May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
YfiR-N-same-genome-Jackhmmer
Genes: A B A+B
Length: 190 435 580
Sequences: 147 6060 130
Seq/Len: 0.77 13.93 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.72
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.19
2 0.00 0.01 0.20
5 0.00 0.01 0.20
10 0.00 0.01 0.20
20 0.00 0.02 0.20
100 0.00 0.05 0.20
∞ 0.00 0.14 0.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
112_V 371_S 1.79 0.51 0.00
175_R 175_F 1.55 0.37 0.00
113_I 378_L 1.53 0.36 0.00
170_A 324_V 1.48 0.33 0.00
169_I 226_A 1.47 0.32 0.00
168_S 28_V 1.46 0.32 0.00
150_M 274_A 1.44 0.31 0.00
58_Y 80_L 1.44 0.31 0.00
164_A 145_V 1.43 0.30 0.00
177_H 66_A 1.40 0.29 0.00
85_G 94_V 1.40 0.28 0.00
108_T 133_I 1.39 0.28 0.00
176_V 355_S 1.36 0.27 0.00
169_I 274_A 1.35 0.26 0.00
173_G 66_A 1.34 0.26 0.00
134_P 274_A 1.34 0.26 0.00
51_V 406_G 1.32 0.25 0.00
137_S 258_P 1.28 0.23 0.00
137_S 153_L 1.26 0.22 0.00
169_I 41_G 1.24 0.21 0.00
138_I 20_R 1.23 0.21 0.00
126_V 359_P 1.22 0.21 0.00
56_F 42_L 1.22 0.21 0.00
91_G 107_R 1.20 0.20 0.00
54_G 285_F 1.20 0.20 0.00
51_V 84_A 1.19 0.19 0.00
184_A 336_L 1.19 0.19 0.00
150_M 192_L 1.19 0.19 0.00
164_A 232_E 1.18 0.19 0.00
52_L 37_V 1.18 0.19 0.00
74_G 226_A 1.17 0.19 0.00
149_S 281_L 1.16 0.18 0.00
112_V 390_L 1.16 0.18 0.00
177_H 83_I 1.16 0.18 0.00
164_A 335_L 1.16 0.18 0.00
129_S 99_G 1.15 0.18 0.00
150_M 188_P 1.15 0.18 0.00
74_G 221_G 1.13 0.17 0.00
166_L 145_V 1.13 0.17 0.00
114_Y 355_S 1.13 0.17 0.00
168_S 13_S 1.13 0.17 0.00
75_P 262_F 1.13 0.17 0.00
153_L 393_A 1.11 0.16 0.00
48_V 45_L 1.10 0.16 0.00
177_H 36_A 1.10 0.16 0.00
171_R 166_C 1.09 0.16 0.00
170_A 26_A 1.06 0.15 0.00
185_R 284_L 1.06 0.15 0.00
48_V 166_C 1.05 0.15 0.00
56_F 334_V 1.05 0.15 0.00
51_V 185_I 1.05 0.14 0.00
96_A 372_L 1.05 0.14 0.00
138_I 311_A 1.05 0.14 0.00
55_I 377_A 1.04 0.14 0.00
72_V 265_G 1.04 0.14 0.00
95_H 61_S 1.04 0.14 0.00
88_Q 248_Q 1.04 0.14 0.00
170_A 249_A 1.04 0.14 0.00
73_V 220_L 1.03 0.14 0.00
176_V 206_E 1.03 0.14 0.00
38_R 37_V 1.03 0.14 0.00
57_S 148_S 1.03 0.14 0.00
174_V 128_P 1.03 0.14 0.00
169_I 188_P 1.03 0.14 0.00
184_A 126_S 1.03 0.14 0.00
54_G 271_L 1.03 0.14 0.00
82_L 203_R 1.02 0.14 0.00
185_R 66_A 1.02 0.14 0.00
140_E 256_S 1.02 0.14 0.00
176_V 95_Y 1.01 0.13 0.00
142_G 380_P 1.01 0.13 0.00
176_V 61_S 1.01 0.13 0.00
149_S 372_L 1.01 0.13 0.00
116_G 105_W 1.01 0.13 0.00
150_M 221_G 1.00 0.13 0.00
74_G 41_G 1.00 0.13 0.00
149_S 155_F 1.00 0.13 0.00
119_D 119_Q 1.00 0.13 0.00
114_Y 249_A 0.99 0.13 0.00
174_V 298_L 0.99 0.13 0.00
179_S 66_A 0.98 0.12 0.00
142_G 41_G 0.98 0.12 0.00
76_T 121_A 0.98 0.12 0.00
134_P 96_D 0.98 0.12 0.00
115_L 41_G 0.98 0.12 0.00
115_L 57_A 0.98 0.12 0.00
26_C 110_T 0.98 0.12 0.00
112_V 386_P 0.98 0.12 0.00
172_S 249_A 0.97 0.12 0.00
150_M 41_G 0.97 0.12 0.00
19_C 374_I 0.97 0.12 0.00
179_S 83_I 0.96 0.12 0.00
99_R 266_R 0.96 0.12 0.00
169_I 163_M 0.96 0.12 0.00
67_V 31_F 0.96 0.12 0.00
148_G 325_A 0.96 0.12 0.00
112_V 42_L 0.96 0.12 0.00
100_A 385_T 0.95 0.12 0.00
130_L 64_V 0.95 0.12 0.00
89_A 143_V 0.95 0.12 0.00
72_V 309_N 0.95 0.12 0.00
169_I 155_F 0.94 0.12 0.00
138_I 113_L 0.94 0.11 0.00
14_R 388_A 0.94 0.11 0.00
115_L 143_V 0.94 0.11 0.00
14_R 160_F 0.93 0.11 0.00
68_L 202_E 0.93 0.11 0.00
171_R 230_E 0.93 0.11 0.00
184_A 218_S 0.93 0.11 0.00
34_A 161_A 0.93 0.11 0.00
72_V 50_D 0.92 0.11 0.00
58_Y 28_V 0.92 0.11 0.00
44_R 68_V 0.92 0.11 0.00
58_Y 231_L 0.92 0.11 0.00
68_L 159_G 0.92 0.11 0.00
58_Y 239_Q 0.92 0.11 0.00
82_L 356_M 0.92 0.11 0.00
59_V 126_S 0.92 0.11 0.00
78_Y 185_I 0.91 0.11 0.00
74_G 274_A 0.91 0.11 0.00
132_G 166_C 0.91 0.11 0.00
111_N 37_V 0.91 0.11 0.00
41_I 133_I 0.91 0.11 0.00
122_E 193_A 0.91 0.11 0.00
171_R 390_L 0.91 0.11 0.00
116_G 257_L 0.91 0.11 0.00
169_I 61_S 0.91 0.11 0.00
99_R 237_R 0.90 0.10 0.00
44_R 38_T 0.90 0.10 0.00
76_T 318_L 0.90 0.10 0.00
184_A 41_G 0.90 0.10 0.00
142_G 18_L 0.90 0.10 0.00
45_S 102_L 0.90 0.10 0.00
148_G 238_L 0.90 0.10 0.00
48_V 20_R 0.90 0.10 0.00
44_R 51_P 0.90 0.10 0.00
169_I 168_L 0.90 0.10 0.00
160_I 66_A 0.90 0.10 0.00
135_V 336_L 0.90 0.10 0.00
173_G 284_L 0.90 0.10 0.00
176_V 101_T 0.89 0.10 0.00
57_S 376_I 0.89 0.10 0.00
91_G 364_D 0.89 0.10 0.00
113_I 385_T 0.89 0.10 0.00
48_V 49_A 0.89 0.10 0.00
63_K 40_V 0.89 0.10 0.00
174_V 318_L 0.89 0.10 0.00
157_G 136_D 0.89 0.10 0.00
57_S 306_V 0.89 0.10 0.00
65_P 385_T 0.89 0.10 0.00
58_Y 359_P 0.88 0.10 0.00
60_R 105_W 0.88 0.10 0.00
69_Q 373_T 0.88 0.10 0.00
55_I 405_R 0.88 0.10 0.00
95_H 184_G 0.88 0.10 0.00
150_M 226_A 0.88 0.10 0.00
115_L 314_I 0.88 0.10 0.00
166_L 306_V 0.88 0.10 0.00
153_L 296_D 0.88 0.10 0.00
146_S 370_T 0.87 0.10 0.00
76_T 125_L 0.87 0.10 0.00
184_A 53_Q 0.87 0.10 0.00
71_C 252_D 0.87 0.10 0.00
71_C 255_T 0.87 0.10 0.00
71_C 259_N 0.87 0.10 0.00
71_C 260_R 0.87 0.10 0.00
71_C 299_G 0.87 0.10 0.00
71_C 326_R 0.87 0.10 0.00
71_C 332_F 0.87 0.10 0.00
71_C 375_G 0.87 0.10 0.00
110_C 252_D 0.87 0.10 0.00
110_C 255_T 0.87 0.10 0.00
110_C 259_N 0.87 0.10 0.00
110_C 260_R 0.87 0.10 0.00
110_C 299_G 0.87 0.10 0.00
110_C 326_R 0.87 0.10 0.00
110_C 332_F 0.87 0.10 0.00
110_C 375_G 0.87 0.10 0.00
145_C 252_D 0.87 0.10 0.00
145_C 255_T 0.87 0.10 0.00
145_C 259_N 0.87 0.10 0.00
145_C 260_R 0.87 0.10 0.00
145_C 299_G 0.87 0.10 0.00
145_C 326_R 0.87 0.10 0.00
145_C 332_F 0.87 0.10 0.00
145_C 375_G 0.87 0.10 0.00
151_F 252_D 0.87 0.10 0.00
151_F 255_T 0.87 0.10 0.00
151_F 259_N 0.87 0.10 0.00
151_F 260_R 0.87 0.10 0.00
151_F 299_G 0.87 0.10 0.00
151_F 326_R 0.87 0.10 0.00
151_F 332_F 0.87 0.10 0.00
151_F 375_G 0.87 0.10 0.00
152_C 252_D 0.87 0.10 0.00
152_C 255_T 0.87 0.10 0.00
152_C 259_N 0.87 0.10 0.00
152_C 260_R 0.87 0.10 0.00
152_C 299_G 0.87 0.10 0.00
152_C 326_R 0.87 0.10 0.00
152_C 332_F 0.87 0.10 0.00
152_C 375_G 0.87 0.10 0.00
162_F 252_D 0.87 0.10 0.00
162_F 255_T 0.87 0.10 0.00
162_F 259_N 0.87 0.10 0.00
162_F 260_R 0.87 0.10 0.00
162_F 299_G 0.87 0.10 0.00
162_F 326_R 0.87 0.10 0.00
162_F 332_F 0.87 0.10 0.00
162_F 375_G 0.87 0.10 0.00
181_L 252_D 0.87 0.10 0.00
181_L 255_T 0.87 0.10 0.00
181_L 259_N 0.87 0.10 0.00
181_L 260_R 0.87 0.10 0.00
181_L 299_G 0.87 0.10 0.00
181_L 326_R 0.87 0.10 0.00
181_L 332_F 0.87 0.10 0.00
181_L 375_G 0.87 0.10 0.00
68_L 83_I 0.87 0.10 0.00
134_P 334_V 0.87 0.10 0.00
183_L 155_F 0.87 0.10 0.00
82_L 65_E 0.87 0.10 0.00
173_G 178_S 0.87 0.10 0.00
82_L 132_P 0.87 0.10 0.00
78_Y 45_L 0.87 0.10 0.00
14_R 145_V 0.86 0.10 0.00
54_G 66_A 0.86 0.10 0.00
101_V 206_E 0.86 0.10 0.00
176_V 243_A 0.86 0.10 0.00
182_K 44_T 0.86 0.10 0.00
138_I 337_A 0.86 0.10 0.00
96_A 32_T 0.86 0.10 0.00
76_T 317_Q 0.86 0.10 0.00
135_V 157_L 0.86 0.10 0.00
125_Q 16_R 0.86 0.10 0.00
148_G 205_F 0.86 0.10 0.00
58_Y 389_L 0.85 0.10 0.00
69_Q 256_S 0.85 0.09 0.00
43_Q 102_L 0.85 0.09 0.00
124_Q 386_P 0.85 0.09 0.00
73_V 47_A 0.85 0.09 0.00
93_R 58_R 0.85 0.09 0.00
115_L 217_L 0.85 0.09 0.00
44_R 335_L 0.85 0.09 0.00
108_T 68_V 0.85 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
1234 0.22 YfiR-N-same-genome-Jackhmmer Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done - Shared
1233 0 YfiR-N-fusion Δgene:(0, 0) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
1232 0.14 YfiR-N-synteny Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
1231 0.14 YfiR-N-neighberhood-20 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
1230 0.16 YfiR-N-same-genome Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.2753 seconds.