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OPENSEQ.org
tssL_TssM
Genes: A B A+B
Length: 257 560 685
Sequences: 818 596 528
Seq/Len: 3.18 1.06 0.77
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.47
2 0.01 0.03 0.48
5 0.01 0.03 0.59
10 0.01 0.03 0.60
20 0.03 0.05 0.65
100 0.05 0.07 0.65
∞ 0.14 0.12 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
234_L 469_A 1.93 0.91 0.42
256_I 555_L 1.62 0.78 0.22
104_S 254_L 1.51 0.70 0.16
101_L 373_F 1.49 0.69 0.15
201_T 294_E 1.48 0.68 0.15
233_G 116_K 1.42 0.64 0.12
221_W 256_E 1.40 0.61 0.11
176_A 429_F 1.39 0.60 0.11
203_P 318_E 1.37 0.59 0.10
105_V 446_V 1.35 0.57 0.10
243_H 543_T 1.33 0.55 0.09
246_S 543_T 1.32 0.55 0.09
238_Y 473_H 1.32 0.55 0.09
203_P 321_Q 1.31 0.54 0.09
204_T 295_V 1.29 0.52 0.08
220_V 423_Y 1.27 0.51 0.07
106_M 271_L 1.24 0.48 0.07
218_M 535_D 1.24 0.48 0.07
229_V 277_L 1.24 0.48 0.07
235_F 300_F 1.23 0.47 0.07
189_L 205_R 1.22 0.46 0.06
245_K 484_D 1.19 0.44 0.06
46_L 220_R 1.18 0.43 0.06
122_L 556_L 1.18 0.42 0.05
228_I 377_A 1.16 0.41 0.05
121_M 270_A 1.16 0.41 0.05
221_W 173_W 1.14 0.40 0.05
182_I 142_T 1.14 0.39 0.05
37_N 436_E 1.13 0.39 0.05
153_L 433_I 1.12 0.38 0.04
40_I 148_S 1.11 0.37 0.04
181_V 267_V 1.11 0.37 0.04
201_T 216_R 1.11 0.37 0.04
78_I 227_V 1.11 0.37 0.04
117_A 429_F 1.11 0.37 0.04
52_R 108_L 1.11 0.37 0.04
49_L 418_K 1.11 0.37 0.04
113_S 230_L 1.10 0.36 0.04
189_L 465_T 1.10 0.36 0.04
253_L 283_F 1.09 0.36 0.04
200_L 294_E 1.09 0.36 0.04
151_A 116_K 1.09 0.36 0.04
63_E 463_V 1.08 0.35 0.04
189_L 235_L 1.08 0.35 0.04
100_F 311_W 1.07 0.34 0.04
109_E 420_S 1.07 0.34 0.04
109_E 160_A 1.06 0.33 0.04
91_M 539_Y 1.05 0.33 0.03
97_L 326_V 1.05 0.32 0.03
189_L 111_V 1.05 0.32 0.03
164_F 216_R 1.05 0.32 0.03
238_Y 461_C 1.05 0.32 0.03
117_A 154_F 1.04 0.32 0.03
105_V 490_V 1.04 0.32 0.03
164_F 254_L 1.04 0.31 0.03
181_V 251_R 1.04 0.31 0.03
224_F 461_C 1.03 0.31 0.03
77_E 222_P 1.03 0.31 0.03
91_M 147_R 1.03 0.31 0.03
140_S 384_F 1.03 0.31 0.03
125_F 541_G 1.03 0.31 0.03
73_I 277_L 1.03 0.30 0.03
240_Y 467_L 1.02 0.30 0.03
181_V 291_Q 1.02 0.30 0.03
68_Q 557_E 1.01 0.29 0.03
178_R 521_L 1.01 0.29 0.03
138_I 221_R 1.01 0.29 0.03
93_Y 203_E 1.01 0.29 0.03
43_A 191_Q 1.01 0.29 0.03
135_V 134_L 1.00 0.29 0.03
155_F 145_I 1.00 0.29 0.03
136_F 519_A 0.99 0.28 0.03
119_H 402_S 0.99 0.28 0.03
153_L 247_A 0.99 0.28 0.03
149_Y 335_A 0.99 0.28 0.03
227_F 461_C 0.99 0.28 0.03
31_L 180_V 0.99 0.28 0.03
120_S 352_Q 0.99 0.28 0.03
240_Y 471_T 0.99 0.28 0.03
231_W 227_V 0.98 0.27 0.03
161_I 145_I 0.98 0.27 0.03
109_E 387_V 0.98 0.27 0.03
206_H 178_E 0.97 0.27 0.03
103_E 443_N 0.97 0.27 0.02
169_R 203_E 0.97 0.27 0.02
47_F 468_L 0.97 0.27 0.02
222_S 217_T 0.96 0.26 0.02
197_P 459_V 0.96 0.26 0.02
237_G 334_V 0.96 0.26 0.02
189_L 498_P 0.96 0.26 0.02
63_E 403_R 0.96 0.26 0.02
136_F 325_R 0.96 0.26 0.02
159_C 319_Y 0.95 0.25 0.02
90_L 255_R 0.95 0.25 0.02
82_E 118_S 0.95 0.25 0.02
69_T 357_K 0.95 0.25 0.02
90_L 358_E 0.95 0.25 0.02
95_Y 423_Y 0.95 0.25 0.02
170_V 326_V 0.95 0.25 0.02
234_L 325_R 0.94 0.25 0.02
84_G 457_S 0.94 0.25 0.02
151_A 348_S 0.94 0.25 0.02
249_V 544_I 0.94 0.25 0.02
188_L 232_V 0.94 0.24 0.02
133_E 126_Y 0.94 0.24 0.02
216_R 467_L 0.93 0.24 0.02
237_G 451_R 0.93 0.24 0.02
253_L 548_V 0.93 0.24 0.02
90_L 117_Q 0.93 0.24 0.02
188_L 384_F 0.93 0.24 0.02
204_T 175_I 0.93 0.24 0.02
176_A 134_L 0.93 0.24 0.02
41_D 526_F 0.93 0.24 0.02
199_D 290_S 0.93 0.24 0.02
105_V 400_A 0.93 0.24 0.02
101_L 371_D 0.93 0.24 0.02
73_I 498_P 0.93 0.24 0.02
43_A 222_P 0.93 0.24 0.02
161_I 110_Q 0.93 0.24 0.02
218_M 289_K 0.92 0.24 0.02
135_V 414_A 0.92 0.23 0.02
233_G 481_Q 0.92 0.23 0.02
130_W 472_W 0.92 0.23 0.02
120_S 540_Q 0.92 0.23 0.02
177_E 271_L 0.92 0.23 0.02
50_S 431_H 0.92 0.23 0.02
132_G 381_G 0.91 0.23 0.02
73_I 372_Q 0.91 0.23 0.02
95_Y 279_G 0.91 0.23 0.02
42_A 180_V 0.91 0.23 0.02
61_N 409_H 0.91 0.23 0.02
72_E 230_L 0.91 0.23 0.02
127_N 514_N 0.91 0.23 0.02
136_F 132_L 0.91 0.23 0.02
254_N 518_E 0.91 0.23 0.02
195_S 289_K 0.91 0.23 0.02
50_S 192_G 0.91 0.23 0.02
53_V 298_F 0.90 0.22 0.02
246_S 423_Y 0.90 0.22 0.02
129_T 373_F 0.90 0.22 0.02
207_V 436_E 0.90 0.22 0.02
197_P 326_V 0.90 0.22 0.02
255_Q 122_H 0.90 0.22 0.02
219_P 368_L 0.90 0.22 0.02
136_F 486_V 0.90 0.22 0.02
228_I 216_R 0.90 0.22 0.02
120_S 206_L 0.90 0.22 0.02
69_T 277_L 0.90 0.22 0.02
67_R 181_L 0.89 0.22 0.02
122_L 443_N 0.89 0.22 0.02
99_A 210_F 0.89 0.22 0.02
99_A 277_L 0.89 0.22 0.02
83_Q 495_E 0.89 0.22 0.02
170_V 296_L 0.89 0.22 0.02
202_R 175_I 0.89 0.22 0.02
165_E 486_V 0.89 0.21 0.02
159_C 219_S 0.89 0.21 0.02
93_Y 150_Q 0.89 0.21 0.02
158_H 349_F 0.89 0.21 0.02
134_K 437_A 0.89 0.21 0.02
231_W 472_W 0.89 0.21 0.02
145_E 219_S 0.89 0.21 0.02
181_V 376_S 0.89 0.21 0.02
113_S 290_S 0.89 0.21 0.02
165_E 339_T 0.88 0.21 0.02
111_G 436_E 0.88 0.21 0.02
149_Y 343_R 0.88 0.21 0.02
201_T 284_F 0.88 0.21 0.02
242_L 472_W 0.88 0.21 0.02
39_L 554_N 0.88 0.21 0.02
155_F 436_E 0.88 0.21 0.02
77_E 295_V 0.88 0.21 0.02
148_R 223_L 0.88 0.21 0.02
201_T 425_T 0.88 0.21 0.02
148_R 369_A 0.88 0.21 0.02
146_P 556_L 0.88 0.21 0.02
188_L 182_I 0.88 0.21 0.02
256_I 347_Y 0.87 0.21 0.02
136_F 387_V 0.87 0.20 0.02
164_F 431_H 0.87 0.20 0.02
256_I 132_L 0.87 0.20 0.02
152_L 124_Y 0.87 0.20 0.02
62_I 353_I 0.87 0.20 0.02
69_T 108_L 0.87 0.20 0.02
164_F 267_V 0.87 0.20 0.02
256_I 551_T 0.86 0.20 0.02
233_G 321_Q 0.86 0.20 0.02
73_I 359_I 0.86 0.20 0.02
127_N 254_L 0.86 0.20 0.01
184_R 497_F 0.86 0.20 0.01
221_W 181_L 0.86 0.20 0.01
98_C 154_F 0.86 0.20 0.01
143_E 128_L 0.86 0.20 0.01
96_I 482_H 0.86 0.20 0.01
128_E 178_E 0.86 0.20 0.01
240_Y 451_R 0.86 0.20 0.01
220_V 463_V 0.86 0.20 0.01
70_I 204_R 0.86 0.20 0.01
73_I 138_N 0.86 0.20 0.01
254_N 364_F 0.86 0.20 0.01
138_I 229_A 0.86 0.20 0.01
128_E 556_L 0.85 0.20 0.01
231_W 337_P 0.85 0.19 0.01
230_L 270_A 0.85 0.19 0.01
221_W 187_E 0.85 0.19 0.01
173_G 274_L 0.85 0.19 0.01
219_P 168_P 0.85 0.19 0.01
102_D 424_F 0.85 0.19 0.01
200_L 142_T 0.85 0.19 0.01
206_H 436_E 0.85 0.19 0.01
82_E 408_S 0.85 0.19 0.01
57_T 429_F 0.85 0.19 0.01
103_E 555_L 0.85 0.19 0.01
80_L 182_I 0.85 0.19 0.01
141_R 343_R 0.85 0.19 0.01
40_I 180_V 0.85 0.19 0.01
49_L 272_T 0.85 0.19 0.01
206_H 295_V 0.85 0.19 0.01
98_C 472_W 0.84 0.19 0.01
121_M 182_I 0.84 0.19 0.01
195_S 139_A 0.84 0.19 0.01
235_F 423_Y 0.84 0.19 0.01
200_L 136_L 0.84 0.19 0.01
172_E 182_I 0.84 0.19 0.01
89_I 345_A 0.84 0.19 0.01
137_T 229_A 0.84 0.19 0.01
140_S 401_A 0.84 0.19 0.01
85_Y 488_T 0.84 0.19 0.01
38_V 475_N 0.84 0.18 0.01
225_A 417_A 0.83 0.18 0.01
150_Q 423_Y 0.83 0.18 0.01
170_V 121_K 0.83 0.18 0.01
53_V 510_L 0.83 0.18 0.01
50_S 531_Q 0.83 0.18 0.01
253_L 523_F 0.83 0.18 0.01
113_S 559_R 0.83 0.18 0.01
103_E 539_Y 0.83 0.18 0.01
24_D 388_Y 0.83 0.18 0.01
71_E 181_L 0.83 0.18 0.01
89_I 536_F 0.83 0.18 0.01
109_E 185_D 0.83 0.18 0.01
170_V 291_Q 0.83 0.18 0.01
194_E 127_A 0.83 0.18 0.01
132_G 268_Y 0.83 0.18 0.01
103_E 541_G 0.83 0.18 0.01
221_W 184_P 0.82 0.18 0.01
50_S 291_Q 0.82 0.18 0.01
92_A 397_F 0.82 0.18 0.01
187_Q 342_E 0.82 0.18 0.01
190_S 332_H 0.82 0.18 0.01
111_G 243_R 0.82 0.18 0.01
201_T 295_V 0.82 0.18 0.01
60_D 143_S 0.82 0.18 0.01
41_D 348_S 0.82 0.18 0.01
63_E 377_A 0.82 0.18 0.01
224_F 191_Q 0.82 0.18 0.01
224_F 470_G 0.82 0.17 0.01
133_E 338_M 0.82 0.17 0.01
150_Q 145_I 0.82 0.17 0.01
103_E 351_R 0.82 0.17 0.01
69_T 535_D 0.81 0.17 0.01
239_S 288_T 0.81 0.17 0.01
93_Y 483_A 0.81 0.17 0.01
156_I 202_L 0.81 0.17 0.01
103_E 353_I 0.81 0.17 0.01
204_T 383_Y 0.81 0.17 0.01
145_E 243_R 0.81 0.17 0.01
191_S 270_A 0.81 0.17 0.01
95_Y 538_L 0.81 0.17 0.01
119_H 316_A 0.81 0.17 0.01
139_L 228_L 0.81 0.17 0.01
38_V 372_Q 0.81 0.17 0.01
132_G 266_P 0.81 0.17 0.01
116_W 251_R 0.81 0.17 0.01
245_K 223_L 0.81 0.17 0.01
218_M 492_Q 0.81 0.17 0.01
227_F 421_T 0.81 0.17 0.01
166_G 424_F 0.81 0.17 0.01
253_L 534_S 0.81 0.17 0.01
123_S 436_E 0.81 0.17 0.01
35_N 228_L 0.81 0.17 0.01
222_S 159_R 0.80 0.17 0.01
54_R 393_P 0.80 0.17 0.01
181_V 215_D 0.80 0.17 0.01
167_K 334_V 0.80 0.17 0.01
238_Y 503_L 0.80 0.17 0.01
153_L 177_D 0.80 0.17 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12267 0.72 tssL_TssM Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.29 Done - Shared
12264 0.77 tssL_TssM Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.42 Done - Shared
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