May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
YajC-BamA
Genes: A B A+B
Length: 110 810 856
Sequences: 2118 1557 742
Seq/Len: 19.25 1.92 0.87
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.01
20 0.00 0.02 0.03
100 0.00 0.02 0.15
∞ 0.00 0.04 0.81
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
72_V 214_Y 1.52 0.74 0.01
83_I 788_A 1.44 0.68 0.01
98_V 444_V 1.42 0.67 0.01
95_R 582_D 1.40 0.66 0.01
91_V 149_A 1.34 0.60 0.01
72_V 268_L 1.33 0.59 0.01
6_S 99_F 1.32 0.59 0.01
88_T 271_V 1.29 0.56 0.01
71_R 226_L 1.29 0.56 0.01
98_V 271_V 1.28 0.55 0.01
3_F 64_R 1.27 0.54 0.01
75_V 96_S 1.26 0.54 0.01
95_R 49_R 1.21 0.49 0.01
14_A 235_Y 1.21 0.49 0.01
81_I 352_I 1.20 0.48 0.01
35_Y 618_Y 1.19 0.47 0.01
91_V 495_Q 1.18 0.46 0.01
23_L 783_L 1.18 0.46 0.01
51_K 668_I 1.15 0.44 0.00
33_I 428_F 1.15 0.43 0.00
56_I 810_W 1.15 0.43 0.00
98_V 406_P 1.14 0.43 0.00
72_V 418_V 1.11 0.40 0.00
72_V 272_E 1.11 0.40 0.00
68_L 530_G 1.11 0.40 0.00
63_L 621_I 1.11 0.40 0.00
4_F 725_I 1.10 0.40 0.00
13_G 267_K 1.10 0.39 0.00
38_I 742_G 1.09 0.38 0.00
85_L 442_A 1.09 0.38 0.00
75_V 103_K 1.07 0.36 0.00
32_L 341_V 1.06 0.36 0.00
62_V 394_F 1.06 0.35 0.00
87_D 621_I 1.05 0.35 0.00
63_L 63_I 1.03 0.34 0.00
26_M 377_L 1.02 0.33 0.00
101_V 394_F 1.02 0.33 0.00
72_V 471_L 1.02 0.32 0.00
95_R 124_S 1.02 0.32 0.00
30_F 305_E 1.02 0.32 0.00
108_K 42_A 1.01 0.32 0.00
62_V 322_V 0.99 0.30 0.00
91_V 292_P 0.99 0.30 0.00
48_E 273_V 0.99 0.30 0.00
28_V 52_D 0.98 0.30 0.00
28_V 383_D 0.97 0.29 0.00
88_T 587_P 0.97 0.29 0.00
71_R 518_P 0.97 0.29 0.00
92_V 177_I 0.97 0.29 0.00
91_V 459_N 0.96 0.28 0.00
20_P 337_L 0.96 0.28 0.00
95_R 748_N 0.96 0.28 0.00
62_V 608_Y 0.95 0.28 0.00
21_M 472_S 0.95 0.28 0.00
44_K 528_G 0.95 0.27 0.00
65_N 347_F 0.94 0.27 0.00
73_T 471_L 0.94 0.27 0.00
24_I 258_V 0.94 0.27 0.00
36_F 444_V 0.94 0.27 0.00
24_I 419_K 0.94 0.26 0.00
91_V 619_V 0.93 0.26 0.00
46_T 656_G 0.93 0.26 0.00
99_A 433_G 0.93 0.26 0.00
23_L 651_N 0.93 0.26 0.00
69_V 414_V 0.93 0.26 0.00
35_Y 490_F 0.92 0.26 0.00
109_A 503_D 0.92 0.25 0.00
32_L 491_Y 0.92 0.25 0.00
85_L 165_L 0.91 0.24 0.00
18_G 226_L 0.91 0.24 0.00
23_L 105_V 0.90 0.24 0.00
79_G 632_R 0.90 0.24 0.00
85_L 169_F 0.90 0.24 0.00
72_V 341_V 0.90 0.24 0.00
28_V 97_I 0.89 0.23 0.00
31_G 337_L 0.89 0.23 0.00
34_F 124_S 0.89 0.23 0.00
75_V 341_V 0.89 0.23 0.00
48_E 248_T 0.89 0.23 0.00
83_I 763_P 0.89 0.23 0.00
45_R 609_Y 0.89 0.23 0.00
8_A 42_A 0.89 0.23 0.00
92_V 77_V 0.88 0.23 0.00
51_K 720_T 0.88 0.23 0.00
68_L 235_Y 0.88 0.22 0.00
99_A 489_L 0.88 0.22 0.00
95_R 597_G 0.87 0.22 0.00
72_V 437_G 0.87 0.22 0.00
53_M 32_E 0.87 0.22 0.00
12_T 414_V 0.87 0.22 0.00
85_L 746_D 0.87 0.22 0.00
56_I 715_S 0.87 0.22 0.00
35_Y 354_F 0.87 0.22 0.00
28_V 458_I 0.87 0.22 0.00
91_V 308_I 0.87 0.22 0.00
62_V 653_Y 0.87 0.22 0.00
95_R 439_S 0.87 0.22 0.00
72_V 635_W 0.86 0.22 0.00
88_T 341_V 0.86 0.22 0.00
34_F 209_V 0.86 0.22 0.00
95_R 437_G 0.86 0.22 0.00
17_Q 226_L 0.86 0.22 0.00
72_V 796_G 0.86 0.21 0.00
62_V 341_V 0.86 0.21 0.00
68_L 53_T 0.86 0.21 0.00
75_V 308_I 0.85 0.21 0.00
52_L 741_M 0.85 0.21 0.00
62_V 478_F 0.85 0.21 0.00
84_A 333_K 0.84 0.20 0.00
34_F 389_L 0.84 0.20 0.00
49_H 805_N 0.84 0.20 0.00
39_L 429_G 0.84 0.20 0.00
72_V 628_V 0.84 0.20 0.00
30_F 29_I 0.84 0.20 0.00
53_M 167_L 0.84 0.20 0.00
49_H 424_G 0.83 0.20 0.00
93_I 442_A 0.83 0.20 0.00
32_L 458_I 0.83 0.20 0.00
90_E 452_T 0.83 0.20 0.00
11_A 304_M 0.83 0.20 0.00
92_V 70_G 0.83 0.20 0.00
90_E 531_Y 0.83 0.19 0.00
83_I 412_V 0.82 0.19 0.00
30_F 735_T 0.82 0.19 0.00
66_G 800_E 0.82 0.19 0.00
28_V 240_I 0.82 0.19 0.00
66_G 779_P 0.82 0.19 0.00
95_R 513_V 0.82 0.19 0.00
93_I 301_V 0.82 0.19 0.00
37_M 322_V 0.82 0.19 0.00
69_V 628_V 0.82 0.19 0.00
56_I 783_L 0.81 0.19 0.00
85_L 377_L 0.81 0.19 0.00
77_E 49_R 0.81 0.19 0.00
98_V 790_P 0.81 0.19 0.00
33_I 87_Q 0.81 0.19 0.00
82_A 650_E 0.81 0.19 0.00
36_F 741_M 0.81 0.18 0.00
21_M 337_L 0.81 0.18 0.00
68_L 89_K 0.81 0.18 0.00
98_V 420_E 0.81 0.18 0.00
63_L 632_R 0.81 0.18 0.00
91_V 240_I 0.81 0.18 0.00
72_V 528_G 0.81 0.18 0.00
19_S 260_I 0.80 0.18 0.00
35_Y 59_I 0.80 0.18 0.00
32_L 611_V 0.80 0.18 0.00
91_V 190_T 0.80 0.18 0.00
71_R 199_L 0.80 0.18 0.00
71_R 581_L 0.80 0.18 0.00
63_L 637_Y 0.80 0.18 0.00
33_I 710_A 0.80 0.18 0.00
28_V 618_Y 0.80 0.18 0.00
36_F 587_P 0.80 0.18 0.00
58_K 86_V 0.80 0.18 0.00
43_Q 354_F 0.79 0.18 0.00
56_I 283_E 0.79 0.18 0.00
98_V 414_V 0.79 0.18 0.00
58_K 273_V 0.79 0.18 0.00
98_V 468_Y 0.79 0.18 0.00
72_V 513_V 0.79 0.18 0.00
70_G 395_F 0.79 0.17 0.00
34_F 620_P 0.79 0.17 0.00
66_G 620_P 0.79 0.17 0.00
29_V 128_T 0.79 0.17 0.00
36_F 294_E 0.79 0.17 0.00
16_A 77_V 0.79 0.17 0.00
70_G 101_G 0.79 0.17 0.00
51_K 63_I 0.78 0.17 0.00
56_I 524_S 0.78 0.17 0.00
52_L 296_Y 0.78 0.17 0.00
23_L 288_T 0.78 0.17 0.00
52_L 714_A 0.78 0.17 0.00
43_Q 735_T 0.78 0.17 0.00
68_L 260_I 0.78 0.17 0.00
32_L 165_L 0.78 0.17 0.00
38_I 288_T 0.78 0.17 0.00
44_K 197_F 0.78 0.17 0.00
69_V 86_V 0.78 0.17 0.00
71_R 187_A 0.78 0.17 0.00
44_K 608_Y 0.77 0.17 0.00
98_V 499_A 0.77 0.17 0.00
87_D 488_R 0.77 0.17 0.00
45_R 390_N 0.77 0.17 0.00
61_E 84_L 0.77 0.17 0.00
72_V 306_D 0.77 0.17 0.00
96_D 303_K 0.77 0.17 0.00
66_G 628_V 0.77 0.17 0.00
23_L 510_G 0.77 0.17 0.00
28_V 106_K 0.77 0.17 0.00
72_V 202_E 0.77 0.16 0.00
19_S 519_I 0.77 0.16 0.00
104_K 229_Y 0.77 0.16 0.00
17_Q 191_D 0.77 0.16 0.00
56_I 195_S 0.77 0.16 0.00
41_P 771_G 0.76 0.16 0.00
71_R 185_N 0.76 0.16 0.00
54_D 178_Q 0.76 0.16 0.00
57_A 22_E 0.76 0.16 0.00
73_T 394_F 0.76 0.16 0.00
97_F 137_L 0.76 0.16 0.00
26_M 784_V 0.76 0.16 0.00
68_L 297_N 0.76 0.16 0.00
50_K 38_A 0.76 0.16 0.00
87_D 486_G 0.75 0.16 0.00
26_M 354_F 0.75 0.16 0.00
32_L 308_I 0.75 0.16 0.00
43_Q 209_V 0.75 0.16 0.00
33_I 463_N 0.75 0.16 0.00
34_F 387_E 0.75 0.16 0.00
91_V 382_V 0.75 0.15 0.00
92_V 192_E 0.75 0.15 0.00
35_Y 475_N 0.75 0.15 0.00
106_T 182_I 0.75 0.15 0.00
72_V 705_A 0.75 0.15 0.00
38_I 345_N 0.75 0.15 0.00
72_V 786_S 0.75 0.15 0.00
37_M 493_D 0.74 0.15 0.00
33_I 216_K 0.74 0.15 0.00
86_N 627_W 0.74 0.15 0.00
83_I 630_L 0.74 0.15 0.00
98_V 121_V 0.74 0.15 0.00
98_V 289_K 0.74 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.8524 seconds.