May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3TUI
Genes: A B A+B
Length: 217 366 550
Sequences: 13086 2058 1819
Seq/Len: 60.3 5.62 3.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.12 0.03 3.09
2 0.20 0.03 3.12
5 0.21 0.03 3.12
10 0.22 0.03 3.12
20 0.23 0.04 3.12
100 0.27 0.06 3.18
∞ 0.32 0.12 3.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
136_K 131_E 3.29 1.00 1.00
128_A 128_L 2.40 1.00 1.00
125_A 108_G 1.66 0.98 0.95
128_A 132_L 1.57 0.97 0.93
124_R 97_E 1.52 0.97 0.91
128_A 117_L 1.39 0.94 0.86
132_Q 132_L 1.35 0.93 0.84
136_K 120_R 1.25 0.88 0.77
119_L 128_L 1.22 0.86 0.75
118_G 115_N 1.22 0.86 0.74
119_L 118_S 1.16 0.83 0.70
126_M 132_L 1.16 0.82 0.69
125_A 75_N 1.10 0.78 0.64
129_T 98_S 1.07 0.75 0.61
59_I 239_N 1.00 0.68 0.52
130_P 101_T 0.98 0.65 0.49
140_P 120_R 0.96 0.63 0.47
216_R 162_S 0.95 0.61 0.45
167_V 156_K 0.92 0.59 0.42
137_V 128_L 0.92 0.58 0.41
158_V 153_L 0.88 0.53 0.37
175_I 218_L 0.87 0.52 0.36
151_T 240_G 0.86 0.51 0.35
99_G 219_L 0.86 0.50 0.34
62_I 269_H 0.83 0.47 0.31
167_V 225_D 0.81 0.45 0.29
182_I 304_P 0.81 0.45 0.29
156_T 324_M 0.80 0.43 0.28
148_N 173_A 0.80 0.42 0.27
25_F 41_I 0.79 0.42 0.27
154_L 242_L 0.79 0.42 0.27
32_L 145_T 0.78 0.41 0.26
116_P 118_S 0.78 0.40 0.25
9_L 308_E 0.77 0.39 0.24
82_I 254_H 0.77 0.39 0.24
121_E 75_N 0.77 0.39 0.24
196_L 44_L 0.75 0.37 0.23
30_I 342_T 0.75 0.37 0.23
25_F 247_T 0.74 0.36 0.22
29_V 52_P 0.73 0.35 0.21
56_V 245_Q 0.73 0.34 0.21
195_L 312_R 0.73 0.34 0.21
158_V 119_S 0.73 0.34 0.21
101_A 325_D 0.73 0.34 0.20
140_P 132_L 0.72 0.34 0.20
215_T 118_S 0.72 0.33 0.20
103_F 113_H 0.72 0.33 0.20
93_I 48_S 0.71 0.33 0.19
104_I 223_E 0.71 0.32 0.19
130_P 97_E 0.71 0.32 0.19
41_T 55_Q 0.71 0.32 0.19
134_V 212_R 0.70 0.32 0.18
174_Q 60_I 0.70 0.32 0.18
140_P 119_S 0.70 0.31 0.18
126_M 129_P 0.70 0.31 0.18
129_T 105_R 0.69 0.30 0.17
116_P 322_A 0.69 0.30 0.17
55_T 96_S 0.69 0.29 0.17
116_P 251_V 0.68 0.29 0.17
151_T 264_I 0.68 0.29 0.17
107_M 326_Y 0.68 0.29 0.17
121_E 109_M 0.68 0.29 0.17
35_G 81_T 0.68 0.29 0.16
78_F 200_R 0.68 0.29 0.16
113_L 173_A 0.68 0.29 0.16
184_Y 47_V 0.68 0.29 0.16
76_I 173_A 0.68 0.29 0.16
172_L 120_R 0.67 0.28 0.16
186_A 187_C 0.67 0.28 0.16
199_L 27_L 0.67 0.28 0.15
216_R 248_V 0.66 0.27 0.15
89_L 60_I 0.66 0.27 0.15
161_S 207_K 0.66 0.27 0.15
157_L 306_L 0.66 0.27 0.15
196_L 210_N 0.66 0.27 0.14
107_M 132_L 0.66 0.27 0.14
124_R 264_I 0.65 0.26 0.14
167_V 30_I 0.65 0.26 0.14
208_D 113_H 0.65 0.26 0.14
12_G 227_V 0.65 0.26 0.14
100_A 128_L 0.65 0.26 0.14
199_L 36_Q 0.65 0.26 0.14
120_I 353_L 0.65 0.26 0.14
202_L 56_I 0.65 0.26 0.14
32_L 91_E 0.64 0.25 0.14
49_N 202_I 0.64 0.25 0.14
9_L 212_R 0.64 0.25 0.14
107_M 186_L 0.64 0.25 0.13
120_I 56_I 0.64 0.25 0.13
82_I 299_Q 0.64 0.25 0.13
112_L 360_V 0.64 0.25 0.13
48_A 293_R 0.64 0.25 0.13
63_F 227_V 0.64 0.25 0.13
184_Y 48_S 0.64 0.25 0.13
50_A 52_P 0.64 0.24 0.13
194_V 86_L 0.64 0.24 0.13
177_Y 225_D 0.64 0.24 0.13
59_I 342_T 0.64 0.24 0.13
95_P 157_H 0.63 0.24 0.13
119_L 62_A 0.63 0.24 0.12
57_S 184_V 0.63 0.24 0.12
109_E 78_E 0.63 0.24 0.12
25_F 237_I 0.63 0.24 0.12
149_A 128_L 0.62 0.23 0.12
126_M 43_A 0.62 0.23 0.12
107_M 320_I 0.62 0.23 0.12
33_P 220_I 0.62 0.23 0.12
18_A 232_D 0.62 0.23 0.12
125_A 187_C 0.61 0.22 0.12
35_G 49_L 0.61 0.22 0.12
133_I 324_M 0.61 0.22 0.11
18_A 306_L 0.61 0.22 0.11
46_I 110_I 0.61 0.22 0.11
210_I 242_L 0.61 0.22 0.11
159_G 150_L 0.61 0.22 0.11
152_I 73_C 0.61 0.22 0.11
42_R 59_V 0.61 0.22 0.11
17_L 208_D 0.61 0.22 0.11
46_I 327_A 0.61 0.22 0.11
55_T 138_D 0.61 0.22 0.11
75_M 47_V 0.61 0.22 0.11
143_L 107_I 0.60 0.22 0.11
147_V 37_G 0.60 0.21 0.11
73_V 326_Y 0.60 0.21 0.11
125_A 114_F 0.60 0.21 0.11
78_F 59_V 0.60 0.21 0.11
213_A 348_A 0.60 0.21 0.11
167_V 347_Q 0.60 0.21 0.11
155_I 332_F 0.60 0.21 0.10
25_F 29_N 0.60 0.21 0.10
164_G 206_L 0.60 0.21 0.10
59_I 145_T 0.59 0.21 0.10
216_R 228_K 0.59 0.21 0.10
110_N 73_C 0.59 0.21 0.10
111_A 337_T 0.59 0.20 0.10
75_M 146_E 0.59 0.20 0.10
107_M 219_L 0.59 0.20 0.10
48_A 349_A 0.59 0.20 0.10
144_P 119_S 0.59 0.20 0.10
91_A 328_G 0.59 0.20 0.10
60_V 152_G 0.59 0.20 0.10
59_I 319_I 0.59 0.20 0.10
60_V 88_D 0.59 0.20 0.10
163_M 113_H 0.59 0.20 0.10
36_V 124_G 0.58 0.20 0.10
82_I 145_T 0.58 0.20 0.10
76_I 44_L 0.58 0.20 0.10
44_G 183_K 0.58 0.20 0.10
140_P 173_A 0.58 0.20 0.10
198_I 46_N 0.58 0.20 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1194 seconds.