May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
F_B_extremeC
Genes: A B A+B
Length: 86 306 379
Sequences: 1244 1030 364
Seq/Len: 14.47 3.37 0.96
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.66
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.01 0.82
2 0.11 0.06 0.85
5 0.13 0.08 0.86
10 0.14 0.09 0.89
20 0.15 0.10 0.93
100 0.19 0.14 1.06
∞ 0.24 0.19 1.28
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
64_W 73_N 3.15 1.00 1.00
5_Y 117_F 1.81 0.91 0.83
35_R 71_D 1.81 0.91 0.83
7_T 130_V 1.75 0.89 0.80
13_V 128_P 1.59 0.81 0.69
32_I 115_D 1.39 0.67 0.49
7_T 273_D 1.34 0.63 0.44
15_D 112_I 1.30 0.60 0.40
5_Y 130_V 1.27 0.57 0.37
85_Y 140_N 1.18 0.49 0.28
6_F 119_N 1.18 0.49 0.28
84_L 79_T 1.18 0.49 0.28
62_D 75_Y 1.16 0.47 0.26
7_T 129_S 1.15 0.46 0.26
21_C 53_Y 1.15 0.46 0.26
41_A 286_I 1.13 0.44 0.24
55_G 32_I 1.12 0.44 0.23
39_V 83_V 1.11 0.43 0.23
17_W 127_D 1.09 0.41 0.21
70_N 61_R 1.09 0.41 0.21
15_D 89_L 1.08 0.40 0.20
83_T 104_S 1.06 0.38 0.19
66_V 112_I 1.05 0.37 0.18
7_T 274_L 1.03 0.36 0.17
64_W 100_S 1.03 0.36 0.17
4_N 116_E 1.02 0.35 0.16
17_W 179_N 1.02 0.35 0.16
39_V 184_T 1.00 0.33 0.15
82_F 127_D 0.99 0.32 0.14
84_L 32_I 0.98 0.32 0.14
50_D 277_Y 0.98 0.31 0.13
32_I 30_L 0.97 0.30 0.13
7_T 189_K 0.96 0.30 0.12
76_R 8_F 0.95 0.29 0.12
7_T 232_W 0.95 0.29 0.12
5_Y 119_N 0.94 0.28 0.11
34_D 155_S 0.93 0.28 0.11
84_L 56_F 0.93 0.28 0.11
30_F 53_Y 0.93 0.28 0.11
73_N 235_V 0.92 0.27 0.10
16_T 103_L 0.92 0.27 0.10
7_T 93_Y 0.92 0.27 0.10
6_F 109_T 0.91 0.27 0.10
19_P 134_R 0.91 0.27 0.10
64_W 45_D 0.91 0.27 0.10
12_G 147_Y 0.91 0.26 0.10
30_F 241_N 0.91 0.26 0.10
33_F 110_F 0.90 0.26 0.09
36_Y 175_D 0.90 0.25 0.09
78_F 80_G 0.89 0.25 0.09
75_G 68_M 0.89 0.25 0.09
32_I 140_N 0.89 0.25 0.09
49_W 119_N 0.89 0.25 0.09
66_V 284_V 0.89 0.25 0.09
70_N 145_A 0.89 0.24 0.09
57_E 32_I 0.88 0.24 0.09
15_D 44_K 0.88 0.24 0.09
76_R 162_L 0.88 0.24 0.09
44_T 231_Y 0.88 0.24 0.09
49_W 254_A 0.88 0.24 0.08
31_S 273_D 0.88 0.24 0.08
29_K 267_Y 0.87 0.24 0.08
29_K 254_A 0.87 0.24 0.08
7_T 172_V 0.87 0.23 0.08
15_D 8_F 0.87 0.23 0.08
40_I 256_F 0.86 0.23 0.08
3_D 179_N 0.86 0.23 0.08
23_N 190_D 0.86 0.23 0.08
81_H 70_N 0.86 0.23 0.08
42_K 103_L 0.86 0.23 0.08
83_T 176_L 0.86 0.23 0.08
50_D 29_N 0.86 0.23 0.08
85_Y 176_L 0.86 0.23 0.08
38_R 241_N 0.86 0.23 0.08
35_R 74_G 0.85 0.23 0.08
39_V 28_D 0.85 0.22 0.07
40_I 167_N 0.85 0.22 0.07
81_H 117_F 0.84 0.22 0.07
11_D 144_S 0.84 0.22 0.07
52_R 250_V 0.84 0.22 0.07
71_D 129_S 0.84 0.21 0.07
33_F 113_D 0.83 0.21 0.07
34_D 234_G 0.83 0.21 0.07
56_E 254_A 0.83 0.21 0.07
50_D 54_A 0.82 0.20 0.06
32_I 143_I 0.82 0.20 0.06
75_G 261_F 0.82 0.20 0.06
78_F 290_F 0.81 0.20 0.06
86_R 58_I 0.81 0.20 0.06
56_E 298_P 0.81 0.20 0.06
10_G 32_I 0.81 0.20 0.06
41_A 61_R 0.81 0.20 0.06
17_W 33_R 0.81 0.20 0.06
33_F 130_V 0.80 0.19 0.06
33_F 67_S 0.80 0.19 0.06
83_T 78_Q 0.80 0.19 0.06
82_F 134_R 0.80 0.19 0.06
70_N 132_D 0.80 0.19 0.06
29_K 147_Y 0.80 0.19 0.06
6_F 117_F 0.80 0.19 0.06
39_V 276_A 0.80 0.19 0.06
33_F 172_V 0.79 0.19 0.06
66_V 278_N 0.79 0.19 0.06
59_P 141_F 0.79 0.19 0.06
86_R 66_I 0.79 0.19 0.06
75_G 192_E 0.79 0.19 0.06
62_D 15_N 0.79 0.19 0.06
34_D 157_N 0.79 0.19 0.06
42_K 198_Y 0.79 0.19 0.06
30_F 127_D 0.79 0.19 0.06
25_Y 110_F 0.79 0.19 0.06
82_F 251_G 0.79 0.18 0.05
32_I 169_Y 0.79 0.18 0.05
10_G 34_A 0.79 0.18 0.05
75_G 96_E 0.78 0.18 0.05
67_L 85_F 0.78 0.18 0.05
35_R 15_N 0.78 0.18 0.05
30_F 159_N 0.78 0.18 0.05
81_H 75_Y 0.77 0.17 0.05
68_K 184_T 0.77 0.17 0.05
6_F 131_T 0.77 0.17 0.05
8_P 174_P 0.77 0.17 0.05
32_I 213_S 0.77 0.17 0.05
79_V 49_N 0.77 0.17 0.05
54_N 236_S 0.77 0.17 0.05
70_N 192_E 0.77 0.17 0.05
6_F 114_I 0.76 0.17 0.05
9_N 237_Y 0.76 0.17 0.05
10_G 190_D 0.76 0.17 0.05
21_C 182_V 0.76 0.17 0.05
78_F 272_N 0.76 0.17 0.05
55_G 126_L 0.76 0.17 0.05
37_G 144_S 0.76 0.17 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.6117 seconds.