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OPENSEQ.org
BceBS_deltagene100
Genes: A B A+B
Length: 646 334 961
Sequences: 1378 20832 1018
Seq/Len: 2.13 62.37 1.06
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.09 0.00 0.04
2 0.10 0.01 0.70
5 0.11 0.02 0.90
10 0.13 0.05 0.93
20 0.14 0.08 0.97
100 0.16 0.16 1.04
∞ 0.22 0.22 1.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
136_K 32_S 1.81 0.92 0.48
125_S 43_Y 1.70 0.88 0.39
259_I 243_I 1.45 0.75 0.22
88_G 152_E 1.33 0.66 0.16
578_I 301_P 1.25 0.58 0.12
430_H 232_A 1.23 0.56 0.11
588_I 271_I 1.17 0.51 0.09
29_V 303_L 1.16 0.50 0.09
118_I 306_I 1.15 0.49 0.09
625_A 50_I 1.15 0.49 0.09
108_N 299_A 1.12 0.47 0.08
169_I 62_A 1.11 0.46 0.07
625_A 92_R 1.10 0.44 0.07
463_S 309_E 1.09 0.43 0.07
481_S 186_L 1.09 0.43 0.07
400_A 17_L 1.09 0.43 0.07
532_G 295_A 1.08 0.43 0.07
165_L 112_L 1.08 0.42 0.07
561_Y 194_L 1.06 0.41 0.06
87_I 268_V 1.05 0.40 0.06
341_E 14_A 1.05 0.39 0.06
165_L 323_P 1.04 0.39 0.06
210_V 42_V 1.04 0.39 0.06
403_A 94_I 1.02 0.37 0.05
63_L 185_P 1.02 0.37 0.05
272_N 191_I 1.01 0.37 0.05
550_Q 275_G 1.01 0.36 0.05
57_I 186_L 1.01 0.36 0.05
329_F 273_D 0.99 0.35 0.05
21_Y 320_L 0.99 0.34 0.05
330_S 228_L 0.98 0.34 0.05
30_A 48_F 0.98 0.34 0.04
587_G 256_V 0.98 0.33 0.04
558_K 51_I 0.96 0.32 0.04
477_Q 318_F 0.96 0.32 0.04
132_M 40_Y 0.96 0.32 0.04
530_I 47_L 0.95 0.32 0.04
576_K 13_I 0.95 0.32 0.04
637_Y 152_E 0.95 0.32 0.04
533_F 165_H 0.95 0.31 0.04
150_E 62_A 0.94 0.30 0.04
175_I 63_F 0.94 0.30 0.04
312_I 14_A 0.94 0.30 0.04
110_M 189_K 0.94 0.30 0.04
114_G 15_A 0.93 0.30 0.04
392_D 271_I 0.93 0.30 0.04
25_L 125_E 0.93 0.29 0.04
461_D 228_L 0.93 0.29 0.04
591_V 312_F 0.93 0.29 0.04
117_A 256_V 0.93 0.29 0.04
466_K 54_W 0.92 0.29 0.04
208_G 137_I 0.92 0.29 0.04
630_F 299_A 0.92 0.29 0.04
561_Y 103_Q 0.92 0.29 0.04
210_V 265_P 0.92 0.28 0.04
246_I 50_I 0.92 0.28 0.03
341_E 187_I 0.91 0.28 0.03
319_K 213_E 0.91 0.28 0.03
100_I 38_V 0.91 0.28 0.03
550_Q 294_L 0.91 0.28 0.03
556_D 269_P 0.91 0.28 0.03
591_V 92_R 0.90 0.28 0.03
534_L 283_H 0.90 0.28 0.03
388_V 273_D 0.90 0.27 0.03
621_V 169_I 0.90 0.27 0.03
553_E 296_K 0.90 0.27 0.03
95_M 223_F 0.90 0.27 0.03
19_Y 155_R 0.89 0.27 0.03
567_L 186_L 0.89 0.27 0.03
207_L 271_I 0.89 0.27 0.03
629_I 53_L 0.89 0.27 0.03
135_F 320_L 0.89 0.27 0.03
206_A 211_A 0.89 0.27 0.03
622_L 320_L 0.89 0.27 0.03
31_L 269_P 0.89 0.26 0.03
550_Q 204_G 0.88 0.26 0.03
124_F 205_F 0.88 0.26 0.03
180_I 87_E 0.88 0.26 0.03
266_S 243_I 0.88 0.26 0.03
103_I 138_D 0.88 0.25 0.03
268_G 312_F 0.87 0.25 0.03
544_C 167_K 0.87 0.25 0.03
160_F 223_F 0.87 0.25 0.03
303_A 264_D 0.87 0.25 0.03
206_A 230_T 0.87 0.25 0.03
68_V 191_I 0.87 0.25 0.03
312_I 276_F 0.87 0.25 0.03
549_K 304_I 0.87 0.25 0.03
87_I 176_L 0.86 0.25 0.03
166_L 14_A 0.86 0.25 0.03
385_L 265_P 0.86 0.25 0.03
8_L 268_V 0.86 0.25 0.03
53_G 174_N 0.86 0.24 0.03
576_K 58_R 0.86 0.24 0.03
251_F 48_F 0.86 0.24 0.03
206_A 14_A 0.86 0.24 0.03
546_L 233_V 0.85 0.24 0.03
591_V 6_L 0.85 0.24 0.03
11_L 97_Q 0.85 0.24 0.03
352_V 5_F 0.85 0.23 0.03
151_Q 186_L 0.85 0.23 0.03
360_Q 290_M 0.85 0.23 0.03
459_I 188_F 0.85 0.23 0.03
123_G 282_H 0.85 0.23 0.03
593_G 125_E 0.84 0.23 0.03
259_I 131_T 0.84 0.23 0.03
459_I 208_Q 0.84 0.23 0.03
44_I 15_A 0.84 0.23 0.03
171_N 128_T 0.84 0.23 0.03
92_L 229_L 0.84 0.23 0.03
271_L 137_I 0.84 0.23 0.03
12_K 43_Y 0.84 0.23 0.02
161_C 243_I 0.84 0.23 0.02
463_S 51_I 0.84 0.23 0.02
261_N 308_V 0.84 0.23 0.02
315_Y 130_L 0.84 0.23 0.02
151_Q 228_L 0.84 0.23 0.02
220_S 161_D 0.84 0.23 0.02
508_N 306_I 0.83 0.23 0.02
465_F 88_A 0.83 0.23 0.02
265_K 266_K 0.83 0.22 0.02
203_L 51_I 0.83 0.22 0.02
559_P 228_L 0.83 0.22 0.02
113_F 268_V 0.83 0.22 0.02
161_C 105_A 0.83 0.22 0.02
169_I 214_V 0.83 0.22 0.02
56_A 256_V 0.82 0.22 0.02
114_G 149_L 0.82 0.22 0.02
567_L 35_F 0.82 0.22 0.02
167_I 228_L 0.82 0.22 0.02
567_L 306_I 0.82 0.22 0.02
294_T 63_F 0.82 0.22 0.02
158_I 107_R 0.82 0.21 0.02
160_F 67_L 0.82 0.21 0.02
272_N 271_I 0.81 0.21 0.02
400_A 225_I 0.81 0.21 0.02
608_F 256_V 0.81 0.21 0.02
97_K 161_D 0.81 0.21 0.02
202_M 308_V 0.81 0.21 0.02
581_K 278_S 0.81 0.21 0.02
213_L 212_K 0.81 0.21 0.02
148_F 156_I 0.81 0.21 0.02
256_V 159_L 0.81 0.21 0.02
37_T 9_R 0.81 0.21 0.02
206_A 320_L 0.81 0.21 0.02
302_L 290_M 0.81 0.21 0.02
160_F 288_T 0.81 0.21 0.02
320_T 191_I 0.81 0.21 0.02
31_L 304_I 0.81 0.21 0.02
404_V 47_L 0.80 0.21 0.02
171_N 132_A 0.80 0.21 0.02
182_S 242_E 0.80 0.21 0.02
642_I 239_S 0.80 0.20 0.02
591_V 25_F 0.80 0.20 0.02
64_L 37_N 0.80 0.20 0.02
246_I 17_L 0.80 0.20 0.02
633_L 21_A 0.80 0.20 0.02
172_Y 225_I 0.80 0.20 0.02
131_L 276_F 0.80 0.20 0.02
124_F 170_S 0.80 0.20 0.02
595_F 57_Y 0.80 0.20 0.02
567_L 44_L 0.80 0.20 0.02
112_Y 117_D 0.79 0.20 0.02
100_I 34_S 0.79 0.20 0.02
58_K 268_V 0.79 0.20 0.02
475_R 257_K 0.79 0.20 0.02
540_I 69_T 0.79 0.20 0.02
153_L 106_A 0.79 0.20 0.02
326_A 276_F 0.79 0.20 0.02
130_V 172_I 0.79 0.20 0.02
137_I 265_P 0.79 0.20 0.02
322_E 50_I 0.78 0.20 0.02
632_F 290_M 0.78 0.19 0.02
85_K 239_S 0.78 0.19 0.02
297_T 157_H 0.78 0.19 0.02
80_I 135_L 0.78 0.19 0.02
427_K 18_F 0.78 0.19 0.02
12_K 297_K 0.78 0.19 0.02
88_G 171_F 0.78 0.19 0.02
626_L 202_G 0.78 0.19 0.02
533_F 40_Y 0.78 0.19 0.02
622_L 113_E 0.78 0.19 0.02
98_H 205_F 0.78 0.19 0.02
532_G 215_L 0.78 0.19 0.02
594_L 268_V 0.78 0.19 0.02
621_V 94_I 0.78 0.19 0.02
249_F 131_T 0.78 0.19 0.02
550_Q 159_L 0.78 0.19 0.02
59_T 287_S 0.78 0.19 0.02
115_S 228_L 0.77 0.19 0.02
126_I 49_F 0.77 0.19 0.02
84_S 134_H 0.77 0.19 0.02
128_K 40_Y 0.77 0.19 0.02
561_Y 282_H 0.77 0.19 0.02
640_K 299_A 0.77 0.19 0.02
57_I 214_V 0.77 0.19 0.02
410_D 17_L 0.77 0.19 0.02
66_A 153_W 0.77 0.19 0.02
139_D 230_T 0.77 0.19 0.02
426_V 14_A 0.77 0.18 0.02
618_M 18_F 0.77 0.18 0.02
13_K 197_W 0.77 0.18 0.02
468_L 52_F 0.77 0.18 0.02
432_T 99_E 0.77 0.18 0.02
110_M 208_Q 0.77 0.18 0.02
425_K 306_I 0.77 0.18 0.02
102_R 213_E 0.77 0.18 0.02
210_V 49_F 0.77 0.18 0.02
89_L 245_S 0.76 0.18 0.02
364_D 187_I 0.76 0.18 0.02
89_L 149_L 0.76 0.18 0.02
32_Y 128_T 0.76 0.18 0.02
207_L 300_A 0.76 0.18 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12032 1.06 BceBS_deltagene100 Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.48 Done - Shared
11911 0.98 BceBS Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.60 Done - Shared
10833 0.92 grampos2 Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.73 Done
10832 0.95 grampos Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.63 Done
3615 1.19 B-S Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3614 0.04 B-S Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
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