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OPENSEQ.org
BCeQ1 AD
Genes: A B A+B
Length: 409 460 859
Sequences: 118 179 90
Seq/Len: 0.29 0.39 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.10
10 0.00 0.00 0.10
20 0.00 0.00 0.10
100 0.01 0.00 0.10
∞ 0.03 0.01 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
273_I 364_E 1.63 0.25 0.00
70_I 315_I 1.58 0.23 0.00
373_L 416_D 1.53 0.21 0.00
351_D 214_T 1.49 0.20 0.00
326_L 16_F 1.49 0.20 0.00
334_F 389_K 1.47 0.19 0.00
279_Y 406_M 1.46 0.19 0.00
229_K 217_H 1.44 0.18 0.00
257_I 120_L 1.42 0.18 0.00
295_G 5_F 1.41 0.18 0.00
70_I 113_S 1.41 0.17 0.00
322_H 209_Y 1.39 0.17 0.00
185_K 94_W 1.37 0.16 0.00
274_E 94_W 1.37 0.16 0.00
275_N 94_W 1.37 0.16 0.00
296_G 94_W 1.37 0.16 0.00
325_D 94_W 1.37 0.16 0.00
327_D 94_W 1.37 0.16 0.00
330_G 94_W 1.37 0.16 0.00
298_P 300_Y 1.36 0.16 0.00
351_D 209_Y 1.35 0.16 0.00
42_S 293_A 1.33 0.15 0.00
218_G 300_Y 1.32 0.15 0.00
303_Q 302_S 1.31 0.15 0.00
331_I 16_F 1.30 0.14 0.00
306_L 33_E 1.29 0.14 0.00
164_L 262_L 1.28 0.14 0.00
297_F 329_S 1.27 0.14 0.00
104_P 86_L 1.27 0.14 0.00
185_K 93_K 1.27 0.14 0.00
274_E 93_K 1.27 0.14 0.00
275_N 93_K 1.27 0.14 0.00
296_G 93_K 1.27 0.14 0.00
325_D 93_K 1.27 0.14 0.00
327_D 93_K 1.27 0.14 0.00
330_G 93_K 1.27 0.14 0.00
298_P 217_H 1.27 0.14 0.00
323_Y 158_S 1.26 0.14 0.00
369_Y 95_I 1.26 0.14 0.00
177_S 94_W 1.26 0.14 0.00
309_L 269_V 1.25 0.13 0.00
347_P 300_Y 1.25 0.13 0.00
88_L 197_F 1.24 0.13 0.00
350_M 94_W 1.23 0.13 0.00
303_Q 165_L 1.23 0.13 0.00
229_K 154_A 1.22 0.13 0.00
223_I 393_F 1.21 0.12 0.00
323_Y 300_Y 1.21 0.12 0.00
299_K 87_R 1.20 0.12 0.00
337_I 93_K 1.20 0.12 0.00
390_K 415_D 1.19 0.12 0.00
227_Y 217_H 1.19 0.12 0.00
230_G 94_W 1.19 0.12 0.00
188_E 13_F 1.19 0.12 0.00
40_E 188_D 1.18 0.12 0.00
277_T 412_Q 1.18 0.12 0.00
181_F 423_V 1.18 0.12 0.00
54_R 217_H 1.17 0.12 0.00
249_G 216_D 1.17 0.12 0.00
322_H 94_W 1.17 0.12 0.00
333_I 94_W 1.17 0.12 0.00
321_Y 340_L 1.17 0.12 0.00
362_G 113_S 1.16 0.11 0.00
293_Y 197_F 1.16 0.11 0.00
337_I 16_F 1.16 0.11 0.00
158_V 416_D 1.16 0.11 0.00
11_L 258_A 1.16 0.11 0.00
324_G 258_A 1.15 0.11 0.00
16_E 310_Y 1.15 0.11 0.00
8_L 82_A 1.15 0.11 0.00
329_G 225_I 1.15 0.11 0.00
324_G 209_Y 1.14 0.11 0.00
219_I 416_D 1.14 0.11 0.00
310_N 123_I 1.13 0.11 0.00
329_G 284_D 1.13 0.11 0.00
97_Y 123_I 1.13 0.11 0.00
83_A 237_K 1.13 0.11 0.00
305_L 292_R 1.12 0.11 0.00
184_T 93_K 1.12 0.11 0.00
12_L 154_A 1.12 0.11 0.00
272_L 209_Y 1.12 0.11 0.00
345_L 32_Y 1.12 0.11 0.00
148_L 92_L 1.12 0.11 0.00
177_S 93_K 1.12 0.11 0.00
282_Q 16_F 1.12 0.11 0.00
161_L 139_Y 1.11 0.10 0.00
88_L 13_F 1.11 0.10 0.00
35_F 312_I 1.11 0.10 0.00
333_I 209_Y 1.11 0.10 0.00
389_I 390_I 1.11 0.10 0.00
276_M 348_P 1.11 0.10 0.00
345_L 185_A 1.10 0.10 0.00
100_A 138_T 1.10 0.10 0.00
230_G 209_Y 1.10 0.10 0.00
15_Y 290_Y 1.10 0.10 0.00
400_E 94_W 1.10 0.10 0.00
401_Q 94_W 1.10 0.10 0.00
402_E 94_W 1.10 0.10 0.00
172_P 290_Y 1.10 0.10 0.00
347_P 158_S 1.09 0.10 0.00
350_M 93_K 1.09 0.10 0.00
160_A 416_D 1.09 0.10 0.00
347_P 142_L 1.09 0.10 0.00
370_E 416_D 1.09 0.10 0.00
277_T 396_E 1.08 0.10 0.00
297_F 125_E 1.08 0.10 0.00
218_G 138_T 1.08 0.10 0.00
176_F 113_S 1.08 0.10 0.00
276_M 222_R 1.07 0.10 0.00
249_G 297_R 1.07 0.10 0.00
351_D 210_H 1.07 0.10 0.00
188_E 225_I 1.07 0.10 0.00
218_G 220_R 1.07 0.10 0.00
348_Y 436_L 1.06 0.10 0.00
64_L 36_H 1.06 0.10 0.00
273_I 371_E 1.06 0.10 0.00
174_R 94_W 1.06 0.10 0.00
58_N 160_K 1.06 0.10 0.00
353_A 458_R 1.06 0.10 0.00
270_I 221_Y 1.05 0.09 0.00
321_Y 44_Y 1.05 0.09 0.00
88_L 283_I 1.05 0.09 0.00
63_D 352_K 1.05 0.09 0.00
37_Q 88_R 1.04 0.09 0.00
58_N 212_L 1.04 0.09 0.00
189_T 67_I 1.04 0.09 0.00
345_L 300_Y 1.04 0.09 0.00
258_K 456_I 1.04 0.09 0.00
108_K 456_I 1.04 0.09 0.00
278_T 113_S 1.04 0.09 0.00
247_P 85_V 1.04 0.09 0.00
324_G 93_K 1.04 0.09 0.00
309_L 176_M 1.03 0.09 0.00
290_L 216_D 1.03 0.09 0.00
299_K 211_R 1.03 0.09 0.00
300_K 155_I 1.03 0.09 0.00
161_L 415_D 1.03 0.09 0.00
22_H 17_A 1.02 0.09 0.00
150_D 397_A 1.02 0.09 0.00
63_D 270_E 1.02 0.09 0.00
212_E 20_N 1.02 0.09 0.00
104_P 273_Y 1.02 0.09 0.00
251_G 222_R 1.02 0.09 0.00
324_G 94_W 1.01 0.09 0.00
230_G 93_K 1.01 0.09 0.00
333_I 297_R 1.01 0.09 0.00
7_I 262_L 1.01 0.09 0.00
242_A 459_E 1.01 0.09 0.00
64_L 297_R 1.01 0.09 0.00
329_G 112_Y 1.01 0.09 0.00
249_G 290_Y 1.01 0.09 0.00
277_T 92_L 1.01 0.09 0.00
11_L 13_F 1.01 0.09 0.00
271_M 120_L 1.01 0.09 0.00
184_T 94_W 1.01 0.09 0.00
243_L 200_Y 1.01 0.09 0.00
358_F 390_I 1.01 0.09 0.00
323_Y 220_R 1.00 0.09 0.00
138_F 132_Q 1.00 0.09 0.00
309_L 388_K 1.00 0.09 0.00
310_N 107_I 1.00 0.09 0.00
138_F 86_L 1.00 0.09 0.00
295_G 13_F 1.00 0.09 0.00
271_M 31_L 1.00 0.09 0.00
306_L 420_L 1.00 0.09 0.00
66_R 163_E 1.00 0.09 0.00
385_W 218_V 1.00 0.09 0.00
290_L 158_S 0.99 0.09 0.00
217_I 114_S 0.99 0.09 0.00
270_I 274_S 0.99 0.09 0.00
45_Y 229_I 0.99 0.08 0.00
291_F 308_I 0.99 0.08 0.00
138_F 221_Y 0.99 0.08 0.00
295_G 417_A 0.99 0.08 0.00
328_Y 95_I 0.99 0.08 0.00
399_V 347_S 0.99 0.08 0.00
322_H 93_K 0.99 0.08 0.00
290_L 401_R 0.99 0.08 0.00
343_S 293_A 0.99 0.08 0.00
46_N 103_F 0.98 0.08 0.00
62_K 400_G 0.98 0.08 0.00
155_E 8_I 0.98 0.08 0.00
18_S 130_E 0.98 0.08 0.00
230_G 283_I 0.98 0.08 0.00
159_K 6_E 0.98 0.08 0.00
388_L 398_M 0.98 0.08 0.00
246_F 434_Y 0.98 0.08 0.00
172_P 200_Y 0.98 0.08 0.00
108_K 392_K 0.98 0.08 0.00
78_E 454_R 0.98 0.08 0.00
214_L 266_M 0.98 0.08 0.00
354_T 130_E 0.98 0.08 0.00
253_M 222_R 0.98 0.08 0.00
279_Y 103_F 0.97 0.08 0.00
184_T 316_L 0.97 0.08 0.00
277_T 313_S 0.97 0.08 0.00
64_L 169_L 0.97 0.08 0.00
368_G 240_K 0.97 0.08 0.00
187_F 218_V 0.97 0.08 0.00
337_I 332_F 0.97 0.08 0.00
83_A 350_K 0.97 0.08 0.00
299_K 123_I 0.97 0.08 0.00
324_G 204_I 0.97 0.08 0.00
127_V 103_F 0.97 0.08 0.00
347_P 32_Y 0.97 0.08 0.00
278_T 179_H 0.96 0.08 0.00
348_Y 200_Y 0.96 0.08 0.00
258_K 319_I 0.96 0.08 0.00
292_I 253_A 0.96 0.08 0.00
176_F 418_L 0.96 0.08 0.00
323_Y 217_H 0.96 0.08 0.00
273_I 194_E 0.96 0.08 0.00
183_D 254_N 0.96 0.08 0.00
68_K 259_M 0.96 0.08 0.00
272_L 135_C 0.96 0.08 0.00
396_K 393_F 0.96 0.08 0.00
400_E 93_K 0.96 0.08 0.00
401_Q 93_K 0.96 0.08 0.00
402_E 93_K 0.96 0.08 0.00
362_G 386_N 0.96 0.08 0.00
234_I 390_I 0.95 0.08 0.00
83_A 247_V 0.95 0.08 0.00
138_F 218_V 0.95 0.08 0.00
77_W 214_T 0.95 0.08 0.00
98_R 260_D 0.95 0.08 0.00
13_N 315_I 0.95 0.08 0.00
138_F 49_D 0.95 0.08 0.00
333_I 93_K 0.95 0.08 0.00
395_E 334_L 0.95 0.08 0.00
221_E 407_S 0.95 0.08 0.00
273_I 9_P 0.95 0.08 0.00
97_Y 290_Y 0.95 0.08 0.00
260_L 97_V 0.94 0.08 0.00
230_G 82_A 0.94 0.08 0.00
125_E 430_K 0.94 0.08 0.00
229_K 8_I 0.94 0.08 0.00
388_L 393_F 0.94 0.08 0.00
88_L 5_F 0.94 0.08 0.00
329_G 312_I 0.94 0.08 0.00
357_Q 456_I 0.94 0.08 0.00
185_K 142_L 0.94 0.08 0.00
274_E 142_L 0.94 0.08 0.00
275_N 142_L 0.94 0.08 0.00
296_G 142_L 0.94 0.08 0.00
325_D 142_L 0.94 0.08 0.00
327_D 142_L 0.94 0.08 0.00
330_G 142_L 0.94 0.08 0.00
376_M 12_Y 0.94 0.08 0.00
328_Y 107_I 0.94 0.08 0.00
371_E 390_I 0.94 0.08 0.00
220_L 95_I 0.94 0.08 0.00
365_F 297_R 0.94 0.08 0.00
17_N 408_E 0.94 0.08 0.00
299_K 79_A 0.94 0.08 0.00
345_L 340_L 0.94 0.08 0.00
333_I 273_Y 0.94 0.08 0.00
176_F 173_L 0.94 0.08 0.00
298_P 226_L 0.94 0.08 0.00
282_Q 459_E 0.94 0.08 0.00
396_K 334_L 0.94 0.08 0.00
356_R 319_I 0.94 0.08 0.00
400_E 169_L 0.94 0.08 0.00
401_Q 169_L 0.94 0.08 0.00
402_E 169_L 0.94 0.08 0.00
218_G 158_S 0.94 0.08 0.00
183_D 394_V 0.93 0.08 0.00
77_W 45_S 0.93 0.08 0.00
45_Y 280_C 0.93 0.08 0.00
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307_K 367_D 0.86 0.07 0.00
107_E 277_D 0.85 0.07 0.00
145_R 398_M 0.85 0.07 0.00
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97_Y 310_Y 0.85 0.07 0.00
57_I 168_E 0.85 0.07 0.00
273_I 137_T 0.85 0.07 0.00
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317_P 85_V 0.85 0.07 0.00
309_L 204_I 0.85 0.07 0.00
297_F 116_I 0.85 0.07 0.00
35_F 319_I 0.85 0.07 0.00
333_I 95_I 0.85 0.07 0.00
337_I 87_R 0.85 0.07 0.00
75_E 406_M 0.85 0.07 0.00
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161_L 299_R 0.85 0.07 0.00
88_L 258_A 0.85 0.07 0.00
188_E 266_M 0.85 0.07 0.00
138_F 451_F 0.85 0.07 0.00
70_I 4_L 0.85 0.07 0.00
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101_G 357_P 0.85 0.06 0.00
56_E 241_R 0.85 0.06 0.00
7_I 204_I 0.84 0.06 0.00
388_L 347_S 0.84 0.06 0.00
101_G 88_R 0.84 0.06 0.00
8_L 341_Q 0.84 0.06 0.00
184_T 107_I 0.84 0.06 0.00
185_K 169_L 0.84 0.06 0.00
274_E 169_L 0.84 0.06 0.00
275_N 169_L 0.84 0.06 0.00
296_G 169_L 0.84 0.06 0.00
325_D 169_L 0.84 0.06 0.00
327_D 169_L 0.84 0.06 0.00
330_G 169_L 0.84 0.06 0.00
230_G 169_L 0.84 0.06 0.00
187_F 86_L 0.84 0.06 0.00
16_E 210_H 0.84 0.06 0.00
98_R 231_T 0.84 0.06 0.00
181_F 209_Y 0.84 0.06 0.00
188_E 120_L 0.84 0.06 0.00
81_R 266_M 0.84 0.06 0.00
306_L 393_F 0.84 0.06 0.00
292_I 176_M 0.84 0.06 0.00
388_L 419_Y 0.84 0.06 0.00
177_S 13_F 0.84 0.06 0.00
323_Y 135_C 0.84 0.06 0.00
12_L 258_A 0.84 0.06 0.00
18_S 290_Y 0.84 0.06 0.00
97_Y 283_I 0.84 0.06 0.00
198_I 187_D 0.84 0.06 0.00
136_Q 236_D 0.84 0.06 0.00
141_N 169_L 0.84 0.06 0.00
336_Y 229_I 0.84 0.06 0.00
273_I 313_S 0.84 0.06 0.00
372_K 315_I 0.84 0.06 0.00
276_M 219_S 0.83 0.06 0.00
284_K 404_I 0.83 0.06 0.00
295_G 191_Q 0.83 0.06 0.00
321_Y 331_L 0.83 0.06 0.00
193_N 457_K 0.83 0.06 0.00
26_R 61_L 0.83 0.06 0.00
57_I 394_V 0.83 0.06 0.00
117_E 123_I 0.83 0.06 0.00
241_I 183_I 0.83 0.06 0.00
30_R 146_E 0.83 0.06 0.00
396_K 265_K 0.83 0.06 0.00
388_L 16_F 0.83 0.06 0.00
45_Y 316_L 0.83 0.06 0.00
60_A 369_M 0.83 0.06 0.00
328_Y 97_V 0.83 0.06 0.00
337_I 341_Q 0.83 0.06 0.00
300_K 211_R 0.83 0.06 0.00
367_E 260_D 0.83 0.06 0.00
45_Y 165_L 0.83 0.06 0.00
88_L 213_R 0.83 0.06 0.00
291_F 95_I 0.83 0.06 0.00
250_F 459_E 0.83 0.06 0.00
398_R 202_K 0.83 0.06 0.00
66_R 72_E 0.83 0.06 0.00
321_Y 120_L 0.83 0.06 0.00
9_S 163_E 0.83 0.06 0.00
134_V 12_Y 0.83 0.06 0.00
342_F 180_M 0.83 0.06 0.00
350_M 300_Y 0.83 0.06 0.00
130_W 136_F 0.83 0.06 0.00
299_K 300_Y 0.83 0.06 0.00
116_L 152_A 0.82 0.06 0.00
270_I 319_I 0.82 0.06 0.00
350_M 13_F 0.82 0.06 0.00
322_H 300_Y 0.82 0.06 0.00
373_L 55_I 0.82 0.06 0.00
292_I 93_K 0.82 0.06 0.00
373_L 19_K 0.82 0.06 0.00
158_V 447_K 0.82 0.06 0.00
277_T 149_E 0.82 0.06 0.00
278_T 273_Y 0.82 0.06 0.00
167_L 345_L 0.82 0.06 0.00
172_P 205_I 0.82 0.06 0.00
105_K 457_K 0.82 0.06 0.00
86_V 23_F 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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