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OPENSEQ.org
BamC-BamD
Genes: A B A+B
Length: 344 245 574
Sequences: 518 1309 253
Seq/Len: 1.51 5.34 0.44
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.00
10 0.01 0.01 0.00
20 0.01 0.01 0.01
100 0.01 0.01 0.06
∞ 0.05 0.01 0.43
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
244_V 112_R 1.97 0.82 0.10
122_S 154_Y 1.64 0.62 0.04
307_V 195_V 1.46 0.49 0.03
131_I 154_Y 1.41 0.46 0.02
322_K 133_S 1.40 0.45 0.02
250_V 96_I 1.38 0.43 0.02
343_S 75_L 1.36 0.42 0.02
68_P 102_H 1.34 0.41 0.02
278_V 104_N 1.33 0.40 0.02
176_V 172_D 1.33 0.40 0.02
68_P 91_A 1.32 0.39 0.02
98_Q 213_D 1.30 0.38 0.02
332_D 18_A 1.29 0.37 0.01
174_V 202_L 1.28 0.36 0.01
67_I 144_F 1.27 0.36 0.01
70_T 160_T 1.27 0.36 0.01
244_V 191_W 1.25 0.34 0.01
176_V 199_E 1.25 0.34 0.01
130_T 154_Y 1.24 0.34 0.01
85_P 76_I 1.24 0.33 0.01
312_N 201_M 1.22 0.32 0.01
65_Y 134_D 1.21 0.32 0.01
275_N 109_M 1.21 0.32 0.01
62_S 21_S 1.21 0.32 0.01
144_D 46_G 1.20 0.31 0.01
276_M 21_S 1.18 0.30 0.01
52_A 172_D 1.17 0.29 0.01
95_A 99_N 1.16 0.28 0.01
291_L 181_V 1.16 0.28 0.01
146_V 134_D 1.16 0.28 0.01
46_P 34_E 1.16 0.28 0.01
189_A 227_M 1.15 0.28 0.01
119_Q 201_M 1.15 0.28 0.01
174_V 219_E 1.13 0.27 0.01
270_T 160_T 1.13 0.27 0.01
89_L 62_Y 1.13 0.27 0.01
88_P 151_V 1.12 0.26 0.01
67_I 73_L 1.11 0.26 0.01
85_P 75_L 1.11 0.26 0.01
307_V 128_F 1.11 0.26 0.01
326_L 80_Y 1.11 0.25 0.01
277_A 184_Y 1.11 0.25 0.01
335_V 154_Y 1.10 0.25 0.01
134_R 187_E 1.10 0.25 0.01
245_R 192_V 1.10 0.25 0.01
131_I 43_L 1.10 0.25 0.01
68_P 35_I 1.09 0.25 0.01
288_W 64_F 1.09 0.24 0.01
247_P 97_R 1.09 0.24 0.01
94_G 63_P 1.09 0.24 0.01
44_A 21_S 1.09 0.24 0.01
129_Y 141_R 1.09 0.24 0.01
198_S 108_V 1.09 0.24 0.01
202_M 107_Y 1.08 0.24 0.01
295_D 21_S 1.08 0.24 0.01
176_V 24_K 1.08 0.24 0.01
163_I 60_N 1.08 0.24 0.01
82_I 15_L 1.07 0.24 0.01
236_D 48_W 1.07 0.24 0.01
261_K 72_Q 1.07 0.24 0.01
322_K 74_D 1.07 0.23 0.01
85_P 55_L 1.07 0.23 0.01
300_S 64_F 1.06 0.23 0.01
272_S 163_A 1.06 0.23 0.01
217_A 16_F 1.06 0.23 0.01
310_L 192_V 1.06 0.23 0.01
330_Q 170_L 1.06 0.23 0.01
163_I 156_N 1.06 0.23 0.01
203_N 144_F 1.05 0.23 0.01
78_K 97_R 1.05 0.23 0.01
95_A 82_N 1.04 0.22 0.01
263_G 170_L 1.04 0.22 0.01
242_L 178_E 1.04 0.22 0.01
335_V 171_K 1.04 0.22 0.01
94_G 92_I 1.04 0.22 0.01
89_L 63_P 1.03 0.21 0.01
67_I 219_E 1.03 0.21 0.01
80_L 192_V 1.03 0.21 0.01
300_S 63_P 1.03 0.21 0.01
105_S 68_S 1.03 0.21 0.01
135_D 143_A 1.03 0.21 0.01
133_Q 55_L 1.02 0.21 0.01
145_W 167_L 1.02 0.21 0.01
307_V 24_K 1.02 0.21 0.01
291_L 168_V 1.02 0.21 0.01
67_I 92_I 1.02 0.21 0.01
300_S 96_I 1.02 0.21 0.01
63_G 143_A 1.01 0.21 0.01
254_R 120_D 1.01 0.20 0.01
97_T 225_M 1.01 0.20 0.01
272_S 219_E 1.01 0.20 0.01
309_D 47_N 1.01 0.20 0.01
49_E 203_R 1.01 0.20 0.01
309_D 221_A 1.01 0.20 0.01
288_W 75_L 1.00 0.20 0.01
55_G 236_K 1.00 0.20 0.01
300_S 67_Y 1.00 0.20 0.01
200_E 144_F 1.00 0.20 0.01
156_Q 237_I 1.00 0.20 0.01
228_M 112_R 1.00 0.20 0.01
209_L 111_M 0.99 0.19 0.01
335_V 63_P 0.99 0.19 0.01
248_F 169_F 0.99 0.19 0.01
146_V 171_K 0.99 0.19 0.01
301_G 177_Y 0.99 0.19 0.01
189_A 64_F 0.98 0.19 0.01
50_L 107_Y 0.98 0.19 0.01
117_W 52_I 0.98 0.19 0.01
335_V 86_P 0.98 0.19 0.01
331_N 158_Q 0.98 0.19 0.01
278_V 90_A 0.98 0.19 0.01
250_V 212_R 0.98 0.19 0.01
206_S 130_V 0.97 0.19 0.01
321_P 239_A 0.97 0.19 0.01
126_A 167_L 0.97 0.19 0.01
198_S 109_M 0.97 0.18 0.01
264_M 175_A 0.97 0.18 0.01
74_G 128_F 0.97 0.18 0.01
267_T 17_L 0.97 0.18 0.01
313_R 160_T 0.97 0.18 0.01
256_P 188_R 0.96 0.18 0.01
102_D 143_A 0.96 0.18 0.01
320_D 14_S 0.96 0.18 0.01
133_Q 154_Y 0.96 0.18 0.01
204_V 149_K 0.96 0.18 0.01
89_L 102_H 0.96 0.18 0.01
179_L 183_E 0.95 0.18 0.01
128_N 41_Q 0.95 0.18 0.01
315_S 75_L 0.95 0.18 0.01
63_G 92_I 0.95 0.18 0.01
54_A 130_V 0.95 0.18 0.01
116_L 189_G 0.95 0.18 0.01
257_A 183_E 0.95 0.18 0.01
272_S 237_I 0.95 0.18 0.01
131_I 184_Y 0.95 0.18 0.01
51_H 52_I 0.95 0.18 0.01
299_A 18_A 0.94 0.17 0.01
168_Q 218_M 0.94 0.17 0.01
219_A 181_V 0.94 0.17 0.01
131_I 132_R 0.94 0.17 0.00
160_R 169_F 0.94 0.17 0.00
176_V 28_P 0.94 0.17 0.00
201_M 116_N 0.94 0.17 0.00
214_T 66_P 0.94 0.17 0.00
114_N 205_Y 0.94 0.17 0.00
254_R 32_P 0.93 0.17 0.00
196_R 79_Y 0.93 0.17 0.00
341_A 75_L 0.93 0.17 0.00
209_L 109_M 0.93 0.17 0.00
176_V 240_A 0.93 0.17 0.00
305_L 142_A 0.93 0.17 0.00
120_V 151_V 0.93 0.17 0.00
252_W 144_F 0.93 0.17 0.00
270_T 176_K 0.93 0.17 0.00
276_M 225_M 0.93 0.17 0.00
342_F 225_M 0.93 0.17 0.00
194_M 22_G 0.93 0.17 0.00
200_E 224_Q 0.92 0.17 0.00
238_G 239_A 0.92 0.17 0.00
292_G 85_L 0.92 0.17 0.00
158_R 183_E 0.92 0.16 0.00
189_A 42_K 0.92 0.16 0.00
89_L 241_N 0.92 0.16 0.00
147_Q 198_V 0.92 0.16 0.00
203_N 57_A 0.92 0.16 0.00
106_L 42_K 0.92 0.16 0.00
269_S 237_I 0.92 0.16 0.00
336_A 211_T 0.92 0.16 0.00
54_A 76_I 0.92 0.16 0.00
341_A 63_P 0.91 0.16 0.00
124_L 111_M 0.91 0.16 0.00
316_L 218_M 0.91 0.16 0.00
238_G 144_F 0.91 0.16 0.00
263_G 181_V 0.91 0.16 0.00
331_N 143_A 0.91 0.16 0.00
292_G 64_F 0.90 0.16 0.00
338_F 66_P 0.90 0.15 0.00
219_A 151_V 0.90 0.15 0.00
140_T 109_M 0.90 0.15 0.00
66_A 32_P 0.90 0.15 0.00
136_D 91_A 0.90 0.15 0.00
59_P 81_K 0.90 0.15 0.00
69_V 35_I 0.90 0.15 0.00
140_T 40_Q 0.90 0.15 0.00
215_D 225_M 0.90 0.15 0.00
175_T 231_A 0.90 0.15 0.00
152_D 62_Y 0.90 0.15 0.00
254_R 205_Y 0.90 0.15 0.00
13_V 88_A 0.89 0.15 0.00
342_F 141_R 0.89 0.15 0.00
180_N 189_G 0.89 0.15 0.00
289_Q 115_T 0.89 0.15 0.00
258_A 99_N 0.89 0.15 0.00
129_Y 216_P 0.89 0.15 0.00
340_A 143_A 0.89 0.15 0.00
280_Y 175_A 0.89 0.15 0.00
259_L 120_D 0.89 0.15 0.00
227_T 39_A 0.89 0.15 0.00
113_G 109_M 0.89 0.15 0.00
288_W 177_Y 0.88 0.15 0.00
232_S 80_Y 0.88 0.15 0.00
95_A 127_F 0.88 0.15 0.00
161_Y 171_K 0.88 0.15 0.00
339_Q 43_L 0.88 0.15 0.00
302_D 208_T 0.88 0.15 0.00
59_P 206_P 0.88 0.15 0.00
249_N 223_R 0.88 0.15 0.00
208_G 167_L 0.88 0.15 0.00
334_L 191_W 0.88 0.15 0.00
138_G 170_L 0.88 0.15 0.00
271_R 233_K 0.88 0.15 0.00
320_D 154_Y 0.88 0.15 0.00
148_W 87_L 0.87 0.15 0.00
132_T 44_Q 0.87 0.15 0.00
70_T 218_M 0.87 0.14 0.00
295_D 79_Y 0.87 0.14 0.00
276_M 60_N 0.87 0.14 0.00
342_F 10_A 0.87 0.14 0.00
210_D 130_V 0.87 0.14 0.00
205_I 191_W 0.87 0.14 0.00
179_L 106_D 0.87 0.14 0.00
216_A 102_H 0.87 0.14 0.00
106_L 111_M 0.87 0.14 0.00
341_A 205_Y 0.87 0.14 0.00
341_A 55_L 0.87 0.14 0.00
118_P 91_A 0.87 0.14 0.00
227_T 89_Q 0.86 0.14 0.00
258_A 105_I 0.86 0.14 0.00
141_L 55_L 0.86 0.14 0.00
197_Y 111_M 0.86 0.14 0.00
205_I 210_A 0.86 0.14 0.00
233_A 40_Q 0.86 0.14 0.00
50_L 214_A 0.86 0.14 0.00
89_L 65_G 0.86 0.14 0.00
79_A 105_I 0.86 0.14 0.00
306_Q 62_Y 0.86 0.14 0.00
89_L 113_G 0.86 0.14 0.00
322_K 43_L 0.86 0.14 0.00
290_E 42_K 0.86 0.14 0.00
129_Y 18_A 0.86 0.14 0.00
164_S 154_Y 0.86 0.14 0.00
53_P 136_D 0.86 0.14 0.00
316_L 44_Q 0.86 0.14 0.00
235_D 127_F 0.86 0.14 0.00
59_P 132_R 0.85 0.14 0.00
186_K 221_A 0.85 0.14 0.00
144_D 199_E 0.85 0.14 0.00
217_A 48_W 0.85 0.14 0.00
23_A 160_T 0.85 0.14 0.00
121_V 108_V 0.85 0.14 0.00
79_A 19_G 0.85 0.14 0.00
14_A 12_T 0.85 0.14 0.00
95_A 192_V 0.85 0.14 0.00
316_L 166_R 0.85 0.14 0.00
215_D 54_Q 0.85 0.14 0.00
117_W 80_Y 0.85 0.14 0.00
220_A 43_L 0.85 0.14 0.00
290_E 205_Y 0.85 0.14 0.00
95_A 149_K 0.85 0.14 0.00
131_I 75_L 0.84 0.14 0.00
69_V 62_Y 0.84 0.13 0.00
148_W 199_E 0.84 0.13 0.00
146_V 111_M 0.84 0.13 0.00
16_V 237_I 0.84 0.13 0.00
45_A 12_T 0.84 0.13 0.00
83_R 238_I 0.84 0.13 0.00
148_W 198_V 0.84 0.13 0.00
255_L 118_A 0.84 0.13 0.00
141_L 122_S 0.84 0.13 0.00
60_V 108_V 0.84 0.13 0.00
317_Q 62_Y 0.84 0.13 0.00
247_P 28_P 0.84 0.13 0.00
85_P 73_L 0.84 0.13 0.00
116_L 103_P 0.84 0.13 0.00
192_A 55_L 0.84 0.13 0.00
58_L 156_N 0.84 0.13 0.00
137_A 244_N 0.84 0.13 0.00
320_D 93_D 0.84 0.13 0.00
335_V 64_F 0.84 0.13 0.00
311_D 152_R 0.83 0.13 0.00
151_L 130_V 0.83 0.13 0.00
130_T 33_N 0.83 0.13 0.00
9_R 230_Q 0.83 0.13 0.00
237_T 206_P 0.83 0.13 0.00
172_Q 35_I 0.83 0.13 0.00
331_N 81_K 0.83 0.13 0.00
65_Y 171_K 0.83 0.13 0.00
90_A 73_L 0.83 0.13 0.00
244_V 40_Q 0.83 0.13 0.00
267_T 34_E 0.83 0.13 0.00
56_M 230_Q 0.83 0.13 0.00
151_L 199_E 0.83 0.13 0.00
120_V 143_A 0.83 0.13 0.00
152_D 102_H 0.83 0.13 0.00
126_A 170_L 0.83 0.13 0.00
131_I 67_Y 0.83 0.13 0.00
60_V 73_L 0.83 0.13 0.00
275_N 167_L 0.83 0.13 0.00
298_L 92_I 0.83 0.13 0.00
327_T 232_E 0.83 0.13 0.00
41_Y 136_D 0.83 0.13 0.00
117_W 58_L 0.83 0.13 0.00
185_G 120_D 0.82 0.13 0.00
52_A 238_I 0.82 0.13 0.00
115_T 19_G 0.82 0.13 0.00
146_V 130_V 0.82 0.13 0.00
280_Y 201_M 0.82 0.13 0.00
172_Q 65_G 0.82 0.13 0.00
275_N 148_S 0.82 0.13 0.00
291_L 193_A 0.82 0.13 0.00
93_S 65_G 0.82 0.13 0.00
330_Q 102_H 0.82 0.13 0.00
146_V 245_T 0.82 0.13 0.00
129_Y 243_S 0.81 0.12 0.00
284_S 15_L 0.81 0.12 0.00
280_Y 88_A 0.81 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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