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OPENSEQ.org
SaFtsWI
Genes: A B A+B
Length: 373 744 947
Sequences: 3892 868 276
Seq/Len: 10.43 1.17 0.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.20 0.00
2 0.01 0.20 0.02
5 0.01 0.20 0.22
10 0.02 0.20 0.24
20 0.02 0.21 0.25
100 0.05 0.21 0.35
∞ 0.14 0.22 0.44
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
207_D 161_I 1.47 0.39 0.00
105_I 239_D 1.42 0.36 0.00
205_L 394_F 1.38 0.33 0.00
256_A 45_Q 1.37 0.33 0.00
345_L 454_N 1.34 0.31 0.00
256_A 553_A 1.33 0.31 0.00
147_G 294_G 1.31 0.29 0.00
144_K 222_G 1.31 0.29 0.00
239_S 36_I 1.27 0.27 0.00
159_I 548_K 1.27 0.27 0.00
163_S 484_K 1.25 0.26 0.00
3_Y 35_Y 1.24 0.25 0.00
26_F 574_F 1.23 0.25 0.00
47_L 157_N 1.23 0.25 0.00
324_V 582_L 1.22 0.25 0.00
279_Y 406_A 1.22 0.24 0.00
56_I 239_D 1.21 0.24 0.00
264_L 38_I 1.20 0.24 0.00
228_N 79_D 1.19 0.23 0.00
109_P 214_L 1.19 0.23 0.00
251_T 294_G 1.18 0.23 0.00
26_F 335_K 1.18 0.22 0.00
256_A 305_L 1.17 0.22 0.00
144_K 37_M 1.17 0.22 0.00
170_V 178_S 1.17 0.22 0.00
232_F 199_V 1.16 0.22 0.00
236_L 22_F 1.16 0.21 0.00
38_F 360_P 1.15 0.21 0.00
103_A 236_R 1.15 0.21 0.00
26_F 283_Y 1.15 0.21 0.00
159_I 551_V 1.15 0.21 0.00
147_G 338_S 1.14 0.21 0.00
285_A 493_V 1.13 0.20 0.00
289_S 306_Y 1.13 0.20 0.00
309_F 588_G 1.13 0.20 0.00
159_I 465_F 1.12 0.20 0.00
198_L 234_P 1.11 0.20 0.00
94_L 416_L 1.11 0.20 0.00
163_S 275_A 1.10 0.19 0.00
8_V 304_D 1.10 0.19 0.00
26_F 50_K 1.09 0.19 0.00
198_L 275_A 1.08 0.18 0.00
274_E 279_E 1.08 0.18 0.00
38_F 342_D 1.08 0.18 0.00
27_Y 289_F 1.08 0.18 0.00
216_G 160_G 1.07 0.18 0.00
349_V 358_E 1.07 0.18 0.00
256_A 363_L 1.07 0.18 0.00
345_L 145_L 1.07 0.18 0.00
231_V 215_R 1.07 0.18 0.00
244_G 183_R 1.06 0.18 0.00
105_I 546_N 1.06 0.18 0.00
94_L 535_F 1.06 0.18 0.00
257_I 235_K 1.06 0.18 0.00
256_A 327_E 1.06 0.17 0.00
105_I 178_S 1.06 0.17 0.00
284_F 31_L 1.06 0.17 0.00
173_F 471_Q 1.05 0.17 0.00
349_V 616_N 1.05 0.17 0.00
132_L 289_F 1.05 0.17 0.00
312_I 32_R 1.05 0.17 0.00
284_F 633_I 1.05 0.17 0.00
246_L 89_I 1.04 0.17 0.00
288_T 484_K 1.04 0.17 0.00
145_D 88_V 1.04 0.17 0.00
198_L 517_A 1.04 0.17 0.00
217_Y 217_I 1.04 0.17 0.00
112_I 554_G 1.04 0.17 0.00
268_L 30_V 1.04 0.17 0.00
325_P 426_S 1.04 0.17 0.00
217_Y 533_P 1.04 0.17 0.00
334_S 113_L 1.04 0.17 0.00
112_I 174_G 1.04 0.17 0.00
231_V 153_I 1.03 0.17 0.00
219_I 290_N 1.03 0.17 0.00
105_I 78_E 1.03 0.17 0.00
147_G 88_V 1.03 0.17 0.00
315_I 355_G 1.03 0.16 0.00
218_H 166_E 1.03 0.16 0.00
109_P 121_P 1.03 0.16 0.00
29_R 510_V 1.02 0.16 0.00
178_V 24_L 1.02 0.16 0.00
271_I 557_L 1.02 0.16 0.00
232_F 555_M 1.02 0.16 0.00
160_I 283_Y 1.02 0.16 0.00
30_Q 253_E 1.02 0.16 0.00
163_S 471_Q 1.02 0.16 0.00
326_L 538_F 1.02 0.16 0.00
232_F 32_R 1.01 0.16 0.00
26_F 35_Y 1.01 0.16 0.00
45_A 63_P 1.01 0.16 0.00
304_F 26_F 1.01 0.16 0.00
265_I 244_I 1.01 0.16 0.00
83_S 180_L 1.01 0.16 0.00
8_V 553_A 1.01 0.16 0.00
112_I 474_G 1.01 0.16 0.00
109_P 33_I 1.01 0.16 0.00
85_S 216_Y 1.00 0.15 0.00
343_M 80_V 1.00 0.15 0.00
251_T 84_K 1.00 0.15 0.00
85_S 338_S 1.00 0.15 0.00
170_V 360_P 1.00 0.15 0.00
29_R 330_F 1.00 0.15 0.00
265_I 34_S 0.99 0.15 0.00
300_I 551_V 0.99 0.15 0.00
205_L 583_K 0.99 0.15 0.00
308_T 536_V 0.99 0.15 0.00
250_H 417_Q 0.99 0.15 0.00
144_K 88_V 0.99 0.15 0.00
272_T 341_R 0.98 0.15 0.00
3_Y 310_Y 0.98 0.15 0.00
106_L 52_N 0.98 0.15 0.00
43_F 329_A 0.98 0.15 0.00
284_F 120_K 0.98 0.15 0.00
26_F 178_S 0.97 0.14 0.00
127_L 134_F 0.97 0.14 0.00
159_I 158_L 0.97 0.14 0.00
135_G 349_S 0.97 0.14 0.00
167_V 470_K 0.97 0.14 0.00
55_N 199_V 0.97 0.14 0.00
5_A 607_G 0.97 0.14 0.00
106_L 511_E 0.97 0.14 0.00
142_L 440_A 0.97 0.14 0.00
105_I 145_L 0.97 0.14 0.00
199_T 569_G 0.97 0.14 0.00
270_V 412_W 0.96 0.14 0.00
85_S 142_G 0.96 0.14 0.00
272_T 17_L 0.96 0.14 0.00
234_K 257_D 0.96 0.14 0.00
236_L 13_I 0.96 0.14 0.00
143_Q 379_L 0.96 0.14 0.00
85_S 79_D 0.96 0.14 0.00
48_M 612_K 0.96 0.14 0.00
132_L 236_R 0.96 0.14 0.00
226_I 59_N 0.96 0.14 0.00
113_S 174_G 0.96 0.14 0.00
31_L 44_G 0.96 0.14 0.00
48_M 28_I 0.96 0.14 0.00
247_P 160_G 0.96 0.14 0.00
251_T 82_R 0.95 0.14 0.00
153_L 289_F 0.95 0.14 0.00
63_I 465_F 0.95 0.14 0.00
25_Y 114_S 0.95 0.14 0.00
48_M 157_N 0.95 0.14 0.00
232_F 632_Q 0.95 0.14 0.00
37_S 381_G 0.95 0.14 0.00
292_F 379_L 0.94 0.14 0.00
231_V 175_N 0.94 0.14 0.00
27_Y 434_M 0.94 0.14 0.00
300_I 564_E 0.94 0.14 0.00
85_S 557_L 0.94 0.13 0.00
319_I 452_F 0.94 0.13 0.00
170_V 449_K 0.94 0.13 0.00
99_L 250_V 0.94 0.13 0.00
349_V 454_N 0.94 0.13 0.00
159_I 23_G 0.94 0.13 0.00
313_G 471_Q 0.94 0.13 0.00
298_V 120_K 0.94 0.13 0.00
106_L 456_V 0.93 0.13 0.00
55_N 127_R 0.93 0.13 0.00
313_G 29_L 0.93 0.13 0.00
78_K 280_I 0.93 0.13 0.00
236_L 505_I 0.93 0.13 0.00
157_V 471_Q 0.93 0.13 0.00
134_L 273_M 0.93 0.13 0.00
71_L 139_G 0.93 0.13 0.00
24_T 377_Q 0.93 0.13 0.00
127_L 387_S 0.93 0.13 0.00
146_V 517_A 0.93 0.13 0.00
85_S 554_G 0.93 0.13 0.00
308_T 535_F 0.93 0.13 0.00
36_M 452_F 0.93 0.13 0.00
108_I 149_D 0.92 0.13 0.00
224_L 535_F 0.92 0.13 0.00
207_D 197_L 0.92 0.13 0.00
236_L 531_P 0.92 0.13 0.00
174_G 483_E 0.92 0.13 0.00
269_L 24_L 0.92 0.13 0.00
256_A 204_D 0.92 0.13 0.00
109_P 282_A 0.92 0.13 0.00
217_Y 268_L 0.92 0.13 0.00
49_N 305_L 0.92 0.13 0.00
143_Q 199_V 0.92 0.13 0.00
109_P 551_V 0.91 0.13 0.00
26_F 110_A 0.91 0.12 0.00
94_L 47_L 0.91 0.12 0.00
44_I 206_Y 0.91 0.12 0.00
105_I 563_Q 0.91 0.12 0.00
83_S 235_K 0.91 0.12 0.00
182_L 589_K 0.91 0.12 0.00
271_I 520_A 0.91 0.12 0.00
336_M 242_L 0.91 0.12 0.00
99_L 426_S 0.91 0.12 0.00
134_L 246_S 0.91 0.12 0.00
289_S 255_A 0.91 0.12 0.00
272_T 480_D 0.91 0.12 0.00
307_Q 537_S 0.90 0.12 0.00
265_I 150_K 0.90 0.12 0.00
32_A 236_R 0.90 0.12 0.00
347_L 199_V 0.90 0.12 0.00
23_G 449_K 0.90 0.12 0.00
277_I 542_A 0.90 0.12 0.00
11_T 637_S 0.90 0.12 0.00
264_L 310_Y 0.90 0.12 0.00
334_S 251_F 0.89 0.12 0.00
76_I 365_F 0.89 0.12 0.00
345_L 306_Y 0.89 0.12 0.00
216_G 287_P 0.89 0.12 0.00
256_A 574_F 0.89 0.12 0.00
45_A 639_K 0.89 0.12 0.00
219_I 427_T 0.89 0.12 0.00
107_Y 414_N 0.89 0.12 0.00
178_V 472_I 0.89 0.12 0.00
325_P 421_S 0.89 0.12 0.00
259_C 217_I 0.89 0.12 0.00
105_I 458_N 0.89 0.12 0.00
328_F 52_N 0.89 0.12 0.00
170_V 396_K 0.89 0.12 0.00
44_I 271_V 0.88 0.12 0.00
95_Q 200_E 0.88 0.12 0.00
286_N 163_L 0.88 0.12 0.00
85_S 552_Y 0.88 0.12 0.00
139_L 152_K 0.88 0.12 0.00
36_M 283_Y 0.88 0.12 0.00
284_F 45_Q 0.88 0.12 0.00
138_F 325_I 0.88 0.12 0.00
196_S 318_S 0.88 0.12 0.00
308_T 324_A 0.88 0.12 0.00
83_S 296_D 0.88 0.12 0.00
164_G 37_M 0.88 0.12 0.00
324_V 280_I 0.88 0.12 0.00
71_L 463_R 0.88 0.12 0.00
85_S 308_N 0.88 0.12 0.00
102_I 633_I 0.88 0.12 0.00
3_Y 234_P 0.88 0.12 0.00
27_Y 328_G 0.88 0.12 0.00
256_A 274_D 0.88 0.12 0.00
102_I 176_F 0.88 0.12 0.00
269_L 511_E 0.88 0.12 0.00
328_F 534_Y 0.88 0.12 0.00
159_I 246_S 0.87 0.12 0.00
33_Y 442_F 0.87 0.11 0.00
222_S 398_T 0.87 0.11 0.00
236_L 15_A 0.87 0.11 0.00
223_L 72_N 0.87 0.11 0.00
306_S 402_F 0.87 0.11 0.00
55_N 409_Q 0.87 0.11 0.00
44_I 126_K 0.87 0.11 0.00
146_V 439_S 0.87 0.11 0.00
112_I 176_F 0.87 0.11 0.00
109_P 614_I 0.87 0.11 0.00
141_F 577_I 0.87 0.11 0.00
232_F 379_L 0.87 0.11 0.00
145_D 338_S 0.87 0.11 0.00
282_F 270_A 0.86 0.11 0.00
267_G 176_F 0.86 0.11 0.00
163_S 157_N 0.86 0.11 0.00
306_S 617_V 0.86 0.11 0.00
216_G 311_E 0.86 0.11 0.00
204_T 574_F 0.86 0.11 0.00
64_I 280_I 0.86 0.11 0.00
342_A 452_F 0.86 0.11 0.00
197_Y 430_T 0.86 0.11 0.00
144_K 304_D 0.86 0.11 0.00
227_G 376_L 0.86 0.11 0.00
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108_I 470_K 0.80 0.10 0.00
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Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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