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OPENSEQ.org
FtsX_PcsB_no-CHAPS
Genes: A B A+B
Length: 308 251 547
Sequences: 2011 317 70
Seq/Len: 6.53 1.26 0.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.97
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.11
2 0.00 0.01 0.11
5 0.01 0.01 0.12
10 0.01 0.01 0.12
20 0.01 0.01 0.13
100 0.01 0.01 0.15
∞ 0.01 0.06 0.28
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
84_N 231_A 1.95 0.45 0.00
301_S 129_S 1.76 0.36 0.00
300_I 127_S 1.69 0.33 0.00
108_K 214_K 1.58 0.28 0.00
84_N 233_V 1.54 0.26 0.00
197_F 233_V 1.50 0.24 0.00
79_G 2_K 1.49 0.24 0.00
78_E 231_A 1.44 0.22 0.00
72_S 230_A 1.44 0.22 0.00
114_K 174_T 1.41 0.21 0.00
72_S 231_A 1.39 0.20 0.00
295_S 197_K 1.37 0.19 0.00
257_V 66_Q 1.34 0.18 0.00
79_G 10_L 1.33 0.18 0.00
84_N 12_S 1.31 0.17 0.00
219_L 204_A 1.28 0.16 0.00
76_E 235_E 1.27 0.16 0.00
79_G 9_L 1.26 0.16 0.00
158_E 235_E 1.25 0.16 0.00
108_K 238_Y 1.25 0.16 0.00
131_N 238_Y 1.23 0.15 0.00
84_N 9_L 1.22 0.15 0.00
86_D 15_M 1.20 0.14 0.00
263_K 174_T 1.20 0.14 0.00
76_E 72_L 1.20 0.14 0.00
291_V 237_A 1.20 0.14 0.00
76_E 30_T 1.19 0.14 0.00
197_F 238_Y 1.19 0.14 0.00
79_G 241_K 1.19 0.14 0.00
156_K 26_H 1.18 0.14 0.00
308_I 147_N 1.18 0.14 0.00
157_I 238_Y 1.17 0.14 0.00
76_E 233_V 1.17 0.14 0.00
295_S 170_D 1.17 0.14 0.00
285_L 15_M 1.16 0.13 0.00
86_D 194_A 1.16 0.13 0.00
72_S 147_N 1.14 0.13 0.00
197_F 70_S 1.14 0.13 0.00
274_S 237_A 1.13 0.13 0.00
82_V 16_V 1.13 0.12 0.00
162_E 127_S 1.12 0.12 0.00
76_E 231_A 1.12 0.12 0.00
135_D 198_A 1.12 0.12 0.00
264_S 127_S 1.12 0.12 0.00
78_E 147_N 1.12 0.12 0.00
287_F 9_L 1.11 0.12 0.00
164_Q 89_E 1.11 0.12 0.00
237_F 26_H 1.11 0.12 0.00
308_I 237_A 1.11 0.12 0.00
186_G 159_K 1.11 0.12 0.00
82_V 234_A 1.11 0.12 0.00
196_V 10_L 1.10 0.12 0.00
219_L 90_I 1.10 0.12 0.00
131_N 231_A 1.10 0.12 0.00
76_E 230_A 1.10 0.12 0.00
79_G 17_S 1.09 0.12 0.00
80_Q 238_Y 1.09 0.12 0.00
84_N 18_Q 1.09 0.12 0.00
71_N 22_L 1.09 0.12 0.00
92_D 127_S 1.08 0.12 0.00
273_I 23_T 1.08 0.12 0.00
79_G 5_I 1.08 0.11 0.00
83_T 22_L 1.08 0.11 0.00
135_D 139_A 1.08 0.11 0.00
144_P 90_I 1.07 0.11 0.00
79_G 14_V 1.07 0.11 0.00
267_G 28_E 1.07 0.11 0.00
301_S 234_A 1.07 0.11 0.00
186_G 170_D 1.06 0.11 0.00
84_N 236_A 1.06 0.11 0.00
72_S 36_A 1.06 0.11 0.00
261_V 74_A 1.05 0.11 0.00
197_F 8_S 1.05 0.11 0.00
272_M 230_A 1.05 0.11 0.00
83_T 11_L 1.05 0.11 0.00
158_E 29_T 1.04 0.11 0.00
100_V 203_L 1.04 0.11 0.00
84_N 30_T 1.04 0.11 0.00
76_E 28_E 1.03 0.10 0.00
84_N 22_L 1.03 0.10 0.00
121_D 22_L 1.03 0.10 0.00
86_D 52_Q 1.02 0.10 0.00
158_E 14_V 1.02 0.10 0.00
83_T 9_L 1.02 0.10 0.00
247_S 3_K 1.02 0.10 0.00
22_M 109_R 1.02 0.10 0.00
251_F 238_Y 1.01 0.10 0.00
182_V 102_Q 1.01 0.10 0.00
72_S 29_T 1.01 0.10 0.00
301_S 171_A 1.01 0.10 0.00
85_N 166_V 1.01 0.10 0.00
76_E 29_T 1.00 0.10 0.00
102_S 170_D 1.00 0.10 0.00
241_L 18_Q 1.00 0.10 0.00
123_W 234_A 1.00 0.10 0.00
5_F 15_M 1.00 0.10 0.00
175_K 134_I 1.00 0.10 0.00
130_A 124_I 1.00 0.10 0.00
218_R 147_N 1.00 0.10 0.00
79_G 174_T 1.00 0.10 0.00
89_K 240_E 1.00 0.10 0.00
237_F 241_K 1.00 0.10 0.00
300_I 116_A 0.99 0.10 0.00
123_W 231_A 0.99 0.10 0.00
71_N 20_A 0.99 0.10 0.00
301_S 220_Q 0.99 0.10 0.00
72_S 30_T 0.99 0.10 0.00
287_F 13_T 0.99 0.10 0.00
84_N 5_I 0.99 0.10 0.00
84_N 15_M 0.99 0.10 0.00
82_V 233_V 0.99 0.10 0.00
106_S 233_V 0.99 0.10 0.00
71_N 241_K 0.99 0.10 0.00
78_E 5_I 0.98 0.10 0.00
101_K 170_D 0.98 0.10 0.00
84_N 116_A 0.98 0.10 0.00
98_S 29_T 0.98 0.09 0.00
73_Q 241_K 0.98 0.09 0.00
99_T 11_L 0.98 0.09 0.00
274_S 241_K 0.98 0.09 0.00
301_S 199_A 0.98 0.09 0.00
186_G 184_D 0.98 0.09 0.00
98_S 31_D 0.98 0.09 0.00
308_I 83_S 0.98 0.09 0.00
78_E 18_Q 0.98 0.09 0.00
111_Q 112_Q 0.97 0.09 0.00
72_S 72_L 0.97 0.09 0.00
246_P 231_A 0.97 0.09 0.00
72_S 15_M 0.97 0.09 0.00
72_S 8_S 0.97 0.09 0.00
304_R 90_I 0.97 0.09 0.00
157_I 15_M 0.97 0.09 0.00
213_E 229_R 0.97 0.09 0.00
100_V 129_S 0.96 0.09 0.00
301_S 124_I 0.96 0.09 0.00
109_E 218_L 0.96 0.09 0.00
85_N 235_E 0.96 0.09 0.00
158_E 241_K 0.96 0.09 0.00
296_L 235_E 0.96 0.09 0.00
84_N 19_V 0.96 0.09 0.00
192_I 80_Q 0.96 0.09 0.00
96_N 137_V 0.96 0.09 0.00
157_I 239_K 0.96 0.09 0.00
106_S 66_Q 0.96 0.09 0.00
103_V 147_N 0.96 0.09 0.00
197_F 235_E 0.96 0.09 0.00
175_K 188_A 0.96 0.09 0.00
5_F 1_M 0.96 0.09 0.00
292_F 230_A 0.96 0.09 0.00
23_T 101_N 0.96 0.09 0.00
85_N 195_E 0.96 0.09 0.00
295_S 139_A 0.95 0.09 0.00
108_K 230_A 0.95 0.09 0.00
160_V 154_Q 0.95 0.09 0.00
91_Y 70_S 0.95 0.09 0.00
237_F 2_K 0.95 0.09 0.00
283_I 58_I 0.95 0.09 0.00
78_E 174_T 0.95 0.09 0.00
79_G 15_M 0.95 0.09 0.00
288_V 12_S 0.95 0.09 0.00
261_V 239_K 0.95 0.09 0.00
58_V 189_L 0.95 0.09 0.00
240_L 167_A 0.95 0.09 0.00
285_L 231_A 0.95 0.09 0.00
81_T 234_A 0.94 0.09 0.00
249_L 195_E 0.94 0.09 0.00
86_D 39_N 0.94 0.09 0.00
241_L 22_L 0.94 0.09 0.00
79_G 107_Q 0.93 0.09 0.00
90_V 46_A 0.93 0.09 0.00
123_W 24_T 0.93 0.09 0.00
288_V 147_N 0.93 0.09 0.00
71_N 238_Y 0.93 0.09 0.00
296_L 30_T 0.93 0.09 0.00
186_G 12_S 0.93 0.09 0.00
273_I 4_K 0.93 0.09 0.00
35_T 134_I 0.93 0.09 0.00
175_K 22_L 0.93 0.09 0.00
76_E 68_E 0.93 0.09 0.00
241_L 2_K 0.93 0.09 0.00
6_F 121_I 0.93 0.09 0.00
149_T 239_K 0.93 0.09 0.00
158_E 12_S 0.93 0.09 0.00
269_N 101_N 0.93 0.08 0.00
257_V 46_A 0.93 0.08 0.00
254_Y 235_E 0.92 0.08 0.00
247_S 242_R 0.92 0.08 0.00
186_G 190_T 0.92 0.08 0.00
236_A 13_T 0.92 0.08 0.00
21_W 107_Q 0.92 0.08 0.00
267_G 238_Y 0.92 0.08 0.00
9_L 123_T 0.92 0.08 0.00
172_R 111_A 0.91 0.08 0.00
103_V 171_A 0.91 0.08 0.00
80_Q 9_L 0.91 0.08 0.00
281_L 22_L 0.91 0.08 0.00
23_T 231_A 0.91 0.08 0.00
37_V 104_L 0.91 0.08 0.00
246_P 97_I 0.91 0.08 0.00
72_S 197_K 0.91 0.08 0.00
104_T 183_A 0.91 0.08 0.00
291_V 238_Y 0.91 0.08 0.00
84_N 230_A 0.91 0.08 0.00
22_M 136_R 0.91 0.08 0.00
246_P 63_S 0.91 0.08 0.00
131_N 55_V 0.90 0.08 0.00
158_E 24_T 0.90 0.08 0.00
296_L 127_S 0.90 0.08 0.00
296_L 241_K 0.90 0.08 0.00
83_T 17_S 0.90 0.08 0.00
287_F 12_S 0.90 0.08 0.00
94_L 149_K 0.90 0.08 0.00
72_S 34_I 0.90 0.08 0.00
102_S 166_V 0.90 0.08 0.00
300_I 66_Q 0.90 0.08 0.00
241_L 191_T 0.89 0.08 0.00
79_G 184_D 0.89 0.08 0.00
82_V 224_A 0.89 0.08 0.00
280_P 2_K 0.89 0.08 0.00
71_N 145_S 0.89 0.08 0.00
137_Y 132_E 0.89 0.08 0.00
292_F 233_V 0.89 0.08 0.00
295_S 17_S 0.89 0.08 0.00
72_S 233_V 0.89 0.08 0.00
23_T 112_Q 0.89 0.08 0.00
105_F 132_E 0.89 0.08 0.00
212_R 129_S 0.89 0.08 0.00
267_G 30_T 0.89 0.08 0.00
281_L 235_E 0.89 0.08 0.00
161_S 39_N 0.88 0.08 0.00
157_I 235_E 0.88 0.08 0.00
84_N 1_M 0.88 0.08 0.00
156_K 231_A 0.88 0.08 0.00
167_G 96_N 0.88 0.08 0.00
135_D 182_L 0.88 0.08 0.00
240_L 190_T 0.88 0.08 0.00
241_L 241_K 0.88 0.08 0.00
263_K 127_S 0.88 0.08 0.00
17_K 237_A 0.88 0.08 0.00
244_I 11_L 0.88 0.08 0.00
239_G 147_N 0.88 0.08 0.00
225_S 47_Q 0.88 0.08 0.00
269_N 134_I 0.88 0.08 0.00
114_K 187_Q 0.88 0.08 0.00
131_N 15_M 0.88 0.08 0.00
150_I 46_A 0.88 0.08 0.00
186_G 117_V 0.88 0.08 0.00
189_A 23_T 0.88 0.08 0.00
123_W 230_A 0.88 0.08 0.00
244_I 13_T 0.88 0.08 0.00
109_E 127_S 0.88 0.08 0.00
267_G 241_K 0.87 0.08 0.00
287_F 226_A 0.87 0.08 0.00
69_E 184_D 0.87 0.08 0.00
295_S 74_A 0.87 0.08 0.00
301_S 3_K 0.87 0.08 0.00
302_M 65_I 0.87 0.08 0.00
71_N 19_V 0.87 0.07 0.00
80_Q 15_M 0.87 0.07 0.00
185_L 153_Q 0.87 0.07 0.00
84_N 16_V 0.87 0.07 0.00
123_W 134_I 0.87 0.07 0.00
138_I 132_E 0.87 0.07 0.00
193_F 214_K 0.87 0.07 0.00
47_T 205_A 0.87 0.07 0.00
224_N 75_E 0.87 0.07 0.00
156_K 174_T 0.87 0.07 0.00
117_E 155_K 0.87 0.07 0.00
211_S 18_Q 0.87 0.07 0.00
213_E 236_A 0.86 0.07 0.00
6_F 58_I 0.86 0.07 0.00
79_G 23_T 0.86 0.07 0.00
76_E 234_A 0.86 0.07 0.00
108_K 36_A 0.86 0.07 0.00
193_F 56_D 0.86 0.07 0.00
244_I 214_K 0.86 0.07 0.00
197_F 16_V 0.86 0.07 0.00
96_N 9_L 0.86 0.07 0.00
41_A 230_A 0.86 0.07 0.00
274_S 163_E 0.86 0.07 0.00
278_F 157_D 0.86 0.07 0.00
237_F 187_Q 0.86 0.07 0.00
109_E 12_S 0.86 0.07 0.00
47_T 135_S 0.86 0.07 0.00
155_K 12_S 0.86 0.07 0.00
291_V 4_K 0.86 0.07 0.00
84_N 174_T 0.86 0.07 0.00
12_A 210_A 0.86 0.07 0.00
158_E 32_D 0.85 0.07 0.00
35_T 236_A 0.85 0.07 0.00
205_I 124_I 0.85 0.07 0.00
276_D 17_S 0.85 0.07 0.00
11_E 189_L 0.85 0.07 0.00
106_S 16_V 0.85 0.07 0.00
119_M 108_A 0.85 0.07 0.00
80_Q 7_A 0.85 0.07 0.00
182_V 74_A 0.85 0.07 0.00
84_N 235_E 0.85 0.07 0.00
76_E 8_S 0.85 0.07 0.00
212_R 15_M 0.85 0.07 0.00
301_S 240_E 0.85 0.07 0.00
123_W 12_S 0.85 0.07 0.00
79_G 235_E 0.85 0.07 0.00
157_I 17_S 0.85 0.07 0.00
254_Y 226_A 0.85 0.07 0.00
84_N 74_A 0.85 0.07 0.00
274_S 230_A 0.85 0.07 0.00
211_S 187_Q 0.85 0.07 0.00
237_F 240_E 0.85 0.07 0.00
265_L 218_L 0.85 0.07 0.00
236_A 154_Q 0.85 0.07 0.00
276_D 21_V 0.84 0.07 0.00
113_E 134_I 0.84 0.07 0.00
258_Y 82_E 0.84 0.07 0.00
238_I 229_R 0.84 0.07 0.00
60_V 150_M 0.84 0.07 0.00
85_N 24_T 0.84 0.07 0.00
274_S 242_R 0.84 0.07 0.00
78_E 12_S 0.84 0.07 0.00
62_V 51_A 0.84 0.07 0.00
236_A 2_K 0.84 0.07 0.00
81_T 233_V 0.84 0.07 0.00
291_V 19_V 0.84 0.07 0.00
84_N 234_A 0.84 0.07 0.00
233_L 210_A 0.84 0.07 0.00
163_V 214_K 0.84 0.07 0.00
267_G 240_E 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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