May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
SpFtsW PBP2x Complex
Genes: A B A+B
Length: 409 730 974
Sequences: 3057 1124 306
Seq/Len: 7.47 1.54 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.15 0.01
2 0.00 0.16 0.02
5 0.00 0.16 0.25
10 0.01 0.16 0.26
20 0.01 0.16 0.27
100 0.04 0.16 0.37
∞ 0.14 0.22 0.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
26_I 278_T 1.57 0.47 0.00
382_F 461_S 1.56 0.46 0.00
288_T 295_K 1.55 0.46 0.00
174_P 222_G 1.46 0.40 0.00
361_V 592_S 1.43 0.38 0.00
362_T 433_G 1.38 0.35 0.00
341_M 17_F 1.37 0.34 0.00
58_L 367_T 1.36 0.33 0.00
192_V 429_S 1.35 0.33 0.00
124_I 401_F 1.35 0.33 0.00
72_L 560_N 1.33 0.32 0.00
23_L 163_S 1.30 0.30 0.00
207_V 346_I 1.30 0.30 0.00
122_I 595_K 1.29 0.30 0.00
124_I 240_D 1.29 0.29 0.00
177_G 295_K 1.28 0.29 0.00
174_P 79_V 1.27 0.28 0.00
192_V 495_M 1.24 0.27 0.00
332_M 181_A 1.23 0.26 0.00
46_L 175_S 1.23 0.26 0.00
16_P 471_A 1.22 0.26 0.00
242_F 401_F 1.22 0.26 0.00
273_L 519_V 1.21 0.25 0.00
309_A 322_M 1.21 0.25 0.00
125_W 525_A 1.20 0.24 0.00
133_K 178_I 1.19 0.24 0.00
193_S 276_A 1.19 0.24 0.00
165_V 352_R 1.18 0.24 0.00
26_I 121_L 1.18 0.24 0.00
173_F 199_M 1.18 0.24 0.00
269_F 569_V 1.18 0.23 0.00
293_S 370_Q 1.17 0.23 0.00
108_V 237_D 1.16 0.23 0.00
46_L 522_Q 1.16 0.23 0.00
373_L 243_T 1.16 0.23 0.00
128_A 214_I 1.16 0.23 0.00
46_L 584_A 1.16 0.22 0.00
124_I 175_S 1.15 0.22 0.00
352_I 362_G 1.15 0.22 0.00
17_Y 290_F 1.15 0.22 0.00
255_Q 163_S 1.14 0.22 0.00
243_F 234_R 1.13 0.21 0.00
116_A 106_F 1.13 0.21 0.00
113_I 549_I 1.12 0.21 0.00
104_G 216_Y 1.12 0.21 0.00
372_S 368_F 1.12 0.21 0.00
146_L 553_V 1.11 0.21 0.00
365_F 409_L 1.11 0.21 0.00
307_I 625_S 1.11 0.20 0.00
293_S 641_I 1.10 0.20 0.00
307_I 409_L 1.10 0.20 0.00
23_L 138_I 1.10 0.20 0.00
31_T 318_T 1.10 0.20 0.00
361_V 392_W 1.09 0.20 0.00
113_I 38_L 1.09 0.20 0.00
302_V 245_I 1.08 0.19 0.00
15_I 456_E 1.07 0.19 0.00
301_F 451_D 1.07 0.19 0.00
193_S 490_L 1.07 0.19 0.00
104_G 135_G 1.06 0.18 0.00
189_M 114_E 1.06 0.18 0.00
25_L 613_Q 1.06 0.18 0.00
31_T 623_D 1.05 0.18 0.00
171_G 587_I 1.05 0.18 0.00
314_M 178_I 1.05 0.18 0.00
265_N 70_D 1.05 0.18 0.00
308_L 275_S 1.05 0.18 0.00
128_A 283_A 1.04 0.18 0.00
122_I 237_D 1.04 0.18 0.00
328_P 199_M 1.04 0.18 0.00
293_S 308_L 1.04 0.17 0.00
118_Y 251_S 1.04 0.17 0.00
234_Y 437_T 1.04 0.17 0.00
205_A 15_F 1.04 0.17 0.00
56_V 104_E 1.03 0.17 0.00
345_V 550_F 1.03 0.17 0.00
307_I 36_T 1.03 0.17 0.00
49_N 460_I 1.03 0.17 0.00
362_T 428_S 1.03 0.17 0.00
366_L 271_A 1.02 0.17 0.00
189_M 155_V 1.02 0.17 0.00
293_S 584_A 1.02 0.17 0.00
268_W 495_M 1.02 0.17 0.00
86_M 525_A 1.02 0.17 0.00
168_G 199_M 1.02 0.17 0.00
253_G 157_G 1.02 0.17 0.00
307_I 305_R 1.02 0.17 0.00
51_G 35_G 1.02 0.17 0.00
281_G 180_L 1.02 0.17 0.00
131_F 171_G 1.01 0.17 0.00
276_S 430_F 1.01 0.16 0.00
294_I 410_T 1.01 0.16 0.00
363_F 552_A 1.01 0.16 0.00
197_Y 171_G 1.01 0.16 0.00
181_I 291_D 1.00 0.16 0.00
187_L 14_V 1.00 0.16 0.00
346_F 284_T 1.00 0.16 0.00
234_Y 432_Q 0.99 0.16 0.00
187_L 102_V 0.99 0.16 0.00
341_M 243_T 0.99 0.16 0.00
33_S 203_L 0.99 0.16 0.00
101_G 549_I 0.99 0.16 0.00
190_Y 245_I 0.99 0.16 0.00
27_V 495_M 0.99 0.16 0.00
193_S 147_K 0.98 0.15 0.00
356_I 459_F 0.98 0.15 0.00
268_W 445_F 0.98 0.15 0.00
189_M 471_A 0.98 0.15 0.00
56_V 459_F 0.98 0.15 0.00
284_P 157_G 0.98 0.15 0.00
236_A 579_Q 0.98 0.15 0.00
54_W 556_S 0.98 0.15 0.00
194_G 28_I 0.98 0.15 0.00
128_A 177_F 0.98 0.15 0.00
294_I 516_T 0.97 0.15 0.00
265_N 363_G 0.97 0.15 0.00
293_S 579_Q 0.97 0.15 0.00
137_E 27_I 0.97 0.15 0.00
363_F 400_K 0.96 0.15 0.00
316_L 23_N 0.96 0.15 0.00
191_T 27_I 0.96 0.14 0.00
268_W 146_I 0.96 0.14 0.00
179_A 434_I 0.95 0.14 0.00
80_L 581_G 0.95 0.14 0.00
61_I 177_F 0.95 0.14 0.00
335_L 20_F 0.95 0.14 0.00
127_L 278_T 0.95 0.14 0.00
200_F 367_T 0.95 0.14 0.00
205_A 407_F 0.95 0.14 0.00
200_F 175_S 0.95 0.14 0.00
320_L 206_I 0.95 0.14 0.00
212_V 278_T 0.95 0.14 0.00
306_L 367_T 0.95 0.14 0.00
314_M 71_A 0.94 0.14 0.00
301_F 569_V 0.94 0.14 0.00
169_S 372_F 0.94 0.14 0.00
47_V 120_Q 0.94 0.14 0.00
124_I 138_I 0.94 0.14 0.00
25_L 649_I 0.94 0.14 0.00
125_W 451_D 0.94 0.14 0.00
362_T 217_E 0.94 0.14 0.00
325_A 490_L 0.94 0.14 0.00
121_I 649_I 0.94 0.14 0.00
83_L 178_I 0.94 0.14 0.00
124_I 51_T 0.93 0.14 0.00
49_N 592_S 0.93 0.14 0.00
18_L 322_M 0.93 0.14 0.00
247_A 518_T 0.93 0.14 0.00
329_F 480_G 0.93 0.14 0.00
244_N 158_I 0.93 0.14 0.00
368_Q 342_S 0.93 0.14 0.00
226_F 575_Y 0.93 0.13 0.00
349_I 23_N 0.93 0.13 0.00
74_N 104_E 0.93 0.13 0.00
122_I 562_D 0.92 0.13 0.00
44_L 285_T 0.92 0.13 0.00
174_P 48_T 0.92 0.13 0.00
176_L 67_I 0.92 0.13 0.00
104_G 568_T 0.92 0.13 0.00
373_L 54_A 0.92 0.13 0.00
307_I 615_P 0.92 0.13 0.00
34_A 307_I 0.92 0.13 0.00
43_A 456_E 0.92 0.13 0.00
296_I 488_A 0.92 0.13 0.00
253_G 314_E 0.92 0.13 0.00
193_S 497_L 0.92 0.13 0.00
273_L 13_S 0.91 0.13 0.00
365_F 113_E 0.91 0.13 0.00
57_S 388_G 0.91 0.13 0.00
330_N 406_R 0.91 0.13 0.00
69_L 410_T 0.91 0.13 0.00
372_S 35_G 0.91 0.13 0.00
63_L 281_I 0.91 0.13 0.00
386_I 632_E 0.91 0.13 0.00
72_L 564_I 0.91 0.13 0.00
55_I 464_Y 0.91 0.13 0.00
14_L 486_D 0.91 0.13 0.00
276_S 27_I 0.91 0.13 0.00
31_T 137_G 0.91 0.13 0.00
322_G 565_L 0.91 0.13 0.00
33_S 154_E 0.91 0.13 0.00
314_M 176_S 0.90 0.13 0.00
382_F 309_Y 0.90 0.13 0.00
187_L 325_A 0.90 0.13 0.00
104_G 311_S 0.90 0.13 0.00
269_F 165_N 0.90 0.13 0.00
102_A 177_F 0.90 0.13 0.00
306_L 15_F 0.90 0.13 0.00
337_V 565_L 0.90 0.13 0.00
25_L 655_E 0.90 0.13 0.00
316_L 413_Y 0.90 0.13 0.00
123_I 332_T 0.90 0.13 0.00
350_G 20_F 0.90 0.12 0.00
189_M 392_W 0.90 0.12 0.00
47_V 290_F 0.90 0.12 0.00
164_L 642_V 0.89 0.12 0.00
177_G 341_S 0.89 0.12 0.00
25_L 650_K 0.89 0.12 0.00
52_I 327_A 0.89 0.12 0.00
173_F 292_A 0.89 0.12 0.00
189_M 562_D 0.89 0.12 0.00
20_L 489_S 0.89 0.12 0.00
345_V 549_I 0.89 0.12 0.00
29_Y 532_Q 0.89 0.12 0.00
347_V 460_I 0.89 0.12 0.00
175_D 74_Y 0.89 0.12 0.00
380_V 71_A 0.89 0.12 0.00
281_G 629_L 0.89 0.12 0.00
293_S 275_S 0.88 0.12 0.00
365_F 21_L 0.88 0.12 0.00
313_F 483_V 0.88 0.12 0.00
254_H 370_Q 0.88 0.12 0.00
200_F 565_L 0.88 0.12 0.00
386_I 365_M 0.88 0.12 0.00
67_L 100_N 0.88 0.12 0.00
334_A 257_M 0.88 0.12 0.00
187_L 34_F 0.88 0.12 0.00
126_Y 421_N 0.88 0.12 0.00
372_S 496_V 0.88 0.12 0.00
197_Y 476_K 0.88 0.12 0.00
330_N 408_G 0.88 0.12 0.00
345_V 430_F 0.88 0.12 0.00
295_V 73_S 0.88 0.12 0.00
88_L 470_T 0.88 0.12 0.00
295_V 51_T 0.88 0.12 0.00
173_F 577_G 0.87 0.12 0.00
291_V 487_A 0.87 0.12 0.00
132_S 442_I 0.87 0.12 0.00
104_G 70_D 0.87 0.12 0.00
104_G 566_Y 0.87 0.12 0.00
377_S 581_G 0.87 0.12 0.00
34_A 68_A 0.87 0.12 0.00
365_F 43_K 0.87 0.12 0.00
170_L 288_P 0.87 0.12 0.00
265_N 216_Y 0.87 0.12 0.00
338_G 217_E 0.87 0.12 0.00
75_E 240_D 0.87 0.12 0.00
255_Q 271_A 0.87 0.12 0.00
46_L 66_P 0.87 0.12 0.00
352_I 363_G 0.87 0.12 0.00
113_I 423_V 0.87 0.12 0.00
207_V 269_M 0.87 0.12 0.00
353_S 38_L 0.87 0.12 0.00
23_L 17_F 0.87 0.12 0.00
29_Y 313_Y 0.87 0.12 0.00
114_Q 200_E 0.87 0.12 0.00
47_V 331_N 0.87 0.12 0.00
235_V 266_G 0.87 0.12 0.00
318_I 582_E 0.86 0.12 0.00
89_L 525_A 0.86 0.12 0.00
18_L 627_G 0.86 0.12 0.00
13_I 366_M 0.86 0.12 0.00
25_L 513_G 0.86 0.12 0.00
354_G 415_G 0.86 0.12 0.00
314_M 556_S 0.86 0.12 0.00
299_F 596_D 0.86 0.12 0.00
138_I 138_I 0.86 0.12 0.00
382_F 280_E 0.86 0.12 0.00
235_V 531_A 0.86 0.12 0.00
309_A 181_A 0.86 0.11 0.00
55_I 154_E 0.86 0.11 0.00
292_F 395_Y 0.86 0.11 0.00
371_N 332_T 0.86 0.11 0.00
282_Y 443_R 0.86 0.11 0.00
301_F 313_Y 0.86 0.11 0.00
183_V 290_F 0.86 0.11 0.00
371_N 579_Q 0.85 0.11 0.00
335_L 113_E 0.85 0.11 0.00
293_S 204_N 0.85 0.11 0.00
349_I 213_I 0.85 0.11 0.00
81_V 471_A 0.85 0.11 0.00
301_F 29_G 0.85 0.11 0.00
208_S 447_A 0.85 0.11 0.00
273_L 177_F 0.85 0.11 0.00
88_L 309_Y 0.85 0.11 0.00
262_A 212_G 0.85 0.11 0.00
339_G 215_T 0.85 0.11 0.00
73_R 414_A 0.85 0.11 0.00
288_T 163_S 0.85 0.11 0.00
301_F 257_M 0.85 0.11 0.00
88_L 391_T 0.84 0.11 0.00
43_A 278_T 0.84 0.11 0.00
356_I 475_Q 0.84 0.11 0.00
293_S 36_T 0.84 0.11 0.00
23_L 484_S 0.84 0.11 0.00
346_F 16_V 0.84 0.11 0.00
293_S 367_T 0.84 0.11 0.00
282_Y 245_I 0.84 0.11 0.00
175_D 79_V 0.84 0.11 0.00
55_I 595_K 0.84 0.11 0.00
71_F 587_I 0.84 0.11 0.00
321_V 113_E 0.84 0.11 0.00
49_N 585_N 0.84 0.11 0.00
46_L 368_F 0.84 0.11 0.00
185_V 20_F 0.84 0.11 0.00
259_S 42_A 0.84 0.11 0.00
386_I 546_T 0.84 0.11 0.00
174_P 307_I 0.84 0.11 0.00
294_I 277_K 0.84 0.11 0.00
127_L 142_N 0.84 0.11 0.00
46_L 26_V 0.84 0.11 0.00
329_F 199_M 0.84 0.11 0.00
189_M 414_A 0.84 0.11 0.00
190_Y 117_V 0.84 0.11 0.00
342_L 146_I 0.84 0.11 0.00
17_Y 75_N 0.84 0.11 0.00
9_L 118_R 0.84 0.11 0.00
69_L 409_L 0.84 0.11 0.00
388_A 67_I 0.83 0.11 0.00
380_V 350_T 0.83 0.11 0.00
191_T 189_G 0.83 0.11 0.00
334_A 327_A 0.83 0.11 0.00
126_Y 305_R 0.83 0.11 0.00
291_V 225_V 0.83 0.11 0.00
384_L 306_D 0.83 0.11 0.00
14_L 456_E 0.83 0.11 0.00
302_V 117_V 0.83 0.11 0.00
311_L 155_V 0.83 0.11 0.00
296_I 593_A 0.83 0.11 0.00
119_L 528_S 0.83 0.11 0.00
104_G 293_D 0.83 0.11 0.00
26_I 21_L 0.83 0.11 0.00
137_E 38_L 0.82 0.11 0.00
202_T 19_I 0.82 0.11 0.00
305_S 514_K 0.82 0.11 0.00
191_T 73_S 0.82 0.11 0.00
285_E 432_Q 0.82 0.11 0.00
190_Y 284_T 0.82 0.10 0.00
232_F 371_G 0.82 0.10 0.00
23_L 170_N 0.82 0.10 0.00
368_Q 329_D 0.82 0.10 0.00
128_A 24_F 0.82 0.10 0.00
293_S 567_V 0.82 0.10 0.00
318_I 327_A 0.82 0.10 0.00
34_A 567_V 0.82 0.10 0.00
269_F 648_K 0.82 0.10 0.00
323_I 79_V 0.82 0.10 0.00
162_V 290_F 0.82 0.10 0.00
358_S 541_Y 0.82 0.10 0.00
372_S 303_V 0.82 0.10 0.00
352_I 38_L 0.82 0.10 0.00
309_A 486_D 0.82 0.10 0.00
186_S 495_M 0.82 0.10 0.00
212_V 345_K 0.82 0.10 0.00
255_Q 377_N 0.82 0.10 0.00
283_L 80_I 0.82 0.10 0.00
200_F 403_V 0.82 0.10 0.00
292_F 378_V 0.82 0.10 0.00
286_A 46_H 0.82 0.10 0.00
192_V 549_I 0.82 0.10 0.00
164_L 275_S 0.82 0.10 0.00
17_Y 113_E 0.82 0.10 0.00
108_V 635_R 0.82 0.10 0.00
25_L 381_T 0.82 0.10 0.00
199_W 514_K 0.82 0.10 0.00
46_L 554_S 0.82 0.10 0.00
386_I 367_T 0.82 0.10 0.00
273_L 491_T 0.82 0.10 0.00
190_Y 620_S 0.81 0.10 0.00
321_V 175_S 0.81 0.10 0.00
255_Q 533_I 0.81 0.10 0.00
82_I 391_T 0.81 0.10 0.00
302_V 143_M 0.81 0.10 0.00
314_M 524_V 0.81 0.10 0.00
332_M 569_V 0.81 0.10 0.00
165_V 14_V 0.81 0.10 0.00
37_I 653_S 0.81 0.10 0.00
13_I 242_Y 0.81 0.10 0.00
321_V 649_I 0.81 0.10 0.00
293_S 108_K 0.81 0.10 0.00
25_L 313_Y 0.81 0.10 0.00
115_P 314_E 0.81 0.10 0.00
334_A 76_V 0.81 0.10 0.00
287_H 217_E 0.81 0.10 0.00
165_V 204_N 0.81 0.10 0.00
25_L 175_S 0.81 0.10 0.00
80_L 269_M 0.81 0.10 0.00
351_G 495_M 0.81 0.10 0.00
206_L 155_V 0.81 0.10 0.00
323_I 160_F 0.81 0.10 0.00
337_V 408_G 0.81 0.10 0.00
285_E 378_V 0.81 0.10 0.00
316_L 102_V 0.81 0.10 0.00
88_L 128_Q 0.81 0.10 0.00
315_I 413_Y 0.81 0.10 0.00
313_F 649_I 0.81 0.10 0.00
315_I 651_N 0.81 0.10 0.00
73_R 146_I 0.81 0.10 0.00
337_V 387_M 0.81 0.10 0.00
176_L 216_Y 0.81 0.10 0.00
200_F 334_P 0.81 0.10 0.00
382_F 277_K 0.81 0.10 0.00
325_A 20_F 0.81 0.10 0.00
302_V 107_H 0.81 0.10 0.00
301_F 516_T 0.81 0.10 0.00
276_S 404_P 0.81 0.10 0.00
100_N 617_P 0.80 0.10 0.00
80_L 587_I 0.80 0.10 0.00
321_V 145_S 0.80 0.10 0.00
58_L 345_K 0.80 0.10 0.00
38_E 285_T 0.80 0.10 0.00
256_L 657_G 0.80 0.10 0.00
182_L 442_I 0.80 0.10 0.00
251_D 488_A 0.80 0.10 0.00
291_V 326_A 0.80 0.10 0.00
21_S 411_D 0.80 0.10 0.00
104_G 304_W 0.80 0.10 0.00
288_T 75_N 0.80 0.10 0.00
267_G 457_P 0.80 0.10 0.00
167_I 274_V 0.80 0.10 0.00
183_V 383_L 0.80 0.10 0.00
343_V 322_M 0.80 0.10 0.00
343_V 587_I 0.80 0.10 0.00
306_L 138_I 0.80 0.10 0.00
290_F 582_E 0.80 0.10 0.00
264_V 67_I 0.80 0.10 0.00
21_S 649_I 0.80 0.10 0.00
104_G 308_L 0.80 0.10 0.00
349_I 491_T 0.80 0.10 0.00
273_L 23_N 0.80 0.10 0.00
301_F 24_F 0.80 0.10 0.00
117_E 351_I 0.79 0.10 0.00
247_A 175_S 0.79 0.10 0.00
349_I 204_N 0.79 0.10 0.00
315_I 147_K 0.79 0.10 0.00
189_M 247_S 0.79 0.10 0.00
263_M 488_A 0.79 0.10 0.00
23_L 199_M 0.79 0.10 0.00
301_F 511_S 0.79 0.10 0.00
355_L 448_I 0.79 0.10 0.00
131_F 553_V 0.79 0.10 0.00
233_G 362_G 0.79 0.10 0.00
116_A 68_A 0.79 0.10 0.00
265_N 135_G 0.79 0.10 0.00
72_L 114_E 0.79 0.10 0.00
137_E 49_T 0.79 0.10 0.00
378_V 394_D 0.79 0.10 0.00
380_V 638_V 0.79 0.10 0.00
74_N 120_Q 0.79 0.10 0.00
124_I 483_V 0.79 0.10 0.00
311_L 549_I 0.79 0.10 0.00
382_F 76_V 0.79 0.10 0.00
343_V 15_F 0.79 0.10 0.00
106_I 298_I 0.79 0.10 0.00
190_Y 491_T 0.79 0.10 0.00
371_N 656_E 0.79 0.10 0.00
101_G 531_A 0.79 0.10 0.00
305_S 155_V 0.79 0.10 0.00
84_I 549_I 0.79 0.10 0.00
124_I 465_D 0.79 0.10 0.00
56_V 114_E 0.78 0.10 0.00
48_R 325_A 0.78 0.10 0.00
321_V 20_F 0.78 0.10 0.00
359_T 368_F 0.78 0.10 0.00
311_L 468_D 0.78 0.10 0.00
21_S 242_Y 0.78 0.10 0.00
47_V 262_E 0.78 0.10 0.00
63_L 489_S 0.78 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2515 seconds.