May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BamA_SurA
Genes: A B A+B
Length: 810 428 1151
Sequences: 1557 2689 856
Seq/Len: 1.92 6.28 0.74
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.60
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.04 0.00
5 0.02 0.04 0.01
10 0.02 0.04 0.01
20 0.02 0.04 0.06
100 0.02 0.06 0.22
∞ 0.04 0.20 0.69
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
188_F 71_M 1.54 0.71 0.01
341_V 42_V 1.37 0.58 0.00
260_I 96_L 1.36 0.57 0.00
89_K 368_P 1.32 0.54 0.00
577_T 189_S 1.17 0.41 0.00
737_F 41_D 1.17 0.41 0.00
31_F 189_S 1.16 0.40 0.00
341_V 249_T 1.16 0.40 0.00
733_V 181_I 1.14 0.39 0.00
258_V 364_Q 1.14 0.39 0.00
214_Y 37_V 1.08 0.34 0.00
780_L 377_L 1.08 0.34 0.00
362_D 74_L 1.08 0.34 0.00
226_L 382_D 1.05 0.32 0.00
29_I 355_D 1.05 0.31 0.00
97_I 371_S 1.04 0.31 0.00
352_I 307_L 1.04 0.31 0.00
772_I 96_L 1.03 0.30 0.00
226_L 285_V 1.01 0.29 0.00
352_I 77_D 1.01 0.29 0.00
338_R 279_N 1.01 0.28 0.00
77_V 92_S 1.00 0.28 0.00
802_F 122_G 1.00 0.28 0.00
271_V 112_D 1.00 0.28 0.00
75_V 309_Q 0.99 0.27 0.00
336_K 153_L 0.99 0.27 0.00
394_F 155_Q 0.99 0.27 0.00
667_T 194_E 0.99 0.27 0.00
288_T 68_H 0.99 0.27 0.00
535_S 312_A 0.98 0.27 0.00
296_Y 153_L 0.98 0.27 0.00
335_V 247_L 0.96 0.25 0.00
337_L 194_E 0.95 0.25 0.00
790_P 128_Y 0.95 0.24 0.00
414_V 102_N 0.95 0.24 0.00
489_L 189_S 0.95 0.24 0.00
43_L 89_V 0.95 0.24 0.00
400_T 415_Q 0.94 0.24 0.00
773_A 34_N 0.94 0.24 0.00
610_K 60_L 0.94 0.24 0.00
169_F 301_E 0.94 0.24 0.00
268_L 98_Q 0.94 0.24 0.00
414_V 213_G 0.93 0.24 0.00
294_E 193_N 0.93 0.23 0.00
26_V 391_A 0.93 0.23 0.00
652_F 416_E 0.93 0.23 0.00
633_T 96_L 0.92 0.23 0.00
165_L 410_A 0.92 0.23 0.00
595_L 37_V 0.92 0.23 0.00
426_F 312_A 0.92 0.23 0.00
62_T 88_G 0.91 0.22 0.00
456_V 58_Q 0.91 0.22 0.00
141_Y 305_V 0.91 0.22 0.00
29_I 327_E 0.90 0.22 0.00
337_L 48_S 0.90 0.22 0.00
774_L 365_M 0.90 0.22 0.00
256_V 377_L 0.90 0.21 0.00
260_I 322_A 0.90 0.21 0.00
124_S 287_A 0.90 0.21 0.00
122_G 339_G 0.90 0.21 0.00
393_G 86_K 0.89 0.21 0.00
389_L 69_Q 0.89 0.21 0.00
189_T 309_Q 0.89 0.21 0.00
239_N 382_D 0.89 0.21 0.00
428_F 58_Q 0.88 0.21 0.00
393_G 42_V 0.88 0.20 0.00
772_I 308_E 0.88 0.20 0.00
722_T 317_G 0.88 0.20 0.00
652_F 114_M 0.88 0.20 0.00
608_Y 66_L 0.87 0.20 0.00
301_V 384_R 0.87 0.20 0.00
458_I 378_I 0.87 0.20 0.00
231_L 368_P 0.87 0.20 0.00
190_T 362_K 0.87 0.20 0.00
283_E 385_N 0.87 0.20 0.00
186_H 193_N 0.87 0.20 0.00
256_V 312_A 0.86 0.19 0.00
454_Y 401_L 0.86 0.19 0.00
336_K 88_G 0.86 0.19 0.00
326_P 37_V 0.85 0.19 0.00
610_K 176_L 0.85 0.19 0.00
352_I 327_E 0.85 0.19 0.00
97_I 295_S 0.85 0.19 0.00
137_L 89_V 0.85 0.19 0.00
35_Q 340_D 0.85 0.19 0.00
241_D 114_M 0.85 0.19 0.00
26_V 377_L 0.85 0.19 0.00
513_V 94_E 0.85 0.19 0.00
85_L 181_I 0.84 0.18 0.00
432_Y 162_Q 0.84 0.18 0.00
478_F 176_L 0.84 0.18 0.00
652_F 59_Q 0.84 0.18 0.00
97_I 207_R 0.84 0.18 0.00
742_G 212_F 0.84 0.18 0.00
517_F 389_T 0.84 0.18 0.00
365_L 371_S 0.84 0.18 0.00
783_L 416_E 0.84 0.18 0.00
470_E 349_F 0.84 0.18 0.00
97_I 31_V 0.84 0.18 0.00
341_V 261_S 0.84 0.18 0.00
394_F 287_A 0.83 0.18 0.00
301_V 323_A 0.83 0.18 0.00
271_V 63_D 0.83 0.18 0.00
342_D 128_Y 0.83 0.18 0.00
452_T 38_L 0.83 0.18 0.00
167_L 401_L 0.83 0.18 0.00
308_I 152_I 0.83 0.18 0.00
55_N 91_I 0.83 0.18 0.00
519_I 386_V 0.83 0.18 0.00
338_R 390_D 0.82 0.17 0.00
741_M 352_A 0.82 0.17 0.00
197_F 411_A 0.82 0.17 0.00
240_I 337_Q 0.82 0.17 0.00
256_V 192_V 0.82 0.17 0.00
362_D 114_M 0.82 0.17 0.00
260_I 379_E 0.82 0.17 0.00
265_Q 54_A 0.82 0.17 0.00
165_L 173_E 0.82 0.17 0.00
652_F 395_D 0.82 0.17 0.00
511_T 190_D 0.82 0.17 0.00
612_T 247_L 0.82 0.17 0.00
733_V 96_L 0.82 0.17 0.00
84_L 45_L 0.81 0.17 0.00
84_L 303_A 0.81 0.17 0.00
61_N 313_D 0.81 0.17 0.00
165_L 310_I 0.81 0.17 0.00
413_D 291_L 0.81 0.17 0.00
334_T 367_A 0.81 0.17 0.00
444_V 188_T 0.81 0.17 0.00
48_V 405_K 0.81 0.17 0.00
226_L 304_R 0.81 0.17 0.00
806_I 96_L 0.81 0.17 0.00
271_V 175_N 0.81 0.17 0.00
94_I 100_I 0.80 0.16 0.00
429_G 114_M 0.80 0.16 0.00
260_I 94_E 0.80 0.16 0.00
169_F 308_E 0.80 0.16 0.00
180_I 391_A 0.80 0.16 0.00
358_D 136_M 0.80 0.16 0.00
791_F 380_L 0.80 0.16 0.00
189_T 89_V 0.79 0.16 0.00
169_F 98_Q 0.79 0.16 0.00
707_G 374_G 0.79 0.16 0.00
473_V 422_Y 0.79 0.16 0.00
167_L 421_A 0.79 0.16 0.00
337_L 75_I 0.79 0.16 0.00
413_D 338_G 0.79 0.16 0.00
290_I 206_A 0.79 0.16 0.00
600_T 69_Q 0.79 0.16 0.00
396_E 34_N 0.79 0.16 0.00
600_T 38_L 0.79 0.16 0.00
652_F 29_A 0.79 0.16 0.00
308_I 139_S 0.79 0.16 0.00
666_N 371_S 0.79 0.16 0.00
99_F 304_R 0.78 0.15 0.00
283_E 307_L 0.78 0.15 0.00
456_V 352_A 0.78 0.15 0.00
182_I 46_M 0.78 0.15 0.00
772_I 369_V 0.78 0.15 0.00
515_L 189_S 0.78 0.15 0.00
772_I 29_A 0.78 0.15 0.00
706_V 29_A 0.78 0.15 0.00
741_M 88_G 0.77 0.15 0.00
242_S 42_V 0.77 0.15 0.00
414_V 379_E 0.77 0.15 0.00
490_F 139_S 0.77 0.15 0.00
52_D 371_S 0.77 0.15 0.00
798_K 365_M 0.77 0.15 0.00
61_N 100_I 0.77 0.15 0.00
94_I 191_Q 0.77 0.15 0.00
805_N 363_G 0.77 0.15 0.00
284_I 188_T 0.77 0.15 0.00
369_M 93_D 0.77 0.15 0.00
783_L 160_L 0.77 0.15 0.00
152_K 66_L 0.77 0.15 0.00
218_K 333_G 0.77 0.15 0.00
621_I 89_V 0.77 0.15 0.00
303_K 47_Q 0.77 0.15 0.00
67_F 84_G 0.77 0.15 0.00
333_K 173_E 0.77 0.15 0.00
260_I 282_V 0.77 0.15 0.00
445_Q 35_G 0.77 0.15 0.00
333_K 257_G 0.76 0.15 0.00
48_V 40_S 0.76 0.15 0.00
527_A 304_R 0.76 0.15 0.00
536_L 113_Q 0.76 0.15 0.00
109_M 53_A 0.76 0.15 0.00
274_S 41_D 0.76 0.15 0.00
337_L 53_A 0.76 0.14 0.00
240_I 116_S 0.76 0.14 0.00
226_L 154_P 0.76 0.14 0.00
294_E 212_F 0.76 0.14 0.00
788_A 140_E 0.76 0.14 0.00
341_V 208_N 0.76 0.14 0.00
171_E 32_V 0.76 0.14 0.00
475_N 419_A 0.76 0.14 0.00
414_V 315_K 0.76 0.14 0.00
588_T 364_Q 0.76 0.14 0.00
42_A 179_I 0.76 0.14 0.00
646_M 158_E 0.76 0.14 0.00
523_N 339_G 0.76 0.14 0.00
638_G 40_S 0.76 0.14 0.00
226_L 41_D 0.75 0.14 0.00
535_S 42_V 0.75 0.14 0.00
308_I 34_N 0.75 0.14 0.00
320_P 70_I 0.75 0.14 0.00
188_F 30_A 0.75 0.14 0.00
402_T 117_R 0.75 0.14 0.00
766_I 324_A 0.75 0.14 0.00
54_V 153_L 0.75 0.14 0.00
400_T 380_L 0.75 0.14 0.00
614_D 29_A 0.75 0.14 0.00
228_S 125_Y 0.75 0.14 0.00
772_I 86_K 0.75 0.14 0.00
578_Y 43_D 0.75 0.14 0.00
290_I 52_N 0.75 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13890 0.07 BamA-SurA Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11993 0.74 BamA_SurA Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done
11452 0.24 BamA SurA Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done
Page generated in 0.368 seconds.