26 0.00
53_L 142_S 0.83 0.26 0.00
323_K 129_N 0.83 0.26 0.00
327_F 271_Y 0.83 0.26 0.00
73_L 9_T 0.83 0.26 0.00
114_V 238_R 0.83 0.26 0.00
126_V 206_K 0.83 0.26 0.00
355_L 214_K 0.83 0.26 0.00
317_I 140_L 0.83 0.26 0.00
529_V 172_A 0.83 0.26 0.00
517_I 85_Y 0.83 0.26 0.00
582_I 237_R 0.83 0.26 0.00
43_I 156_M 0.83 0.26 0.00
169_L 221_K 0.83 0.25 0.00
553_I 120_K 0.82 0.25 0.00
211_F 161_A 0.82 0.25 0.00
555_C 234_K 0.82 0.25 0.00
133_K 257_T 0.82 0.25 0.00
228_A 121_I 0.82 0.25 0.00
172_K 12_K 0.82 0.25 0.00
635_I 118_A 0.82 0.25 0.00
299_I 98_V 0.82 0.25 0.00
52_L 75_L 0.82 0.25 0.00
29_M 205_Q 0.82 0.25 0.00
484_F 149_I 0.82 0.25 0.00
287_L 211_K 0.81 0.24 0.00
497_M 112_E 0.81 0.24 0.00
322_Q 136_I 0.81 0.24 0.00
577_L 121_I 0.81 0.24 0.00
29_M 182_F 0.81 0.24 0.00
353_L 256_S 0.81 0.24 0.00
187_S 119_Q 0.81 0.24 0.00
183_Q 195_L 0.81 0.24 0.00
24_F 209_G 0.81 0.24 0.00
85_V 184_F 0.81 0.24 0.00
311_A 109_F 0.81 0.24 0.00
146_S 272_Y 0.81 0.24 0.00
85_V 214_K 0.81 0.24 0.00
653_L 216_S 0.81 0.24 0.00
412_D 233_I 0.81 0.24 0.00
208_V 158_H 0.81 0.24 0.00
82_S 281_L 0.80 0.24 0.00
315_L 235_G 0.80 0.24 0.00
75_I 164_F 0.80 0.24 0.00
658_V 86_I 0.80 0.24 0.00
284_R 124_K 0.80 0.23 0.00
273_G 195_L 0.80 0.23 0.00
49_T 254_K 0.80 0.23 0.00
375_W 250_A 0.80 0.23 0.00
203_I 32_V 0.80 0.23 0.00
86_S 202_F 0.80 0.23 0.00
119_I 151_L 0.80 0.23 0.00
567_L 288_D 0.80 0.23 0.00
174_L 103_S 0.80 0.23 0.00
167_D 289_A 0.80 0.23 0.00
247_A 150_T 0.80 0.23 0.00
325_R 214_K 0.80 0.23 0.00
136_E 216_S 0.80 0.23 0.00
129_M 15_D 0.79 0.23 0.00
615_G 98_V 0.79 0.23 0.00
292_L 90_S 0.79 0.23 0.00
106_N 139_L 0.79 0.23 0.00
563_R 197_F 0.79 0.23 0.00
212_G 164_F 0.79 0.23 0.00
549_K 24_K 0.79 0.23 0.00
41_I 259_I 0.79 0.23 0.00
202_G 182_F 0.79 0.23 0.00
65_E 255_K 0.79 0.23 0.00
400_I 284_E 0.79 0.23 0.00
647_F 207_H 0.79 0.23 0.00
520_I 216_S 0.79 0.23 0.00
472_L 284_E 0.79 0.23 0.00
124_T 222_R 0.78 0.22 0.00
369_Q 284_E 0.78 0.22 0.00
188_M 272_Y 0.78 0.22 0.00
353_L 260_V 0.78 0.22 0.00
484_F 120_K 0.78 0.22 0.00
56_L 79_L 0.78 0.22 0.00
630_L 233_I 0.78 0.22 0.00
236_S 236_E 0.78 0.22 0.00
170_E 240_L 0.78 0.22 0.00
390_V 260_V 0.78 0.22 0.00
412_D 119_Q 0.78 0.22 0.00
641_K 27_E 0.78 0.22 0.00
103_S 282_V 0.78 0.22 0.00
227_E 114_I 0.78 0.22 0.00
279_V 152_I 0.77 0.22 0.00
347_S 8_P 0.77 0.21 0.00
42_I 41_F 0.77 0.21 0.00
112_N 245_Q 0.77 0.21 0.00
109_V 42_S 0.77 0.21 0.00
204_I 230_N 0.77 0.21 0.00
589_E 100_T 0.77 0.21 0.00
165_V 193_G 0.77 0.21 0.00
311_A 108_I 0.77 0.21 0.00
223_M 221_K 0.77 0.21 0.00
60_I 27_E 0.77 0.21 0.00
613_I 239_R 0.77 0.21 0.00
136_E 1_M 0.77 0.21 0.00
494_M 109_F 0.77 0.21 0.00
195_V 145_K 0.77 0.21 0.00
556_E 104_Q 0.77 0.21 0.00
299_I 220_V 0.77 0.21 0.00
275_I 37_L 0.76 0.21 0.00
442_I 261_K 0.76 0.21 0.00
163_A 91_L 0.76 0.21 0.00
118_V 242_S 0.76 0.21 0.00
397_D 248_S 0.76 0.21 0.00
298_I 4_K 0.76 0.21 0.00
121_T 234_K 0.76 0.21 0.00
205_I 259_I 0.76 0.21 0.00
139_A 191_L 0.76 0.21 0.00
127_Q 122_S 0.76 0.20 0.00
17_L 177_V 0.76 0.20 0.00
32_I 285_T 0.76 0.20 0.00
138_V 15_D 0.76 0.20 0.00
131_I 230_N 0.76 0.20 0.00
402_F 200_F 0.76 0.20 0.00
167_D 243_E 0.75 0.20 0.00
661_N 219_E 0.75 0.20 0.00
118_V 6_E 0.75 0.20 0.00
460_D 250_A 0.75 0.20 0.00
621_M 243_E 0.75 0.20 0.00
19_L 37_L 0.75 0.20 0.00
594_I 146_L 0.75 0.20 0.00
324_K 214_K 0.75 0.20 0.00
255_G 230_N 0.75 0.20 0.00
584_S 27_E 0.75 0.20 0.00
136_E 7_K 0.75 0.20 0.00
628_V 10_P 0.75 0.20 0.00
650_V 233_I 0.74 0.20 0.00
222_D 114_I 0.74 0.20 0.00
305_L 78_V 0.74 0.20 0.00
398_S 31_A 0.74 0.20 0.00
45_I 178_V 0.74 0.20 0.00
48_S 199_V 0.74 0.20 0.00
172_K 199_V 0.74 0.20 0.00
48_S 127_L 0.74 0.20 0.00
605_I 287_K 0.74 0.20 0.00
298_I 176_L 0.74 0.20 0.00
304_T 148_I 0.74 0.20 0.00
507_E 106_G 0.74 0.20 0.00
658_V 83_L 0.74 0.20 0.00
513_G 87_L 0.74 0.20 0.00
615_G 195_L 0.74 0.20 0.00
375_W 212_K 0.74 0.19 0.00
330_G 36_I 0.74 0.19 0.00
658_V 4_K 0.74 0.19 0.00
548_E 113_K 0.74 0.19 0.00
289_S 27_E 0.74 0.19 0.00
336_M 91_L 0.74 0.19 0.00
342_N 230_N 0.74 0.19 0.00
138_V 232_E 0.73 0.19 0.00
208_V 109_F 0.73 0.19 0.00
314_L 144_F 0.73 0.19 0.00
283_S 211_K 0.73 0.19 0.00
182_S 216_S 0.73 0.19 0.00
621_M 27_E 0.73 0.19 0.00
420_Y 221_K 0.73 0.19 0.00
480_N 132_S 0.73 0.19 0.00
316_G 209_G 0.73 0.19 0.00
515_S 156_M 0.73 0.19 0.00
672_D 99_T 0.73 0.19 0.00
292_L 27_E 0.73 0.19 0.00
293_M 155_F 0.73 0.19 0.00
520_I 38_F 0.73 0.19 0.00
66_L 155_F 0.73 0.19 0.00
436_K 279_L 0.73 0.19 0.00
583_G 194_Y 0.73 0.19 0.00
156_S 134_K 0.73 0.19 0.00
236_S 177_V 0.73 0.19 0.00
192_M 241_H 0.73 0.19 0.00
355_L 238_R 0.73 0.19 0.00
293_M 271_Y 0.73 0.19 0.00
569_R 214_K 0.73 0.19 0.00
609_R 121_I 0.73 0.19 0.00
298_I 91_L 0.73 0.19 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12940 1.31 EscV-EscU Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.13 Done - Shared
12367 1.31 EscV_EscU Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
Page generated in 0.896 seconds.