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OPENSEQ.org
EC
Genes: A B A+B
Length: 250 340 572
Sequences: 87 65 51
Seq/Len: 0.35 0.19 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.09
5 0.00 0.00 0.09
10 0.00 0.00 0.09
20 0.00 0.00 0.09
100 0.00 0.00 0.09
∞ 0.00 0.00 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
207_A 100_L 1.85 0.32 0.00
48_Y 296_S 1.56 0.21 0.00
84_N 28_G 1.42 0.17 0.00
42_S 68_N 1.41 0.17 0.00
24_P 265_E 1.41 0.16 0.00
36_L 154_A 1.39 0.16 0.00
84_N 124_G 1.36 0.15 0.00
48_Y 142_A 1.35 0.15 0.00
42_S 223_V 1.35 0.15 0.00
227_D 323_S 1.33 0.14 0.00
23_L 141_S 1.30 0.14 0.00
172_V 100_L 1.27 0.13 0.00
189_G 95_A 1.27 0.13 0.00
32_A 188_N 1.26 0.13 0.00
42_S 200_G 1.26 0.13 0.00
59_V 28_G 1.26 0.13 0.00
189_G 167_A 1.26 0.13 0.00
36_L 14_M 1.25 0.13 0.00
93_T 188_N 1.25 0.12 0.00
205_S 201_T 1.24 0.12 0.00
36_L 311_A 1.24 0.12 0.00
67_N 17_V 1.24 0.12 0.00
207_A 75_I 1.23 0.12 0.00
197_L 277_G 1.23 0.12 0.00
76_R 188_N 1.22 0.12 0.00
175_T 88_A 1.22 0.12 0.00
81_V 124_G 1.22 0.12 0.00
198_G 188_N 1.21 0.12 0.00
36_L 79_S 1.20 0.12 0.00
181_L 213_Y 1.20 0.12 0.00
84_N 197_A 1.19 0.11 0.00
237_C 328_C 1.19 0.11 0.00
75_A 273_G 1.18 0.11 0.00
211_N 100_L 1.17 0.11 0.00
211_N 277_G 1.17 0.11 0.00
72_V 116_T 1.17 0.11 0.00
16_A 297_N 1.17 0.11 0.00
196_S 195_N 1.17 0.11 0.00
59_V 245_D 1.16 0.11 0.00
247_P 223_V 1.16 0.11 0.00
148_E 77_D 1.16 0.11 0.00
98_P 140_N 1.14 0.10 0.00
94_L 139_S 1.13 0.10 0.00
16_A 153_V 1.13 0.10 0.00
14_V 132_N 1.12 0.10 0.00
151_P 45_A 1.12 0.10 0.00
211_N 242_I 1.12 0.10 0.00
108_N 55_N 1.12 0.10 0.00
172_V 20_V 1.12 0.10 0.00
189_G 188_N 1.12 0.10 0.00
87_R 18_L 1.11 0.10 0.00
84_N 279_I 1.11 0.10 0.00
226_K 141_S 1.11 0.10 0.00
188_S 86_V 1.11 0.10 0.00
25_A 57_N 1.10 0.10 0.00
174_V 126_T 1.10 0.10 0.00
71_Q 205_L 1.10 0.10 0.00
205_S 123_Y 1.10 0.10 0.00
37_S 203_V 1.09 0.10 0.00
22_A 144_N 1.09 0.10 0.00
196_S 276_S 1.09 0.10 0.00
234_A 328_C 1.09 0.10 0.00
23_L 265_E 1.09 0.10 0.00
239_W 73_G 1.09 0.10 0.00
24_P 213_Y 1.09 0.10 0.00
164_A 212_S 1.08 0.09 0.00
126_S 272_K 1.08 0.09 0.00
71_Q 108_V 1.08 0.09 0.00
165_L 73_G 1.07 0.09 0.00
23_L 114_A 1.07 0.09 0.00
181_L 215_G 1.07 0.09 0.00
175_T 214_K 1.07 0.09 0.00
237_C 331_C 1.06 0.09 0.00
85_L 55_N 1.06 0.09 0.00
145_R 201_T 1.06 0.09 0.00
124_S 45_A 1.06 0.09 0.00
226_K 265_E 1.05 0.09 0.00
219_A 217_S 1.05 0.09 0.00
42_S 262_A 1.05 0.09 0.00
119_Q 95_A 1.05 0.09 0.00
173_K 71_V 1.05 0.09 0.00
126_S 267_G 1.05 0.09 0.00
221_L 131_S 1.05 0.09 0.00
71_Q 138_L 1.04 0.09 0.00
129_T 127_L 1.04 0.09 0.00
25_A 37_P 1.04 0.09 0.00
135_S 197_A 1.04 0.09 0.00
24_P 37_P 1.04 0.09 0.00
17_C 63_F 1.04 0.09 0.00
63_S 166_A 1.04 0.09 0.00
48_Y 212_S 1.04 0.09 0.00
173_K 266_K 1.03 0.09 0.00
219_A 279_I 1.03 0.09 0.00
36_L 78_A 1.03 0.09 0.00
100_D 276_S 1.03 0.09 0.00
203_V 273_G 1.03 0.09 0.00
235_L 119_L 1.02 0.09 0.00
25_A 216_T 1.02 0.08 0.00
120_T 296_S 1.02 0.08 0.00
14_V 11_A 1.02 0.08 0.00
48_Y 72_S 1.02 0.08 0.00
62_S 131_S 1.01 0.08 0.00
66_Q 75_I 1.01 0.08 0.00
171_T 32_P 1.01 0.08 0.00
183_L 297_N 1.01 0.08 0.00
174_V 146_S 1.01 0.08 0.00
108_N 240_G 1.01 0.08 0.00
236_N 66_L 1.01 0.08 0.00
173_K 116_T 1.01 0.08 0.00
235_L 30_W 1.01 0.08 0.00
62_S 78_A 1.01 0.08 0.00
142_I 134_N 1.00 0.08 0.00
27_A 240_G 1.00 0.08 0.00
211_N 220_I 1.00 0.08 0.00
180_A 21_S 1.00 0.08 0.00
89_V 280_P 1.00 0.08 0.00
121_Q 170_S 1.00 0.08 0.00
220_A 49_V 1.00 0.08 0.00
215_V 187_G 1.00 0.08 0.00
79_L 216_T 1.00 0.08 0.00
174_V 18_L 1.00 0.08 0.00
109_G 112_A 1.00 0.08 0.00
145_R 57_N 1.00 0.08 0.00
186_Q 155_A 0.99 0.08 0.00
14_V 330_S 0.99 0.08 0.00
173_K 276_S 0.99 0.08 0.00
71_Q 217_S 0.99 0.08 0.00
218_L 26_N 0.99 0.08 0.00
173_K 141_S 0.98 0.08 0.00
163_L 139_S 0.98 0.08 0.00
16_A 72_S 0.98 0.08 0.00
43_Q 306_V 0.98 0.08 0.00
243_R 100_L 0.98 0.08 0.00
81_V 55_N 0.98 0.08 0.00
43_Q 213_Y 0.98 0.08 0.00
194_L 117_S 0.97 0.08 0.00
221_L 134_N 0.97 0.08 0.00
71_Q 279_I 0.97 0.08 0.00
129_T 91_N 0.97 0.08 0.00
20_G 269_V 0.97 0.08 0.00
173_K 184_T 0.96 0.08 0.00
118_A 209_A 0.96 0.08 0.00
218_L 254_L 0.96 0.08 0.00
151_P 319_S 0.96 0.08 0.00
59_V 314_G 0.96 0.08 0.00
199_A 167_A 0.96 0.08 0.00
207_A 145_V 0.96 0.07 0.00
24_P 266_K 0.96 0.07 0.00
19_L 1_M 0.96 0.07 0.00
13_F 167_A 0.95 0.07 0.00
72_V 33_P 0.95 0.07 0.00
78_D 119_L 0.95 0.07 0.00
47_R 60_V 0.95 0.07 0.00
149_A 264_K 0.95 0.07 0.00
126_S 236_G 0.95 0.07 0.00
71_Q 84_V 0.95 0.07 0.00
126_S 273_G 0.95 0.07 0.00
158_P 201_T 0.94 0.07 0.00
221_L 217_S 0.94 0.07 0.00
42_S 263_F 0.94 0.07 0.00
192_A 57_N 0.94 0.07 0.00
30_L 210_D 0.94 0.07 0.00
68_A 187_G 0.94 0.07 0.00
48_Y 326_A 0.94 0.07 0.00
202_L 301_N 0.94 0.07 0.00
173_K 323_S 0.93 0.07 0.00
196_S 100_L 0.93 0.07 0.00
115_A 323_S 0.93 0.07 0.00
62_S 217_S 0.93 0.07 0.00
19_L 315_G 0.93 0.07 0.00
234_A 331_C 0.93 0.07 0.00
43_Q 295_L 0.93 0.07 0.00
24_P 20_V 0.93 0.07 0.00
83_Q 265_E 0.93 0.07 0.00
207_A 276_S 0.93 0.07 0.00
201_G 101_A 0.93 0.07 0.00
181_L 206_K 0.92 0.07 0.00
212_R 44_G 0.92 0.07 0.00
129_T 167_A 0.92 0.07 0.00
158_P 133_P 0.92 0.07 0.00
77_V 164_D 0.92 0.07 0.00
92_V 298_S 0.92 0.07 0.00
128_R 298_S 0.92 0.07 0.00
206_V 221_G 0.92 0.07 0.00
129_T 115_S 0.92 0.07 0.00
225_L 312_A 0.91 0.07 0.00
227_D 155_A 0.91 0.07 0.00
211_N 133_P 0.91 0.07 0.00
83_Q 141_S 0.91 0.07 0.00
236_N 243_D 0.91 0.07 0.00
167_G 19_S 0.91 0.07 0.00
43_Q 272_K 0.91 0.07 0.00
16_A 22_A 0.91 0.07 0.00
12_C 113_T 0.91 0.07 0.00
197_L 17_V 0.91 0.07 0.00
177_N 208_N 0.91 0.07 0.00
41_L 187_G 0.90 0.07 0.00
202_L 187_G 0.90 0.07 0.00
96_D 84_V 0.90 0.07 0.00
211_N 130_Y 0.90 0.07 0.00
24_P 275_V 0.90 0.07 0.00
188_S 277_G 0.90 0.07 0.00
60_T 224_Y 0.90 0.07 0.00
60_T 203_V 0.90 0.07 0.00
211_N 189_T 0.90 0.07 0.00
176_P 276_S 0.90 0.07 0.00
69_S 258_G 0.90 0.07 0.00
21_A 66_L 0.89 0.07 0.00
96_D 225_L 0.89 0.07 0.00
84_N 130_Y 0.89 0.07 0.00
83_Q 66_L 0.89 0.07 0.00
197_L 265_E 0.89 0.07 0.00
69_S 20_V 0.89 0.07 0.00
212_R 243_D 0.89 0.07 0.00
66_Q 100_L 0.89 0.07 0.00
85_L 314_G 0.89 0.07 0.00
112_L 90_D 0.89 0.07 0.00
73_L 314_G 0.89 0.07 0.00
66_Q 302_V 0.89 0.07 0.00
66_Q 295_L 0.89 0.07 0.00
137_S 264_K 0.89 0.07 0.00
96_D 276_S 0.89 0.07 0.00
126_S 185_S 0.89 0.07 0.00
202_L 25_G 0.89 0.07 0.00
89_V 11_A 0.88 0.07 0.00
237_C 325_A 0.88 0.07 0.00
11_H 78_A 0.88 0.07 0.00
207_A 286_K 0.88 0.07 0.00
24_P 215_G 0.88 0.07 0.00
117_L 319_S 0.88 0.07 0.00
203_V 276_S 0.88 0.07 0.00
30_L 199_G 0.88 0.07 0.00
181_L 219_Q 0.88 0.07 0.00
89_V 277_G 0.88 0.07 0.00
24_P 141_S 0.88 0.07 0.00
25_A 264_K 0.88 0.07 0.00
59_V 4_T 0.88 0.07 0.00
163_L 276_S 0.88 0.07 0.00
205_S 106_S 0.88 0.07 0.00
227_D 263_F 0.88 0.07 0.00
36_L 108_V 0.88 0.07 0.00
137_S 270_D 0.87 0.07 0.00
59_V 137_S 0.87 0.06 0.00
78_D 121_S 0.87 0.06 0.00
100_D 243_D 0.87 0.06 0.00
209_S 190_T 0.87 0.06 0.00
146_H 328_C 0.87 0.06 0.00
184_A 138_L 0.87 0.06 0.00
135_S 144_N 0.87 0.06 0.00
19_L 64_G 0.86 0.06 0.00
84_N 301_N 0.86 0.06 0.00
198_G 21_S 0.86 0.06 0.00
28_S 116_T 0.86 0.06 0.00
66_Q 141_S 0.86 0.06 0.00
63_S 168_A 0.86 0.06 0.00
194_L 273_G 0.86 0.06 0.00
37_S 269_V 0.86 0.06 0.00
148_E 27_E 0.86 0.06 0.00
133_H 276_S 0.86 0.06 0.00
147_G 279_I 0.86 0.06 0.00
15_L 41_N 0.86 0.06 0.00
177_N 57_N 0.86 0.06 0.00
192_A 201_T 0.86 0.06 0.00
146_H 169_V 0.86 0.06 0.00
25_A 213_Y 0.86 0.06 0.00
32_A 127_L 0.86 0.06 0.00
100_D 275_V 0.85 0.06 0.00
92_V 181_A 0.85 0.06 0.00
128_R 181_A 0.85 0.06 0.00
178_G 54_Q 0.85 0.06 0.00
33_P 101_A 0.85 0.06 0.00
53_R 101_A 0.85 0.06 0.00
19_L 45_A 0.85 0.06 0.00
59_V 113_T 0.85 0.06 0.00
146_H 105_A 0.85 0.06 0.00
229_P 73_G 0.85 0.06 0.00
119_Q 179_S 0.85 0.06 0.00
42_S 209_A 0.85 0.06 0.00
8_Y 188_N 0.84 0.06 0.00
221_L 203_V 0.84 0.06 0.00
232_D 78_A 0.84 0.06 0.00
183_L 121_S 0.84 0.06 0.00
121_Q 7_L 0.84 0.06 0.00
81_V 210_D 0.84 0.06 0.00
141_S 68_N 0.84 0.06 0.00
121_Q 90_D 0.84 0.06 0.00
171_T 42_K 0.84 0.06 0.00
172_V 276_S 0.84 0.06 0.00
30_L 149_L 0.84 0.06 0.00
48_Y 239_T 0.84 0.06 0.00
63_S 141_S 0.84 0.06 0.00
62_S 267_G 0.84 0.06 0.00
59_V 244_V 0.84 0.06 0.00
135_S 220_I 0.84 0.06 0.00
196_S 196_Y 0.84 0.06 0.00
36_L 308_V 0.84 0.06 0.00
62_S 248_A 0.84 0.06 0.00
221_L 263_F 0.84 0.06 0.00
229_P 100_L 0.84 0.06 0.00
68_A 17_V 0.84 0.06 0.00
110_Q 20_V 0.84 0.06 0.00
118_A 218_D 0.84 0.06 0.00
179_G 257_D 0.84 0.06 0.00
178_G 236_G 0.84 0.06 0.00
236_N 151_V 0.83 0.06 0.00
175_T 178_G 0.83 0.06 0.00
176_P 292_N 0.83 0.06 0.00
91_N 190_T 0.83 0.06 0.00
157_T 32_P 0.83 0.06 0.00
18_C 8_T 0.83 0.06 0.00
12_C 139_S 0.83 0.06 0.00
72_V 79_S 0.83 0.06 0.00
177_N 19_S 0.83 0.06 0.00
229_P 283_V 0.83 0.06 0.00
203_V 256_H 0.83 0.06 0.00
81_V 151_V 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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