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OPENSEQ.org
Wadjet Bce Q1 AB
Genes: A B A+B
Length: 460 197 644
Sequences: 179 124 117
Seq/Len: 0.39 0.63 0.18
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.95
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.18
2 0.00 0.00 0.18
5 0.00 0.00 0.18
10 0.00 0.00 0.18
20 0.00 0.00 0.18
100 0.00 0.01 0.18
∞ 0.01 0.02 0.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
387_R 108_T 1.71 0.41 0.00
400_G 142_L 1.61 0.36 0.00
297_R 159_F 1.60 0.35 0.00
175_N 155_R 1.59 0.34 0.00
120_L 44_I 1.57 0.34 0.00
319_I 10_E 1.51 0.31 0.00
257_E 34_Y 1.48 0.29 0.00
200_Y 139_N 1.48 0.29 0.00
340_L 77_L 1.47 0.28 0.00
459_E 58_D 1.43 0.27 0.00
242_A 112_I 1.39 0.24 0.00
24_Y 34_Y 1.38 0.24 0.00
112_Y 47_Y 1.35 0.23 0.00
280_C 113_K 1.35 0.23 0.00
235_D 48_L 1.35 0.23 0.00
241_R 153_D 1.34 0.23 0.00
161_Y 62_G 1.31 0.21 0.00
284_D 160_H 1.30 0.21 0.00
316_L 88_L 1.26 0.20 0.00
79_A 95_K 1.26 0.19 0.00
302_S 52_G 1.26 0.19 0.00
399_K 25_L 1.25 0.19 0.00
328_D 111_E 1.25 0.19 0.00
138_T 159_F 1.24 0.19 0.00
438_E 142_L 1.23 0.18 0.00
48_K 135_I 1.23 0.18 0.00
244_E 142_L 1.22 0.18 0.00
144_G 25_L 1.22 0.18 0.00
51_V 9_R 1.22 0.18 0.00
214_T 171_L 1.22 0.18 0.00
458_R 3_N 1.21 0.18 0.00
222_R 31_R 1.19 0.17 0.00
16_F 78_K 1.19 0.17 0.00
155_I 27_K 1.19 0.17 0.00
410_N 44_I 1.19 0.17 0.00
125_E 135_I 1.18 0.17 0.00
411_L 108_T 1.18 0.17 0.00
260_D 10_E 1.18 0.17 0.00
241_R 142_L 1.17 0.17 0.00
157_E 82_T 1.17 0.16 0.00
220_R 152_D 1.16 0.16 0.00
212_L 143_R 1.16 0.16 0.00
435_K 133_V 1.16 0.16 0.00
294_V 93_E 1.16 0.16 0.00
138_T 165_V 1.15 0.16 0.00
229_I 112_I 1.15 0.16 0.00
453_N 10_E 1.15 0.16 0.00
310_Y 62_G 1.15 0.16 0.00
250_G 66_I 1.14 0.15 0.00
185_A 173_V 1.13 0.15 0.00
165_L 23_N 1.13 0.15 0.00
382_E 121_L 1.13 0.15 0.00
216_D 121_L 1.12 0.15 0.00
217_H 31_R 1.12 0.15 0.00
116_I 141_L 1.12 0.15 0.00
240_K 176_E 1.12 0.15 0.00
218_V 89_R 1.11 0.15 0.00
330_S 3_N 1.11 0.15 0.00
374_K 162_C 1.11 0.15 0.00
16_F 26_L 1.11 0.14 0.00
315_I 175_Y 1.11 0.14 0.00
273_Y 29_F 1.11 0.14 0.00
422_Y 116_Y 1.10 0.14 0.00
400_G 14_I 1.10 0.14 0.00
176_M 143_R 1.10 0.14 0.00
303_T 113_K 1.09 0.14 0.00
213_R 160_H 1.09 0.14 0.00
369_M 82_T 1.09 0.14 0.00
451_F 181_Y 1.09 0.14 0.00
417_A 4_V 1.09 0.14 0.00
187_D 135_I 1.09 0.14 0.00
20_N 66_I 1.08 0.14 0.00
221_Y 8_E 1.08 0.14 0.00
364_E 32_E 1.08 0.14 0.00
231_T 171_L 1.08 0.14 0.00
165_L 19_L 1.08 0.14 0.00
58_K 176_E 1.08 0.14 0.00
459_E 93_E 1.08 0.14 0.00
348_P 141_L 1.08 0.14 0.00
55_I 154_C 1.07 0.14 0.00
292_R 63_C 1.07 0.14 0.00
353_G 39_R 1.07 0.14 0.00
390_I 135_I 1.07 0.13 0.00
217_H 158_L 1.07 0.13 0.00
16_F 16_V 1.07 0.13 0.00
422_Y 136_G 1.06 0.13 0.00
319_I 66_I 1.06 0.13 0.00
78_S 35_H 1.06 0.13 0.00
435_K 156_F 1.06 0.13 0.00
242_A 94_E 1.06 0.13 0.00
36_H 66_I 1.06 0.13 0.00
312_I 39_R 1.05 0.13 0.00
119_V 61_H 1.05 0.13 0.00
118_A 20_F 1.04 0.13 0.00
304_Y 129_L 1.04 0.13 0.00
94_W 19_L 1.04 0.13 0.00
86_L 68_S 1.04 0.13 0.00
140_Q 158_L 1.04 0.12 0.00
64_C 34_Y 1.03 0.12 0.00
404_I 25_L 1.03 0.12 0.00
67_I 153_D 1.03 0.12 0.00
117_L 146_D 1.03 0.12 0.00
142_L 92_Y 1.02 0.12 0.00
386_N 111_E 1.02 0.12 0.00
82_A 165_V 1.02 0.12 0.00
442_E 64_I 1.02 0.12 0.00
93_K 124_V 1.02 0.12 0.00
404_I 112_I 1.02 0.12 0.00
241_R 176_E 1.02 0.12 0.00
95_I 69_P 1.02 0.12 0.00
434_Y 165_V 1.01 0.12 0.00
259_M 10_E 1.01 0.12 0.00
303_T 51_I 1.01 0.12 0.00
423_V 95_K 1.00 0.12 0.00
408_E 158_L 1.00 0.12 0.00
91_K 10_E 1.00 0.12 0.00
221_Y 44_I 1.00 0.12 0.00
399_K 156_F 1.00 0.12 0.00
11_N 51_I 1.00 0.12 0.00
374_K 52_G 1.00 0.12 0.00
102_Q 111_E 1.00 0.12 0.00
316_L 100_S 1.00 0.12 0.00
422_Y 162_C 1.00 0.12 0.00
420_L 50_V 1.00 0.12 0.00
333_R 139_N 1.00 0.12 0.00
348_P 34_Y 1.00 0.12 0.00
85_V 128_K 1.00 0.12 0.00
283_I 24_F 0.99 0.12 0.00
451_F 161_S 0.99 0.11 0.00
36_H 20_F 0.99 0.11 0.00
423_V 62_G 0.99 0.11 0.00
402_Q 37_A 0.99 0.11 0.00
289_Q 171_L 0.99 0.11 0.00
203_D 29_F 0.99 0.11 0.00
187_D 87_V 0.99 0.11 0.00
313_S 86_L 0.99 0.11 0.00
283_I 37_A 0.99 0.11 0.00
388_K 49_Q 0.98 0.11 0.00
122_E 121_L 0.98 0.11 0.00
148_E 135_I 0.98 0.11 0.00
158_S 82_T 0.98 0.11 0.00
221_Y 166_L 0.98 0.11 0.00
329_S 13_G 0.98 0.11 0.00
6_E 153_D 0.98 0.11 0.00
422_Y 141_L 0.98 0.11 0.00
179_H 57_V 0.97 0.11 0.00
55_I 116_Y 0.97 0.11 0.00
434_Y 24_F 0.97 0.11 0.00
324_E 120_R 0.97 0.11 0.00
415_D 133_V 0.97 0.11 0.00
303_T 152_D 0.97 0.11 0.00
276_L 154_C 0.97 0.11 0.00
345_L 169_G 0.97 0.11 0.00
325_N 32_E 0.97 0.11 0.00
28_A 82_T 0.97 0.11 0.00
191_Q 48_L 0.97 0.11 0.00
221_Y 19_L 0.96 0.11 0.00
218_V 43_I 0.96 0.11 0.00
226_L 89_R 0.96 0.11 0.00
338_R 20_F 0.96 0.11 0.00
379_R 102_S 0.96 0.11 0.00
94_W 92_Y 0.96 0.11 0.00
230_Q 133_V 0.96 0.11 0.00
220_R 7_R 0.96 0.11 0.00
406_M 82_T 0.96 0.11 0.00
403_E 103_Q 0.96 0.11 0.00
66_D 135_I 0.96 0.11 0.00
87_R 84_W 0.96 0.11 0.00
82_A 48_L 0.96 0.11 0.00
284_D 115_K 0.95 0.11 0.00
31_L 78_K 0.95 0.11 0.00
120_L 75_L 0.95 0.11 0.00
123_I 8_E 0.95 0.10 0.00
239_M 157_Q 0.95 0.10 0.00
419_Y 137_K 0.95 0.10 0.00
241_R 45_K 0.95 0.10 0.00
290_Y 115_K 0.95 0.10 0.00
391_Q 127_T 0.95 0.10 0.00
47_M 37_A 0.94 0.10 0.00
21_R 176_E 0.94 0.10 0.00
302_S 138_Q 0.94 0.10 0.00
177_K 91_I 0.94 0.10 0.00
270_E 12_M 0.94 0.10 0.00
271_E 140_Q 0.94 0.10 0.00
260_D 176_E 0.94 0.10 0.00
364_E 176_E 0.94 0.10 0.00
422_Y 30_E 0.94 0.10 0.00
33_E 13_G 0.94 0.10 0.00
135_C 137_K 0.94 0.10 0.00
213_R 94_E 0.94 0.10 0.00
298_S 13_G 0.94 0.10 0.00
230_Q 6_E 0.94 0.10 0.00
16_F 64_I 0.94 0.10 0.00
47_M 16_V 0.94 0.10 0.00
406_M 158_L 0.93 0.10 0.00
119_V 8_E 0.93 0.10 0.00
95_I 40_N 0.93 0.10 0.00
32_Y 101_I 0.93 0.10 0.00
221_Y 116_Y 0.93 0.10 0.00
20_N 85_L 0.93 0.10 0.00
303_T 160_H 0.93 0.10 0.00
237_K 37_A 0.93 0.10 0.00
218_V 140_Q 0.93 0.10 0.00
94_W 34_Y 0.93 0.10 0.00
17_A 166_L 0.93 0.10 0.00
175_N 145_I 0.93 0.10 0.00
136_F 57_V 0.92 0.10 0.00
229_I 48_L 0.92 0.10 0.00
391_Q 58_D 0.92 0.10 0.00
123_I 82_T 0.92 0.10 0.00
210_H 100_S 0.92 0.10 0.00
4_L 37_A 0.92 0.10 0.00
434_Y 77_L 0.92 0.10 0.00
324_E 142_L 0.92 0.10 0.00
98_E 101_I 0.92 0.10 0.00
143_T 120_R 0.92 0.10 0.00
239_M 152_D 0.92 0.10 0.00
107_I 138_Q 0.92 0.10 0.00
239_M 132_L 0.91 0.10 0.00
436_L 77_L 0.91 0.10 0.00
280_C 160_H 0.91 0.10 0.00
401_R 87_V 0.91 0.10 0.00
174_H 4_V 0.91 0.10 0.00
281_N 79_K 0.91 0.10 0.00
430_K 20_F 0.91 0.10 0.00
283_I 89_R 0.91 0.10 0.00
75_E 20_F 0.91 0.10 0.00
67_I 128_K 0.91 0.10 0.00
328_D 1_M 0.91 0.10 0.00
16_F 37_A 0.91 0.10 0.00
390_I 4_V 0.91 0.10 0.00
225_I 85_L 0.91 0.10 0.00
352_K 143_R 0.91 0.10 0.00
400_G 55_F 0.91 0.10 0.00
217_H 23_N 0.91 0.10 0.00
322_M 46_Q 0.90 0.10 0.00
442_E 47_Y 0.90 0.10 0.00
17_A 89_R 0.90 0.10 0.00
103_F 31_R 0.90 0.10 0.00
162_S 157_Q 0.90 0.10 0.00
419_Y 159_F 0.90 0.10 0.00
110_P 174_L 0.90 0.09 0.00
326_I 106_F 0.90 0.09 0.00
17_A 17_N 0.90 0.09 0.00
359_Q 41_K 0.90 0.09 0.00
367_D 45_K 0.90 0.09 0.00
202_K 177_K 0.90 0.09 0.00
240_K 63_C 0.90 0.09 0.00
16_F 178_I 0.90 0.09 0.00
345_L 92_Y 0.90 0.09 0.00
310_Y 9_R 0.90 0.09 0.00
188_D 10_E 0.90 0.09 0.00
262_L 105_P 0.90 0.09 0.00
381_M 149_I 0.90 0.09 0.00
109_L 95_K 0.89 0.09 0.00
387_R 135_I 0.89 0.09 0.00
188_D 66_I 0.89 0.09 0.00
351_K 56_I 0.89 0.09 0.00
362_V 158_L 0.89 0.09 0.00
118_A 34_Y 0.89 0.09 0.00
264_K 77_L 0.89 0.09 0.00
154_A 58_D 0.89 0.09 0.00
418_L 89_R 0.89 0.09 0.00
165_L 82_T 0.89 0.09 0.00
269_V 34_Y 0.89 0.09 0.00
163_E 111_E 0.89 0.09 0.00
276_L 80_D 0.89 0.09 0.00
362_V 5_S 0.89 0.09 0.00
291_L 113_K 0.88 0.09 0.00
319_I 176_E 0.88 0.09 0.00
85_V 101_I 0.88 0.09 0.00
305_N 57_V 0.88 0.09 0.00
344_S 25_L 0.88 0.09 0.00
230_Q 148_D 0.88 0.09 0.00
334_L 169_G 0.88 0.09 0.00
402_Q 111_E 0.88 0.09 0.00
112_Y 8_E 0.88 0.09 0.00
199_E 71_Y 0.88 0.09 0.00
215_S 108_T 0.88 0.09 0.00
298_S 142_L 0.88 0.09 0.00
448_G 101_I 0.88 0.09 0.00
92_L 40_N 0.88 0.09 0.00
349_R 6_E 0.88 0.09 0.00
239_M 111_E 0.88 0.09 0.00
264_K 165_V 0.88 0.09 0.00
392_K 10_E 0.88 0.09 0.00
164_Q 5_S 0.88 0.09 0.00
134_Y 62_G 0.88 0.09 0.00
451_F 95_K 0.88 0.09 0.00
95_I 166_L 0.87 0.09 0.00
435_K 39_R 0.87 0.09 0.00
103_F 138_Q 0.87 0.09 0.00
455_T 111_E 0.87 0.09 0.00
393_F 153_D 0.87 0.09 0.00
348_P 110_Q 0.87 0.09 0.00
370_R 139_N 0.87 0.09 0.00
403_E 154_C 0.87 0.09 0.00
311_K 175_Y 0.87 0.09 0.00
383_K 15_V 0.87 0.09 0.00
372_E 112_I 0.87 0.09 0.00
54_L 25_L 0.87 0.09 0.00
411_L 178_I 0.87 0.09 0.00
44_Y 52_G 0.86 0.09 0.00
135_C 17_N 0.86 0.09 0.00
221_Y 34_Y 0.86 0.09 0.00
416_D 18_Y 0.86 0.09 0.00
458_R 24_F 0.86 0.09 0.00
394_V 11_E 0.86 0.09 0.00
262_L 52_G 0.86 0.09 0.00
364_E 153_D 0.86 0.09 0.00
251_Y 66_I 0.86 0.09 0.00
46_L 133_V 0.86 0.09 0.00
453_N 134_Q 0.86 0.09 0.00
16_F 27_K 0.86 0.09 0.00
419_Y 22_H 0.86 0.09 0.00
333_R 67_V 0.86 0.09 0.00
187_D 130_R 0.86 0.09 0.00
175_N 107_T 0.86 0.09 0.00
156_L 71_Y 0.86 0.09 0.00
459_E 112_I 0.85 0.09 0.00
158_S 8_E 0.85 0.09 0.00
229_I 66_I 0.85 0.09 0.00
116_I 28_E 0.85 0.09 0.00
168_E 113_K 0.85 0.09 0.00
232_W 45_K 0.85 0.09 0.00
338_R 95_K 0.85 0.09 0.00
279_I 149_I 0.85 0.09 0.00
319_I 112_I 0.85 0.09 0.00
411_L 48_L 0.85 0.09 0.00
165_L 62_G 0.85 0.09 0.00
350_K 54_D 0.85 0.09 0.00
90_K 45_K 0.85 0.09 0.00
419_Y 81_E 0.85 0.09 0.00
87_R 99_L 0.85 0.09 0.00
225_I 94_E 0.85 0.09 0.00
290_Y 139_N 0.85 0.09 0.00
24_Y 19_L 0.85 0.09 0.00
392_K 63_C 0.85 0.09 0.00
319_I 34_Y 0.85 0.09 0.00
260_D 48_L 0.85 0.09 0.00
442_E 91_I 0.85 0.08 0.00
307_S 122_P 0.85 0.08 0.00
214_T 4_V 0.85 0.08 0.00
301_L 108_T 0.85 0.08 0.00
338_R 39_R 0.85 0.08 0.00
426_Y 86_L 0.84 0.08 0.00
310_Y 136_G 0.84 0.08 0.00
132_Q 145_I 0.84 0.08 0.00
266_M 33_K 0.84 0.08 0.00
422_Y 79_K 0.84 0.08 0.00
369_M 104_Y 0.84 0.08 0.00
235_D 120_R 0.84 0.08 0.00
23_F 39_R 0.84 0.08 0.00
246_A 78_K 0.84 0.08 0.00
213_R 115_K 0.84 0.08 0.00
286_R 116_Y 0.84 0.08 0.00
276_L 27_K 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13268 Wadjet Bce Q1 AB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) Running - Shared
11448 0.18 Wadjet Bce Q1 AB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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