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OPENSEQ.org
kleBvkleC
Genes: A B A+B
Length: 223 529 658
Sequences: 86 94 75
Seq/Len: 0.39 0.18 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.10
2 0.00 0.00 0.10
5 0.00 0.00 0.10
10 0.01 0.01 0.10
20 0.02 0.02 0.10
100 0.02 0.03 0.10
∞ 0.04 0.11 0.10
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
185_L 426_N 1.60 0.25 0.00
61_D 149_I 1.58 0.24 0.00
117_K 210_I 1.53 0.23 0.00
185_L 174_T 1.47 0.21 0.00
187_V 137_A 1.39 0.18 0.00
151_C 47_F 1.36 0.17 0.00
157_P 426_N 1.34 0.17 0.00
185_L 397_L 1.34 0.17 0.00
212_Y 473_H 1.32 0.16 0.00
168_Y 180_F 1.32 0.16 0.00
194_F 44_G 1.32 0.16 0.00
190_R 274_N 1.30 0.15 0.00
44_E 152_I 1.30 0.15 0.00
120_D 295_V 1.28 0.15 0.00
176_L 149_I 1.28 0.15 0.00
170_Y 144_S 1.26 0.14 0.00
128_I 316_H 1.25 0.14 0.00
154_F 72_L 1.25 0.14 0.00
159_I 318_R 1.24 0.14 0.00
206_I 76_F 1.23 0.14 0.00
171_V 289_L 1.23 0.14 0.00
26_L 386_A 1.23 0.14 0.00
175_M 315_V 1.22 0.14 0.00
157_P 307_V 1.21 0.13 0.00
171_V 99_F 1.21 0.13 0.00
170_Y 396_P 1.19 0.13 0.00
198_A 137_A 1.19 0.13 0.00
180_T 381_E 1.18 0.12 0.00
45_F 73_S 1.18 0.12 0.00
45_F 317_H 1.18 0.12 0.00
45_F 451_D 1.18 0.12 0.00
196_S 73_S 1.18 0.12 0.00
196_S 317_H 1.18 0.12 0.00
196_S 451_D 1.18 0.12 0.00
111_I 298_N 1.18 0.12 0.00
183_G 210_I 1.18 0.12 0.00
172_L 60_S 1.17 0.12 0.00
37_V 125_I 1.15 0.12 0.00
63_E 305_L 1.15 0.12 0.00
116_K 465_L 1.14 0.12 0.00
151_C 223_V 1.14 0.12 0.00
56_I 304_C 1.13 0.11 0.00
169_S 293_D 1.13 0.11 0.00
36_V 210_I 1.12 0.11 0.00
168_Y 295_V 1.11 0.11 0.00
168_Y 318_R 1.11 0.11 0.00
38_I 306_F 1.11 0.11 0.00
212_Y 415_F 1.10 0.11 0.00
160_H 200_H 1.10 0.11 0.00
168_Y 315_V 1.10 0.11 0.00
165_C 74_G 1.09 0.10 0.00
165_C 202_S 1.09 0.10 0.00
165_C 203_G 1.09 0.10 0.00
165_C 204_G 1.09 0.10 0.00
165_C 207_S 1.09 0.10 0.00
165_C 236_E 1.09 0.10 0.00
165_C 299_G 1.09 0.10 0.00
165_C 303_D 1.09 0.10 0.00
165_C 433_R 1.09 0.10 0.00
165_C 437_R 1.09 0.10 0.00
165_C 454_K 1.09 0.10 0.00
165_C 479_G 1.09 0.10 0.00
193_P 74_G 1.09 0.10 0.00
193_P 202_S 1.09 0.10 0.00
193_P 203_G 1.09 0.10 0.00
193_P 204_G 1.09 0.10 0.00
193_P 207_S 1.09 0.10 0.00
193_P 236_E 1.09 0.10 0.00
193_P 299_G 1.09 0.10 0.00
193_P 303_D 1.09 0.10 0.00
193_P 433_R 1.09 0.10 0.00
193_P 437_R 1.09 0.10 0.00
193_P 454_K 1.09 0.10 0.00
193_P 479_G 1.09 0.10 0.00
197_H 74_G 1.09 0.10 0.00
197_H 202_S 1.09 0.10 0.00
197_H 203_G 1.09 0.10 0.00
197_H 204_G 1.09 0.10 0.00
197_H 207_S 1.09 0.10 0.00
197_H 236_E 1.09 0.10 0.00
197_H 299_G 1.09 0.10 0.00
197_H 303_D 1.09 0.10 0.00
197_H 433_R 1.09 0.10 0.00
197_H 437_R 1.09 0.10 0.00
197_H 454_K 1.09 0.10 0.00
197_H 479_G 1.09 0.10 0.00
199_W 74_G 1.09 0.10 0.00
199_W 202_S 1.09 0.10 0.00
199_W 203_G 1.09 0.10 0.00
199_W 204_G 1.09 0.10 0.00
199_W 207_S 1.09 0.10 0.00
199_W 236_E 1.09 0.10 0.00
199_W 299_G 1.09 0.10 0.00
199_W 303_D 1.09 0.10 0.00
199_W 433_R 1.09 0.10 0.00
199_W 437_R 1.09 0.10 0.00
199_W 454_K 1.09 0.10 0.00
199_W 479_G 1.09 0.10 0.00
207_I 409_F 1.08 0.10 0.00
38_I 155_G 1.08 0.10 0.00
70_G 99_F 1.08 0.10 0.00
123_G 219_I 1.08 0.10 0.00
198_A 371_L 1.08 0.10 0.00
203_D 238_I 1.08 0.10 0.00
200_V 327_G 1.07 0.10 0.00
151_C 389_L 1.06 0.10 0.00
221_M 497_E 1.05 0.10 0.00
209_D 453_R 1.05 0.10 0.00
200_V 213_I 1.05 0.10 0.00
148_I 315_V 1.04 0.10 0.00
131_L 133_F 1.04 0.10 0.00
201_E 235_S 1.04 0.10 0.00
209_D 197_V 1.04 0.10 0.00
42_N 333_K 1.04 0.10 0.00
70_G 489_T 1.04 0.10 0.00
55_N 516_M 1.03 0.10 0.00
132_N 415_F 1.03 0.10 0.00
217_L 485_G 1.03 0.09 0.00
116_K 199_L 1.02 0.09 0.00
93_R 62_L 1.02 0.09 0.00
160_H 382_Y 1.02 0.09 0.00
72_I 348_P 1.02 0.09 0.00
194_F 275_V 1.02 0.09 0.00
177_R 403_A 1.01 0.09 0.00
168_Y 331_A 1.01 0.09 0.00
201_E 90_K 1.01 0.09 0.00
135_K 154_G 1.00 0.09 0.00
204_G 337_L 1.00 0.09 0.00
165_C 155_G 1.00 0.09 0.00
193_P 155_G 1.00 0.09 0.00
197_H 155_G 1.00 0.09 0.00
199_W 155_G 1.00 0.09 0.00
149_I 126_D 1.00 0.09 0.00
187_V 280_S 1.00 0.09 0.00
165_C 301_G 1.00 0.09 0.00
193_P 301_G 1.00 0.09 0.00
197_H 301_G 1.00 0.09 0.00
199_W 301_G 1.00 0.09 0.00
189_V 74_G 1.00 0.09 0.00
189_V 202_S 1.00 0.09 0.00
189_V 203_G 1.00 0.09 0.00
189_V 204_G 1.00 0.09 0.00
189_V 207_S 1.00 0.09 0.00
189_V 236_E 1.00 0.09 0.00
189_V 299_G 1.00 0.09 0.00
189_V 303_D 1.00 0.09 0.00
189_V 433_R 1.00 0.09 0.00
189_V 437_R 1.00 0.09 0.00
189_V 454_K 1.00 0.09 0.00
189_V 479_G 1.00 0.09 0.00
43_D 188_I 1.00 0.09 0.00
203_D 190_S 1.00 0.09 0.00
211_V 69_L 0.99 0.09 0.00
208_S 427_F 0.99 0.09 0.00
194_F 74_G 0.98 0.09 0.00
194_F 202_S 0.98 0.09 0.00
194_F 203_G 0.98 0.09 0.00
194_F 204_G 0.98 0.09 0.00
194_F 207_S 0.98 0.09 0.00
194_F 236_E 0.98 0.09 0.00
194_F 299_G 0.98 0.09 0.00
194_F 303_D 0.98 0.09 0.00
194_F 433_R 0.98 0.09 0.00
194_F 437_R 0.98 0.09 0.00
194_F 454_K 0.98 0.09 0.00
194_F 479_G 0.98 0.09 0.00
177_R 197_V 0.98 0.09 0.00
187_V 371_L 0.98 0.09 0.00
66_L 181_I 0.98 0.09 0.00
54_E 183_V 0.98 0.09 0.00
92_P 315_V 0.97 0.08 0.00
48_M 385_M 0.97 0.08 0.00
160_H 457_S 0.97 0.08 0.00
33_N 384_H 0.97 0.08 0.00
207_I 297_L 0.96 0.08 0.00
58_R 105_N 0.96 0.08 0.00
158_F 484_M 0.96 0.08 0.00
194_F 481_T 0.96 0.08 0.00
138_D 227_A 0.96 0.08 0.00
168_Y 200_H 0.96 0.08 0.00
62_I 126_D 0.95 0.08 0.00
217_L 99_F 0.95 0.08 0.00
45_F 412_S 0.95 0.08 0.00
196_S 412_S 0.95 0.08 0.00
38_I 73_S 0.95 0.08 0.00
38_I 317_H 0.95 0.08 0.00
38_I 451_D 0.95 0.08 0.00
200_V 162_S 0.95 0.08 0.00
93_R 460_L 0.95 0.08 0.00
99_R 410_L 0.94 0.08 0.00
178_K 392_M 0.94 0.08 0.00
41_N 273_V 0.94 0.08 0.00
155_I 448_R 0.94 0.08 0.00
178_K 124_H 0.94 0.08 0.00
135_K 157_K 0.94 0.08 0.00
188_G 74_G 0.94 0.08 0.00
188_G 202_S 0.94 0.08 0.00
188_G 203_G 0.94 0.08 0.00
188_G 204_G 0.94 0.08 0.00
188_G 207_S 0.94 0.08 0.00
188_G 236_E 0.94 0.08 0.00
188_G 299_G 0.94 0.08 0.00
188_G 303_D 0.94 0.08 0.00
188_G 433_R 0.94 0.08 0.00
188_G 437_R 0.94 0.08 0.00
188_G 454_K 0.94 0.08 0.00
188_G 479_G 0.94 0.08 0.00
166_L 96_T 0.93 0.08 0.00
124_Y 435_L 0.93 0.08 0.00
114_K 181_I 0.93 0.08 0.00
212_Y 118_D 0.93 0.08 0.00
163_N 384_H 0.93 0.08 0.00
40_I 316_H 0.92 0.08 0.00
152_L 512_L 0.92 0.08 0.00
135_K 65_V 0.92 0.08 0.00
103_F 130_F 0.92 0.08 0.00
58_R 67_D 0.92 0.08 0.00
157_P 379_S 0.92 0.08 0.00
165_C 302_G 0.92 0.08 0.00
193_P 302_G 0.92 0.08 0.00
197_H 302_G 0.92 0.08 0.00
199_W 302_G 0.92 0.08 0.00
134_I 273_V 0.92 0.08 0.00
220_I 385_M 0.92 0.08 0.00
181_G 480_F 0.91 0.08 0.00
115_C 187_M 0.91 0.08 0.00
181_G 341_S 0.91 0.08 0.00
39_D 205_F 0.91 0.08 0.00
201_E 237_V 0.91 0.08 0.00
56_I 201_L 0.91 0.07 0.00
153_N 406_F 0.91 0.07 0.00
174_T 508_A 0.91 0.07 0.00
36_V 334_L 0.90 0.07 0.00
45_F 92_L 0.90 0.07 0.00
196_S 92_L 0.90 0.07 0.00
179_A 124_H 0.90 0.07 0.00
208_S 503_G 0.90 0.07 0.00
120_D 326_N 0.90 0.07 0.00
165_C 73_S 0.90 0.07 0.00
165_C 317_H 0.90 0.07 0.00
165_C 451_D 0.90 0.07 0.00
193_P 73_S 0.90 0.07 0.00
193_P 317_H 0.90 0.07 0.00
193_P 451_D 0.90 0.07 0.00
197_H 73_S 0.90 0.07 0.00
197_H 317_H 0.90 0.07 0.00
197_H 451_D 0.90 0.07 0.00
199_W 73_S 0.90 0.07 0.00
199_W 317_H 0.90 0.07 0.00
199_W 451_D 0.90 0.07 0.00
165_C 408_P 0.90 0.07 0.00
193_P 408_P 0.90 0.07 0.00
197_H 408_P 0.90 0.07 0.00
199_W 408_P 0.90 0.07 0.00
124_Y 197_V 0.90 0.07 0.00
26_L 474_S 0.90 0.07 0.00
131_L 68_K 0.90 0.07 0.00
163_N 200_H 0.90 0.07 0.00
219_V 323_K 0.90 0.07 0.00
155_I 334_L 0.90 0.07 0.00
165_C 44_G 0.90 0.07 0.00
193_P 44_G 0.90 0.07 0.00
197_H 44_G 0.90 0.07 0.00
199_W 44_G 0.90 0.07 0.00
189_V 155_G 0.90 0.07 0.00
71_L 396_P 0.90 0.07 0.00
45_F 74_G 0.90 0.07 0.00
45_F 202_S 0.90 0.07 0.00
45_F 203_G 0.90 0.07 0.00
45_F 204_G 0.90 0.07 0.00
45_F 207_S 0.90 0.07 0.00
45_F 236_E 0.90 0.07 0.00
45_F 299_G 0.90 0.07 0.00
45_F 303_D 0.90 0.07 0.00
45_F 433_R 0.90 0.07 0.00
45_F 437_R 0.90 0.07 0.00
45_F 454_K 0.90 0.07 0.00
45_F 479_G 0.90 0.07 0.00
196_S 74_G 0.90 0.07 0.00
196_S 202_S 0.90 0.07 0.00
196_S 203_G 0.90 0.07 0.00
196_S 204_G 0.90 0.07 0.00
196_S 207_S 0.90 0.07 0.00
196_S 236_E 0.90 0.07 0.00
196_S 299_G 0.90 0.07 0.00
196_S 303_D 0.90 0.07 0.00
196_S 433_R 0.90 0.07 0.00
196_S 437_R 0.90 0.07 0.00
196_S 454_K 0.90 0.07 0.00
196_S 479_G 0.90 0.07 0.00
220_I 44_G 0.90 0.07 0.00
219_V 408_P 0.89 0.07 0.00
172_L 435_L 0.89 0.07 0.00
170_Y 97_D 0.89 0.07 0.00
187_V 89_Y 0.89 0.07 0.00
213_L 459_N 0.89 0.07 0.00
189_V 301_G 0.89 0.07 0.00
217_L 148_G 0.89 0.07 0.00
168_Y 210_I 0.89 0.07 0.00
176_L 230_R 0.89 0.07 0.00
33_N 152_I 0.89 0.07 0.00
152_L 295_V 0.89 0.07 0.00
92_P 205_F 0.89 0.07 0.00
214_R 322_G 0.89 0.07 0.00
194_F 155_G 0.89 0.07 0.00
71_L 492_L 0.89 0.07 0.00
169_S 40_V 0.88 0.07 0.00
194_F 301_G 0.88 0.07 0.00
206_I 403_A 0.88 0.07 0.00
32_K 198_I 0.88 0.07 0.00
179_A 312_L 0.88 0.07 0.00
39_D 206_D 0.88 0.07 0.00
183_G 142_F 0.88 0.07 0.00
165_C 306_F 0.88 0.07 0.00
193_P 306_F 0.88 0.07 0.00
197_H 306_F 0.88 0.07 0.00
199_W 306_F 0.88 0.07 0.00
201_E 154_G 0.88 0.07 0.00
39_D 151_K 0.88 0.07 0.00
178_K 379_S 0.88 0.07 0.00
207_I 445_H 0.88 0.07 0.00
31_Y 130_F 0.88 0.07 0.00
72_I 219_I 0.88 0.07 0.00
70_G 127_S 0.88 0.07 0.00
27_R 385_M 0.87 0.07 0.00
206_I 97_D 0.87 0.07 0.00
44_E 466_H 0.87 0.07 0.00
102_P 184_T 0.87 0.07 0.00
187_V 182_E 0.87 0.07 0.00
165_C 206_D 0.87 0.07 0.00
193_P 206_D 0.87 0.07 0.00
197_H 206_D 0.87 0.07 0.00
199_W 206_D 0.87 0.07 0.00
208_S 432_D 0.87 0.07 0.00
37_V 156_C 0.87 0.07 0.00
168_Y 396_P 0.87 0.07 0.00
53_H 432_D 0.86 0.07 0.00
218_S 363_Y 0.86 0.07 0.00
49_N 68_K 0.86 0.07 0.00
172_L 113_I 0.86 0.07 0.00
135_K 222_E 0.86 0.07 0.00
191_T 426_N 0.86 0.07 0.00
123_G 83_K 0.86 0.07 0.00
56_I 413_C 0.86 0.07 0.00
109_Y 69_L 0.86 0.07 0.00
32_K 465_L 0.86 0.07 0.00
155_I 426_N 0.86 0.07 0.00
72_I 467_K 0.86 0.07 0.00
189_V 485_G 0.86 0.07 0.00
175_M 243_L 0.86 0.07 0.00
120_D 199_L 0.86 0.07 0.00
106_L 182_E 0.86 0.07 0.00
172_L 335_C 0.86 0.07 0.00
200_V 177_N 0.86 0.07 0.00
219_V 416_R 0.85 0.07 0.00
109_Y 184_T 0.85 0.07 0.00
106_L 478_M 0.85 0.07 0.00
190_R 229_D 0.85 0.07 0.00
160_H 62_L 0.85 0.07 0.00
145_P 248_N 0.85 0.07 0.00
203_D 448_R 0.85 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12303 0.11 kleBvkleC Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 1) B:(1E-02, 1) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
12301 kleBvkleC Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (r132) Running - Shared
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