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OPENSEQ.org
BamB-BamC
Genes: A B A+B
Length: 392 344 715
Sequences: 3152 518 285
Seq/Len: 8.04 1.51 0.4
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.40
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.00
2 0.02 0.01 0.00
5 0.04 0.01 0.00
10 0.05 0.01 0.01
20 0.05 0.01 0.01
100 0.07 0.01 0.08
∞ 0.13 0.05 0.39
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
51_S 305_L 1.50 0.50 0.00
19_G 272_S 1.48 0.48 0.00
34_P 131_I 1.42 0.44 0.00
92_I 342_F 1.41 0.43 0.00
34_P 67_I 1.36 0.40 0.00
73_Y 272_S 1.34 0.38 0.00
34_P 182_E 1.28 0.34 0.00
190_P 263_G 1.28 0.34 0.00
140_T 222_N 1.27 0.34 0.00
223_Q 270_T 1.26 0.33 0.00
72_V 106_L 1.24 0.32 0.00
73_Y 268_D 1.24 0.32 0.00
91_E 307_V 1.17 0.28 0.00
144_Q 65_Y 1.16 0.27 0.00
387_V 100_T 1.16 0.27 0.00
74_A 295_D 1.14 0.26 0.00
226_M 24_A 1.13 0.25 0.00
379_L 106_L 1.11 0.24 0.00
19_G 117_W 1.11 0.24 0.00
38_V 239_L 1.11 0.24 0.00
72_V 340_A 1.10 0.24 0.00
262_A 248_F 1.09 0.23 0.00
164_I 181_L 1.09 0.23 0.00
271_D 269_S 1.09 0.23 0.00
74_A 215_D 1.09 0.23 0.00
372_V 278_V 1.09 0.23 0.00
162_V 268_D 1.08 0.22 0.00
173_A 255_L 1.08 0.22 0.00
38_V 90_A 1.07 0.22 0.00
81_V 240_P 1.06 0.21 0.00
306_M 135_D 1.05 0.21 0.00
253_V 330_Q 1.05 0.21 0.00
235_A 198_S 1.05 0.21 0.00
311_D 112_R 1.05 0.21 0.00
175_N 248_F 1.04 0.21 0.00
21_S 338_F 1.04 0.20 0.00
215_R 88_P 1.04 0.20 0.00
342_S 40_A 1.04 0.20 0.00
173_A 331_N 1.04 0.20 0.00
290_I 305_L 1.03 0.20 0.00
240_E 337_V 1.03 0.20 0.00
178_D 128_N 1.03 0.20 0.00
297_Y 330_Q 1.03 0.20 0.00
297_Y 316_L 1.03 0.20 0.00
384_D 340_A 1.02 0.20 0.00
178_D 18_L 1.02 0.20 0.00
332_L 280_Y 1.02 0.20 0.00
88_D 23_A 1.02 0.20 0.00
382_A 159_G 1.01 0.19 0.00
87_D 325_T 1.01 0.19 0.00
290_I 177_K 1.00 0.19 0.00
263_Y 136_D 1.00 0.19 0.00
69_D 205_I 1.00 0.19 0.00
331_V 266_V 1.00 0.19 0.00
129_A 68_P 0.99 0.18 0.00
271_D 132_T 0.99 0.18 0.00
348_W 203_N 0.99 0.18 0.00
195_R 288_W 0.99 0.18 0.00
319_Q 266_V 0.98 0.18 0.00
196_G 154_D 0.98 0.18 0.00
73_Y 52_A 0.98 0.18 0.00
38_V 220_A 0.97 0.17 0.00
171_L 238_G 0.97 0.17 0.00
329_S 127_K 0.96 0.17 0.00
45_T 251_V 0.96 0.17 0.00
131_V 163_I 0.96 0.17 0.00
149_G 203_N 0.96 0.17 0.00
47_A 66_A 0.95 0.17 0.00
390_I 116_L 0.95 0.17 0.00
356_F 317_Q 0.95 0.17 0.00
50_T 120_V 0.95 0.17 0.00
389_S 141_L 0.94 0.16 0.00
58_N 16_V 0.94 0.16 0.00
115_V 101_G 0.94 0.16 0.00
369_T 92_V 0.94 0.16 0.00
125_G 68_P 0.94 0.16 0.00
135_N 125_Q 0.94 0.16 0.00
152_L 340_A 0.93 0.16 0.00
328_T 120_V 0.93 0.16 0.00
128_K 118_P 0.93 0.16 0.00
380_I 119_Q 0.93 0.16 0.00
134_L 85_P 0.93 0.16 0.00
249_T 105_S 0.93 0.16 0.00
66_A 270_T 0.92 0.15 0.00
112_S 243_V 0.92 0.15 0.00
207_A 193_S 0.92 0.15 0.00
155_P 41_Y 0.92 0.15 0.00
300_D 337_V 0.92 0.15 0.00
387_V 49_E 0.92 0.15 0.00
124_I 191_A 0.92 0.15 0.00
391_T 307_V 0.92 0.15 0.00
178_D 16_V 0.92 0.15 0.00
223_Q 97_T 0.92 0.15 0.00
141_V 43_E 0.92 0.15 0.00
96_S 317_Q 0.92 0.15 0.00
263_Y 218_N 0.92 0.15 0.00
327_L 319_I 0.92 0.15 0.00
173_A 282_P 0.91 0.15 0.00
389_S 280_Y 0.91 0.15 0.00
335_G 97_T 0.91 0.15 0.00
66_A 234_A 0.91 0.15 0.00
9_P 226_T 0.91 0.15 0.00
164_I 244_V 0.91 0.15 0.00
120_G 244_V 0.91 0.15 0.00
58_N 158_R 0.90 0.15 0.00
153_S 329_S 0.90 0.15 0.00
148_A 131_I 0.90 0.15 0.00
71_V 67_I 0.90 0.15 0.00
353_D 248_F 0.90 0.15 0.00
208_V 142_T 0.90 0.15 0.00
260_A 113_G 0.90 0.14 0.00
312_G 229_D 0.90 0.14 0.00
258_V 18_L 0.90 0.14 0.00
13_S 297_G 0.89 0.14 0.00
116_T 255_L 0.89 0.14 0.00
122_V 236_D 0.89 0.14 0.00
135_N 318_F 0.89 0.14 0.00
305_V 318_F 0.89 0.14 0.00
122_V 177_K 0.89 0.14 0.00
208_V 343_S 0.89 0.14 0.00
175_N 340_A 0.89 0.14 0.00
319_Q 300_S 0.89 0.14 0.00
223_Q 107_L 0.89 0.14 0.00
175_N 16_V 0.89 0.14 0.00
204_F 163_I 0.88 0.14 0.00
337_L 121_V 0.88 0.14 0.00
277_I 67_I 0.88 0.14 0.00
72_V 289_Q 0.88 0.14 0.00
338_V 203_N 0.88 0.14 0.00
376_G 278_V 0.87 0.14 0.00
156_V 251_V 0.87 0.14 0.00
307_A 16_V 0.87 0.14 0.00
293_G 320_D 0.87 0.14 0.00
373_A 131_I 0.87 0.14 0.00
296_I 183_Q 0.87 0.14 0.00
36_P 314_S 0.87 0.14 0.00
336_N 288_W 0.87 0.14 0.00
356_F 307_V 0.86 0.13 0.00
205_G 203_N 0.86 0.13 0.00
34_P 294_S 0.86 0.13 0.00
337_L 307_V 0.86 0.13 0.00
74_A 88_P 0.86 0.13 0.00
51_S 116_L 0.86 0.13 0.00
8_L 263_G 0.86 0.13 0.00
273_R 284_S 0.86 0.13 0.00
125_G 316_L 0.86 0.13 0.00
173_A 71_N 0.86 0.13 0.00
153_S 172_Q 0.86 0.13 0.00
321_D 266_V 0.86 0.13 0.00
180_A 242_L 0.86 0.13 0.00
84_L 192_A 0.85 0.13 0.00
216_V 13_V 0.85 0.13 0.00
366_G 307_V 0.85 0.13 0.00
194_L 196_R 0.85 0.13 0.00
12_L 120_V 0.85 0.13 0.00
239_T 254_R 0.85 0.13 0.00
39_E 40_A 0.85 0.13 0.00
142_A 137_A 0.85 0.13 0.00
21_S 103_T 0.85 0.13 0.00
111_L 24_A 0.85 0.13 0.00
298_L 340_A 0.85 0.13 0.00
69_D 121_V 0.85 0.13 0.00
296_I 304_K 0.85 0.13 0.00
32_M 188_V 0.85 0.13 0.00
165_H 66_A 0.85 0.13 0.00
380_I 120_V 0.85 0.13 0.00
154_R 128_N 0.85 0.13 0.00
73_Y 119_Q 0.85 0.13 0.00
253_V 141_L 0.85 0.13 0.00
136_T 27_S 0.84 0.13 0.00
382_A 264_M 0.84 0.13 0.00
69_D 242_L 0.84 0.13 0.00
182_K 329_S 0.84 0.13 0.00
353_D 137_A 0.84 0.13 0.00
13_S 193_S 0.84 0.13 0.00
86_A 131_I 0.84 0.13 0.00
157_V 143_T 0.84 0.13 0.00
212_D 135_D 0.84 0.13 0.00
375_D 305_L 0.84 0.13 0.00
289_F 261_K 0.84 0.13 0.00
389_S 337_V 0.84 0.13 0.00
337_L 282_P 0.84 0.12 0.00
175_N 96_R 0.84 0.12 0.00
352_E 125_Q 0.84 0.12 0.00
171_L 241_M 0.83 0.12 0.00
90_K 289_Q 0.83 0.12 0.00
349_I 193_S 0.83 0.12 0.00
76_D 120_V 0.83 0.12 0.00
134_L 48_A 0.83 0.12 0.00
151_A 131_I 0.83 0.12 0.00
124_I 175_T 0.83 0.12 0.00
51_S 244_V 0.83 0.12 0.00
274_S 310_L 0.83 0.12 0.00
349_I 58_L 0.83 0.12 0.00
98_A 174_V 0.83 0.12 0.00
43_T 120_V 0.83 0.12 0.00
203_A 93_S 0.82 0.12 0.00
208_V 226_T 0.82 0.12 0.00
114_G 280_Y 0.82 0.12 0.00
255_N 275_N 0.82 0.12 0.00
346_L 333_A 0.82 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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