May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
tssM_TssJ (B, 24-186) (A, 1-521) (B, 1-120)
Genes: A B A+B
Length: 521 120 633
Sequences: 772 601 492
Seq/Len: 1.48 5.01 0.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.04
5 0.00 0.00 0.63
10 0.00 0.00 0.74
20 0.03 0.00 0.77
100 0.05 0.02 0.77
∞ 0.13 0.10 0.78
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
332_V 107_T 1.55 0.73 0.01
329_F 47_V 1.50 0.69 0.01
381_L 50_R 1.49 0.69 0.01
315_V 102_D 1.46 0.67 0.01
292_M 109_V 1.42 0.64 0.01
221_Q 113_F 1.42 0.64 0.01
353_A 46_S 1.40 0.61 0.01
287_V 15_T 1.38 0.61 0.01
368_G 113_F 1.35 0.58 0.01
247_M 108_G 1.33 0.56 0.01
456_A 47_V 1.32 0.56 0.01
404_T 28_L 1.32 0.56 0.01
176_R 10_G 1.31 0.54 0.01
497_G 63_A 1.30 0.54 0.01
281_Y 108_G 1.28 0.52 0.00
442_W 52_Y 1.28 0.52 0.00
477_W 46_S 1.27 0.51 0.00
51_P 109_V 1.26 0.50 0.00
229_Q 30_I 1.25 0.49 0.00
125_K 31_R 1.23 0.47 0.00
483_L 81_I 1.23 0.47 0.00
354_R 28_L 1.22 0.47 0.00
397_I 18_L 1.22 0.47 0.00
367_E 107_T 1.21 0.45 0.00
50_V 53_Q 1.20 0.45 0.00
52_G 79_D 1.20 0.45 0.00
123_L 67_A 1.19 0.44 0.00
303_A 39_S 1.19 0.44 0.00
326_R 111_A 1.19 0.44 0.00
520_E 12_V 1.19 0.44 0.00
374_D 51_I 1.19 0.44 0.00
446_T 88_L 1.18 0.43 0.00
416_G 51_I 1.17 0.42 0.00
198_A 88_L 1.16 0.41 0.00
140_A 47_V 1.15 0.41 0.00
482_L 109_V 1.15 0.40 0.00
390_A 69_F 1.14 0.40 0.00
437_N 46_S 1.14 0.40 0.00
436_V 48_V 1.14 0.40 0.00
154_L 70_T 1.14 0.39 0.00
14_L 50_R 1.13 0.39 0.00
110_F 12_V 1.13 0.39 0.00
439_M 65_Y 1.13 0.39 0.00
498_W 113_F 1.12 0.38 0.00
413_L 26_L 1.12 0.38 0.00
520_E 6_R 1.11 0.38 0.00
266_R 117_D 1.11 0.38 0.00
433_L 95_A 1.11 0.38 0.00
329_F 109_V 1.11 0.37 0.00
418_A 46_S 1.11 0.37 0.00
288_F 107_T 1.10 0.37 0.00
311_W 90_P 1.10 0.37 0.00
435_Y 52_Y 1.10 0.37 0.00
411_F 48_V 1.10 0.36 0.00
337_S 71_G 1.08 0.35 0.00
299_V 96_V 1.07 0.34 0.00
209_D 44_P 1.07 0.34 0.00
436_V 85_D 1.07 0.34 0.00
123_L 108_G 1.07 0.34 0.00
476_S 46_S 1.06 0.34 0.00
335_D 96_V 1.06 0.34 0.00
507_G 68_L 1.06 0.33 0.00
287_V 108_G 1.06 0.33 0.00
223_Y 45_L 1.06 0.33 0.00
345_L 46_S 1.06 0.33 0.00
504_A 49_V 1.06 0.33 0.00
383_F 52_Y 1.05 0.33 0.00
421_V 32_A 1.05 0.33 0.00
181_Q 16_K 1.05 0.32 0.00
291_P 36_I 1.04 0.32 0.00
416_G 32_A 1.04 0.32 0.00
332_V 77_A 1.03 0.31 0.00
368_G 33_R 1.03 0.31 0.00
422_M 114_L 1.03 0.31 0.00
395_S 4_T 1.03 0.31 0.00
426_L 60_F 1.02 0.30 0.00
240_S 111_A 1.02 0.30 0.00
126_A 49_V 1.02 0.30 0.00
437_N 45_L 1.02 0.30 0.00
484_E 46_S 1.01 0.30 0.00
145_S 80_I 1.01 0.30 0.00
154_L 49_V 1.01 0.30 0.00
313_T 111_A 1.01 0.29 0.00
440_P 114_L 1.01 0.29 0.00
262_L 106_F 1.00 0.29 0.00
18_M 83_Q 1.00 0.29 0.00
355_F 54_L 1.00 0.29 0.00
181_Q 7_V 1.00 0.29 0.00
74_R 56_D 1.00 0.29 0.00
208_M 15_T 0.99 0.28 0.00
266_R 113_F 0.99 0.28 0.00
428_T 72_D 0.99 0.28 0.00
444_R 80_I 0.99 0.28 0.00
444_R 38_T 0.98 0.28 0.00
116_N 59_S 0.98 0.28 0.00
393_T 47_V 0.98 0.27 0.00
102_L 117_D 0.97 0.27 0.00
352_I 81_I 0.97 0.27 0.00
3_R 16_K 0.97 0.27 0.00
335_D 77_A 0.97 0.27 0.00
340_L 3_L 0.97 0.27 0.00
29_M 39_S 0.96 0.26 0.00
160_T 36_I 0.96 0.26 0.00
124_R 70_T 0.96 0.26 0.00
54_F 60_F 0.96 0.26 0.00
111_G 32_A 0.96 0.26 0.00
33_D 70_T 0.95 0.26 0.00
311_W 116_P 0.95 0.26 0.00
191_S 32_A 0.95 0.26 0.00
470_Y 44_P 0.95 0.26 0.00
35_T 50_R 0.95 0.25 0.00
380_G 112_M 0.95 0.25 0.00
335_D 75_I 0.95 0.25 0.00
114_W 37_N 0.94 0.25 0.00
53_M 61_D 0.94 0.25 0.00
504_A 77_A 0.94 0.25 0.00
227_V 26_L 0.94 0.25 0.00
343_K 24_K 0.94 0.25 0.00
213_N 15_T 0.94 0.25 0.00
402_F 20_Y 0.94 0.25 0.00
490_A 55_K 0.94 0.25 0.00
405_G 55_K 0.94 0.25 0.00
355_F 50_R 0.94 0.25 0.00
287_V 100_L 0.94 0.25 0.00
340_L 20_Y 0.94 0.25 0.00
52_G 55_K 0.94 0.25 0.00
5_L 16_K 0.94 0.24 0.00
315_V 28_L 0.93 0.24 0.00
154_L 109_V 0.93 0.24 0.00
64_L 77_A 0.93 0.24 0.00
52_G 114_L 0.93 0.24 0.00
315_V 101_D 0.93 0.24 0.00
477_W 64_D 0.93 0.24 0.00
419_A 42_G 0.93 0.24 0.00
520_E 9_D 0.93 0.24 0.00
316_V 100_L 0.93 0.24 0.00
111_G 63_A 0.93 0.24 0.00
55_T 24_K 0.92 0.24 0.00
173_K 4_T 0.92 0.24 0.00
433_L 29_D 0.92 0.24 0.00
56_R 56_D 0.92 0.24 0.00
181_Q 12_V 0.92 0.23 0.00
297_Q 28_L 0.92 0.23 0.00
10_S 17_S 0.92 0.23 0.00
373_P 63_A 0.92 0.23 0.00
354_R 103_A 0.92 0.23 0.00
69_T 105_K 0.91 0.23 0.00
407_A 21_R 0.91 0.23 0.00
388_L 68_L 0.91 0.23 0.00
287_V 91_G 0.91 0.23 0.00
180_S 4_T 0.91 0.23 0.00
19_L 96_V 0.91 0.23 0.00
520_E 16_K 0.91 0.23 0.00
339_P 86_V 0.91 0.23 0.00
336_A 32_A 0.91 0.23 0.00
223_Y 51_I 0.91 0.23 0.00
181_Q 17_S 0.91 0.23 0.00
338_L 35_A 0.91 0.23 0.00
3_R 6_R 0.90 0.23 0.00
439_M 8_A 0.90 0.22 0.00
67_I 53_Q 0.90 0.22 0.00
177_N 13_S 0.90 0.22 0.00
329_F 49_V 0.90 0.22 0.00
244_Q 107_T 0.90 0.22 0.00
156_V 27_H 0.90 0.22 0.00
308_N 69_F 0.89 0.22 0.00
139_M 38_T 0.89 0.22 0.00
180_S 16_K 0.89 0.22 0.00
104_T 96_V 0.89 0.22 0.00
328_P 37_N 0.89 0.22 0.00
501_S 8_A 0.89 0.21 0.00
293_E 41_A 0.88 0.21 0.00
141_D 104_A 0.88 0.21 0.00
157_Q 35_A 0.88 0.21 0.00
491_A 113_F 0.88 0.21 0.00
264_D 49_V 0.88 0.21 0.00
481_R 42_G 0.88 0.21 0.00
170_S 13_S 0.88 0.21 0.00
291_P 107_T 0.88 0.21 0.00
47_D 40_A 0.88 0.21 0.00
349_T 75_I 0.88 0.21 0.00
312_R 28_L 0.88 0.21 0.00
163_P 30_I 0.88 0.21 0.00
173_K 6_R 0.87 0.21 0.00
520_E 10_G 0.87 0.21 0.00
417_T 41_A 0.87 0.20 0.00
179_L 8_A 0.87 0.20 0.00
78_M 39_S 0.87 0.20 0.00
316_V 32_A 0.87 0.20 0.00
415_P 12_V 0.87 0.20 0.00
315_V 84_K 0.87 0.20 0.00
423_Q 83_Q 0.87 0.20 0.00
516_T 96_V 0.86 0.20 0.00
190_E 13_S 0.86 0.20 0.00
243_P 84_K 0.86 0.20 0.00
482_L 106_F 0.86 0.20 0.00
315_V 80_I 0.86 0.20 0.00
484_E 91_G 0.86 0.20 0.00
29_M 64_D 0.86 0.20 0.00
145_S 83_Q 0.86 0.20 0.00
242_D 28_L 0.86 0.20 0.00
307_L 36_I 0.86 0.20 0.00
490_A 107_T 0.86 0.20 0.00
484_E 111_A 0.85 0.20 0.00
68_D 75_I 0.85 0.20 0.00
488_R 51_I 0.85 0.20 0.00
214_S 111_A 0.85 0.20 0.00
80_W 85_D 0.85 0.20 0.00
413_L 104_A 0.85 0.20 0.00
479_L 53_Q 0.85 0.20 0.00
152_N 116_P 0.85 0.20 0.00
116_N 92_G 0.85 0.20 0.00
520_E 15_T 0.85 0.19 0.00
507_G 69_F 0.85 0.19 0.00
324_S 8_A 0.85 0.19 0.00
177_N 7_V 0.85 0.19 0.00
321_N 34_E 0.85 0.19 0.00
301_T 109_V 0.85 0.19 0.00
281_Y 14_A 0.85 0.19 0.00
441_V 70_T 0.84 0.19 0.00
450_D 67_A 0.84 0.19 0.00
295_A 57_N 0.84 0.19 0.00
108_A 63_A 0.84 0.19 0.00
177_N 14_A 0.84 0.19 0.00
140_A 109_V 0.84 0.19 0.00
16_Q 10_G 0.84 0.19 0.00
413_L 44_P 0.84 0.19 0.00
511_N 68_L 0.84 0.19 0.00
177_N 16_K 0.84 0.19 0.00
328_P 76_L 0.84 0.19 0.00
137_T 108_G 0.84 0.19 0.00
109_D 31_R 0.84 0.19 0.00
485_M 74_E 0.84 0.19 0.00
180_S 18_L 0.84 0.19 0.00
442_W 110_A 0.84 0.19 0.00
212_N 10_G 0.84 0.19 0.00
478_G 46_S 0.84 0.19 0.00
39_D 114_L 0.84 0.19 0.00
489_K 96_V 0.84 0.19 0.00
330_K 107_T 0.84 0.19 0.00
79_D 54_L 0.84 0.19 0.00
442_W 118_Q 0.84 0.19 0.00
458_L 33_R 0.84 0.19 0.00
88_K 14_A 0.84 0.19 0.00
170_S 4_T 0.84 0.19 0.00
303_A 75_I 0.84 0.19 0.00
500_L 107_T 0.83 0.19 0.00
125_K 34_E 0.83 0.19 0.00
275_G 18_L 0.83 0.19 0.00
125_K 68_L 0.83 0.18 0.00
433_L 82_A 0.83 0.18 0.00
439_M 66_Q 0.83 0.18 0.00
352_I 104_A 0.83 0.18 0.00
217_M 102_D 0.83 0.18 0.00
474_P 34_E 0.83 0.18 0.00
59_W 116_P 0.83 0.18 0.00
424_T 52_Y 0.83 0.18 0.00
516_T 25_T 0.82 0.18 0.00
131_D 60_F 0.82 0.18 0.00
173_K 18_L 0.82 0.18 0.00
497_G 50_R 0.82 0.18 0.00
125_K 40_A 0.82 0.18 0.00
514_L 96_V 0.82 0.18 0.00
478_G 77_A 0.82 0.18 0.00
299_V 26_L 0.82 0.18 0.00
326_R 99_P 0.82 0.18 0.00
486_A 86_V 0.82 0.18 0.00
425_T 111_A 0.82 0.18 0.00
72_N 49_V 0.82 0.18 0.00
309_A 47_V 0.82 0.18 0.00
423_Q 100_L 0.82 0.18 0.00
178_L 13_S 0.82 0.18 0.00
190_E 12_V 0.82 0.18 0.00
345_L 13_S 0.82 0.18 0.00
512_Y 85_D 0.82 0.18 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1742 seconds.