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OPENSEQ.org
EscV_EscR
Genes: A B A+B
Length: 675 217 857
Sequences: 1449 1404 983
Seq/Len: 2.15 6.47 1.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.02
5 0.01 0.00 0.79
10 0.01 0.00 0.96
20 0.01 0.01 1.10
100 0.02 0.01 1.26
∞ 0.08 0.08 1.43
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
19_L 165_L 1.61 0.86 0.15
378_F 187_S 1.35 0.70 0.07
57_S 39_I 1.33 0.68 0.07
167_D 108_G 1.32 0.67 0.07
396_N 39_I 1.32 0.67 0.07
443_V 164_Y 1.22 0.58 0.05
237_V 15_I 1.21 0.57 0.05
255_G 190_T 1.21 0.57 0.05
42_I 106_Y 1.17 0.53 0.04
249_I 61_S 1.15 0.52 0.04
585_D 163_L 1.14 0.51 0.04
233_S 68_M 1.14 0.51 0.04
167_D 197_I 1.14 0.50 0.04
240_A 193_I 1.14 0.50 0.04
55_M 168_I 1.12 0.49 0.04
107_F 50_I 1.12 0.48 0.03
24_F 214_L 1.11 0.48 0.03
502_N 199_L 1.11 0.47 0.03
520_I 173_I 1.09 0.46 0.03
529_V 137_K 1.09 0.46 0.03
23_F 58_A 1.09 0.46 0.03
203_I 189_V 1.09 0.46 0.03
648_P 208_K 1.09 0.45 0.03
57_S 184_M 1.08 0.45 0.03
388_I 168_I 1.08 0.45 0.03
404_L 90_T 1.07 0.43 0.03
451_Q 107_R 1.06 0.43 0.03
178_V 184_M 1.05 0.42 0.03
169_L 67_T 1.03 0.40 0.03
138_V 198_L 1.02 0.40 0.03
119_I 41_L 1.02 0.40 0.03
486_G 149_T 1.02 0.39 0.03
529_V 201_I 1.01 0.39 0.02
133_K 184_M 1.01 0.38 0.02
460_D 65_I 1.01 0.38 0.02
32_I 180_A 1.00 0.38 0.02
76_T 190_T 1.00 0.37 0.02
477_V 48_L 1.00 0.37 0.02
661_N 197_I 1.00 0.37 0.02
289_S 163_L 0.99 0.37 0.02
69_F 71_M 0.99 0.37 0.02
115_V 154_E 0.99 0.36 0.02
170_E 106_Y 0.98 0.35 0.02
255_G 18_F 0.98 0.35 0.02
161_M 15_I 0.97 0.35 0.02
203_I 181_L 0.96 0.34 0.02
17_L 143_I 0.96 0.34 0.02
168_P 187_S 0.95 0.33 0.02
51_L 197_I 0.95 0.33 0.02
23_F 181_L 0.95 0.33 0.02
127_Q 46_N 0.94 0.32 0.02
218_M 142_F 0.94 0.32 0.02
290_A 145_L 0.94 0.32 0.02
55_M 189_V 0.94 0.32 0.02
411_K 16_I 0.93 0.31 0.02
142_S 20_L 0.93 0.31 0.02
127_Q 211_E 0.93 0.31 0.02
203_I 164_Y 0.93 0.31 0.02
260_R 52_Q 0.93 0.31 0.02
127_Q 184_M 0.93 0.31 0.02
52_L 39_I 0.93 0.31 0.02
117_L 169_A 0.92 0.31 0.02
272_A 199_L 0.92 0.31 0.02
271_L 207_Q 0.92 0.30 0.02
302_F 111_E 0.92 0.30 0.02
566_I 185_M 0.92 0.30 0.02
495_D 154_E 0.92 0.30 0.02
449_T 147_A 0.92 0.30 0.02
156_S 211_E 0.92 0.30 0.02
22_F 74_I 0.92 0.30 0.02
138_V 179_L 0.91 0.30 0.02
247_A 64_L 0.91 0.29 0.02
13_S 106_Y 0.90 0.29 0.02
275_I 42_G 0.90 0.29 0.02
177_R 127_Q 0.90 0.29 0.02
312_V 97_K 0.90 0.29 0.02
409_I 181_L 0.90 0.29 0.01
393_V 57_M 0.90 0.29 0.01
406_Q 19_F 0.90 0.29 0.01
388_I 133_E 0.90 0.28 0.01
167_D 147_A 0.90 0.28 0.01
121_T 123_E 0.90 0.28 0.01
18_I 138_K 0.90 0.28 0.01
622_N 13_F 0.89 0.28 0.01
203_I 59_L 0.89 0.28 0.01
95_H 202_L 0.89 0.28 0.01
377_F 147_A 0.89 0.28 0.01
299_I 147_A 0.89 0.28 0.01
46_N 153_L 0.89 0.28 0.01
658_V 149_T 0.88 0.27 0.01
85_V 46_N 0.88 0.27 0.01
470_T 195_F 0.88 0.27 0.01
263_G 14_L 0.88 0.27 0.01
669_T 163_L 0.88 0.27 0.01
525_V 176_N 0.88 0.27 0.01
72_I 70_I 0.88 0.27 0.01
200_I 22_S 0.88 0.27 0.01
438_S 57_M 0.87 0.27 0.01
483_E 191_I 0.87 0.27 0.01
504_L 130_L 0.87 0.27 0.01
348_P 187_S 0.87 0.27 0.01
654_S 62_V 0.87 0.27 0.01
384_P 46_N 0.87 0.27 0.01
487_V 187_S 0.87 0.26 0.01
280_S 197_I 0.87 0.26 0.01
283_S 151_G 0.87 0.26 0.01
566_I 191_I 0.87 0.26 0.01
89_R 166_P 0.87 0.26 0.01
409_I 94_F 0.87 0.26 0.01
287_L 102_I 0.86 0.26 0.01
50_A 39_I 0.86 0.26 0.01
195_V 153_L 0.86 0.26 0.01
596_Q 107_R 0.86 0.26 0.01
90_L 156_A 0.86 0.26 0.01
667_L 97_K 0.86 0.26 0.01
199_A 161_F 0.86 0.26 0.01
66_L 45_K 0.86 0.26 0.01
547_K 59_L 0.86 0.26 0.01
66_L 166_P 0.86 0.26 0.01
96_D 44_L 0.85 0.25 0.01
123_I 46_N 0.85 0.25 0.01
410_Y 140_S 0.85 0.25 0.01
19_L 179_L 0.85 0.25 0.01
55_M 173_I 0.85 0.25 0.01
132_T 166_P 0.85 0.25 0.01
303_P 148_F 0.85 0.25 0.01
210_L 173_I 0.85 0.25 0.01
420_Y 93_D 0.85 0.25 0.01
67_T 112_K 0.85 0.25 0.01
31_I 70_I 0.85 0.25 0.01
508_L 21_L 0.85 0.25 0.01
588_N 164_Y 0.85 0.25 0.01
66_L 189_V 0.84 0.25 0.01
71_T 87_I 0.84 0.25 0.01
317_I 177_I 0.84 0.24 0.01
513_G 31_G 0.84 0.24 0.01
135_A 168_I 0.84 0.24 0.01
97_A 161_F 0.84 0.24 0.01
661_N 70_I 0.84 0.24 0.01
42_I 102_I 0.84 0.24 0.01
257_V 191_I 0.84 0.24 0.01
44_A 163_L 0.84 0.24 0.01
118_V 207_Q 0.84 0.24 0.01
383_I 211_E 0.84 0.24 0.01
402_F 70_I 0.84 0.24 0.01
546_T 62_V 0.84 0.24 0.01
174_L 152_Q 0.83 0.24 0.01
178_V 180_A 0.83 0.24 0.01
38_V 39_I 0.83 0.24 0.01
449_T 163_L 0.83 0.24 0.01
14_Y 9_S 0.83 0.24 0.01
124_T 52_Q 0.83 0.24 0.01
97_A 151_G 0.83 0.24 0.01
370_I 47_A 0.83 0.24 0.01
509_Q 168_I 0.83 0.23 0.01
41_I 80_D 0.83 0.23 0.01
73_L 30_I 0.83 0.23 0.01
643_I 69_F 0.83 0.23 0.01
474_K 149_T 0.83 0.23 0.01
664_L 162_L 0.82 0.23 0.01
593_S 191_I 0.82 0.23 0.01
312_V 101_K 0.82 0.23 0.01
188_M 153_L 0.82 0.23 0.01
564_R 66_L 0.82 0.23 0.01
237_V 63_S 0.82 0.23 0.01
473_L 162_L 0.82 0.23 0.01
41_I 100_E 0.82 0.23 0.01
529_V 63_S 0.82 0.23 0.01
272_A 39_I 0.82 0.23 0.01
301_G 107_R 0.81 0.23 0.01
654_S 159_I 0.81 0.23 0.01
52_L 104_S 0.81 0.23 0.01
658_V 67_T 0.81 0.22 0.01
563_R 22_S 0.81 0.22 0.01
203_I 143_I 0.81 0.22 0.01
410_Y 37_I 0.81 0.22 0.01
76_T 30_I 0.81 0.22 0.01
285_P 148_F 0.81 0.22 0.01
15_H 107_R 0.81 0.22 0.01
25_M 173_I 0.81 0.22 0.01
586_I 180_A 0.81 0.22 0.01
86_S 15_I 0.80 0.22 0.01
126_V 212_F 0.80 0.22 0.01
668_G 150_M 0.80 0.22 0.01
283_S 193_I 0.80 0.22 0.01
654_S 55_P 0.80 0.22 0.01
643_I 84_Q 0.80 0.22 0.01
62_N 63_S 0.80 0.22 0.01
312_V 138_K 0.80 0.22 0.01
570_Y 192_S 0.80 0.21 0.01
666_V 43_I 0.80 0.21 0.01
253_T 70_I 0.80 0.21 0.01
295_V 26_I 0.80 0.21 0.01
637_R 165_L 0.80 0.21 0.01
199_A 163_L 0.80 0.21 0.01
169_L 173_I 0.80 0.21 0.01
358_S 36_K 0.80 0.21 0.01
87_T 175_S 0.80 0.21 0.01
119_I 158_K 0.80 0.21 0.01
97_A 44_L 0.79 0.21 0.01
637_R 156_A 0.79 0.21 0.01
126_V 120_E 0.79 0.21 0.01
592_E 22_S 0.79 0.21 0.01
87_T 195_F 0.79 0.21 0.01
477_V 96_Q 0.79 0.21 0.01
297_A 145_L 0.79 0.21 0.01
366_I 159_I 0.79 0.21 0.01
311_A 91_D 0.79 0.21 0.01
251_S 75_I 0.79 0.21 0.01
254_A 149_T 0.79 0.21 0.01
451_Q 113_N 0.79 0.21 0.01
129_M 197_I 0.78 0.20 0.01
386_P 180_A 0.78 0.20 0.01
72_I 33_S 0.78 0.20 0.01
117_L 148_F 0.78 0.20 0.01
388_I 81_N 0.78 0.20 0.01
529_V 69_F 0.78 0.20 0.01
492_Y 164_Y 0.78 0.20 0.01
369_Q 98_V 0.78 0.20 0.01
366_I 181_L 0.78 0.20 0.01
75_I 210_F 0.78 0.20 0.01
129_M 163_L 0.78 0.20 0.01
127_Q 59_L 0.78 0.20 0.01
580_W 69_F 0.78 0.20 0.01
607_P 195_F 0.78 0.20 0.01
211_F 107_R 0.78 0.20 0.01
135_A 44_L 0.77 0.20 0.01
72_I 207_Q 0.77 0.20 0.01
627_G 133_E 0.77 0.20 0.01
609_R 104_S 0.77 0.20 0.01
510_R 37_I 0.77 0.20 0.01
135_A 199_L 0.77 0.20 0.01
593_S 197_I 0.77 0.20 0.01
30_M 27_F 0.77 0.20 0.01
256_V 82_I 0.77 0.20 0.01
633_L 121_F 0.77 0.20 0.01
28_M 18_F 0.77 0.20 0.01
353_L 26_I 0.77 0.20 0.01
438_S 65_I 0.77 0.20 0.01
284_R 124_R 0.77 0.20 0.01
667_L 148_F 0.77 0.20 0.01
399_A 43_I 0.77 0.20 0.01
182_S 14_L 0.77 0.20 0.01
259_T 106_Y 0.77 0.19 0.01
579_V 33_S 0.77 0.19 0.01
548_E 181_L 0.77 0.19 0.01
197_G 185_M 0.76 0.19 0.01
593_S 186_V 0.76 0.19 0.01
135_A 64_L 0.76 0.19 0.01
330_G 100_E 0.76 0.19 0.01
256_V 74_I 0.76 0.19 0.01
117_L 33_S 0.76 0.19 0.01
388_I 172_L 0.76 0.19 0.01
276_V 75_I 0.76 0.19 0.01
312_V 81_N 0.76 0.19 0.01
278_Q 11_P 0.76 0.19 0.01
258_V 185_M 0.76 0.19 0.01
554_L 199_L 0.76 0.19 0.01
139_A 46_N 0.76 0.19 0.01
579_V 186_V 0.76 0.19 0.01
357_L 214_L 0.76 0.19 0.01
325_R 80_D 0.76 0.19 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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