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OPENSEQ.org
PR-PS
Genes: A B A+B
Length: 327 791 1062
Sequences: 68 51 50
Seq/Len: 0.21 0.06 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.95
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.04
2 0.00 0.00 0.04
5 0.00 0.00 0.04
10 0.00 0.00 0.04
20 0.00 0.00 0.04
100 0.01 0.00 0.04
∞ 0.03 0.02 0.04
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
28_L 223_V 1.74 0.19 0.00
91_Y 94_G 1.61 0.15 0.00
215_D 425_A 1.59 0.15 0.00
259_V 484_N 1.58 0.15 0.00
259_V 560_N 1.56 0.14 0.00
103_V 479_V 1.50 0.13 0.00
31_L 310_I 1.47 0.13 0.00
243_Y 492_I 1.47 0.13 0.00
302_L 140_T 1.47 0.13 0.00
255_V 156_L 1.46 0.12 0.00
186_S 309_T 1.45 0.12 0.00
250_C 585_L 1.44 0.12 0.00
163_V 732_L 1.41 0.12 0.00
99_V 395_D 1.39 0.11 0.00
60_L 615_V 1.37 0.11 0.00
160_T 757_I 1.33 0.10 0.00
182_V 71_P 1.31 0.10 0.00
78_N 729_V 1.30 0.10 0.00
99_V 706_T 1.30 0.10 0.00
103_V 83_M 1.30 0.10 0.00
104_D 214_S 1.29 0.10 0.00
160_T 555_G 1.29 0.10 0.00
200_T 658_I 1.28 0.10 0.00
257_V 58_V 1.27 0.09 0.00
160_T 755_Q 1.26 0.09 0.00
111_F 554_K 1.26 0.09 0.00
39_L 223_V 1.26 0.09 0.00
166_K 597_K 1.26 0.09 0.00
28_L 135_F 1.25 0.09 0.00
251_N 610_P 1.24 0.09 0.00
223_D 492_I 1.24 0.09 0.00
268_T 665_M 1.23 0.09 0.00
286_D 351_N 1.23 0.09 0.00
227_R 519_L 1.22 0.09 0.00
240_N 443_I 1.22 0.09 0.00
71_K 484_N 1.22 0.09 0.00
160_T 177_L 1.21 0.09 0.00
279_F 539_Y 1.21 0.09 0.00
21_I 425_A 1.21 0.09 0.00
27_L 247_K 1.21 0.09 0.00
227_R 278_L 1.20 0.09 0.00
186_S 573_E 1.20 0.09 0.00
186_S 236_Y 1.20 0.09 0.00
60_L 489_D 1.20 0.09 0.00
223_D 354_G 1.20 0.09 0.00
147_D 224_S 1.20 0.09 0.00
64_D 441_N 1.20 0.09 0.00
64_D 775_Y 1.20 0.09 0.00
233_N 583_S 1.20 0.09 0.00
60_L 59_F 1.20 0.09 0.00
233_N 494_S 1.20 0.08 0.00
62_F 85_P 1.20 0.08 0.00
195_L 167_D 1.19 0.08 0.00
252_N 204_I 1.19 0.08 0.00
87_G 546_Q 1.19 0.08 0.00
286_D 109_R 1.19 0.08 0.00
259_V 402_F 1.18 0.08 0.00
285_V 190_A 1.18 0.08 0.00
113_V 208_D 1.18 0.08 0.00
79_G 535_Y 1.16 0.08 0.00
173_T 649_V 1.16 0.08 0.00
274_C 58_V 1.16 0.08 0.00
45_I 606_L 1.16 0.08 0.00
272_S 450_G 1.16 0.08 0.00
141_E 715_T 1.15 0.08 0.00
113_V 372_G 1.15 0.08 0.00
99_V 491_V 1.15 0.08 0.00
57_N 743_F 1.15 0.08 0.00
225_R 727_Y 1.15 0.08 0.00
276_G 715_T 1.15 0.08 0.00
134_T 204_I 1.14 0.08 0.00
216_G 498_V 1.14 0.08 0.00
23_L 708_T 1.14 0.08 0.00
105_G 184_V 1.13 0.08 0.00
104_D 439_E 1.13 0.08 0.00
285_V 309_T 1.13 0.08 0.00
111_F 488_N 1.12 0.08 0.00
75_E 473_R 1.12 0.07 0.00
301_L 215_A 1.12 0.07 0.00
99_V 224_S 1.12 0.07 0.00
63_T 76_I 1.12 0.07 0.00
241_Y 546_Q 1.12 0.07 0.00
222_D 442_L 1.12 0.07 0.00
252_N 395_D 1.11 0.07 0.00
28_L 517_E 1.11 0.07 0.00
287_E 514_V 1.11 0.07 0.00
263_G 596_R 1.11 0.07 0.00
233_N 200_K 1.11 0.07 0.00
280_G 300_Y 1.10 0.07 0.00
115_V 478_Q 1.10 0.07 0.00
99_V 621_H 1.10 0.07 0.00
71_K 301_N 1.10 0.07 0.00
87_G 554_K 1.10 0.07 0.00
62_F 191_Y 1.09 0.07 0.00
91_Y 693_L 1.09 0.07 0.00
99_V 579_V 1.09 0.07 0.00
95_D 492_I 1.09 0.07 0.00
240_N 344_K 1.09 0.07 0.00
152_D 633_S 1.09 0.07 0.00
234_G 554_K 1.09 0.07 0.00
239_S 134_A 1.08 0.07 0.00
234_G 56_W 1.08 0.07 0.00
186_S 773_I 1.08 0.07 0.00
259_V 479_V 1.08 0.07 0.00
262_N 163_F 1.07 0.07 0.00
275_M 205_G 1.07 0.07 0.00
242_Y 310_I 1.07 0.07 0.00
205_E 63_E 1.07 0.07 0.00
298_C 549_V 1.07 0.07 0.00
64_D 115_K 1.07 0.07 0.00
137_L 443_I 1.07 0.07 0.00
298_C 585_L 1.07 0.07 0.00
93_K 86_F 1.06 0.07 0.00
87_G 537_L 1.06 0.07 0.00
193_A 228_V 1.06 0.07 0.00
114_T 494_S 1.06 0.07 0.00
174_Y 137_N 1.06 0.07 0.00
144_L 649_V 1.06 0.07 0.00
239_S 319_D 1.06 0.07 0.00
94_P 303_K 1.06 0.07 0.00
237_F 168_S 1.06 0.07 0.00
23_L 223_V 1.05 0.07 0.00
238_N 55_P 1.05 0.07 0.00
247_K 570_F 1.05 0.07 0.00
285_V 323_L 1.05 0.07 0.00
237_F 55_P 1.05 0.07 0.00
183_R 720_N 1.05 0.07 0.00
173_T 307_L 1.05 0.07 0.00
30_G 735_T 1.05 0.07 0.00
95_D 354_G 1.05 0.07 0.00
240_N 219_V 1.05 0.07 0.00
244_L 432_L 1.05 0.07 0.00
266_K 733_K 1.05 0.07 0.00
225_R 329_K 1.05 0.07 0.00
250_C 753_S 1.04 0.07 0.00
133_P 473_R 1.04 0.07 0.00
214_G 774_Y 1.04 0.07 0.00
207_V 489_D 1.04 0.07 0.00
160_T 551_F 1.04 0.07 0.00
272_S 330_V 1.04 0.07 0.00
147_D 769_S 1.04 0.07 0.00
136_G 544_L 1.04 0.07 0.00
115_V 232_G 1.04 0.07 0.00
48_R 356_F 1.03 0.07 0.00
243_Y 55_P 1.03 0.07 0.00
262_N 736_S 1.03 0.07 0.00
87_G 488_N 1.03 0.07 0.00
39_L 517_E 1.03 0.07 0.00
94_P 487_F 1.03 0.07 0.00
146_G 699_S 1.03 0.07 0.00
160_T 305_N 1.03 0.07 0.00
38_S 106_I 1.03 0.07 0.00
241_Y 56_W 1.03 0.07 0.00
121_T 173_N 1.03 0.07 0.00
151_K 325_K 1.03 0.07 0.00
239_S 102_K 1.03 0.07 0.00
113_V 209_Q 1.03 0.07 0.00
115_V 685_Y 1.03 0.07 0.00
241_Y 213_D 1.03 0.07 0.00
252_N 729_V 1.02 0.07 0.00
91_Y 113_D 1.02 0.07 0.00
103_V 379_E 1.02 0.07 0.00
303_N 673_D 1.02 0.06 0.00
78_N 533_I 1.02 0.06 0.00
133_P 115_K 1.02 0.06 0.00
66_T 55_P 1.02 0.06 0.00
48_R 640_N 1.02 0.06 0.00
287_E 596_R 1.02 0.06 0.00
232_A 191_Y 1.01 0.06 0.00
144_L 309_T 1.01 0.06 0.00
288_A 332_V 1.01 0.06 0.00
206_I 606_L 1.01 0.06 0.00
111_F 78_K 1.01 0.06 0.00
111_F 101_Y 1.01 0.06 0.00
195_L 699_S 1.01 0.06 0.00
250_C 549_V 1.01 0.06 0.00
302_L 205_G 1.01 0.06 0.00
70_S 439_E 1.01 0.06 0.00
87_G 491_V 1.01 0.06 0.00
102_T 549_V 1.01 0.06 0.00
115_V 491_V 1.01 0.06 0.00
173_T 172_Y 1.01 0.06 0.00
234_G 488_N 1.01 0.06 0.00
159_E 538_D 1.01 0.06 0.00
178_G 538_D 1.01 0.06 0.00
153_F 234_R 1.01 0.06 0.00
195_L 593_G 1.01 0.06 0.00
225_R 649_V 1.00 0.06 0.00
241_Y 491_V 1.00 0.06 0.00
299_A 177_L 1.00 0.06 0.00
176_S 246_D 1.00 0.06 0.00
70_S 679_R 1.00 0.06 0.00
99_V 112_N 1.00 0.06 0.00
220_T 780_N 1.00 0.06 0.00
246_N 484_N 1.00 0.06 0.00
127_I 687_R 1.00 0.06 0.00
136_G 87_Y 1.00 0.06 0.00
111_F 130_L 1.00 0.06 0.00
60_L 70_A 1.00 0.06 0.00
22_L 228_V 0.99 0.06 0.00
136_G 495_R 0.99 0.06 0.00
148_G 718_P 0.99 0.06 0.00
160_T 708_T 0.99 0.06 0.00
130_I 771_G 0.99 0.06 0.00
94_P 390_S 0.99 0.06 0.00
113_V 663_S 0.99 0.06 0.00
99_V 59_F 0.99 0.06 0.00
234_G 589_F 0.99 0.06 0.00
180_Y 193_Y 0.99 0.06 0.00
47_A 72_G 0.99 0.06 0.00
263_G 124_A 0.99 0.06 0.00
254_K 619_M 0.99 0.06 0.00
160_T 163_F 0.99 0.06 0.00
297_T 192_I 0.99 0.06 0.00
153_F 753_S 0.99 0.06 0.00
147_D 98_L 0.98 0.06 0.00
300_S 180_R 0.98 0.06 0.00
87_G 56_W 0.98 0.06 0.00
240_N 771_G 0.98 0.06 0.00
27_L 481_S 0.98 0.06 0.00
241_Y 554_K 0.98 0.06 0.00
170_A 446_V 0.98 0.06 0.00
233_N 326_N 0.98 0.06 0.00
271_Y 554_K 0.98 0.06 0.00
301_L 781_N 0.98 0.06 0.00
250_C 543_S 0.98 0.06 0.00
304_I 92_E 0.98 0.06 0.00
271_Y 334_F 0.97 0.06 0.00
271_Y 56_W 0.97 0.06 0.00
262_N 159_P 0.97 0.06 0.00
252_N 616_A 0.97 0.06 0.00
75_E 646_Y 0.97 0.06 0.00
186_S 81_S 0.97 0.06 0.00
74_W 121_G 0.97 0.06 0.00
74_W 122_W 0.97 0.06 0.00
74_W 221_G 0.97 0.06 0.00
74_W 222_W 0.97 0.06 0.00
74_W 312_G 0.97 0.06 0.00
74_W 331_N 0.97 0.06 0.00
74_W 447_G 0.97 0.06 0.00
74_W 547_G 0.97 0.06 0.00
74_W 552_P 0.97 0.06 0.00
74_W 654_E 0.97 0.06 0.00
97_Y 121_G 0.97 0.06 0.00
97_Y 122_W 0.97 0.06 0.00
97_Y 221_G 0.97 0.06 0.00
97_Y 222_W 0.97 0.06 0.00
97_Y 312_G 0.97 0.06 0.00
97_Y 331_N 0.97 0.06 0.00
97_Y 447_G 0.97 0.06 0.00
97_Y 547_G 0.97 0.06 0.00
97_Y 552_P 0.97 0.06 0.00
97_Y 654_E 0.97 0.06 0.00
140_E 121_G 0.97 0.06 0.00
140_E 122_W 0.97 0.06 0.00
140_E 221_G 0.97 0.06 0.00
140_E 222_W 0.97 0.06 0.00
140_E 312_G 0.97 0.06 0.00
140_E 331_N 0.97 0.06 0.00
140_E 447_G 0.97 0.06 0.00
140_E 547_G 0.97 0.06 0.00
140_E 552_P 0.97 0.06 0.00
140_E 654_E 0.97 0.06 0.00
155_W 121_G 0.97 0.06 0.00
155_W 122_W 0.97 0.06 0.00
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271_Y 130_L 0.91 0.05 0.00
100_R 148_G 0.91 0.05 0.00
111_F 546_Q 0.91 0.05 0.00
200_T 62_R 0.91 0.05 0.00
223_D 305_N 0.91 0.05 0.00
153_F 533_I 0.91 0.05 0.00
224_I 626_Y 0.91 0.05 0.00
302_L 214_S 0.91 0.05 0.00
218_R 228_V 0.91 0.05 0.00
240_N 198_D 0.91 0.05 0.00
103_V 526_N 0.90 0.05 0.00
204_A 498_V 0.90 0.05 0.00
225_R 224_S 0.90 0.05 0.00
233_N 748_K 0.90 0.05 0.00
304_I 372_G 0.90 0.05 0.00
51_K 488_N 0.90 0.05 0.00
250_C 715_T 0.90 0.05 0.00
304_I 431_T 0.90 0.05 0.00
193_A 664_I 0.90 0.05 0.00
66_T 489_D 0.90 0.05 0.00
297_T 204_I 0.90 0.05 0.00
144_L 568_R 0.90 0.05 0.00
36_K 136_S 0.90 0.05 0.00
62_F 328_T 0.90 0.05 0.00
92_T 168_S 0.90 0.05 0.00
220_T 730_S 0.90 0.05 0.00
82_A 643_T 0.90 0.05 0.00
246_N 595_S 0.90 0.05 0.00
247_K 461_N 0.90 0.05 0.00
237_F 82_F 0.90 0.05 0.00
243_Y 685_Y 0.90 0.05 0.00
206_I 545_I 0.90 0.05 0.00
21_I 424_S 0.90 0.05 0.00
142_I 474_I 0.90 0.05 0.00
149_P 522_F 0.90 0.05 0.00
304_I 142_Y 0.90 0.05 0.00
215_D 598_N 0.90 0.05 0.00
29_T 578_I 0.90 0.05 0.00
153_F 369_V 0.89 0.05 0.00
60_L 111_I 0.89 0.05 0.00
234_G 101_Y 0.89 0.05 0.00
262_N 576_M 0.89 0.05 0.00
238_N 168_S 0.89 0.05 0.00
266_K 79_K 0.89 0.05 0.00
58_E 656_K 0.89 0.05 0.00
148_G 93_N 0.89 0.05 0.00
224_I 300_Y 0.89 0.05 0.00
299_A 428_A 0.89 0.05 0.00
27_L 148_G 0.89 0.05 0.00
28_L 228_V 0.89 0.05 0.00
242_Y 485_Q 0.89 0.05 0.00
47_A 488_N 0.89 0.05 0.00
110_E 660_D 0.89 0.05 0.00
204_A 517_E 0.89 0.05 0.00
100_R 678_R 0.89 0.05 0.00
187_D 747_I 0.89 0.05 0.00
129_T 405_N 0.89 0.05 0.00
220_T 125_K 0.89 0.05 0.00
99_V 274_E 0.89 0.05 0.00
239_S 172_Y 0.89 0.05 0.00
72_W 718_P 0.89 0.05 0.00
224_I 219_V 0.89 0.05 0.00
144_L 190_A 0.89 0.05 0.00
286_D 651_N 0.89 0.05 0.00
121_T 163_F 0.89 0.05 0.00
214_G 738_M 0.89 0.05 0.00
266_K 334_F 0.89 0.05 0.00
151_K 106_I 0.88 0.05 0.00
103_V 461_N 0.88 0.05 0.00
68_K 431_T 0.88 0.05 0.00
76_F 141_G 0.88 0.05 0.00
274_C 551_F 0.88 0.05 0.00
137_L 224_S 0.88 0.05 0.00
66_T 115_K 0.88 0.05 0.00
282_E 520_K 0.88 0.05 0.00
237_F 473_R 0.88 0.05 0.00
69_A 271_L 0.88 0.05 0.00
241_Y 488_N 0.88 0.05 0.00
238_N 56_W 0.88 0.05 0.00
115_V 593_G 0.88 0.05 0.00
57_N 314_S 0.88 0.05 0.00
172_Y 168_S 0.88 0.05 0.00
241_Y 334_F 0.88 0.05 0.00
144_L 569_R 0.88 0.05 0.00
47_A 60_S 0.88 0.05 0.00
259_V 291_S 0.88 0.05 0.00
57_N 495_R 0.88 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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