May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
SpFtsW PBP2x(N) Complex
Genes: A B A+B
Length: 409 400 750
Sequences: 3057 5636 1274
Seq/Len: 7.47 14.09 1.7
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.32
2 0.00 0.06 0.36
5 0.00 0.06 1.48
10 0.01 0.07 1.54
20 0.01 0.08 1.57
100 0.04 0.10 1.81
∞ 0.14 0.23 2.27
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
305_S 21_L 2.41 1.00 0.99
349_I 20_F 1.94 0.98 0.95
301_F 25_A 1.85 0.97 0.93
301_F 29_G 1.85 0.97 0.93
304_A 24_F 1.71 0.95 0.89
371_N 392_W 1.55 0.91 0.81
355_L 20_F 1.46 0.87 0.76
308_L 21_L 1.40 0.83 0.70
85_E 281_I 1.39 0.83 0.69
263_M 27_I 1.36 0.81 0.67
259_S 204_N 1.35 0.80 0.66
258_N 45_V 1.33 0.79 0.64
160_R 309_Y 1.28 0.75 0.59
355_L 19_I 1.22 0.70 0.53
346_F 20_F 1.20 0.69 0.51
308_L 20_F 1.20 0.68 0.51
268_W 29_G 1.20 0.68 0.50
88_L 281_I 1.19 0.67 0.49
57_S 327_A 1.18 0.66 0.48
371_N 329_D 1.16 0.65 0.47
346_F 199_M 1.14 0.62 0.44
180_T 237_D 1.13 0.62 0.43
286_A 384_E 1.12 0.61 0.42
205_A 236_M 1.11 0.59 0.41
74_N 120_Q 1.11 0.59 0.41
164_L 27_I 1.10 0.58 0.40
371_N 178_I 1.10 0.58 0.40
353_S 23_N 1.10 0.58 0.40
346_F 16_V 1.09 0.57 0.39
173_F 292_A 1.09 0.57 0.38
75_E 281_I 1.08 0.56 0.38
284_P 246_S 1.08 0.56 0.37
292_F 24_F 1.08 0.56 0.37
358_S 226_P 1.07 0.55 0.36
362_T 217_E 1.05 0.53 0.34
116_A 212_G 1.04 0.52 0.33
254_H 267_K 1.03 0.51 0.32
95_I 281_I 1.03 0.51 0.32
276_S 27_I 1.02 0.50 0.32
301_F 35_G 1.02 0.50 0.32
268_W 253_M 1.02 0.50 0.32
108_V 15_F 1.01 0.48 0.30
116_A 235_T 1.01 0.48 0.30
365_F 236_M 0.99 0.47 0.28
82_I 199_M 0.99 0.46 0.28
306_L 21_L 0.98 0.45 0.27
62_A 18_A 0.97 0.45 0.26
55_I 367_T 0.97 0.44 0.26
374_L 51_T 0.97 0.44 0.26
255_Q 377_N 0.97 0.44 0.26
363_F 399_F 0.96 0.43 0.25
122_I 237_D 0.96 0.43 0.25
120_K 59_I 0.95 0.43 0.25
288_T 295_K 0.95 0.42 0.24
179_A 253_M 0.94 0.42 0.24
353_S 322_M 0.94 0.42 0.24
242_F 382_L 0.94 0.41 0.23
276_S 365_M 0.94 0.41 0.23
76_R 329_D 0.93 0.41 0.23
309_A 394_D 0.93 0.40 0.22
106_I 208_A 0.93 0.40 0.22
207_V 150_L 0.93 0.40 0.22
292_F 15_F 0.92 0.39 0.22
359_T 376_S 0.92 0.39 0.21
58_L 245_I 0.91 0.39 0.21
206_L 155_V 0.91 0.38 0.21
50_Q 286_Q 0.91 0.38 0.20
244_N 20_F 0.91 0.38 0.20
116_A 364_R 0.90 0.37 0.20
306_L 199_M 0.90 0.37 0.20
341_M 322_M 0.90 0.37 0.20
15_I 278_T 0.90 0.37 0.20
52_I 291_D 0.90 0.37 0.20
321_V 20_F 0.90 0.37 0.20
383_V 167_S 0.90 0.37 0.20
312_F 17_F 0.89 0.37 0.19
168_G 206_I 0.89 0.37 0.19
194_G 28_I 0.89 0.36 0.19
52_I 273_L 0.89 0.36 0.19
309_A 237_D 0.89 0.36 0.19
206_L 14_V 0.89 0.36 0.19
337_V 275_S 0.89 0.36 0.19
235_V 379_G 0.88 0.35 0.18
17_Y 113_E 0.88 0.35 0.18
283_L 290_F 0.88 0.35 0.18
346_F 17_F 0.88 0.35 0.18
334_A 23_N 0.87 0.35 0.18
80_L 385_Q 0.87 0.34 0.18
212_V 18_A 0.87 0.34 0.18
106_I 37_D 0.87 0.34 0.18
168_G 23_N 0.87 0.34 0.18
382_F 247_S 0.87 0.34 0.17
350_G 20_F 0.87 0.34 0.17
308_L 278_T 0.86 0.34 0.17
218_I 135_G 0.86 0.34 0.17
56_V 210_T 0.86 0.33 0.17
361_V 392_W 0.86 0.33 0.17
337_V 255_T 0.86 0.33 0.17
18_L 277_K 0.86 0.33 0.17
329_F 309_Y 0.86 0.33 0.17
106_I 19_I 0.86 0.33 0.17
382_F 240_D 0.85 0.33 0.16
208_S 205_S 0.85 0.33 0.16
245_P 288_P 0.85 0.33 0.16
384_L 318_T 0.85 0.32 0.16
350_G 36_T 0.85 0.32 0.16
386_I 69_E 0.85 0.32 0.16
67_L 30_T 0.84 0.32 0.16
108_V 272_T 0.84 0.32 0.16
118_Y 142_N 0.84 0.32 0.16
131_F 224_I 0.84 0.32 0.16
72_L 275_S 0.84 0.32 0.16
195_I 255_T 0.84 0.32 0.15
123_I 278_T 0.84 0.31 0.15
146_L 67_I 0.84 0.31 0.15
13_I 68_A 0.84 0.31 0.15
314_M 178_I 0.84 0.31 0.15
311_L 274_V 0.83 0.31 0.15
33_S 203_L 0.83 0.31 0.15
113_I 52_V 0.83 0.31 0.15
45_Q 178_I 0.83 0.31 0.15
306_L 65_V 0.83 0.31 0.15
326_E 61_D 0.83 0.30 0.15
50_Q 15_F 0.83 0.30 0.15
294_I 216_Y 0.83 0.30 0.14
76_R 141_A 0.83 0.30 0.14
361_V 42_A 0.83 0.30 0.14
92_A 245_I 0.83 0.30 0.14
378_V 15_F 0.82 0.30 0.14
123_I 150_L 0.82 0.30 0.14
22_I 18_A 0.82 0.30 0.14
177_G 295_K 0.82 0.29 0.14
315_I 248_P 0.82 0.29 0.14
325_A 371_G 0.82 0.29 0.14
69_L 306_D 0.81 0.29 0.14
352_I 360_L 0.81 0.29 0.14
374_L 25_A 0.81 0.29 0.14
288_T 282_L 0.81 0.29 0.14
130_R 199_M 0.81 0.29 0.14
115_P 195_G 0.81 0.29 0.14
196_A 309_Y 0.81 0.29 0.14
233_G 240_D 0.81 0.29 0.13
117_E 195_G 0.81 0.29 0.13
111_V 204_N 0.81 0.28 0.13
175_D 292_A 0.81 0.28 0.13
61_I 309_Y 0.81 0.28 0.13
109_A 23_N 0.81 0.28 0.13
88_L 139_T 0.81 0.28 0.13
296_I 28_I 0.80 0.28 0.13
201_S 15_F 0.80 0.28 0.13
49_N 245_I 0.80 0.28 0.13
283_L 376_S 0.80 0.28 0.13
205_A 199_M 0.80 0.28 0.13
68_R 353_D 0.80 0.28 0.13
108_V 158_I 0.80 0.28 0.13
82_I 109_Y 0.80 0.28 0.13
146_L 139_T 0.80 0.28 0.13
354_G 181_A 0.80 0.28 0.13
386_I 22_V 0.80 0.28 0.13
68_R 73_S 0.80 0.28 0.13
342_L 13_S 0.80 0.27 0.12
68_R 366_M 0.79 0.27 0.12
337_V 232_S 0.79 0.27 0.12
274_G 377_N 0.79 0.27 0.12
318_I 388_G 0.79 0.27 0.12
372_S 165_N 0.79 0.27 0.12
18_L 14_V 0.79 0.27 0.12
117_E 331_N 0.79 0.27 0.12
342_L 70_D 0.79 0.27 0.12
161_F 81_D 0.79 0.27 0.12
243_F 234_R 0.79 0.27 0.12
122_I 221_L 0.79 0.27 0.12
368_Q 245_I 0.79 0.27 0.12
128_A 66_P 0.79 0.27 0.12
180_T 38_L 0.79 0.27 0.12
190_Y 284_T 0.78 0.27 0.12
52_I 236_M 0.78 0.27 0.12
318_I 249_L 0.78 0.26 0.12
63_L 128_Q 0.78 0.26 0.12
116_A 291_D 0.78 0.26 0.12
329_F 43_K 0.78 0.26 0.12
165_V 265_K 0.78 0.26 0.12
344_Q 323_M 0.78 0.26 0.12
333_V 202_S 0.78 0.26 0.11
202_T 262_E 0.78 0.26 0.11
111_V 309_Y 0.78 0.26 0.11
205_A 16_V 0.78 0.26 0.11
235_V 314_E 0.78 0.26 0.11
203_I 108_K 0.77 0.26 0.11
293_S 308_L 0.77 0.26 0.11
330_N 244_T 0.77 0.26 0.11
351_G 238_G 0.77 0.25 0.11
166_L 392_W 0.77 0.25 0.11
331_A 55_K 0.77 0.25 0.11
48_R 394_D 0.77 0.25 0.11
276_S 335_G 0.77 0.25 0.11
371_N 240_D 0.76 0.25 0.11
121_I 332_T 0.76 0.25 0.11
164_L 84_Y 0.76 0.25 0.11
24_G 8_S 0.76 0.24 0.11
116_A 293_D 0.76 0.24 0.11
104_G 293_D 0.76 0.24 0.10
36_L 318_T 0.76 0.24 0.10
189_M 392_W 0.76 0.24 0.10
184_L 150_L 0.76 0.24 0.10
119_L 114_E 0.76 0.24 0.10
99_V 291_D 0.76 0.24 0.10
111_V 76_V 0.76 0.24 0.10
31_T 137_G 0.76 0.24 0.10
123_I 21_L 0.76 0.24 0.10
176_L 107_H 0.75 0.24 0.10
188_I 62_R 0.75 0.24 0.10
359_T 366_M 0.75 0.24 0.10
71_F 199_M 0.75 0.24 0.10
215_L 27_I 0.75 0.24 0.10
23_L 65_V 0.75 0.24 0.10
295_V 150_L 0.75 0.24 0.10
341_M 257_M 0.75 0.24 0.10
333_V 27_I 0.75 0.24 0.10
320_L 234_R 0.75 0.24 0.10
78_I 309_Y 0.75 0.24 0.10
164_L 14_V 0.75 0.24 0.10
130_R 172_Q 0.75 0.23 0.10
309_A 114_E 0.74 0.23 0.10
196_A 54_A 0.74 0.23 0.10
15_I 269_M 0.74 0.23 0.10
190_Y 205_S 0.74 0.23 0.10
112_T 113_E 0.74 0.23 0.10
306_L 281_I 0.74 0.23 0.10
294_I 337_E 0.74 0.23 0.10
358_S 46_H 0.74 0.23 0.10
268_W 394_D 0.74 0.23 0.10
362_T 268_Y 0.74 0.23 0.10
82_I 245_I 0.74 0.23 0.10
76_R 276_A 0.74 0.23 0.09
264_V 38_L 0.74 0.23 0.09
255_Q 163_S 0.74 0.23 0.09
292_F 163_S 0.74 0.23 0.09
192_V 20_F 0.74 0.23 0.09
378_V 211_D 0.73 0.23 0.09
18_L 334_P 0.73 0.23 0.09
349_I 50_R 0.73 0.22 0.09
333_V 392_W 0.73 0.22 0.09
17_Y 281_I 0.73 0.22 0.09
45_Q 277_K 0.73 0.22 0.09
292_F 165_N 0.73 0.22 0.09
128_A 322_M 0.73 0.22 0.09
180_T 336_G 0.73 0.22 0.09
106_I 329_D 0.73 0.22 0.09
28_V 379_G 0.73 0.22 0.09
375_V 267_K 0.73 0.22 0.09
165_V 124_P 0.72 0.22 0.09
268_W 150_L 0.72 0.22 0.09
175_D 28_I 0.72 0.22 0.09
52_I 119_E 0.72 0.22 0.09
387_D 392_W 0.72 0.22 0.09
243_F 323_M 0.72 0.22 0.09
373_L 327_A 0.72 0.22 0.09
9_L 178_I 0.72 0.22 0.09
332_M 54_A 0.72 0.21 0.09
22_I 22_V 0.72 0.21 0.09
268_W 141_A 0.72 0.21 0.09
365_F 72_T 0.72 0.21 0.09
353_S 140_Y 0.72 0.21 0.09
92_A 328_I 0.72 0.21 0.09
322_G 160_F 0.72 0.21 0.09
177_G 28_I 0.72 0.21 0.09
61_I 177_F 0.72 0.21 0.08
126_Y 286_Q 0.72 0.21 0.08
118_Y 338_V 0.71 0.21 0.08
272_G 282_L 0.71 0.21 0.08
235_V 266_G 0.71 0.21 0.08
188_I 75_N 0.71 0.21 0.08
81_V 210_T 0.71 0.21 0.08
387_D 137_G 0.71 0.21 0.08
165_V 262_E 0.71 0.21 0.08
324_R 245_I 0.71 0.21 0.08
86_M 113_E 0.71 0.21 0.08
356_I 27_I 0.71 0.21 0.08
387_D 383_L 0.71 0.21 0.08
190_Y 275_S 0.71 0.21 0.08
261_F 38_L 0.71 0.21 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.6011 seconds.