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OPENSEQ.org
JetD I BD
Genes: A B A+B
Length: 197 409 588
Sequences: 124 118 71
Seq/Len: 0.63 0.29 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.12
5 0.00 0.00 0.12
10 0.00 0.00 0.12
20 0.00 0.00 0.12
100 0.01 0.01 0.12
∞ 0.02 0.03 0.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
48_L 393_L 1.79 0.35 0.00
48_L 271_M 1.59 0.27 0.00
135_I 14_K 1.41 0.20 0.00
140_Q 326_L 1.38 0.19 0.00
21_S 273_I 1.36 0.18 0.00
15_V 270_I 1.36 0.18 0.00
160_H 45_Y 1.35 0.18 0.00
88_L 68_K 1.30 0.16 0.00
53_W 323_Y 1.30 0.16 0.00
39_R 297_F 1.29 0.16 0.00
166_L 372_K 1.29 0.16 0.00
53_W 369_Y 1.26 0.15 0.00
86_L 329_G 1.25 0.15 0.00
14_I 182_G 1.24 0.15 0.00
79_K 192_Q 1.23 0.14 0.00
89_R 88_L 1.23 0.14 0.00
174_L 277_T 1.23 0.14 0.00
127_T 18_S 1.23 0.14 0.00
10_E 393_L 1.21 0.14 0.00
44_I 169_D 1.21 0.14 0.00
30_E 277_T 1.19 0.13 0.00
46_Q 297_F 1.19 0.13 0.00
48_L 5_S 1.18 0.13 0.00
102_S 388_L 1.16 0.13 0.00
87_V 195_L 1.16 0.13 0.00
10_E 133_E 1.15 0.12 0.00
156_F 93_I 1.15 0.12 0.00
149_I 158_V 1.15 0.12 0.00
153_D 371_E 1.14 0.12 0.00
42_D 108_K 1.14 0.12 0.00
25_L 252_L 1.14 0.12 0.00
127_T 361_Y 1.14 0.12 0.00
115_K 14_K 1.12 0.12 0.00
24_F 68_K 1.12 0.12 0.00
50_V 116_L 1.12 0.12 0.00
87_V 257_I 1.12 0.12 0.00
48_L 92_F 1.11 0.12 0.00
39_R 218_G 1.11 0.12 0.00
79_K 173_K 1.09 0.11 0.00
48_L 397_K 1.09 0.11 0.00
37_A 129_Q 1.09 0.11 0.00
50_V 388_L 1.08 0.11 0.00
112_I 345_L 1.07 0.11 0.00
136_G 100_A 1.06 0.11 0.00
19_L 185_K 1.06 0.11 0.00
19_L 230_G 1.06 0.11 0.00
19_L 274_E 1.06 0.11 0.00
19_L 275_N 1.06 0.11 0.00
19_L 296_G 1.06 0.11 0.00
19_L 325_D 1.06 0.11 0.00
19_L 327_D 1.06 0.11 0.00
19_L 330_G 1.06 0.11 0.00
52_G 272_L 1.06 0.10 0.00
82_T 276_M 1.05 0.10 0.00
48_L 193_N 1.05 0.10 0.00
162_C 229_K 1.05 0.10 0.00
30_E 300_K 1.05 0.10 0.00
159_F 394_K 1.05 0.10 0.00
66_I 236_V 1.04 0.10 0.00
42_D 98_R 1.04 0.10 0.00
23_N 214_L 1.03 0.10 0.00
124_V 96_A 1.03 0.10 0.00
44_I 396_K 1.03 0.10 0.00
14_I 399_V 1.03 0.10 0.00
141_L 273_I 1.02 0.10 0.00
31_R 279_Y 1.01 0.10 0.00
132_L 249_G 1.01 0.10 0.00
74_R 16_E 1.00 0.09 0.00
159_F 306_L 1.00 0.09 0.00
94_E 295_G 1.00 0.09 0.00
105_P 101_G 1.00 0.09 0.00
24_F 7_I 0.99 0.09 0.00
12_M 336_Y 0.99 0.09 0.00
40_N 288_N 0.99 0.09 0.00
153_D 15_Y 0.99 0.09 0.00
25_L 161_L 0.99 0.09 0.00
78_K 35_F 0.99 0.09 0.00
153_D 364_E 0.99 0.09 0.00
30_E 86_V 0.99 0.09 0.00
94_E 191_I 0.98 0.09 0.00
12_M 326_L 0.98 0.09 0.00
142_L 80_N 0.98 0.09 0.00
165_V 7_I 0.98 0.09 0.00
136_G 278_T 0.98 0.09 0.00
137_K 141_N 0.98 0.09 0.00
115_K 32_Q 0.98 0.09 0.00
26_L 155_E 0.98 0.09 0.00
86_L 252_L 0.98 0.09 0.00
48_L 165_E 0.97 0.09 0.00
73_H 331_I 0.97 0.09 0.00
159_F 333_I 0.97 0.09 0.00
18_Y 309_L 0.97 0.09 0.00
34_Y 350_M 0.97 0.09 0.00
2_Q 184_T 0.97 0.09 0.00
102_S 320_V 0.97 0.09 0.00
109_L 331_I 0.97 0.09 0.00
160_H 385_W 0.97 0.09 0.00
91_I 157_L 0.97 0.09 0.00
159_F 335_E 0.97 0.09 0.00
129_L 355_Y 0.96 0.09 0.00
135_I 287_N 0.96 0.09 0.00
29_F 305_L 0.96 0.09 0.00
19_L 400_E 0.96 0.09 0.00
19_L 401_Q 0.96 0.09 0.00
19_L 402_E 0.96 0.09 0.00
63_C 96_A 0.96 0.09 0.00
90_L 351_D 0.96 0.09 0.00
142_L 202_Y 0.96 0.09 0.00
19_L 177_S 0.95 0.09 0.00
131_E 77_W 0.95 0.09 0.00
30_E 89_Q 0.95 0.09 0.00
112_I 198_I 0.95 0.09 0.00
77_L 69_I 0.95 0.09 0.00
141_L 293_Y 0.95 0.09 0.00
89_R 295_G 0.95 0.09 0.00
49_Q 125_E 0.95 0.09 0.00
132_L 93_I 0.95 0.09 0.00
29_F 7_I 0.95 0.09 0.00
162_C 269_S 0.95 0.09 0.00
68_S 302_V 0.95 0.09 0.00
152_D 219_I 0.95 0.09 0.00
66_I 229_K 0.95 0.09 0.00
119_F 355_Y 0.95 0.09 0.00
99_L 392_M 0.95 0.09 0.00
20_F 337_I 0.95 0.09 0.00
143_R 81_R 0.94 0.08 0.00
107_T 94_P 0.94 0.08 0.00
171_L 273_I 0.94 0.08 0.00
40_N 187_F 0.94 0.08 0.00
92_Y 185_K 0.94 0.08 0.00
92_Y 230_G 0.94 0.08 0.00
92_Y 274_E 0.94 0.08 0.00
92_Y 275_N 0.94 0.08 0.00
92_Y 296_G 0.94 0.08 0.00
92_Y 325_D 0.94 0.08 0.00
92_Y 327_D 0.94 0.08 0.00
92_Y 330_G 0.94 0.08 0.00
121_L 101_G 0.94 0.08 0.00
75_L 331_I 0.94 0.08 0.00
151_S 155_E 0.94 0.08 0.00
31_R 278_T 0.94 0.08 0.00
154_C 277_T 0.94 0.08 0.00
185_G 37_Q 0.94 0.08 0.00
142_L 112_I 0.94 0.08 0.00
20_F 331_I 0.94 0.08 0.00
17_N 382_Y 0.93 0.08 0.00
170_D 310_N 0.93 0.08 0.00
159_F 272_L 0.93 0.08 0.00
169_G 18_S 0.93 0.08 0.00
73_H 337_I 0.93 0.08 0.00
146_D 173_K 0.93 0.08 0.00
19_L 350_M 0.92 0.08 0.00
2_Q 200_K 0.92 0.08 0.00
129_L 3_Y 0.92 0.08 0.00
181_Y 276_M 0.92 0.08 0.00
121_L 206_E 0.92 0.08 0.00
176_E 270_I 0.92 0.08 0.00
140_Q 229_K 0.91 0.08 0.00
37_A 232_V 0.91 0.08 0.00
139_N 68_K 0.91 0.08 0.00
135_I 65_I 0.91 0.08 0.00
31_R 280_Y 0.91 0.08 0.00
45_K 256_T 0.91 0.08 0.00
25_L 365_F 0.91 0.08 0.00
48_L 358_F 0.91 0.08 0.00
43_I 389_I 0.91 0.08 0.00
37_A 60_A 0.90 0.08 0.00
62_G 45_Y 0.90 0.08 0.00
162_C 23_T 0.90 0.08 0.00
91_I 187_F 0.90 0.08 0.00
48_L 136_Q 0.90 0.08 0.00
5_S 192_Q 0.90 0.08 0.00
86_L 176_F 0.90 0.08 0.00
86_L 228_I 0.90 0.08 0.00
83_I 292_I 0.90 0.08 0.00
48_L 182_G 0.89 0.08 0.00
105_P 60_A 0.89 0.08 0.00
37_A 355_Y 0.89 0.08 0.00
85_L 45_Y 0.89 0.08 0.00
62_G 188_E 0.89 0.08 0.00
166_L 16_E 0.89 0.08 0.00
121_L 387_E 0.89 0.08 0.00
66_I 241_I 0.89 0.08 0.00
55_F 258_K 0.89 0.07 0.00
85_L 174_R 0.89 0.07 0.00
62_G 34_S 0.88 0.07 0.00
24_F 234_I 0.88 0.07 0.00
161_S 290_L 0.88 0.07 0.00
169_G 358_F 0.88 0.07 0.00
20_F 11_L 0.88 0.07 0.00
53_W 328_Y 0.88 0.07 0.00
115_K 249_G 0.88 0.07 0.00
32_E 311_I 0.88 0.07 0.00
1_M 83_A 0.88 0.07 0.00
74_R 351_D 0.88 0.07 0.00
140_Q 331_I 0.88 0.07 0.00
46_Q 219_I 0.88 0.07 0.00
112_I 95_Q 0.88 0.07 0.00
158_L 293_Y 0.88 0.07 0.00
125_S 388_L 0.88 0.07 0.00
45_K 30_R 0.88 0.07 0.00
157_Q 273_I 0.88 0.07 0.00
104_Y 98_R 0.88 0.07 0.00
31_R 300_K 0.88 0.07 0.00
34_Y 183_D 0.87 0.07 0.00
64_I 151_V 0.87 0.07 0.00
17_N 86_V 0.87 0.07 0.00
90_L 64_L 0.87 0.07 0.00
89_R 176_F 0.87 0.07 0.00
136_G 254_D 0.87 0.07 0.00
66_I 11_L 0.87 0.07 0.00
55_F 61_L 0.87 0.07 0.00
77_L 236_V 0.87 0.07 0.00
178_I 102_I 0.87 0.07 0.00
52_G 125_E 0.87 0.07 0.00
112_I 85_K 0.87 0.07 0.00
106_F 215_E 0.87 0.07 0.00
40_N 213_Y 0.86 0.07 0.00
48_L 332_Q 0.86 0.07 0.00
143_R 305_L 0.86 0.07 0.00
42_D 338_K 0.86 0.07 0.00
14_I 355_Y 0.86 0.07 0.00
176_E 308_K 0.86 0.07 0.00
13_G 181_F 0.86 0.07 0.00
116_Y 234_I 0.86 0.07 0.00
161_S 323_Y 0.86 0.07 0.00
34_Y 185_K 0.86 0.07 0.00
34_Y 230_G 0.86 0.07 0.00
34_Y 274_E 0.86 0.07 0.00
34_Y 275_N 0.86 0.07 0.00
34_Y 296_G 0.86 0.07 0.00
34_Y 325_D 0.86 0.07 0.00
34_Y 327_D 0.86 0.07 0.00
34_Y 330_G 0.86 0.07 0.00
158_L 300_K 0.86 0.07 0.00
143_R 199_Y 0.86 0.07 0.00
71_Y 35_F 0.86 0.07 0.00
94_E 293_Y 0.86 0.07 0.00
173_V 12_L 0.86 0.07 0.00
91_I 127_V 0.86 0.07 0.00
23_N 276_M 0.85 0.07 0.00
17_N 89_Q 0.85 0.07 0.00
134_Q 13_N 0.85 0.07 0.00
173_V 183_D 0.85 0.07 0.00
121_L 249_G 0.85 0.07 0.00
105_P 215_E 0.85 0.07 0.00
171_L 292_I 0.85 0.07 0.00
25_L 366_G 0.85 0.07 0.00
133_V 404_I 0.85 0.07 0.00
146_D 248_G 0.85 0.07 0.00
82_T 97_Y 0.85 0.07 0.00
97_S 267_D 0.85 0.07 0.00
107_T 57_I 0.85 0.07 0.00
89_R 323_Y 0.85 0.07 0.00
91_I 102_I 0.85 0.07 0.00
62_G 279_Y 0.85 0.07 0.00
36_L 364_E 0.85 0.07 0.00
20_F 273_I 0.85 0.07 0.00
91_I 204_D 0.85 0.07 0.00
48_L 270_I 0.85 0.07 0.00
42_D 326_L 0.85 0.07 0.00
134_Q 88_L 0.85 0.07 0.00
10_E 315_N 0.85 0.07 0.00
41_K 169_D 0.84 0.07 0.00
90_L 347_P 0.84 0.07 0.00
19_L 174_R 0.84 0.07 0.00
102_S 84_E 0.84 0.07 0.00
19_L 322_H 0.84 0.07 0.00
83_I 192_Q 0.84 0.07 0.00
121_L 278_T 0.84 0.07 0.00
53_W 385_W 0.84 0.07 0.00
112_I 35_F 0.84 0.07 0.00
13_G 83_A 0.84 0.07 0.00
157_Q 348_Y 0.84 0.07 0.00
106_F 202_Y 0.84 0.07 0.00
130_R 70_I 0.84 0.07 0.00
92_Y 400_E 0.84 0.07 0.00
92_Y 401_Q 0.84 0.07 0.00
92_Y 402_E 0.84 0.07 0.00
161_S 252_L 0.84 0.07 0.00
63_C 216_S 0.84 0.07 0.00
93_E 148_L 0.84 0.07 0.00
144_P 336_Y 0.84 0.07 0.00
115_K 329_G 0.83 0.07 0.00
135_I 228_I 0.83 0.07 0.00
24_F 333_I 0.83 0.07 0.00
103_Q 396_K 0.83 0.07 0.00
120_R 84_E 0.83 0.07 0.00
159_F 196_L 0.83 0.07 0.00
82_T 16_E 0.83 0.07 0.00
89_R 337_I 0.83 0.07 0.00
112_I 17_N 0.83 0.07 0.00
8_E 196_L 0.83 0.07 0.00
74_R 97_Y 0.83 0.07 0.00
92_Y 177_S 0.83 0.07 0.00
66_I 355_Y 0.83 0.07 0.00
105_P 45_Y 0.83 0.07 0.00
174_L 92_F 0.83 0.07 0.00
12_M 331_I 0.82 0.07 0.00
74_R 226_V 0.82 0.07 0.00
185_G 189_T 0.82 0.07 0.00
3_N 273_I 0.82 0.07 0.00
137_K 95_Q 0.82 0.07 0.00
142_L 155_E 0.82 0.07 0.00
25_L 390_K 0.82 0.07 0.00
29_F 297_F 0.82 0.07 0.00
90_L 271_M 0.82 0.07 0.00
167_Q 337_I 0.82 0.07 0.00
87_V 348_Y 0.82 0.07 0.00
142_L 18_S 0.82 0.07 0.00
180_S 300_K 0.82 0.07 0.00
137_K 125_E 0.82 0.07 0.00
91_I 332_Q 0.82 0.07 0.00
133_V 378_E 0.82 0.07 0.00
171_L 7_I 0.82 0.07 0.00
166_L 323_Y 0.81 0.07 0.00
6_E 182_G 0.81 0.07 0.00
115_K 104_P 0.81 0.07 0.00
158_L 246_F 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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