May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Tthermo-RodA-PBP2
Genes: A B A+B
Length: 359 575 901
Sequences: 4950 6425 2941
Seq/Len: 13.79 11.17 3.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.05 1.41
2 0.02 0.06 1.47
5 0.02 0.06 2.98
10 0.02 0.06 3.10
20 0.02 0.07 3.15
100 0.05 0.10 3.42
∞ 0.18 0.24 3.86
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
271_V 20_G 2.59 1.00 1.00
312_V 15_A 1.92 1.00 0.98
270_V 23_A 1.90 0.99 0.98
267_F 24_W 1.64 0.98 0.94
278_G 16_L 1.49 0.96 0.90
315_L 19_L 1.40 0.94 0.86
233_L 28_V 1.31 0.91 0.81
321_V 18_L 1.11 0.79 0.64
258_F 23_A 1.08 0.76 0.61
274_L 19_L 1.08 0.75 0.60
312_V 19_L 1.07 0.75 0.60
319_L 19_L 1.07 0.74 0.59
267_F 28_V 1.04 0.72 0.56
109_L 558_R 1.01 0.68 0.52
25_L 103_L 1.01 0.68 0.52
228_I 26_L 0.98 0.65 0.48
321_V 19_L 0.97 0.64 0.48
274_L 20_G 0.97 0.64 0.47
232_G 31_Y 0.95 0.62 0.45
90_I 272_D 0.94 0.60 0.43
320_G 405_G 0.90 0.55 0.39
319_L 23_A 0.89 0.54 0.38
145_G 17_F 0.88 0.53 0.37
65_L 538_G 0.82 0.45 0.29
316_G 19_L 0.79 0.41 0.26
119_A 26_L 0.79 0.41 0.26
311_V 16_L 0.78 0.40 0.25
97_F 570_A 0.77 0.39 0.24
308_G 12_F 0.77 0.39 0.24
269_G 180_G 0.77 0.39 0.24
267_F 27_Q 0.76 0.38 0.23
262_A 27_Q 0.76 0.38 0.23
337_S 320_E 0.76 0.38 0.23
275_G 301_V 0.75 0.37 0.22
164_F 20_G 0.75 0.36 0.22
49_L 262_V 0.74 0.35 0.21
60_L 483_K 0.73 0.34 0.20
306_M 273_P 0.72 0.34 0.20
223_Q 41_N 0.72 0.33 0.19
305_G 213_T 0.72 0.33 0.19
204_V 172_A 0.71 0.32 0.18
138_L 138_P 0.71 0.32 0.18
20_A 14_L 0.71 0.31 0.18
337_S 383_L 0.70 0.31 0.18
226_I 34_Y 0.69 0.30 0.17
11_Y 430_A 0.69 0.30 0.17
275_G 20_G 0.69 0.29 0.17
265_W 15_A 0.69 0.29 0.16
275_G 13_A 0.69 0.29 0.16
210_P 269_P 0.68 0.29 0.16
324_V 218_L 0.67 0.28 0.15
298_L 42_Y 0.67 0.28 0.15
147_L 457_P 0.67 0.27 0.15
41_Y 255_L 0.66 0.27 0.15
49_L 181_K 0.66 0.27 0.14
168_F 7_A 0.66 0.26 0.14
76_S 493_V 0.65 0.26 0.14
56_L 319_L 0.65 0.25 0.13
229_G 34_Y 0.65 0.25 0.13
274_L 336_I 0.64 0.25 0.13
233_L 103_L 0.64 0.25 0.13
68_L 262_V 0.64 0.25 0.13
299_F 401_A 0.64 0.24 0.13
230_S 34_Y 0.64 0.24 0.13
142_P 479_G 0.63 0.24 0.12
267_F 20_G 0.63 0.24 0.12
122_L 44_K 0.63 0.24 0.12
23_V 559_V 0.63 0.24 0.12
216_G 439_T 0.63 0.24 0.12
46_A 431_I 0.63 0.24 0.12
249_I 346_W 0.63 0.23 0.12
19_V 48_I 0.63 0.23 0.12
260_V 170_L 0.62 0.23 0.12
319_L 22_R 0.62 0.23 0.12
171_G 489_L 0.62 0.23 0.12
46_A 213_T 0.62 0.23 0.12
141_L 181_K 0.62 0.23 0.12
82_L 472_P 0.62 0.23 0.12
201_R 451_A 0.61 0.22 0.11
188_V 170_L 0.61 0.22 0.11
339_L 347_A 0.61 0.22 0.11
28_V 115_L 0.60 0.21 0.11
328_T 434_G 0.60 0.21 0.10
26_G 357_R 0.60 0.21 0.10
331_L 137_N 0.60 0.21 0.10
141_L 13_A 0.60 0.21 0.10
180_G 87_P 0.59 0.21 0.10
142_P 537_D 0.59 0.21 0.10
269_G 27_Q 0.59 0.21 0.10
299_F 248_V 0.59 0.21 0.10
279_L 271_F 0.59 0.20 0.10
169_V 8_L 0.59 0.20 0.10
285_F 439_T 0.59 0.20 0.10
119_A 62_V 0.59 0.20 0.10
282_A 80_A 0.59 0.20 0.10
74_G 181_K 0.59 0.20 0.10
82_L 210_V 0.59 0.20 0.10
278_G 13_A 0.59 0.20 0.10
275_G 262_V 0.59 0.20 0.10
206_I 329_T 0.59 0.20 0.10
276_L 214_L 0.59 0.20 0.10
175_R 107_V 0.58 0.20 0.10
332_F 39_Q 0.58 0.20 0.09
270_V 318_L 0.58 0.20 0.09
76_S 531_M 0.58 0.20 0.09
340_I 491_K 0.58 0.20 0.09
42_R 538_G 0.58 0.20 0.09
77_L 371_A 0.58 0.19 0.09
28_V 480_R 0.58 0.19 0.09
281_L 11_F 0.58 0.19 0.09
173_P 314_T 0.57 0.19 0.09
352_V 487_E 0.57 0.19 0.09
138_L 353_P 0.57 0.19 0.09
238_Y 345_N 0.57 0.19 0.09
179_V 390_L 0.57 0.19 0.09
223_Q 405_G 0.57 0.19 0.09
66_F 428_S 0.57 0.19 0.09
109_L 431_I 0.57 0.18 0.09
230_S 433_Q 0.57 0.18 0.09
106_P 516_A 0.57 0.18 0.09
288_A 103_L 0.57 0.18 0.09
106_P 271_F 0.56 0.18 0.08
147_L 26_L 0.56 0.18 0.08
157_L 423_P 0.56 0.18 0.08
312_V 211_V 0.56 0.18 0.08
57_L 262_V 0.56 0.18 0.08
236_K 517_E 0.56 0.18 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.3141 seconds.