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OPENSEQ.org
LytH_ActH
Genes: A B A+B
Length: 291 336 587
Sequences: 513 211 61
Seq/Len: 1.76 0.63 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.66
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.00
2 0.02 0.00 0.00
5 0.02 0.00 0.00
10 0.02 0.00 0.00
20 0.02 0.00 0.00
100 0.02 0.00 0.03
∞ 0.05 0.00 0.10
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
254_L 298_L 1.67 0.27 0.00
210_Y 207_T 1.60 0.24 0.00
153_A 314_I 1.56 0.23 0.00
274_R 292_K 1.44 0.18 0.00
97_I 169_L 1.43 0.18 0.00
154_K 301_L 1.41 0.18 0.00
236_S 303_I 1.41 0.17 0.00
147_D 330_T 1.38 0.17 0.00
192_I 9_K 1.36 0.16 0.00
281_I 206_V 1.36 0.16 0.00
198_E 320_I 1.35 0.16 0.00
192_I 209_M 1.34 0.16 0.00
234_R 91_S 1.34 0.16 0.00
169_M 226_F 1.32 0.15 0.00
124_L 301_L 1.31 0.15 0.00
173_D 42_V 1.29 0.14 0.00
153_A 295_G 1.29 0.14 0.00
135_A 318_A 1.28 0.14 0.00
176_Y 296_Q 1.28 0.14 0.00
95_G 299_I 1.25 0.14 0.00
289_F 31_E 1.25 0.13 0.00
168_K 287_K 1.24 0.13 0.00
200_S 316_I 1.23 0.13 0.00
143_S 182_S 1.23 0.13 0.00
97_I 44_I 1.22 0.13 0.00
270_D 236_I 1.22 0.13 0.00
188_A 301_L 1.22 0.13 0.00
244_L 163_I 1.22 0.13 0.00
264_D 316_I 1.22 0.13 0.00
291_A 320_I 1.21 0.12 0.00
196_A 305_V 1.20 0.12 0.00
268_I 76_E 1.20 0.12 0.00
217_L 211_L 1.20 0.12 0.00
280_A 320_I 1.19 0.12 0.00
75_K 264_I 1.19 0.12 0.00
95_G 185_K 1.18 0.12 0.00
242_Q 85_F 1.17 0.12 0.00
177_V 302_V 1.17 0.12 0.00
224_T 69_I 1.17 0.12 0.00
240_N 5_K 1.15 0.11 0.00
218_A 34_L 1.15 0.11 0.00
176_Y 314_I 1.15 0.11 0.00
281_I 216_E 1.14 0.11 0.00
280_A 152_Y 1.14 0.11 0.00
273_H 222_M 1.14 0.11 0.00
123_V 162_T 1.14 0.11 0.00
278_E 210_F 1.14 0.11 0.00
258_Y 312_S 1.14 0.11 0.00
118_Q 172_L 1.13 0.11 0.00
76_K 23_V 1.13 0.11 0.00
143_S 83_Y 1.13 0.11 0.00
281_I 262_T 1.13 0.11 0.00
143_S 263_T 1.13 0.11 0.00
200_S 250_L 1.13 0.11 0.00
138_N 280_F 1.13 0.11 0.00
141_Y 262_T 1.12 0.11 0.00
261_N 140_K 1.12 0.11 0.00
188_A 160_T 1.12 0.11 0.00
65_I 42_V 1.11 0.10 0.00
47_T 151_K 1.11 0.10 0.00
55_R 245_Y 1.11 0.10 0.00
150_L 210_F 1.10 0.10 0.00
185_K 297_L 1.10 0.10 0.00
153_A 186_L 1.09 0.10 0.00
91_S 320_I 1.08 0.10 0.00
212_D 50_K 1.08 0.10 0.00
111_T 49_I 1.08 0.10 0.00
291_A 282_M 1.07 0.10 0.00
181_N 11_I 1.07 0.10 0.00
154_K 307_V 1.07 0.10 0.00
251_A 34_L 1.07 0.10 0.00
76_K 334_Y 1.07 0.10 0.00
201_N 262_T 1.07 0.10 0.00
258_Y 224_S 1.07 0.10 0.00
56_T 9_K 1.06 0.10 0.00
192_I 118_M 1.06 0.10 0.00
137_S 308_S 1.06 0.10 0.00
118_Q 85_F 1.03 0.09 0.00
89_T 262_T 1.03 0.09 0.00
278_E 185_K 1.02 0.09 0.00
156_L 294_L 1.02 0.09 0.00
261_N 219_L 1.02 0.09 0.00
76_K 297_L 1.02 0.09 0.00
148_Y 323_F 1.02 0.09 0.00
196_A 255_V 1.02 0.09 0.00
86_V 68_E 1.01 0.09 0.00
83_W 252_G 1.01 0.09 0.00
161_E 44_I 1.01 0.09 0.00
194_N 14_W 1.01 0.09 0.00
275_Q 288_T 1.01 0.09 0.00
55_R 252_G 1.00 0.09 0.00
241_Y 275_L 1.00 0.09 0.00
202_A 226_F 1.00 0.09 0.00
59_N 155_K 1.00 0.09 0.00
61_A 300_A 1.00 0.09 0.00
135_A 81_E 1.00 0.09 0.00
60_A 238_S 0.99 0.09 0.00
241_Y 127_I 0.99 0.09 0.00
169_M 327_L 0.99 0.08 0.00
278_E 21_D 0.99 0.08 0.00
219_D 235_I 0.99 0.08 0.00
89_T 89_E 0.99 0.08 0.00
83_W 33_W 0.99 0.08 0.00
195_D 228_F 0.98 0.08 0.00
60_A 335_Y 0.98 0.08 0.00
273_H 171_W 0.98 0.08 0.00
247_T 165_F 0.98 0.08 0.00
81_G 301_L 0.98 0.08 0.00
231_L 226_F 0.98 0.08 0.00
289_F 160_T 0.98 0.08 0.00
58_P 208_S 0.98 0.08 0.00
50_E 121_I 0.97 0.08 0.00
97_I 125_R 0.97 0.08 0.00
147_D 121_I 0.97 0.08 0.00
101_H 283_M 0.97 0.08 0.00
263_T 227_I 0.97 0.08 0.00
95_G 189_V 0.97 0.08 0.00
114_K 50_K 0.97 0.08 0.00
199_S 275_L 0.97 0.08 0.00
90_S 50_K 0.97 0.08 0.00
78_G 24_S 0.97 0.08 0.00
138_N 327_L 0.96 0.08 0.00
117_L 272_I 0.96 0.08 0.00
97_I 284_Y 0.96 0.08 0.00
156_L 160_T 0.96 0.08 0.00
90_S 32_I 0.96 0.08 0.00
241_Y 64_E 0.96 0.08 0.00
287_I 55_I 0.96 0.08 0.00
98_A 8_W 0.96 0.08 0.00
236_S 209_M 0.96 0.08 0.00
208_Y 303_I 0.96 0.08 0.00
281_I 248_A 0.95 0.08 0.00
207_V 182_S 0.95 0.08 0.00
275_Q 180_N 0.95 0.08 0.00
65_I 88_S 0.95 0.08 0.00
227_K 139_Y 0.95 0.08 0.00
176_Y 220_M 0.95 0.08 0.00
258_Y 49_I 0.95 0.08 0.00
97_I 98_V 0.95 0.08 0.00
264_D 198_V 0.95 0.08 0.00
259_I 87_E 0.95 0.08 0.00
143_S 188_D 0.94 0.08 0.00
119_G 11_I 0.94 0.08 0.00
60_A 32_I 0.94 0.08 0.00
215_R 88_S 0.94 0.08 0.00
173_D 85_F 0.94 0.08 0.00
225_I 55_I 0.93 0.08 0.00
152_T 31_E 0.93 0.08 0.00
176_Y 41_Q 0.93 0.08 0.00
64_V 23_V 0.93 0.07 0.00
46_I 151_K 0.93 0.07 0.00
189_Y 49_I 0.93 0.07 0.00
124_L 218_I 0.93 0.07 0.00
281_I 307_V 0.93 0.07 0.00
102_T 70_A 0.93 0.07 0.00
259_I 222_M 0.93 0.07 0.00
183_D 159_A 0.93 0.07 0.00
206_T 144_L 0.93 0.07 0.00
46_I 298_L 0.93 0.07 0.00
208_Y 20_F 0.93 0.07 0.00
234_R 34_L 0.92 0.07 0.00
221_L 324_I 0.92 0.07 0.00
165_A 160_T 0.92 0.07 0.00
222_D 11_I 0.92 0.07 0.00
66_Y 23_V 0.92 0.07 0.00
223_A 24_S 0.92 0.07 0.00
86_V 303_I 0.92 0.07 0.00
159_T 163_I 0.92 0.07 0.00
259_I 275_L 0.92 0.07 0.00
114_K 95_L 0.91 0.07 0.00
89_T 91_S 0.91 0.07 0.00
47_T 298_L 0.91 0.07 0.00
59_N 248_A 0.91 0.07 0.00
169_M 26_E 0.91 0.07 0.00
190_L 244_V 0.91 0.07 0.00
291_A 155_K 0.91 0.07 0.00
241_Y 113_D 0.91 0.07 0.00
97_I 305_V 0.91 0.07 0.00
282_V 333_G 0.91 0.07 0.00
55_R 58_D 0.90 0.07 0.00
222_D 206_V 0.90 0.07 0.00
120_K 232_V 0.90 0.07 0.00
260_S 187_L 0.90 0.07 0.00
148_Y 191_G 0.90 0.07 0.00
126_P 328_L 0.90 0.07 0.00
169_M 28_D 0.90 0.07 0.00
195_D 312_S 0.90 0.07 0.00
168_K 330_T 0.90 0.07 0.00
258_Y 176_L 0.90 0.07 0.00
81_G 9_K 0.89 0.07 0.00
210_Y 42_V 0.89 0.07 0.00
189_Y 244_V 0.89 0.07 0.00
70_K 144_L 0.89 0.07 0.00
225_I 143_V 0.89 0.07 0.00
251_A 310_F 0.89 0.07 0.00
54_L 115_I 0.89 0.07 0.00
221_L 330_T 0.89 0.07 0.00
87_E 169_L 0.88 0.07 0.00
76_K 325_G 0.88 0.07 0.00
123_V 161_Y 0.88 0.07 0.00
234_R 51_S 0.88 0.07 0.00
186_G 287_K 0.88 0.07 0.00
158_R 117_H 0.88 0.07 0.00
105_D 174_M 0.88 0.07 0.00
176_Y 153_M 0.88 0.07 0.00
57_G 172_L 0.88 0.07 0.00
225_I 54_E 0.88 0.07 0.00
280_A 310_F 0.88 0.07 0.00
190_L 10_T 0.88 0.07 0.00
63_P 19_N 0.88 0.07 0.00
46_I 15_I 0.88 0.07 0.00
238_Q 253_N 0.88 0.07 0.00
81_G 31_E 0.88 0.07 0.00
195_D 20_F 0.87 0.07 0.00
70_K 332_I 0.87 0.07 0.00
138_N 295_G 0.87 0.07 0.00
259_I 318_A 0.87 0.07 0.00
85_E 324_I 0.87 0.07 0.00
241_Y 15_I 0.87 0.07 0.00
59_N 209_M 0.87 0.07 0.00
208_Y 222_M 0.87 0.07 0.00
146_K 273_F 0.87 0.07 0.00
220_T 145_T 0.87 0.07 0.00
149_T 302_V 0.87 0.07 0.00
278_E 281_A 0.87 0.07 0.00
169_M 20_F 0.87 0.07 0.00
48_I 205_I 0.87 0.07 0.00
236_S 173_C 0.87 0.07 0.00
176_Y 91_S 0.87 0.07 0.00
140_K 101_I 0.87 0.07 0.00
65_I 129_E 0.86 0.07 0.00
183_D 44_I 0.86 0.07 0.00
172_T 262_T 0.86 0.07 0.00
211_H 264_I 0.86 0.07 0.00
72_D 187_L 0.86 0.07 0.00
143_S 323_F 0.86 0.07 0.00
60_A 94_Q 0.86 0.07 0.00
263_T 276_I 0.86 0.07 0.00
223_A 65_H 0.86 0.07 0.00
110_N 246_F 0.86 0.07 0.00
282_V 139_Y 0.86 0.07 0.00
246_Q 208_S 0.86 0.07 0.00
73_H 164_I 0.86 0.07 0.00
88_D 309_L 0.86 0.07 0.00
174_D 211_L 0.86 0.07 0.00
261_N 220_M 0.86 0.07 0.00
270_D 318_A 0.86 0.07 0.00
53_E 183_D 0.86 0.07 0.00
126_P 86_T 0.85 0.07 0.00
199_S 309_L 0.85 0.07 0.00
224_T 86_T 0.85 0.07 0.00
291_A 293_M 0.85 0.07 0.00
81_G 309_L 0.85 0.07 0.00
96_W 77_P 0.85 0.07 0.00
192_I 332_I 0.85 0.07 0.00
210_Y 140_K 0.85 0.07 0.00
275_Q 177_Y 0.85 0.07 0.00
283_D 297_L 0.85 0.07 0.00
166_T 106_N 0.85 0.07 0.00
95_G 14_W 0.85 0.07 0.00
221_L 253_N 0.85 0.07 0.00
190_L 273_F 0.85 0.07 0.00
97_I 118_M 0.85 0.07 0.00
140_K 138_F 0.85 0.07 0.00
251_A 78_Q 0.85 0.07 0.00
169_M 86_T 0.85 0.07 0.00
279_Q 96_N 0.85 0.07 0.00
192_I 115_I 0.85 0.07 0.00
117_L 140_K 0.85 0.06 0.00
89_T 94_Q 0.85 0.06 0.00
275_Q 291_K 0.85 0.06 0.00
165_A 31_E 0.85 0.06 0.00
180_E 254_F 0.84 0.06 0.00
173_D 146_D 0.84 0.06 0.00
245_R 33_W 0.84 0.06 0.00
221_L 55_I 0.84 0.06 0.00
143_S 297_L 0.84 0.06 0.00
179_L 33_W 0.84 0.06 0.00
173_D 298_L 0.84 0.06 0.00
61_A 260_N 0.84 0.06 0.00
247_T 120_N 0.84 0.06 0.00
241_Y 246_F 0.84 0.06 0.00
154_K 22_I 0.84 0.06 0.00
178_S 240_R 0.84 0.06 0.00
137_S 247_I 0.84 0.06 0.00
247_T 307_V 0.84 0.06 0.00
152_T 160_T 0.84 0.06 0.00
77_I 302_V 0.84 0.06 0.00
46_I 12_Y 0.84 0.06 0.00
161_E 24_S 0.84 0.06 0.00
108_A 332_I 0.84 0.06 0.00
196_A 209_M 0.84 0.06 0.00
173_D 324_I 0.84 0.06 0.00
175_T 312_S 0.84 0.06 0.00
89_T 92_E 0.84 0.06 0.00
124_L 263_T 0.84 0.06 0.00
169_M 291_K 0.83 0.06 0.00
196_A 128_S 0.83 0.06 0.00
50_E 119_P 0.83 0.06 0.00
119_G 159_A 0.83 0.06 0.00
210_Y 32_I 0.83 0.06 0.00
126_P 59_K 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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