May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BamA-BamD
Genes: A B A+B
Length: 810 245 983
Sequences: 1557 1309 701
Seq/Len: 1.92 5.34 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.00
2 0.02 0.01 0.00
5 0.02 0.01 0.00
10 0.02 0.01 0.01
20 0.02 0.01 0.02
100 0.02 0.01 0.09
∞ 0.04 0.01 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
652_F 191_W 1.65 0.77 0.02
608_Y 163_A 1.42 0.60 0.01
361_K 134_D 1.39 0.58 0.01
394_F 150_L 1.37 0.57 0.01
351_K 178_E 1.35 0.55 0.01
366_R 185_Y 1.31 0.52 0.01
177_I 95_F 1.30 0.51 0.01
125_L 59_D 1.23 0.45 0.01
226_L 153_G 1.18 0.41 0.01
414_V 73_L 1.17 0.40 0.01
183_V 218_M 1.16 0.39 0.01
736_S 80_Y 1.15 0.39 0.01
808_K 206_P 1.15 0.39 0.01
362_D 36_Y 1.14 0.37 0.01
745_W 205_Y 1.13 0.37 0.01
414_V 242_S 1.12 0.36 0.01
378_G 205_Y 1.12 0.36 0.01
105_V 212_R 1.12 0.36 0.01
119_V 39_A 1.12 0.36 0.01
260_I 88_A 1.11 0.35 0.01
84_L 113_G 1.11 0.35 0.01
774_L 184_Y 1.10 0.34 0.00
71_N 137_P 1.08 0.33 0.00
235_Y 110_Y 1.08 0.33 0.00
642_G 189_G 1.08 0.33 0.00
38_A 99_N 1.08 0.33 0.00
652_F 16_F 1.07 0.32 0.00
27_K 156_N 1.07 0.32 0.00
149_A 75_L 1.07 0.32 0.00
654_A 48_W 1.06 0.31 0.00
372_M 79_Y 1.05 0.31 0.00
378_G 213_D 1.05 0.31 0.00
214_Y 243_S 1.05 0.30 0.00
187_A 105_I 1.04 0.30 0.00
472_S 212_R 1.04 0.30 0.00
347_F 96_I 1.04 0.30 0.00
75_V 99_N 1.04 0.30 0.00
286_Q 202_L 1.03 0.29 0.00
392_L 179_Y 1.03 0.29 0.00
103_K 163_A 1.03 0.29 0.00
741_M 212_R 1.02 0.29 0.00
341_V 110_Y 1.02 0.29 0.00
533_H 221_A 1.02 0.28 0.00
655_G 206_P 1.01 0.28 0.00
339_V 59_D 1.01 0.28 0.00
301_V 181_V 1.01 0.28 0.00
742_G 95_F 1.01 0.28 0.00
480_V 187_E 1.00 0.28 0.00
806_I 134_D 1.00 0.27 0.00
596_T 96_I 1.00 0.27 0.00
42_A 206_P 1.00 0.27 0.00
190_T 19_G 1.00 0.27 0.00
372_M 190_A 0.99 0.26 0.00
122_G 64_F 0.98 0.26 0.00
773_A 124_L 0.98 0.26 0.00
269_S 19_G 0.98 0.26 0.00
652_F 10_A 0.98 0.26 0.00
515_L 113_G 0.97 0.25 0.00
652_F 124_L 0.97 0.25 0.00
769_S 78_A 0.97 0.25 0.00
176_E 163_A 0.96 0.25 0.00
169_F 102_H 0.96 0.25 0.00
668_I 166_R 0.96 0.25 0.00
348_Y 73_L 0.96 0.25 0.00
55_N 19_G 0.96 0.24 0.00
583_R 72_Q 0.96 0.24 0.00
733_V 13_L 0.96 0.24 0.00
49_R 95_F 0.95 0.24 0.00
38_A 93_D 0.95 0.24 0.00
471_L 110_Y 0.95 0.24 0.00
354_F 221_A 0.95 0.24 0.00
190_T 118_A 0.95 0.24 0.00
492_N 135_R 0.95 0.24 0.00
516_G 39_A 0.94 0.23 0.00
704_D 108_V 0.94 0.23 0.00
260_I 48_W 0.94 0.23 0.00
76_R 49_R 0.94 0.23 0.00
804_F 80_Y 0.94 0.23 0.00
505_T 202_L 0.94 0.23 0.00
580_K 187_E 0.94 0.23 0.00
348_Y 185_Y 0.94 0.23 0.00
258_V 207_D 0.93 0.23 0.00
389_L 167_L 0.93 0.23 0.00
230_Y 214_A 0.93 0.23 0.00
568_D 127_F 0.93 0.23 0.00
352_I 195_V 0.93 0.23 0.00
163_V 68_S 0.93 0.22 0.00
189_T 226_Q 0.92 0.22 0.00
598_K 183_E 0.92 0.22 0.00
312_L 92_I 0.92 0.22 0.00
663_F 80_Y 0.92 0.22 0.00
260_I 224_Q 0.92 0.22 0.00
73_E 97_R 0.92 0.22 0.00
355_E 138_Q 0.92 0.22 0.00
226_L 62_Y 0.92 0.22 0.00
271_V 154_Y 0.91 0.22 0.00
265_Q 151_V 0.91 0.22 0.00
244_Q 113_G 0.91 0.22 0.00
240_I 187_E 0.91 0.21 0.00
69_T 21_S 0.91 0.21 0.00
490_F 143_A 0.91 0.21 0.00
226_L 49_R 0.91 0.21 0.00
268_L 154_Y 0.90 0.21 0.00
703_D 12_T 0.90 0.21 0.00
397_T 11_A 0.90 0.21 0.00
46_M 117_M 0.90 0.21 0.00
669_G 193_A 0.90 0.21 0.00
766_I 212_R 0.90 0.21 0.00
299_T 56_E 0.90 0.21 0.00
375_A 74_D 0.90 0.21 0.00
426_F 161_T 0.89 0.21 0.00
213_K 170_L 0.89 0.21 0.00
209_V 113_G 0.89 0.21 0.00
389_L 158_Q 0.89 0.21 0.00
165_L 11_A 0.89 0.21 0.00
416_Y 195_V 0.89 0.21 0.00
270_G 18_A 0.89 0.21 0.00
296_Y 46_G 0.89 0.20 0.00
169_F 15_L 0.89 0.20 0.00
633_T 202_L 0.89 0.20 0.00
190_T 46_G 0.89 0.20 0.00
809_T 147_F 0.89 0.20 0.00
218_K 58_L 0.89 0.20 0.00
75_V 235_A 0.89 0.20 0.00
484_S 190_A 0.89 0.20 0.00
438_V 79_Y 0.89 0.20 0.00
767_R 110_Y 0.89 0.20 0.00
322_V 18_A 0.89 0.20 0.00
83_T 154_Y 0.89 0.20 0.00
322_V 160_T 0.88 0.20 0.00
784_V 130_V 0.88 0.20 0.00
296_Y 96_I 0.88 0.20 0.00
652_F 128_F 0.88 0.20 0.00
432_Y 216_P 0.88 0.20 0.00
671_K 143_A 0.88 0.20 0.00
177_I 212_R 0.88 0.20 0.00
240_I 173_R 0.88 0.20 0.00
743_T 96_I 0.88 0.20 0.00
454_Y 129_G 0.87 0.20 0.00
669_G 175_A 0.87 0.19 0.00
235_Y 81_K 0.87 0.19 0.00
717_E 143_A 0.87 0.19 0.00
442_A 21_S 0.87 0.19 0.00
660_V 53_T 0.87 0.19 0.00
621_I 240_A 0.86 0.19 0.00
367_R 170_L 0.86 0.19 0.00
63_I 220_N 0.86 0.19 0.00
475_N 243_S 0.86 0.19 0.00
25_V 81_K 0.86 0.19 0.00
242_S 17_L 0.86 0.19 0.00
531_Y 17_L 0.86 0.19 0.00
346_R 72_Q 0.86 0.19 0.00
587_P 183_E 0.86 0.19 0.00
484_S 65_G 0.85 0.19 0.00
191_D 199_E 0.85 0.19 0.00
663_F 140_A 0.85 0.19 0.00
805_N 184_Y 0.85 0.19 0.00
84_L 205_Y 0.85 0.19 0.00
34_L 55_L 0.85 0.18 0.00
447_D 154_Y 0.85 0.18 0.00
430_I 13_L 0.85 0.18 0.00
87_Q 154_Y 0.85 0.18 0.00
719_I 76_I 0.85 0.18 0.00
642_G 83_A 0.85 0.18 0.00
268_L 164_T 0.85 0.18 0.00
500_D 242_S 0.85 0.18 0.00
445_Q 102_H 0.85 0.18 0.00
401_D 79_Y 0.85 0.18 0.00
608_Y 81_K 0.85 0.18 0.00
240_I 208_T 0.84 0.18 0.00
512_D 145_S 0.84 0.18 0.00
151_V 220_N 0.84 0.18 0.00
776_W 107_Y 0.84 0.18 0.00
414_V 62_Y 0.84 0.18 0.00
153_A 147_F 0.84 0.18 0.00
169_F 53_T 0.84 0.18 0.00
387_E 221_A 0.84 0.18 0.00
646_M 216_P 0.84 0.18 0.00
283_E 160_T 0.83 0.17 0.00
743_T 19_G 0.83 0.17 0.00
444_V 12_T 0.83 0.17 0.00
416_Y 82_N 0.83 0.17 0.00
188_F 80_Y 0.83 0.17 0.00
337_L 204_D 0.83 0.17 0.00
256_V 35_I 0.83 0.17 0.00
635_W 79_Y 0.83 0.17 0.00
291_E 44_Q 0.83 0.17 0.00
636_G 125_Q 0.83 0.17 0.00
790_P 229_A 0.83 0.17 0.00
137_L 160_T 0.83 0.17 0.00
266_Y 185_Y 0.83 0.17 0.00
352_I 154_Y 0.83 0.17 0.00
103_K 145_S 0.82 0.17 0.00
287_L 193_A 0.82 0.17 0.00
349_V 52_I 0.82 0.17 0.00
341_V 53_T 0.82 0.17 0.00
467_T 150_L 0.82 0.17 0.00
621_I 227_M 0.82 0.17 0.00
260_I 167_L 0.82 0.17 0.00
802_F 88_A 0.82 0.17 0.00
341_V 140_A 0.82 0.17 0.00
151_V 157_S 0.82 0.17 0.00
365_L 156_N 0.82 0.17 0.00
164_D 58_L 0.82 0.17 0.00
746_D 143_A 0.82 0.17 0.00
181_N 154_Y 0.82 0.17 0.00
193_L 183_E 0.82 0.17 0.00
110_L 49_R 0.82 0.17 0.00
567_T 127_F 0.82 0.17 0.00
646_M 89_Q 0.82 0.17 0.00
374_G 130_V 0.82 0.17 0.00
723_P 199_E 0.81 0.17 0.00
86_V 9_A 0.81 0.17 0.00
487_G 154_Y 0.81 0.17 0.00
788_A 242_S 0.81 0.17 0.00
49_R 244_N 0.81 0.17 0.00
95_A 151_V 0.81 0.17 0.00
91_R 208_T 0.81 0.17 0.00
520_N 110_Y 0.81 0.16 0.00
528_G 39_A 0.81 0.16 0.00
800_E 77_Y 0.81 0.16 0.00
300_K 13_L 0.81 0.16 0.00
594_N 127_F 0.81 0.16 0.00
27_K 228_N 0.81 0.16 0.00
445_Q 163_A 0.81 0.16 0.00
785_F 36_Y 0.81 0.16 0.00
469_A 39_A 0.81 0.16 0.00
318_A 98_L 0.81 0.16 0.00
458_I 149_K 0.81 0.16 0.00
104_S 119_L 0.80 0.16 0.00
365_L 116_N 0.80 0.16 0.00
118_G 198_V 0.80 0.16 0.00
429_G 26_E 0.80 0.16 0.00
426_F 148_S 0.80 0.16 0.00
268_L 105_I 0.80 0.16 0.00
268_L 110_Y 0.80 0.16 0.00
428_F 205_Y 0.80 0.16 0.00
463_N 76_I 0.80 0.16 0.00
131_A 99_N 0.80 0.16 0.00
358_D 116_N 0.80 0.16 0.00
75_V 232_E 0.80 0.16 0.00
510_G 84_D 0.80 0.16 0.00
49_R 165_K 0.80 0.16 0.00
772_I 12_T 0.80 0.16 0.00
260_I 95_F 0.80 0.16 0.00
667_T 212_R 0.80 0.16 0.00
117_S 111_M 0.80 0.16 0.00
26_V 189_G 0.79 0.16 0.00
130_I 141_R 0.79 0.16 0.00
753_Q 102_H 0.79 0.16 0.00
511_T 105_I 0.79 0.16 0.00
120_R 93_D 0.79 0.16 0.00
519_I 150_L 0.79 0.16 0.00
580_K 221_A 0.79 0.16 0.00
741_M 181_V 0.79 0.16 0.00
63_I 58_L 0.79 0.15 0.00
89_K 234_V 0.79 0.15 0.00
226_L 142_A 0.79 0.15 0.00
489_L 109_M 0.79 0.15 0.00
178_Q 13_L 0.79 0.15 0.00
490_F 245_T 0.79 0.15 0.00
292_P 44_Q 0.79 0.15 0.00
147_Y 113_G 0.79 0.15 0.00
788_A 35_I 0.79 0.15 0.00
706_V 103_P 0.79 0.15 0.00
471_L 202_L 0.79 0.15 0.00
570_F 182_A 0.79 0.15 0.00
45_S 32_P 0.79 0.15 0.00
47_P 19_G 0.79 0.15 0.00
374_G 125_Q 0.79 0.15 0.00
29_I 81_K 0.79 0.15 0.00
177_I 36_Y 0.79 0.15 0.00
746_D 154_Y 0.79 0.15 0.00
394_F 33_N 0.79 0.15 0.00
125_L 166_R 0.79 0.15 0.00
452_T 102_H 0.79 0.15 0.00
802_F 39_A 0.79 0.15 0.00
668_I 17_L 0.79 0.15 0.00
463_N 189_G 0.79 0.15 0.00
341_V 181_V 0.79 0.15 0.00
668_I 221_A 0.79 0.15 0.00
642_G 216_P 0.79 0.15 0.00
577_T 21_S 0.79 0.15 0.00
652_F 143_A 0.79 0.15 0.00
600_T 245_T 0.78 0.15 0.00
386_K 225_M 0.78 0.15 0.00
45_S 108_V 0.78 0.15 0.00
137_L 58_L 0.78 0.15 0.00
791_F 10_A 0.78 0.15 0.00
665_S 102_H 0.78 0.15 0.00
490_F 84_D 0.78 0.15 0.00
309_K 219_E 0.78 0.15 0.00
256_V 204_D 0.78 0.15 0.00
487_G 185_Y 0.78 0.15 0.00
375_A 133_S 0.78 0.15 0.00
125_L 183_E 0.78 0.15 0.00
444_V 23_S 0.78 0.15 0.00
42_A 17_L 0.78 0.15 0.00
437_G 119_L 0.78 0.15 0.00
773_A 128_F 0.78 0.15 0.00
438_V 19_G 0.77 0.15 0.00
445_Q 99_N 0.77 0.15 0.00
149_A 108_V 0.77 0.15 0.00
536_L 13_L 0.77 0.15 0.00
63_I 145_S 0.77 0.15 0.00
300_K 149_K 0.77 0.15 0.00
785_F 174_L 0.77 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11525 0.71 BamA-BamD Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done - Shared
8350 0.02 BamA_BamD Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
1440 0.05 BamAD Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
Page generated in 0.3094 seconds.