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OPENSEQ.org
V (A, 72-449) (B, 78-362)
Genes: A B A+B
Length: 378 285 659
Sequences: 1859 476 509
Seq/Len: 4.92 1.67 0.77
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.06 0.72
2 0.04 0.06 0.73
5 0.04 0.07 0.73
10 0.04 0.07 0.77
20 0.04 0.07 0.77
100 0.05 0.07 0.78
∞ 0.07 0.09 0.83
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
335_L 194_R 1.89 0.90 0.33
24_M 43_A 1.82 0.87 0.28
357_I 238_I 1.58 0.75 0.16
270_M 275_K 1.55 0.73 0.15
292_A 137_A 1.55 0.73 0.14
13_F 42_I 1.53 0.71 0.14
172_H 46_Y 1.52 0.71 0.13
49_F 65_V 1.51 0.70 0.13
346_S 202_T 1.41 0.62 0.10
100_D 116_F 1.34 0.57 0.08
178_S 113_E 1.33 0.55 0.07
335_L 202_T 1.32 0.55 0.07
200_N 48_D 1.29 0.53 0.07
203_P 221_V 1.29 0.52 0.07
31_F 105_A 1.29 0.52 0.07
279_G 194_R 1.28 0.52 0.06
343_G 200_L 1.28 0.52 0.06
216_E 221_V 1.27 0.51 0.06
315_A 107_I 1.26 0.50 0.06
30_N 214_I 1.26 0.49 0.06
148_F 13_F 1.25 0.49 0.06
66_G 65_V 1.24 0.48 0.06
360_I 23_G 1.23 0.47 0.05
177_W 136_L 1.22 0.47 0.05
279_G 65_V 1.22 0.46 0.05
309_R 127_I 1.21 0.45 0.05
365_L 113_E 1.21 0.45 0.05
162_P 275_K 1.19 0.43 0.05
204_E 2_L 1.18 0.43 0.04
151_V 138_N 1.17 0.42 0.04
95_S 166_V 1.17 0.42 0.04
279_G 62_N 1.16 0.41 0.04
213_S 170_M 1.16 0.41 0.04
219_V 20_K 1.16 0.41 0.04
267_L 128_D 1.16 0.41 0.04
365_L 194_R 1.16 0.41 0.04
148_F 190_V 1.15 0.40 0.04
347_S 18_R 1.14 0.39 0.04
122_V 113_E 1.13 0.39 0.04
270_M 251_I 1.13 0.39 0.04
173_Q 80_H 1.12 0.38 0.04
343_G 1_Q 1.12 0.38 0.04
13_F 61_L 1.12 0.38 0.04
322_S 187_R 1.10 0.36 0.03
96_F 120_D 1.10 0.36 0.03
201_E 147_T 1.10 0.36 0.03
31_F 177_A 1.09 0.35 0.03
283_Y 187_R 1.09 0.35 0.03
183_V 24_P 1.09 0.35 0.03
283_Y 109_I 1.09 0.35 0.03
326_I 188_R 1.09 0.35 0.03
326_I 251_I 1.08 0.34 0.03
169_V 65_V 1.07 0.34 0.03
122_V 131_V 1.07 0.34 0.03
145_I 164_M 1.07 0.34 0.03
91_I 136_L 1.07 0.34 0.03
145_I 281_A 1.06 0.33 0.03
197_D 183_I 1.06 0.33 0.03
109_Q 183_I 1.06 0.33 0.03
169_V 200_L 1.06 0.33 0.03
332_Q 223_Q 1.06 0.33 0.03
49_F 24_P 1.06 0.33 0.03
305_G 27_L 1.06 0.33 0.03
350_Q 61_L 1.05 0.32 0.03
40_A 85_A 1.05 0.32 0.03
313_I 122_R 1.04 0.32 0.03
236_I 127_I 1.04 0.32 0.03
327_S 269_P 1.04 0.31 0.03
79_M 26_I 1.03 0.31 0.03
226_N 207_L 1.03 0.31 0.03
183_V 118_M 1.03 0.31 0.03
336_R 189_E 1.03 0.31 0.03
267_L 127_I 1.03 0.31 0.03
357_I 107_I 1.02 0.30 0.03
23_F 13_F 1.02 0.30 0.03
340_V 112_E 1.02 0.30 0.03
69_D 206_T 1.02 0.30 0.03
9_I 1_Q 1.01 0.30 0.02
174_I 203_N 1.01 0.30 0.02
114_L 129_R 1.01 0.29 0.02
197_D 188_R 1.00 0.29 0.02
213_S 265_I 1.00 0.29 0.02
236_I 55_I 1.00 0.29 0.02
279_G 231_E 1.00 0.28 0.02
350_Q 177_A 1.00 0.28 0.02
178_S 129_R 0.99 0.28 0.02
279_G 110_T 0.99 0.28 0.02
354_F 112_E 0.99 0.28 0.02
354_F 109_I 0.99 0.28 0.02
252_D 275_K 0.98 0.27 0.02
51_A 65_V 0.98 0.27 0.02
283_Y 113_E 0.98 0.27 0.02
343_G 231_E 0.98 0.27 0.02
180_V 203_N 0.98 0.27 0.02
340_V 113_E 0.97 0.27 0.02
122_V 109_I 0.97 0.27 0.02
116_M 1_Q 0.97 0.27 0.02
236_I 126_A 0.97 0.27 0.02
305_G 283_K 0.97 0.27 0.02
356_S 145_I 0.97 0.27 0.02
316_I 24_P 0.97 0.26 0.02
334_T 80_H 0.96 0.26 0.02
201_E 2_L 0.96 0.26 0.02
267_L 16_L 0.96 0.26 0.02
145_I 266_D 0.96 0.26 0.02
335_L 231_E 0.96 0.26 0.02
159_V 122_R 0.96 0.26 0.02
3_E 93_V 0.96 0.26 0.02
127_P 104_F 0.96 0.26 0.02
274_L 135_N 0.95 0.26 0.02
249_M 98_D 0.95 0.26 0.02
30_N 39_I 0.95 0.25 0.02
55_E 259_S 0.95 0.25 0.02
289_S 182_E 0.95 0.25 0.02
279_G 130_S 0.95 0.25 0.02
240_I 190_V 0.95 0.25 0.02
78_I 146_A 0.95 0.25 0.02
370_V 161_E 0.94 0.25 0.02
293_E 141_A 0.94 0.25 0.02
255_I 170_M 0.94 0.25 0.02
30_N 217_L 0.94 0.25 0.02
170_V 122_R 0.94 0.24 0.02
350_Q 141_A 0.94 0.24 0.02
357_I 175_N 0.93 0.24 0.02
119_K 142_I 0.93 0.24 0.02
77_K 2_L 0.93 0.24 0.02
169_V 130_S 0.93 0.24 0.02
213_S 128_D 0.93 0.24 0.02
350_Q 184_S 0.93 0.24 0.02
25_E 119_E 0.93 0.24 0.02
88_V 259_S 0.93 0.24 0.02
131_K 49_E 0.92 0.23 0.02
236_I 107_I 0.92 0.23 0.02
34_R 258_K 0.92 0.23 0.02
40_A 184_S 0.92 0.23 0.02
272_G 75_G 0.92 0.23 0.02
198_V 147_T 0.92 0.23 0.02
186_V 214_I 0.92 0.23 0.02
337_V 173_M 0.92 0.23 0.02
357_I 162_K 0.92 0.23 0.02
105_I 39_I 0.92 0.23 0.02
251_Y 106_A 0.92 0.23 0.02
342_W 142_I 0.91 0.23 0.02
197_D 277_K 0.91 0.23 0.02
249_M 228_T 0.91 0.23 0.02
326_I 48_D 0.91 0.23 0.02
68_V 52_Q 0.91 0.23 0.02
249_M 143_E 0.91 0.23 0.02
335_L 113_E 0.91 0.23 0.02
314_T 113_E 0.91 0.22 0.01
162_P 202_T 0.91 0.22 0.01
289_S 61_L 0.91 0.22 0.01
246_F 166_V 0.90 0.22 0.01
337_V 202_T 0.90 0.22 0.01
339_K 112_E 0.90 0.22 0.01
373_Y 122_R 0.90 0.22 0.01
193_N 67_G 0.90 0.22 0.01
73_I 218_K 0.90 0.22 0.01
148_F 82_E 0.90 0.22 0.01
39_P 96_S 0.90 0.22 0.01
125_G 262_Q 0.89 0.22 0.01
162_P 251_I 0.89 0.22 0.01
172_H 184_S 0.89 0.21 0.01
165_A 275_K 0.89 0.21 0.01
175_A 176_Y 0.89 0.21 0.01
131_K 163_G 0.89 0.21 0.01
131_K 120_D 0.89 0.21 0.01
354_F 194_R 0.88 0.21 0.01
122_V 190_V 0.88 0.21 0.01
360_I 112_E 0.88 0.21 0.01
371_G 102_V 0.88 0.21 0.01
322_S 23_G 0.88 0.21 0.01
272_G 182_E 0.88 0.21 0.01
342_W 136_L 0.88 0.21 0.01
255_I 98_D 0.88 0.21 0.01
342_W 223_Q 0.87 0.21 0.01
337_V 194_R 0.87 0.20 0.01
13_F 170_M 0.87 0.20 0.01
131_K 194_R 0.87 0.20 0.01
33_G 173_M 0.87 0.20 0.01
21_D 42_I 0.87 0.20 0.01
333_N 194_R 0.87 0.20 0.01
8_I 166_V 0.87 0.20 0.01
357_I 8_M 0.87 0.20 0.01
184_V 145_I 0.86 0.20 0.01
373_Y 30_K 0.86 0.20 0.01
365_L 110_T 0.86 0.20 0.01
365_L 202_T 0.86 0.20 0.01
347_S 83_L 0.86 0.20 0.01
13_F 258_K 0.86 0.20 0.01
197_D 2_L 0.86 0.20 0.01
11_Q 115_E 0.85 0.20 0.01
105_I 14_D 0.85 0.20 0.01
242_I 34_I 0.85 0.19 0.01
89_Q 26_I 0.85 0.19 0.01
49_F 62_N 0.85 0.19 0.01
126_R 100_F 0.85 0.19 0.01
354_F 113_E 0.85 0.19 0.01
246_F 124_T 0.85 0.19 0.01
165_A 62_N 0.85 0.19 0.01
199_V 221_V 0.85 0.19 0.01
283_Y 112_E 0.85 0.19 0.01
101_P 18_R 0.85 0.19 0.01
242_I 255_E 0.85 0.19 0.01
158_A 80_H 0.85 0.19 0.01
251_Y 136_L 0.84 0.19 0.01
114_L 132_M 0.84 0.19 0.01
199_V 70_L 0.84 0.19 0.01
162_P 231_E 0.84 0.19 0.01
101_P 142_I 0.84 0.19 0.01
39_P 62_N 0.84 0.19 0.01
365_L 188_R 0.84 0.19 0.01
98_I 43_A 0.84 0.19 0.01
184_V 131_V 0.84 0.19 0.01
125_G 12_V 0.84 0.18 0.01
153_K 33_D 0.83 0.18 0.01
340_V 215_R 0.83 0.18 0.01
283_Y 253_T 0.83 0.18 0.01
324_G 137_A 0.83 0.18 0.01
49_F 175_N 0.83 0.18 0.01
345_D 189_E 0.83 0.18 0.01
283_Y 52_Q 0.83 0.18 0.01
51_A 49_E 0.83 0.18 0.01
374_M 61_L 0.83 0.18 0.01
198_V 49_E 0.83 0.18 0.01
200_N 251_I 0.83 0.18 0.01
165_A 251_I 0.83 0.18 0.01
159_V 51_I 0.83 0.18 0.01
201_E 160_Y 0.83 0.18 0.01
279_G 202_T 0.83 0.18 0.01
88_V 183_I 0.82 0.18 0.01
292_A 116_F 0.82 0.18 0.01
84_I 282_G 0.82 0.18 0.01
116_M 31_Y 0.82 0.18 0.01
365_L 231_E 0.82 0.18 0.01
313_I 119_E 0.82 0.18 0.01
119_K 103_V 0.82 0.18 0.01
315_A 16_L 0.82 0.18 0.01
226_N 67_G 0.82 0.18 0.01
285_A 269_P 0.82 0.18 0.01
134_P 175_N 0.82 0.18 0.01
280_D 9_I 0.82 0.18 0.01
306_S 231_E 0.82 0.18 0.01
249_M 145_I 0.82 0.18 0.01
147_T 252_L 0.82 0.18 0.01
288_G 65_V 0.82 0.17 0.01
157_A 14_D 0.82 0.17 0.01
48_W 38_V 0.82 0.17 0.01
87_T 166_V 0.81 0.17 0.01
354_F 202_T 0.81 0.17 0.01
42_D 261_I 0.81 0.17 0.01
350_Q 55_I 0.81 0.17 0.01
218_T 132_M 0.81 0.17 0.01
40_A 13_F 0.81 0.17 0.01
206_I 281_A 0.81 0.17 0.01
301_V 252_L 0.81 0.17 0.01
279_G 23_G 0.81 0.17 0.01
170_V 226_I 0.81 0.17 0.01
30_N 221_V 0.81 0.17 0.01
331_T 202_T 0.81 0.17 0.01
210_T 266_D 0.81 0.17 0.01
184_V 88_A 0.81 0.17 0.01
173_Q 46_Y 0.81 0.17 0.01
317_S 227_L 0.81 0.17 0.01
314_T 107_I 0.81 0.17 0.01
345_D 152_L 0.81 0.17 0.01
255_I 89_R 0.80 0.17 0.01
133_N 115_E 0.80 0.17 0.01
374_M 63_T 0.80 0.17 0.01
165_A 188_R 0.80 0.17 0.01
82_N 262_Q 0.80 0.17 0.01
159_V 48_D 0.80 0.17 0.01
277_M 232_D 0.80 0.17 0.01
326_I 232_D 0.80 0.17 0.01
215_M 137_A 0.80 0.17 0.01
85_K 3_G 0.80 0.17 0.01
283_Y 135_N 0.80 0.17 0.01
172_H 276_D 0.80 0.17 0.01
267_L 202_T 0.80 0.17 0.01
169_V 126_A 0.79 0.16 0.01
368_T 82_E 0.79 0.16 0.01
326_I 49_E 0.79 0.16 0.01
54_E 92_T 0.79 0.16 0.01
339_K 80_H 0.79 0.16 0.01
332_Q 121_F 0.79 0.16 0.01
9_I 276_D 0.79 0.16 0.01
12_M 163_G 0.79 0.16 0.01
78_I 3_G 0.79 0.16 0.01
370_V 139_D 0.79 0.16 0.01
294_Y 127_I 0.79 0.16 0.01
40_A 257_Y 0.79 0.16 0.01
234_A 5_S 0.79 0.16 0.01
144_V 145_I 0.79 0.16 0.01
97_T 124_T 0.79 0.16 0.01
12_M 42_I 0.79 0.16 0.01
174_I 13_F 0.79 0.16 0.01
131_K 124_T 0.79 0.16 0.01
334_T 112_E 0.79 0.16 0.01
172_H 80_H 0.79 0.16 0.01
332_Q 107_I 0.79 0.16 0.01
286_Y 74_S 0.78 0.16 0.01
31_F 173_M 0.78 0.16 0.01
315_A 275_K 0.78 0.16 0.01
10_S 166_V 0.78 0.16 0.01
333_N 63_T 0.78 0.16 0.01
346_S 185_A 0.78 0.16 0.01
242_I 101_A 0.78 0.16 0.01
343_G 275_K 0.78 0.16 0.01
97_T 99_D 0.78 0.16 0.01
136_V 116_F 0.78 0.16 0.01
324_G 183_I 0.78 0.15 0.01
145_I 102_V 0.78 0.15 0.01
317_S 80_H 0.77 0.15 0.01
102_I 122_R 0.77 0.15 0.01
291_L 102_V 0.77 0.15 0.01
174_I 259_S 0.77 0.15 0.01
246_F 190_V 0.77 0.15 0.01
8_I 49_E 0.77 0.15 0.01
17_Q 175_N 0.77 0.15 0.01
345_D 39_I 0.77 0.15 0.01
279_G 276_D 0.77 0.15 0.01
68_V 183_I 0.77 0.15 0.01
354_F 175_N 0.77 0.15 0.01
324_G 85_A 0.77 0.15 0.01
36_V 238_I 0.77 0.15 0.01
337_V 110_T 0.77 0.15 0.01
3_E 282_G 0.77 0.15 0.01
184_V 42_I 0.77 0.15 0.01
226_N 275_K 0.77 0.15 0.01
339_K 137_A 0.77 0.15 0.01
98_I 96_S 0.77 0.15 0.01
34_R 37_E 0.77 0.15 0.01
350_Q 132_M 0.77 0.15 0.01
332_Q 194_R 0.77 0.15 0.01
220_L 46_Y 0.77 0.15 0.01
201_E 111_F 0.77 0.15 0.01
183_V 214_I 0.77 0.15 0.01
333_N 188_R 0.77 0.15 0.01
373_Y 22_N 0.77 0.15 0.01
31_F 257_Y 0.77 0.15 0.01
59_V 253_T 0.77 0.15 0.01
99_D 262_Q 0.77 0.15 0.01
226_N 81_K 0.76 0.15 0.01
195_M 189_E 0.76 0.15 0.01
170_V 94_L 0.76 0.15 0.01
267_L 83_L 0.76 0.15 0.01
122_V 43_A 0.76 0.15 0.01
204_E 49_E 0.76 0.15 0.01
173_Q 145_I 0.76 0.15 0.01
346_S 88_A 0.76 0.15 0.01
316_I 160_Y 0.76 0.15 0.01
327_S 121_F 0.76 0.15 0.01
175_A 251_I 0.76 0.15 0.01
136_V 196_Y 0.76 0.15 0.01
173_Q 135_N 0.76 0.15 0.01
86_G 202_T 0.76 0.15 0.01
184_V 258_K 0.76 0.15 0.01
130_Q 20_K 0.76 0.15 0.01
165_A 38_V 0.76 0.15 0.01
65_I 107_I 0.76 0.15 0.01
113_E 34_I 0.76 0.15 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14450 3VR2_AB Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) Running - Shared
12241 0.77 V (A, 72-449) (B, 78-362) Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.33 Done
12239 0.02 V (A, 72-449) (B, 78-362) Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
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