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OPENSEQ.org
tssM_TssJ (B, 24-186)
Genes: A B A+B
Length: 561 163 689
Sequences: 760 488 387
Seq/Len: 1.35 2.99 0.56
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.41
10 0.00 0.00 0.52
20 0.03 0.01 0.53
100 0.05 0.02 0.54
∞ 0.13 0.09 0.55
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
448_P 123_W 1.60 0.67 0.00
176_R 10_G 1.57 0.65 0.00
118_L 124_R 1.56 0.64 0.00
353_A 46_S 1.51 0.61 0.00
483_L 81_I 1.49 0.59 0.00
287_V 15_T 1.45 0.56 0.00
9_N 129_R 1.45 0.56 0.00
198_A 88_L 1.43 0.55 0.00
528_L 26_L 1.36 0.49 0.00
530_N 75_I 1.34 0.47 0.00
484_E 91_G 1.33 0.46 0.00
477_W 46_S 1.31 0.45 0.00
80_W 123_W 1.31 0.45 0.00
416_G 51_I 1.30 0.44 0.00
52_G 55_K 1.28 0.42 0.00
482_L 109_V 1.27 0.42 0.00
488_R 51_I 1.27 0.42 0.00
479_L 44_P 1.26 0.41 0.00
303_A 39_S 1.25 0.40 0.00
332_V 65_Y 1.25 0.40 0.00
329_F 109_V 1.24 0.39 0.00
265_T 65_Y 1.24 0.39 0.00
497_G 63_A 1.23 0.39 0.00
349_T 75_I 1.23 0.38 0.00
281_Y 108_G 1.22 0.38 0.00
240_S 111_A 1.21 0.37 0.00
332_V 77_A 1.21 0.37 0.00
418_A 46_S 1.20 0.36 0.00
299_V 96_V 1.19 0.35 0.00
440_P 114_L 1.18 0.35 0.00
287_V 100_L 1.18 0.35 0.00
315_V 102_D 1.17 0.34 0.00
316_V 100_L 1.17 0.34 0.00
435_Y 52_Y 1.17 0.34 0.00
21_R 101_D 1.17 0.34 0.00
179_L 154_D 1.16 0.34 0.00
335_D 103_A 1.15 0.33 0.00
247_M 108_G 1.15 0.33 0.00
381_L 50_R 1.15 0.33 0.00
368_G 33_R 1.14 0.32 0.00
3_R 16_K 1.14 0.32 0.00
437_N 45_L 1.14 0.32 0.00
435_Y 54_L 1.13 0.32 0.00
507_G 68_L 1.13 0.31 0.00
526_L 47_V 1.13 0.31 0.00
446_T 88_L 1.12 0.31 0.00
490_A 107_T 1.12 0.31 0.00
214_S 77_A 1.12 0.31 0.00
224_L 80_I 1.12 0.31 0.00
140_A 47_V 1.12 0.30 0.00
181_Q 16_K 1.12 0.30 0.00
501_S 8_A 1.11 0.30 0.00
72_N 49_V 1.11 0.30 0.00
311_W 116_P 1.10 0.29 0.00
355_F 50_R 1.10 0.29 0.00
442_W 52_Y 1.10 0.29 0.00
221_Q 113_F 1.10 0.29 0.00
397_I 18_L 1.09 0.29 0.00
291_P 27_H 1.09 0.29 0.00
223_Y 45_L 1.09 0.29 0.00
511_N 51_I 1.09 0.28 0.00
476_S 46_S 1.08 0.28 0.00
51_P 111_A 1.08 0.28 0.00
336_A 32_A 1.08 0.28 0.00
60_E 106_F 1.08 0.28 0.00
413_L 26_L 1.08 0.28 0.00
395_S 4_T 1.07 0.28 0.00
315_V 28_L 1.07 0.28 0.00
50_V 53_Q 1.07 0.28 0.00
416_G 32_A 1.07 0.27 0.00
532_V 111_A 1.07 0.27 0.00
444_R 38_T 1.07 0.27 0.00
51_P 109_V 1.06 0.27 0.00
287_V 91_G 1.06 0.27 0.00
399_D 96_V 1.06 0.27 0.00
110_F 12_V 1.06 0.27 0.00
330_K 114_L 1.06 0.27 0.00
462_S 46_S 1.06 0.27 0.00
197_L 147_L 1.06 0.27 0.00
419_A 42_G 1.05 0.26 0.00
233_R 51_I 1.05 0.26 0.00
483_L 104_A 1.05 0.26 0.00
177_N 13_S 1.05 0.26 0.00
485_M 74_E 1.05 0.26 0.00
413_L 49_V 1.05 0.26 0.00
456_A 151_P 1.04 0.26 0.00
368_G 113_F 1.04 0.26 0.00
533_L 104_A 1.04 0.25 0.00
109_D 135_D 1.04 0.25 0.00
391_I 146_T 1.03 0.25 0.00
173_K 4_T 1.03 0.25 0.00
208_M 15_T 1.02 0.25 0.00
326_R 99_P 1.02 0.24 0.00
147_L 102_D 1.02 0.24 0.00
102_L 117_D 1.02 0.24 0.00
82_L 123_W 1.02 0.24 0.00
456_A 47_V 1.02 0.24 0.00
213_N 15_T 1.02 0.24 0.00
367_E 32_A 1.02 0.24 0.00
181_Q 12_V 1.02 0.24 0.00
295_A 142_V 1.01 0.24 0.00
289_V 26_L 1.01 0.24 0.00
315_V 103_A 1.01 0.24 0.00
33_D 70_T 1.01 0.24 0.00
3_R 6_R 1.01 0.24 0.00
181_Q 7_V 1.01 0.24 0.00
439_M 65_Y 1.00 0.23 0.00
407_A 21_R 1.00 0.23 0.00
477_W 64_D 1.00 0.23 0.00
413_L 104_A 1.00 0.23 0.00
139_M 38_T 1.00 0.23 0.00
262_L 112_M 1.00 0.23 0.00
489_K 96_V 0.99 0.23 0.00
104_T 44_P 0.99 0.23 0.00
385_P 107_T 0.99 0.23 0.00
177_N 154_D 0.99 0.23 0.00
285_Q 140_I 0.99 0.23 0.00
368_G 65_Y 0.99 0.23 0.00
223_Y 51_I 0.99 0.22 0.00
5_L 16_K 0.99 0.22 0.00
243_P 28_L 0.98 0.22 0.00
539_E 119_K 0.98 0.22 0.00
50_V 78_G 0.98 0.22 0.00
181_Q 13_S 0.98 0.22 0.00
110_F 92_G 0.98 0.22 0.00
177_N 16_K 0.98 0.22 0.00
214_S 111_A 0.98 0.22 0.00
170_S 13_S 0.98 0.22 0.00
330_K 107_T 0.98 0.22 0.00
441_V 70_T 0.98 0.22 0.00
489_K 140_I 0.97 0.22 0.00
179_L 8_A 0.97 0.22 0.00
414_R 110_A 0.97 0.22 0.00
324_S 8_A 0.97 0.22 0.00
367_E 107_T 0.97 0.22 0.00
50_V 147_L 0.97 0.22 0.00
181_Q 17_S 0.97 0.22 0.00
172_V 16_K 0.97 0.22 0.00
328_P 76_L 0.97 0.21 0.00
426_L 60_F 0.97 0.21 0.00
463_T 113_F 0.96 0.21 0.00
150_L 87_W 0.96 0.21 0.00
19_L 27_H 0.96 0.21 0.00
340_L 3_L 0.96 0.21 0.00
140_A 145_N 0.96 0.21 0.00
190_E 13_S 0.96 0.21 0.00
428_T 72_D 0.96 0.21 0.00
349_T 121_N 0.95 0.21 0.00
177_N 14_A 0.95 0.21 0.00
332_V 107_T 0.95 0.21 0.00
111_G 32_A 0.95 0.21 0.00
417_T 41_A 0.95 0.21 0.00
439_M 8_A 0.95 0.20 0.00
347_T 128_G 0.95 0.20 0.00
170_S 4_T 0.95 0.20 0.00
267_D 88_L 0.95 0.20 0.00
307_L 109_V 0.95 0.20 0.00
516_T 22_Q 0.95 0.20 0.00
516_T 25_T 0.95 0.20 0.00
529_R 49_V 0.94 0.20 0.00
421_V 91_G 0.94 0.20 0.00
422_M 114_L 0.94 0.20 0.00
330_K 39_S 0.94 0.20 0.00
59_W 116_P 0.94 0.20 0.00
314_A 77_A 0.94 0.20 0.00
311_W 90_P 0.94 0.20 0.00
114_W 37_N 0.94 0.20 0.00
313_T 111_A 0.94 0.20 0.00
180_S 4_T 0.94 0.20 0.00
184_Q 152_V 0.93 0.20 0.00
190_E 12_V 0.93 0.20 0.00
278_Q 87_W 0.93 0.20 0.00
295_A 88_L 0.93 0.20 0.00
332_V 47_V 0.93 0.20 0.00
173_K 6_R 0.93 0.19 0.00
224_L 55_K 0.93 0.19 0.00
312_R 49_V 0.93 0.19 0.00
5_L 12_V 0.93 0.19 0.00
482_L 106_F 0.93 0.19 0.00
380_G 112_M 0.93 0.19 0.00
281_Y 14_A 0.93 0.19 0.00
30_R 83_Q 0.92 0.19 0.00
53_M 153_K 0.92 0.19 0.00
225_T 28_L 0.92 0.19 0.00
57_Q 33_R 0.92 0.19 0.00
198_A 47_V 0.92 0.19 0.00
88_K 14_A 0.92 0.19 0.00
331_N 142_V 0.92 0.19 0.00
153_T 138_R 0.92 0.19 0.00
422_M 38_T 0.92 0.19 0.00
275_G 18_L 0.91 0.19 0.00
332_V 109_V 0.91 0.19 0.00
207_L 105_K 0.91 0.19 0.00
332_V 143_S 0.91 0.19 0.00
419_A 41_A 0.91 0.18 0.00
539_E 3_L 0.91 0.18 0.00
203_P 107_T 0.91 0.18 0.00
184_Q 15_T 0.91 0.18 0.00
180_S 16_K 0.91 0.18 0.00
223_Y 140_I 0.91 0.18 0.00
373_P 63_A 0.90 0.18 0.00
450_D 106_F 0.90 0.18 0.00
29_M 39_S 0.90 0.18 0.00
415_P 12_V 0.90 0.18 0.00
99_R 147_L 0.90 0.18 0.00
353_A 4_T 0.90 0.18 0.00
334_S 44_P 0.90 0.18 0.00
168_T 16_K 0.90 0.18 0.00
86_R 107_T 0.89 0.18 0.00
14_L 3_L 0.89 0.18 0.00
372_V 88_L 0.89 0.18 0.00
328_P 37_N 0.89 0.18 0.00
436_V 48_V 0.89 0.18 0.00
473_L 102_D 0.89 0.17 0.00
168_T 8_A 0.89 0.17 0.00
56_R 56_D 0.89 0.17 0.00
99_R 110_A 0.89 0.17 0.00
345_L 46_S 0.89 0.17 0.00
321_N 34_E 0.89 0.17 0.00
247_M 119_K 0.88 0.17 0.00
401_A 120_K 0.88 0.17 0.00
179_L 16_K 0.88 0.17 0.00
501_S 128_G 0.88 0.17 0.00
104_T 96_V 0.88 0.17 0.00
168_T 14_A 0.88 0.17 0.00
439_M 66_Q 0.88 0.17 0.00
284_G 66_Q 0.88 0.17 0.00
303_A 89_Q 0.88 0.17 0.00
212_N 6_R 0.88 0.17 0.00
116_N 103_A 0.88 0.17 0.00
102_L 100_L 0.88 0.17 0.00
423_Q 42_G 0.88 0.17 0.00
235_Q 113_F 0.88 0.17 0.00
536_T 8_A 0.88 0.17 0.00
189_P 16_K 0.88 0.17 0.00
247_M 46_S 0.87 0.17 0.00
230_V 28_L 0.87 0.17 0.00
178_L 13_S 0.87 0.17 0.00
514_L 55_K 0.87 0.17 0.00
82_L 133_E 0.87 0.17 0.00
74_R 56_D 0.87 0.17 0.00
184_Q 8_A 0.87 0.17 0.00
49_V 16_K 0.87 0.17 0.00
59_W 113_F 0.87 0.17 0.00
212_N 10_G 0.86 0.16 0.00
33_D 68_L 0.86 0.16 0.00
353_A 45_L 0.86 0.16 0.00
3_R 14_A 0.86 0.16 0.00
434_I 18_L 0.86 0.16 0.00
154_L 136_T 0.86 0.16 0.00
532_V 106_F 0.86 0.16 0.00
420_G 147_L 0.86 0.16 0.00
335_D 32_A 0.86 0.16 0.00
71_I 138_R 0.86 0.16 0.00
456_A 72_D 0.86 0.16 0.00
10_S 17_S 0.86 0.16 0.00
305_E 142_V 0.86 0.16 0.00
430_N 111_A 0.86 0.16 0.00
163_P 111_A 0.86 0.16 0.00
117_F 32_A 0.85 0.16 0.00
137_T 47_V 0.85 0.16 0.00
117_F 80_I 0.85 0.16 0.00
177_N 15_T 0.85 0.16 0.00
214_S 8_A 0.85 0.16 0.00
195_G 75_I 0.85 0.16 0.00
180_S 18_L 0.85 0.16 0.00
525_L 104_A 0.85 0.16 0.00
344_Y 87_W 0.85 0.16 0.00
140_A 89_Q 0.85 0.16 0.00
185_P 3_L 0.85 0.16 0.00
294_Q 104_A 0.85 0.16 0.00
75_R 71_G 0.85 0.16 0.00
281_Y 17_S 0.85 0.16 0.00
116_N 74_E 0.85 0.16 0.00
376_I 15_T 0.84 0.16 0.00
272_T 102_D 0.84 0.16 0.00
308_N 80_I 0.84 0.16 0.00
351_R 138_R 0.84 0.16 0.00
179_L 18_L 0.84 0.16 0.00
265_T 70_T 0.84 0.16 0.00
351_R 65_Y 0.84 0.16 0.00
110_F 98_M 0.84 0.15 0.00
335_D 109_V 0.84 0.15 0.00
433_L 82_A 0.84 0.15 0.00
295_A 125_V 0.84 0.15 0.00
46_T 73_N 0.84 0.15 0.00
189_P 12_V 0.84 0.15 0.00
82_L 117_D 0.84 0.15 0.00
181_Q 8_A 0.84 0.15 0.00
150_L 138_R 0.84 0.15 0.00
105_R 81_I 0.84 0.15 0.00
292_M 36_I 0.84 0.15 0.00
411_F 48_V 0.84 0.15 0.00
131_D 60_F 0.84 0.15 0.00
232_L 33_R 0.83 0.15 0.00
335_D 47_V 0.83 0.15 0.00
305_E 57_N 0.83 0.15 0.00
299_V 26_L 0.83 0.15 0.00
133_T 81_I 0.83 0.15 0.00
486_A 86_V 0.83 0.15 0.00
528_L 30_I 0.83 0.15 0.00
372_V 113_F 0.83 0.15 0.00
507_G 40_A 0.83 0.15 0.00
414_R 50_R 0.83 0.15 0.00
441_V 88_L 0.83 0.15 0.00
18_M 72_D 0.83 0.15 0.00
177_N 7_V 0.83 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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