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OPENSEQ.org
pnpS_FtsX
Genes: A B A+B
Length: 443 308 687
Sequences: 10861 2011 72
Seq/Len: 24.52 6.53 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.02 0.00 0.01
5 0.03 0.01 0.04
10 0.03 0.01 0.07
20 0.05 0.01 0.10
100 0.09 0.01 0.35
∞ 0.19 0.01 1.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
368_V 193_F 1.51 0.20 0.00
419_V 216_I 1.46 0.19 0.00
271_I 223_K 1.44 0.18 0.00
368_V 261_V 1.44 0.18 0.00
348_E 194_I 1.41 0.18 0.00
269_E 30_V 1.38 0.17 0.00
212_R 86_D 1.27 0.14 0.00
417_G 227_I 1.26 0.14 0.00
190_P 242_G 1.25 0.13 0.00
419_V 65_R 1.24 0.13 0.00
233_V 134_Y 1.24 0.13 0.00
231_T 199_I 1.23 0.13 0.00
227_H 221_G 1.23 0.13 0.00
227_H 230_P 1.23 0.13 0.00
338_N 221_G 1.23 0.13 0.00
338_N 230_P 1.23 0.13 0.00
342_N 221_G 1.23 0.13 0.00
342_N 230_P 1.23 0.13 0.00
372_G 221_G 1.23 0.13 0.00
372_G 230_P 1.23 0.13 0.00
402_G 221_G 1.23 0.13 0.00
402_G 230_P 1.23 0.13 0.00
404_G 221_G 1.23 0.13 0.00
404_G 230_P 1.23 0.13 0.00
417_G 242_G 1.22 0.13 0.00
212_R 103_V 1.20 0.12 0.00
332_L 15_S 1.19 0.12 0.00
228_E 120_G 1.18 0.12 0.00
348_E 60_V 1.17 0.12 0.00
292_S 286_L 1.14 0.11 0.00
332_L 242_G 1.14 0.11 0.00
423_S 217_M 1.12 0.11 0.00
220_A 68_V 1.12 0.11 0.00
384_F 227_I 1.11 0.10 0.00
293_L 250_V 1.10 0.10 0.00
208_L 226_Y 1.10 0.10 0.00
400_G 221_G 1.10 0.10 0.00
400_G 230_P 1.10 0.10 0.00
382_R 139_V 1.10 0.10 0.00
391_N 297_G 1.10 0.10 0.00
112_S 43_V 1.09 0.10 0.00
172_Q 28_S 1.09 0.10 0.00
409_K 51_A 1.09 0.10 0.00
261_I 203_I 1.08 0.10 0.00
384_F 222_A 1.08 0.10 0.00
332_L 191_L 1.07 0.10 0.00
370_D 221_G 1.07 0.10 0.00
370_D 230_P 1.07 0.10 0.00
243_I 243_A 1.07 0.10 0.00
188_A 33_T 1.06 0.10 0.00
114_L 26_A 1.06 0.10 0.00
281_A 99_T 1.06 0.10 0.00
340_L 67_D 1.06 0.10 0.00
434_F 192_I 1.06 0.10 0.00
339_L 219_L 1.05 0.10 0.00
86_V 111_Q 1.05 0.10 0.00
371_T 145_N 1.05 0.09 0.00
110_L 204_R 1.05 0.09 0.00
255_D 3_S 1.05 0.09 0.00
218_N 94_L 1.05 0.09 0.00
411_L 215_Q 1.05 0.09 0.00
280_K 286_L 1.05 0.09 0.00
400_G 132_P 1.04 0.09 0.00
230_R 301_S 1.04 0.09 0.00
428_G 221_G 1.03 0.09 0.00
428_G 230_P 1.03 0.09 0.00
432_T 225_S 1.03 0.09 0.00
227_H 239_G 1.03 0.09 0.00
338_N 239_G 1.03 0.09 0.00
342_N 239_G 1.03 0.09 0.00
372_G 239_G 1.03 0.09 0.00
402_G 239_G 1.03 0.09 0.00
404_G 239_G 1.03 0.09 0.00
297_V 288_V 1.03 0.09 0.00
357_T 94_L 1.03 0.09 0.00
374_G 221_G 1.03 0.09 0.00
374_G 230_P 1.03 0.09 0.00
238_G 19_N 1.02 0.09 0.00
353_I 113_E 1.02 0.09 0.00
429_S 196_V 1.01 0.09 0.00
297_V 284_A 1.01 0.09 0.00
423_S 201_N 1.01 0.09 0.00
207_D 216_I 1.01 0.09 0.00
253_L 50_L 1.01 0.09 0.00
395_S 98_S 1.01 0.09 0.00
388_Y 22_M 1.01 0.09 0.00
105_E 94_L 1.01 0.09 0.00
400_G 133_L 1.00 0.09 0.00
206_Y 237_F 1.00 0.09 0.00
383_I 248_V 1.00 0.09 0.00
335_I 233_L 1.00 0.09 0.00
312_D 47_T 1.00 0.09 0.00
343_A 221_G 1.00 0.09 0.00
343_A 230_P 1.00 0.09 0.00
220_A 94_L 1.00 0.09 0.00
296_F 30_V 1.00 0.09 0.00
187_T 136_A 0.99 0.09 0.00
364_I 26_A 0.99 0.08 0.00
206_Y 12_A 0.99 0.08 0.00
134_L 242_G 0.99 0.08 0.00
429_S 281_L 0.99 0.08 0.00
433_I 226_Y 0.98 0.08 0.00
50_L 38_A 0.98 0.08 0.00
229_L 34_L 0.98 0.08 0.00
371_T 41_A 0.98 0.08 0.00
376_S 190_L 0.98 0.08 0.00
223_S 125_I 0.97 0.08 0.00
207_D 201_N 0.97 0.08 0.00
271_I 293_I 0.97 0.08 0.00
275_L 126_F 0.97 0.08 0.00
227_H 222_A 0.97 0.08 0.00
338_N 222_A 0.97 0.08 0.00
342_N 222_A 0.97 0.08 0.00
372_G 222_A 0.97 0.08 0.00
402_G 222_A 0.97 0.08 0.00
404_G 222_A 0.97 0.08 0.00
403_L 221_G 0.96 0.08 0.00
403_L 230_P 0.96 0.08 0.00
173_E 43_V 0.96 0.08 0.00
111_L 110_E 0.96 0.08 0.00
111_L 206_T 0.96 0.08 0.00
279_S 204_R 0.96 0.08 0.00
306_P 233_L 0.96 0.08 0.00
229_L 18_R 0.96 0.08 0.00
233_V 249_L 0.96 0.08 0.00
368_V 248_V 0.96 0.08 0.00
161_H 197_F 0.96 0.08 0.00
241_E 30_V 0.96 0.08 0.00
260_I 58_V 0.96 0.08 0.00
173_E 232_L 0.95 0.08 0.00
235_S 86_D 0.95 0.08 0.00
335_I 31_M 0.95 0.08 0.00
371_T 164_Q 0.95 0.08 0.00
232_P 131_N 0.95 0.08 0.00
385_E 120_G 0.95 0.08 0.00
225_A 253_V 0.95 0.08 0.00
124_Q 113_E 0.95 0.08 0.00
312_D 110_E 0.95 0.08 0.00
271_I 218_R 0.95 0.08 0.00
278_L 207_I 0.95 0.08 0.00
376_S 216_I 0.95 0.08 0.00
376_S 189_A 0.94 0.08 0.00
388_Y 254_Y 0.94 0.08 0.00
300_L 92_D 0.94 0.08 0.00
383_I 293_I 0.94 0.08 0.00
276_L 227_I 0.94 0.08 0.00
207_D 139_V 0.94 0.08 0.00
384_F 221_G 0.94 0.08 0.00
384_F 230_P 0.94 0.08 0.00
435_L 100_V 0.94 0.08 0.00
368_V 225_S 0.94 0.08 0.00
240_A 155_K 0.94 0.08 0.00
265_S 301_S 0.94 0.08 0.00
282_Q 68_V 0.94 0.08 0.00
299_D 94_L 0.93 0.08 0.00
411_L 203_I 0.93 0.07 0.00
267_R 181_R 0.93 0.07 0.00
260_I 206_T 0.93 0.07 0.00
131_S 220_V 0.92 0.07 0.00
405_L 131_N 0.92 0.07 0.00
264_E 199_I 0.92 0.07 0.00
353_I 150_I 0.92 0.07 0.00
242_T 64_I 0.92 0.07 0.00
260_I 64_I 0.92 0.07 0.00
431_F 133_L 0.92 0.07 0.00
389_R 195_A 0.91 0.07 0.00
436_P 235_G 0.91 0.07 0.00
320_P 300_I 0.91 0.07 0.00
239_F 235_G 0.91 0.07 0.00
221_F 126_F 0.91 0.07 0.00
405_L 221_G 0.91 0.07 0.00
405_L 230_P 0.91 0.07 0.00
204_L 94_L 0.91 0.07 0.00
436_P 22_M 0.91 0.07 0.00
222_V 136_A 0.91 0.07 0.00
238_G 25_A 0.91 0.07 0.00
235_S 147_V 0.91 0.07 0.00
346_Y 22_M 0.91 0.07 0.00
117_G 206_T 0.90 0.07 0.00
273_E 243_A 0.90 0.07 0.00
100_Y 139_V 0.90 0.07 0.00
328_D 268_Q 0.90 0.07 0.00
145_I 257_V 0.90 0.07 0.00
281_A 232_L 0.90 0.07 0.00
226_S 246_P 0.90 0.07 0.00
335_I 95_K 0.90 0.07 0.00
188_A 207_I 0.90 0.07 0.00
423_S 290_G 0.90 0.07 0.00
291_L 42_S 0.89 0.07 0.00
89_L 36_L 0.89 0.07 0.00
373_I 126_F 0.89 0.07 0.00
161_H 117_E 0.89 0.07 0.00
227_H 227_I 0.89 0.07 0.00
338_N 227_I 0.89 0.07 0.00
342_N 227_I 0.89 0.07 0.00
372_G 227_I 0.89 0.07 0.00
402_G 227_I 0.89 0.07 0.00
404_G 227_I 0.89 0.07 0.00
344_I 228_R 0.89 0.07 0.00
433_I 245_A 0.89 0.07 0.00
247_S 237_F 0.89 0.07 0.00
135_P 241_L 0.89 0.07 0.00
124_Q 263_K 0.89 0.07 0.00
400_G 239_G 0.89 0.07 0.00
243_I 222_A 0.89 0.07 0.00
291_L 304_R 0.89 0.07 0.00
222_V 207_I 0.89 0.07 0.00
64_L 300_I 0.88 0.07 0.00
110_L 218_R 0.88 0.07 0.00
355_V 162_E 0.88 0.07 0.00
323_V 101_K 0.88 0.07 0.00
335_I 223_K 0.88 0.07 0.00
127_M 234_E 0.88 0.07 0.00
353_I 191_L 0.88 0.07 0.00
218_N 162_E 0.88 0.07 0.00
416_G 185_L 0.88 0.07 0.00
421_V 21_W 0.88 0.07 0.00
90_K 153_D 0.88 0.07 0.00
125_G 40_F 0.88 0.07 0.00
105_E 89_K 0.88 0.07 0.00
436_P 305_F 0.88 0.07 0.00
336_L 245_A 0.88 0.07 0.00
115_T 155_K 0.88 0.07 0.00
86_V 249_L 0.88 0.07 0.00
229_L 207_I 0.88 0.07 0.00
60_L 36_L 0.88 0.07 0.00
230_R 194_I 0.88 0.07 0.00
405_L 34_L 0.88 0.07 0.00
309_K 149_T 0.88 0.07 0.00
145_I 44_I 0.88 0.07 0.00
417_G 203_I 0.87 0.07 0.00
436_P 46_N 0.87 0.07 0.00
264_E 22_M 0.87 0.07 0.00
200_A 218_R 0.87 0.07 0.00
353_I 47_T 0.87 0.07 0.00
289_T 223_K 0.87 0.07 0.00
429_S 282_M 0.87 0.07 0.00
355_V 214_I 0.87 0.07 0.00
137_Y 110_E 0.87 0.07 0.00
389_R 151_A 0.87 0.07 0.00
351_G 210_R 0.87 0.07 0.00
239_F 36_L 0.86 0.07 0.00
101_K 128_G 0.86 0.07 0.00
215_E 16_L 0.86 0.07 0.00
351_G 228_R 0.86 0.07 0.00
265_S 59_R 0.86 0.07 0.00
332_L 97_M 0.86 0.07 0.00
90_K 249_L 0.86 0.07 0.00
296_F 243_A 0.86 0.07 0.00
291_L 24_V 0.86 0.07 0.00
173_E 94_L 0.86 0.07 0.00
311_K 203_I 0.86 0.07 0.00
188_A 242_G 0.86 0.07 0.00
118_T 219_L 0.86 0.07 0.00
284_M 205_I 0.85 0.07 0.00
408_V 254_Y 0.85 0.07 0.00
243_I 273_I 0.85 0.07 0.00
341_S 127_E 0.85 0.07 0.00
409_K 301_S 0.85 0.07 0.00
235_S 119_M 0.85 0.07 0.00
370_D 239_G 0.85 0.07 0.00
267_R 220_V 0.85 0.07 0.00
183_I 237_F 0.85 0.07 0.00
355_V 267_G 0.85 0.07 0.00
104_A 163_V 0.85 0.07 0.00
211_I 50_L 0.85 0.07 0.00
181_D 182_V 0.85 0.07 0.00
233_V 64_I 0.85 0.07 0.00
247_S 273_I 0.85 0.07 0.00
300_L 300_I 0.85 0.07 0.00
339_L 120_G 0.85 0.06 0.00
271_I 245_A 0.85 0.06 0.00
437_N 141_A 0.85 0.06 0.00
389_R 198_L 0.84 0.06 0.00
220_A 218_R 0.84 0.06 0.00
408_V 210_R 0.84 0.06 0.00
274_H 112_Y 0.84 0.06 0.00
395_S 225_S 0.84 0.06 0.00
346_Y 205_I 0.84 0.06 0.00
247_S 136_A 0.84 0.06 0.00
391_N 173_L 0.84 0.06 0.00
161_H 147_V 0.84 0.06 0.00
227_H 131_N 0.84 0.06 0.00
338_N 131_N 0.84 0.06 0.00
342_N 131_N 0.84 0.06 0.00
372_G 131_N 0.84 0.06 0.00
402_G 131_N 0.84 0.06 0.00
404_G 131_N 0.84 0.06 0.00
355_V 245_A 0.84 0.06 0.00
150_D 240_L 0.84 0.06 0.00
346_Y 199_I 0.84 0.06 0.00
421_V 46_N 0.84 0.06 0.00
149_D 218_R 0.84 0.06 0.00
280_K 98_S 0.84 0.06 0.00
267_R 304_R 0.84 0.06 0.00
353_I 171_E 0.84 0.06 0.00
232_P 221_G 0.84 0.06 0.00
232_P 230_P 0.84 0.06 0.00
427_R 241_L 0.84 0.06 0.00
359_K 243_A 0.84 0.06 0.00
412_S 139_V 0.84 0.06 0.00
290_T 110_E 0.83 0.06 0.00
247_S 207_I 0.83 0.06 0.00
174_V 261_V 0.83 0.06 0.00
215_E 136_A 0.83 0.06 0.00
427_R 171_E 0.83 0.06 0.00
270_H 204_R 0.83 0.06 0.00
367_S 94_L 0.83 0.06 0.00
120_L 245_A 0.83 0.06 0.00
383_I 62_V 0.83 0.06 0.00
368_V 164_Q 0.83 0.06 0.00
160_V 303_R 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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