May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
SpoVDVE
Genes: A B A+B
Length: 659 379 958
Sequences: 4438 4593 2092
Seq/Len: 6.73 12.12 2.18
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.01 0.87
2 0.06 0.01 0.91
5 0.06 0.01 1.89
10 0.07 0.02 1.99
20 0.08 0.02 2.02
100 0.10 0.05 2.21
∞ 0.21 0.18 2.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
27_V 288_I 2.60 1.00 1.00
30_T 287_C 1.98 0.99 0.97
31_G 284_L 1.81 0.98 0.95
22_L 329_A 1.75 0.97 0.94
35_L 251_L 1.56 0.94 0.88
35_L 284_L 1.50 0.92 0.85
38_G 250_G 1.20 0.75 0.61
23_F 295_V 1.18 0.74 0.60
26_L 332_I 1.18 0.74 0.60
119_V 32_V 1.18 0.73 0.59
384_M 354_T 1.11 0.67 0.51
26_L 338_S 1.07 0.62 0.47
30_T 336_T 1.04 0.59 0.43
30_T 275_F 1.02 0.58 0.42
25_C 338_S 1.02 0.57 0.41
26_L 291_I 0.99 0.54 0.38
26_L 336_T 0.99 0.54 0.38
19_A 325_G 0.96 0.51 0.35
484_K 76_I 0.95 0.49 0.33
219_S 278_I 0.94 0.48 0.32
27_V 291_I 0.93 0.47 0.31
27_V 284_L 0.93 0.47 0.31
250_N 187_I 0.93 0.47 0.31
407_G 337_S 0.93 0.46 0.30
431_V 237_Y 0.91 0.45 0.29
141_I 227_D 0.90 0.43 0.28
174_I 138_L 0.89 0.42 0.27
494_V 92_A 0.88 0.42 0.26
256_I 292_M 0.87 0.40 0.25
484_K 67_F 0.86 0.40 0.24
29_R 317_V 0.86 0.39 0.24
424_S 18_F 0.86 0.39 0.24
323_E 354_T 0.85 0.39 0.23
216_L 79_S 0.85 0.38 0.23
546_V 162_I 0.85 0.38 0.23
484_K 61_I 0.84 0.37 0.22
166_S 354_T 0.82 0.35 0.21
63_Y 338_S 0.82 0.35 0.20
375_L 93_V 0.82 0.35 0.20
216_L 292_M 0.82 0.35 0.20
133_I 35_V 0.81 0.34 0.20
26_L 356_L 0.81 0.34 0.20
181_K 76_I 0.81 0.34 0.19
427_Q 248_S 0.81 0.33 0.19
443_I 164_F 0.80 0.33 0.18
565_G 276_A 0.80 0.32 0.18
138_L 275_F 0.79 0.32 0.18
256_I 276_A 0.79 0.32 0.18
33_L 167_I 0.79 0.32 0.18
55_I 161_G 0.78 0.31 0.17
407_G 174_S 0.78 0.31 0.17
48_Q 241_Q 0.78 0.31 0.17
516_A 284_L 0.78 0.31 0.17
488_E 369_I 0.77 0.30 0.17
26_L 329_A 0.77 0.30 0.16
306_T 114_L 0.77 0.30 0.16
21_A 27_M 0.77 0.30 0.16
29_R 336_T 0.77 0.30 0.16
516_A 123_P 0.76 0.29 0.16
452_P 364_G 0.76 0.29 0.16
402_P 316_V 0.76 0.28 0.15
393_L 373_V 0.76 0.28 0.15
256_I 285_I 0.75 0.28 0.15
450_M 167_I 0.75 0.28 0.15
125_I 304_I 0.75 0.28 0.14
339_V 296_V 0.75 0.28 0.14
29_R 117_G 0.74 0.27 0.14
215_G 365_I 0.74 0.27 0.14
176_M 222_V 0.74 0.27 0.14
562_T 126_I 0.73 0.27 0.14
20_C 198_F 0.73 0.27 0.14
451_Q 197_V 0.73 0.27 0.14
576_L 114_L 0.73 0.26 0.14
20_C 292_M 0.73 0.26 0.13
126_D 298_V 0.73 0.26 0.13
20_C 114_L 0.73 0.26 0.13
104_Y 297_L 0.73 0.26 0.13
194_D 287_C 0.72 0.26 0.13
550_V 84_N 0.72 0.26 0.13
220_I 265_Y 0.72 0.26 0.13
41_L 177_G 0.72 0.25 0.13
490_A 156_L 0.72 0.25 0.13
70_L 279_G 0.72 0.25 0.13
24_F 165_A 0.72 0.25 0.13
407_G 236_G 0.72 0.25 0.13
47_E 110_A 0.72 0.25 0.13
248_A 59_N 0.72 0.25 0.13
357_T 28_L 0.72 0.25 0.13
407_G 241_Q 0.72 0.25 0.12
23_F 328_A 0.72 0.25 0.12
26_L 333_A 0.72 0.25 0.12
377_S 269_P 0.71 0.25 0.12
41_L 244_Y 0.71 0.25 0.12
66_N 121_F 0.71 0.25 0.12
349_W 266_I 0.71 0.24 0.12
224_I 341_A 0.71 0.24 0.12
12_L 270_Q 0.71 0.24 0.12
588_E 126_I 0.71 0.24 0.12
588_E 206_A 0.70 0.24 0.12
253_T 26_T 0.70 0.24 0.12
102_E 163_F 0.70 0.24 0.12
570_E 60_V 0.70 0.24 0.12
51_R 139_I 0.70 0.24 0.12
424_S 24_Y 0.70 0.24 0.12
33_L 66_G 0.70 0.24 0.12
79_V 178_T 0.70 0.24 0.12
506_G 33_G 0.70 0.24 0.12
550_V 355_S 0.70 0.23 0.11
307_Y 246_L 0.70 0.23 0.11
443_I 274_I 0.70 0.23 0.11
395_D 357_T 0.69 0.23 0.11
188_K 294_F 0.69 0.23 0.11
539_C 292_M 0.69 0.23 0.11
211_V 348_F 0.69 0.23 0.11
164_T 276_A 0.69 0.23 0.11
499_G 57_K 0.69 0.23 0.11
66_N 27_M 0.69 0.23 0.11
359_E 169_L 0.69 0.23 0.11
216_L 83_K 0.69 0.23 0.11
563_T 30_V 0.69 0.23 0.11
432_T 241_Q 0.69 0.23 0.11
484_K 285_I 0.69 0.23 0.11
209_E 308_T 0.69 0.23 0.11
386_D 136_A 0.69 0.23 0.11
261_S 229_F 0.69 0.22 0.11
302_A 276_A 0.69 0.22 0.11
541_D 58_K 0.69 0.22 0.11
472_K 31_F 0.68 0.22 0.11
389_E 114_L 0.68 0.22 0.11
100_L 33_G 0.68 0.22 0.10
452_P 242_G 0.68 0.22 0.10
250_N 158_V 0.68 0.22 0.10
404_E 284_L 0.68 0.22 0.10
402_P 133_I 0.68 0.22 0.10
28_I 369_I 0.68 0.22 0.10
518_K 238_Q 0.68 0.22 0.10
576_L 154_V 0.68 0.22 0.10
476_S 29_L 0.68 0.22 0.10
356_G 124_A 0.67 0.21 0.10
148_Q 30_V 0.67 0.21 0.10
250_N 276_A 0.67 0.21 0.10
541_D 81_W 0.67 0.21 0.10
74_V 313_A 0.67 0.21 0.10
425_F 62_Y 0.67 0.21 0.10
247_I 285_I 0.67 0.21 0.10
405_A 307_K 0.67 0.21 0.10
480_K 365_I 0.67 0.21 0.10
197_G 109_G 0.67 0.21 0.10
424_S 167_I 0.67 0.21 0.10
256_I 94_V 0.67 0.21 0.10
379_L 225_F 0.67 0.21 0.10
316_I 78_Y 0.67 0.21 0.10
504_I 256_L 0.66 0.21 0.10
33_L 246_L 0.66 0.21 0.10
442_S 28_L 0.66 0.21 0.10
104_Y 369_I 0.66 0.21 0.10
303_V 93_V 0.66 0.21 0.09
48_Q 271_N 0.66 0.20 0.09
303_V 295_V 0.66 0.20 0.09
216_L 277_I 0.66 0.20 0.09
18_L 297_L 0.66 0.20 0.09
130_A 40_A 0.66 0.20 0.09
18_L 298_V 0.66 0.20 0.09
366_N 338_S 0.66 0.20 0.09
530_I 254_L 0.66 0.20 0.09
116_M 276_A 0.66 0.20 0.09
476_S 31_F 0.66 0.20 0.09
265_Y 296_V 0.66 0.20 0.09
23_F 312_F 0.66 0.20 0.09
317_T 186_M 0.66 0.20 0.09
518_K 112_R 0.65 0.20 0.09
232_V 129_F 0.65 0.20 0.09
312_T 73_T 0.65 0.20 0.09
315_L 114_L 0.65 0.20 0.09
75_T 191_G 0.65 0.20 0.09
481_E 35_V 0.65 0.20 0.09
291_I 58_K 0.65 0.20 0.09
267_P 170_Q 0.65 0.20 0.09
165_S 262_K 0.65 0.20 0.09
480_K 76_I 0.65 0.20 0.09
259_L 60_V 0.65 0.20 0.09
317_T 114_L 0.65 0.20 0.09
570_E 320_I 0.65 0.20 0.09
199_E 315_M 0.65 0.20 0.09
33_L 259_S 0.65 0.19 0.09
69_E 136_A 0.65 0.19 0.09
499_G 18_F 0.65 0.19 0.09
184_G 166_L 0.64 0.19 0.09
228_T 176_A 0.64 0.19 0.09
448_D 299_Y 0.64 0.19 0.09
220_I 293_L 0.64 0.19 0.08
589_E 64_V 0.64 0.19 0.08
494_V 226_L 0.64 0.19 0.08
219_S 294_F 0.64 0.19 0.08
488_E 28_L 0.64 0.19 0.08
133_I 76_I 0.64 0.19 0.08
249_M 356_L 0.64 0.19 0.08
231_A 365_I 0.64 0.19 0.08
210_P 294_F 0.64 0.19 0.08
369_N 257_G 0.64 0.19 0.08
397_T 40_A 0.64 0.19 0.08
306_T 124_A 0.64 0.19 0.08
460_D 320_I 0.64 0.19 0.08
69_E 89_G 0.64 0.19 0.08
220_I 294_F 0.64 0.19 0.08
194_D 24_Y 0.64 0.19 0.08
566_P 279_G 0.64 0.19 0.08
510_G 130_A 0.64 0.19 0.08
107_I 300_R 0.64 0.19 0.08
103_D 292_M 0.64 0.19 0.08
564_A 65_L 0.64 0.19 0.08
253_T 324_I 0.64 0.19 0.08
408_I 83_K 0.64 0.19 0.08
255_D 162_I 0.64 0.19 0.08
378_R 198_F 0.64 0.19 0.08
197_G 265_Y 0.63 0.19 0.08
451_Q 27_M 0.63 0.19 0.08
185_K 65_L 0.63 0.19 0.08
170_G 125_E 0.63 0.19 0.08
105_K 95_L 0.63 0.18 0.08
484_K 158_V 0.63 0.18 0.08
218_L 174_S 0.63 0.18 0.08
417_P 177_G 0.63 0.18 0.08
501_I 357_T 0.63 0.18 0.08
215_G 159_V 0.63 0.18 0.08
432_T 321_G 0.63 0.18 0.08
296_Q 33_G 0.63 0.18 0.08
140_G 241_Q 0.63 0.18 0.08
129_K 97_L 0.63 0.18 0.08
511_G 363_V 0.63 0.18 0.08
138_L 81_W 0.63 0.18 0.08
321_A 355_S 0.63 0.18 0.08
437_I 365_I 0.63 0.18 0.08
452_P 178_T 0.63 0.18 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.8677 seconds.