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OPENSEQ.org
PR-SR
Genes: A B A+B
Length: 233 831 967
Sequences: 69 52 50
Seq/Len: 0.3 0.06 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.05
2 0.00 0.00 0.05
5 0.00 0.00 0.05
10 0.00 0.00 0.05
20 0.00 0.00 0.05
100 0.01 0.00 0.05
∞ 0.03 0.02 0.05
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
189_I 611_F 1.65 0.16 0.00
18_Y 127_G 1.63 0.16 0.00
173_Y 543_L 1.60 0.15 0.00
30_V 116_M 1.54 0.14 0.00
185_S 194_L 1.52 0.14 0.00
30_V 530_V 1.51 0.14 0.00
42_I 542_I 1.46 0.12 0.00
120_T 355_N 1.45 0.12 0.00
189_I 535_G 1.44 0.12 0.00
180_C 636_L 1.43 0.12 0.00
26_I 753_T 1.43 0.12 0.00
26_I 449_N 1.43 0.12 0.00
134_V 710_I 1.40 0.12 0.00
155_R 774_L 1.39 0.11 0.00
229_L 178_Q 1.39 0.11 0.00
5_N 776_I 1.35 0.11 0.00
153_D 543_L 1.35 0.11 0.00
195_N 717_L 1.32 0.10 0.00
88_T 802_D 1.32 0.10 0.00
26_I 542_I 1.32 0.10 0.00
157_Q 570_V 1.31 0.10 0.00
153_D 400_Q 1.31 0.10 0.00
91_I 779_L 1.31 0.10 0.00
94_R 648_D 1.30 0.10 0.00
187_V 91_V 1.29 0.10 0.00
88_T 804_Y 1.29 0.10 0.00
116_V 104_S 1.29 0.10 0.00
38_F 605_K 1.28 0.10 0.00
213_D 397_N 1.27 0.10 0.00
88_T 664_K 1.25 0.09 0.00
189_I 456_L 1.24 0.09 0.00
21_P 349_R 1.24 0.09 0.00
102_Y 175_S 1.23 0.09 0.00
18_Y 745_G 1.22 0.09 0.00
206_F 590_Y 1.22 0.09 0.00
40_V 246_S 1.22 0.09 0.00
129_K 644_E 1.22 0.09 0.00
190_N 783_K 1.21 0.09 0.00
26_I 682_S 1.20 0.09 0.00
182_R 242_V 1.20 0.09 0.00
26_I 630_Q 1.20 0.09 0.00
199_S 503_G 1.20 0.09 0.00
145_D 478_G 1.19 0.08 0.00
201_C 91_V 1.18 0.08 0.00
155_R 478_G 1.18 0.08 0.00
163_D 634_A 1.18 0.08 0.00
20_Q 119_F 1.18 0.08 0.00
146_S 549_V 1.17 0.08 0.00
120_T 624_Q 1.16 0.08 0.00
169_T 135_D 1.15 0.08 0.00
55_V 132_I 1.15 0.08 0.00
6_G 586_Y 1.15 0.08 0.00
176_R 638_K 1.15 0.08 0.00
202_M 243_G 1.15 0.08 0.00
176_R 364_Q 1.14 0.08 0.00
40_V 419_G 1.14 0.08 0.00
68_K 762_L 1.14 0.08 0.00
212_I 355_N 1.13 0.08 0.00
31_N 710_I 1.13 0.08 0.00
88_T 606_N 1.13 0.08 0.00
14_G 597_P 1.13 0.08 0.00
148_D 183_I 1.12 0.08 0.00
213_D 147_R 1.12 0.08 0.00
26_I 262_P 1.12 0.08 0.00
152_S 495_I 1.12 0.08 0.00
170_H 390_P 1.12 0.08 0.00
212_I 228_A 1.12 0.08 0.00
38_F 539_N 1.12 0.07 0.00
56_R 101_F 1.12 0.07 0.00
199_S 376_Y 1.11 0.07 0.00
2_E 524_R 1.11 0.07 0.00
203_G 762_L 1.11 0.07 0.00
175_L 339_T 1.11 0.07 0.00
14_G 605_K 1.11 0.07 0.00
111_P 232_K 1.11 0.07 0.00
81_F 272_R 1.11 0.07 0.00
31_N 252_S 1.11 0.07 0.00
79_S 371_A 1.10 0.07 0.00
164_G 605_K 1.10 0.07 0.00
226_I 211_D 1.10 0.07 0.00
157_Q 329_N 1.10 0.07 0.00
217_V 630_Q 1.10 0.07 0.00
87_A 589_A 1.10 0.07 0.00
230_N 725_A 1.09 0.07 0.00
229_L 86_G 1.09 0.07 0.00
154_I 346_V 1.09 0.07 0.00
176_R 257_M 1.09 0.07 0.00
101_S 701_L 1.09 0.07 0.00
189_I 263_I 1.08 0.07 0.00
191_N 162_L 1.08 0.07 0.00
172_N 356_V 1.08 0.07 0.00
116_V 147_R 1.08 0.07 0.00
5_N 584_N 1.08 0.07 0.00
155_R 309_P 1.08 0.07 0.00
40_V 247_W 1.07 0.07 0.00
81_F 243_G 1.07 0.07 0.00
182_R 776_I 1.07 0.07 0.00
127_I 322_Y 1.07 0.07 0.00
56_R 459_R 1.07 0.07 0.00
75_G 765_P 1.07 0.07 0.00
210_V 405_Q 1.07 0.07 0.00
164_G 89_W 1.07 0.07 0.00
120_T 274_F 1.07 0.07 0.00
155_R 301_R 1.07 0.07 0.00
182_R 449_N 1.07 0.07 0.00
125_Y 90_I 1.06 0.07 0.00
225_C 600_V 1.06 0.07 0.00
145_D 361_I 1.06 0.07 0.00
14_G 588_L 1.06 0.07 0.00
225_C 636_L 1.06 0.07 0.00
26_I 92_Y 1.06 0.07 0.00
144_V 822_Y 1.05 0.07 0.00
229_L 243_G 1.05 0.07 0.00
88_T 602_F 1.05 0.07 0.00
171_Y 597_P 1.05 0.07 0.00
168_N 88_P 1.05 0.07 0.00
145_D 649_R 1.05 0.07 0.00
167_F 88_P 1.05 0.07 0.00
167_F 205_S 1.05 0.07 0.00
189_I 266_L 1.05 0.07 0.00
170_H 496_I 1.05 0.07 0.00
112_R 589_A 1.04 0.07 0.00
196_D 157_Y 1.04 0.07 0.00
147_L 271_Q 1.04 0.07 0.00
154_I 257_M 1.04 0.07 0.00
207_D 346_V 1.04 0.07 0.00
155_R 209_F 1.04 0.07 0.00
163_D 372_H 1.04 0.07 0.00
173_Y 88_P 1.04 0.07 0.00
30_V 516_A 1.03 0.07 0.00
227_T 217_A 1.03 0.07 0.00
18_Y 151_D 1.03 0.07 0.00
139_R 96_T 1.03 0.07 0.00
2_E 698_Y 1.03 0.07 0.00
63_G 120_Y 1.03 0.07 0.00
21_P 538_P 1.03 0.07 0.00
63_G 546_R 1.03 0.07 0.00
74_V 131_I 1.03 0.07 0.00
95_D 122_L 1.03 0.07 0.00
113_T 217_A 1.03 0.07 0.00
88_T 214_Q 1.03 0.07 0.00
71_F 701_L 1.03 0.07 0.00
96_Q 506_Q 1.02 0.07 0.00
60_P 524_R 1.02 0.07 0.00
171_Y 251_D 1.02 0.07 0.00
171_Y 89_W 1.02 0.06 0.00
214_G 647_G 1.02 0.06 0.00
5_N 357_T 1.02 0.06 0.00
129_K 731_F 1.02 0.06 0.00
26_I 675_L 1.02 0.06 0.00
30_V 510_N 1.01 0.06 0.00
214_G 565_V 1.01 0.06 0.00
231_V 484_K 1.01 0.06 0.00
14_G 539_N 1.01 0.06 0.00
167_F 540_N 1.01 0.06 0.00
163_D 486_F 1.01 0.06 0.00
217_V 560_K 1.01 0.06 0.00
155_R 375_S 1.01 0.06 0.00
38_F 168_L 1.01 0.06 0.00
71_F 355_N 1.01 0.06 0.00
226_I 214_Q 1.01 0.06 0.00
163_D 278_D 1.01 0.06 0.00
26_I 362_S 1.01 0.06 0.00
74_V 817_S 1.01 0.06 0.00
180_C 600_V 1.00 0.06 0.00
150_V 163_K 1.00 0.06 0.00
155_R 194_L 1.00 0.06 0.00
38_F 134_Y 1.00 0.06 0.00
196_D 503_G 1.00 0.06 0.00
209_G 571_T 1.00 0.06 0.00
169_T 172_S 1.00 0.06 0.00
29_R 600_V 1.00 0.06 0.00
81_F 416_L 1.00 0.06 0.00
29_R 254_K 0.99 0.06 0.00
91_I 465_R 0.99 0.06 0.00
212_I 369_V 0.99 0.06 0.00
81_F 122_L 0.99 0.06 0.00
197_F 91_V 0.99 0.06 0.00
127_I 266_L 0.99 0.06 0.00
164_G 539_N 0.99 0.06 0.00
32_K 781_S 0.99 0.06 0.00
40_V 548_L 0.99 0.06 0.00
171_Y 605_K 0.99 0.06 0.00
133_I 93_S 0.99 0.06 0.00
164_G 640_F 0.99 0.06 0.00
88_T 201_F 0.99 0.06 0.00
138_N 549_V 0.99 0.06 0.00
186_L 742_S 0.99 0.06 0.00
198_Y 605_K 0.99 0.06 0.00
27_R 186_A 0.98 0.06 0.00
94_R 523_C 0.98 0.06 0.00
61_S 189_A 0.98 0.06 0.00
9_S 605_K 0.98 0.06 0.00
27_R 129_L 0.98 0.06 0.00
162_A 229_Y 0.98 0.06 0.00
16_V 776_I 0.98 0.06 0.00
127_I 257_M 0.98 0.06 0.00
63_G 126_N 0.98 0.06 0.00
42_I 644_E 0.98 0.06 0.00
177_K 112_K 0.98 0.06 0.00
203_G 400_Q 0.98 0.06 0.00
154_I 92_Y 0.98 0.06 0.00
215_V 620_S 0.98 0.06 0.00
60_P 153_K 0.98 0.06 0.00
75_G 733_L 0.98 0.06 0.00
32_K 704_V 0.97 0.06 0.00
117_E 767_T 0.97 0.06 0.00
141_D 540_N 0.97 0.06 0.00
14_G 89_W 0.97 0.06 0.00
102_Y 452_S 0.97 0.06 0.00
95_D 398_T 0.97 0.06 0.00
170_H 257_M 0.97 0.06 0.00
32_K 222_M 0.97 0.06 0.00
91_I 313_V 0.97 0.06 0.00
191_N 647_G 0.97 0.06 0.00
5_N 800_R 0.97 0.06 0.00
88_T 755_D 0.97 0.06 0.00
171_Y 168_L 0.97 0.06 0.00
152_S 101_F 0.97 0.06 0.00
164_G 88_P 0.97 0.06 0.00
228_R 253_V 0.97 0.06 0.00
98_A 499_V 0.97 0.06 0.00
225_C 614_L 0.96 0.06 0.00
133_I 737_Y 0.96 0.06 0.00
198_Y 89_W 0.96 0.06 0.00
42_I 242_V 0.96 0.06 0.00
87_A 644_E 0.96 0.06 0.00
38_F 496_I 0.96 0.06 0.00
137_F 504_D 0.96 0.06 0.00
177_K 510_N 0.96 0.06 0.00
80_Q 679_P 0.96 0.06 0.00
230_N 151_D 0.96 0.06 0.00
155_R 116_M 0.96 0.06 0.00
163_D 238_Q 0.96 0.06 0.00
193_K 780_I 0.96 0.06 0.00
32_K 525_L 0.95 0.06 0.00
212_I 342_L 0.95 0.06 0.00
6_G 492_E 0.95 0.06 0.00
1_W 159_G 0.95 0.06 0.00
1_W 160_W 0.95 0.06 0.00
1_W 259_G 0.95 0.06 0.00
1_W 260_W 0.95 0.06 0.00
1_W 358_G 0.95 0.06 0.00
1_W 377_N 0.95 0.06 0.00
1_W 500_G 0.95 0.06 0.00
1_W 598_G 0.95 0.06 0.00
1_W 603_P 0.95 0.06 0.00
1_W 706_E 0.95 0.06 0.00
22_G 159_G 0.95 0.06 0.00
22_G 160_W 0.95 0.06 0.00
22_G 259_G 0.95 0.06 0.00
22_G 260_W 0.95 0.06 0.00
22_G 358_G 0.95 0.06 0.00
22_G 377_N 0.95 0.06 0.00
22_G 500_G 0.95 0.06 0.00
22_G 598_G 0.95 0.06 0.00
22_G 603_P 0.95 0.06 0.00
22_G 706_E 0.95 0.06 0.00
24_Y 159_G 0.95 0.06 0.00
24_Y 160_W 0.95 0.06 0.00
24_Y 259_G 0.95 0.06 0.00
24_Y 260_W 0.95 0.06 0.00
24_Y 358_G 0.95 0.06 0.00
24_Y 377_N 0.95 0.06 0.00
24_Y 500_G 0.95 0.06 0.00
24_Y 598_G 0.95 0.06 0.00
24_Y 603_P 0.95 0.06 0.00
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48_T 452_S 0.89 0.05 0.00
16_V 800_R 0.89 0.05 0.00
167_F 115_F 0.89 0.05 0.00
190_N 201_F 0.89 0.05 0.00
31_N 492_E 0.89 0.05 0.00
101_S 209_F 0.89 0.05 0.00
225_C 351_V 0.89 0.05 0.00
138_N 568_D 0.89 0.05 0.00
155_R 701_L 0.89 0.05 0.00
112_R 183_I 0.88 0.05 0.00
80_Q 353_V 0.88 0.05 0.00
190_N 197_P 0.88 0.05 0.00
71_F 620_S 0.88 0.05 0.00
81_F 423_Y 0.88 0.05 0.00
91_I 454_L 0.88 0.05 0.00
79_S 679_P 0.88 0.05 0.00
189_I 307_N 0.88 0.05 0.00
231_V 125_R 0.88 0.05 0.00
191_N 199_Q 0.88 0.05 0.00
203_G 591_P 0.88 0.05 0.00
211_H 318_L 0.88 0.05 0.00
104_T 750_A 0.88 0.05 0.00
74_V 262_P 0.88 0.05 0.00
102_Y 782_R 0.88 0.05 0.00
145_D 774_L 0.88 0.05 0.00
171_Y 561_K 0.88 0.05 0.00
9_S 818_N 0.88 0.05 0.00
131_I 317_R 0.88 0.05 0.00
173_Y 737_Y 0.88 0.05 0.00
182_R 607_Q 0.88 0.05 0.00
61_S 582_D 0.88 0.05 0.00
196_D 106_G 0.88 0.05 0.00
164_G 134_Y 0.88 0.05 0.00
59_G 595_M 0.87 0.05 0.00
170_H 399_I 0.87 0.05 0.00
213_D 623_L 0.87 0.05 0.00
93_S 699_I 0.87 0.05 0.00
230_N 112_K 0.87 0.05 0.00
81_F 805_R 0.87 0.05 0.00
73_A 748_K 0.87 0.05 0.00
231_V 549_V 0.87 0.05 0.00
91_I 345_L 0.87 0.05 0.00
38_F 158_Y 0.87 0.05 0.00
52_D 453_L 0.87 0.05 0.00
93_S 178_Q 0.87 0.05 0.00
104_T 467_R 0.87 0.05 0.00
182_R 221_R 0.87 0.05 0.00
185_S 118_A 0.87 0.05 0.00
175_L 406_L 0.87 0.05 0.00
26_I 223_R 0.87 0.05 0.00
206_F 167_L 0.87 0.05 0.00
172_N 594_S 0.87 0.05 0.00
199_S 129_L 0.87 0.05 0.00
38_F 89_W 0.87 0.05 0.00
116_V 452_S 0.87 0.05 0.00
120_T 246_S 0.87 0.05 0.00
227_T 323_P 0.87 0.05 0.00
155_R 777_R 0.87 0.05 0.00
189_I 337_I 0.87 0.05 0.00
168_N 89_W 0.86 0.05 0.00
89_G 586_Y 0.86 0.05 0.00
42_I 735_N 0.86 0.05 0.00
213_D 703_P 0.86 0.05 0.00
28_L 822_Y 0.86 0.05 0.00
62_T 100_T 0.86 0.05 0.00
45_K 620_S 0.86 0.05 0.00
193_K 369_V 0.86 0.05 0.00
187_V 602_F 0.86 0.05 0.00
227_T 586_Y 0.86 0.05 0.00
163_D 795_Y 0.86 0.05 0.00
66_R 122_L 0.86 0.05 0.00
170_H 222_M 0.86 0.05 0.00
100_Y 602_F 0.86 0.05 0.00
2_E 503_G 0.86 0.05 0.00
13_R 755_D 0.86 0.05 0.00
14_G 542_I 0.86 0.05 0.00
21_P 329_N 0.86 0.05 0.00
168_N 205_S 0.86 0.05 0.00
81_F 582_D 0.86 0.05 0.00
163_D 617_A 0.86 0.05 0.00
164_G 597_P 0.86 0.05 0.00
198_Y 380_Y 0.86 0.05 0.00
222_T 515_P 0.86 0.05 0.00
79_S 139_P 0.86 0.05 0.00
104_T 337_I 0.86 0.05 0.00
170_H 236_T 0.86 0.05 0.00
231_V 586_Y 0.86 0.05 0.00
9_S 640_F 0.86 0.05 0.00
145_D 783_K 0.86 0.05 0.00
171_Y 539_N 0.86 0.05 0.00
169_T 209_F 0.86 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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