May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PulL-PulM
Genes: A B A+B
Length: 398 161 540
Sequences: 621 457 439
Seq/Len: 1.56 2.84 0.81
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.78
2 0.00 0.01 0.79
5 0.00 0.01 0.79
10 0.00 0.01 0.79
20 0.00 0.01 0.79
100 0.00 0.01 0.79
∞ 0.02 0.01 0.79
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
319_L 136_L 2.00 0.93 0.60
91_E 114_A 1.76 0.86 0.42
271_L 50_L 1.73 0.85 0.40
114_V 31_V 1.49 0.70 0.22
282_S 46_W 1.46 0.68 0.21
245_R 16_R 1.45 0.67 0.20
278_A 50_L 1.39 0.62 0.17
311_K 66_L 1.38 0.62 0.17
300_R 97_I 1.37 0.60 0.16
102_F 60_M 1.36 0.60 0.15
299_P 46_W 1.35 0.59 0.15
86_A 148_V 1.35 0.59 0.15
300_R 59_W 1.32 0.56 0.13
319_L 111_V 1.31 0.56 0.13
100_S 32_Y 1.30 0.55 0.13
94_A 16_R 1.29 0.54 0.12
303_M 60_M 1.28 0.53 0.12
243_P 133_T 1.27 0.52 0.12
230_Q 110_T 1.27 0.52 0.11
343_F 85_V 1.26 0.51 0.11
86_A 116_F 1.25 0.50 0.11
100_S 149_T 1.25 0.50 0.11
268_H 39_W 1.24 0.49 0.10
256_L 97_I 1.23 0.48 0.10
139_L 46_W 1.22 0.48 0.10
307_L 18_L 1.21 0.46 0.09
339_R 90_A 1.19 0.45 0.09
67_A 22_M 1.19 0.45 0.09
334_P 18_L 1.19 0.45 0.09
145_A 19_L 1.19 0.45 0.09
103_A 7_L 1.18 0.45 0.09
268_H 46_W 1.18 0.44 0.08
68_F 138_V 1.18 0.44 0.08
343_F 136_L 1.15 0.42 0.08
229_R 89_E 1.15 0.41 0.07
275_A 46_W 1.14 0.40 0.07
331_D 138_V 1.13 0.40 0.07
244_R 16_R 1.13 0.40 0.07
86_A 146_G 1.13 0.40 0.07
144_L 122_W 1.12 0.39 0.07
282_S 57_L 1.12 0.39 0.07
294_K 123_L 1.11 0.38 0.06
183_L 19_L 1.10 0.38 0.06
370_R 128_Q 1.10 0.37 0.06
258_L 5_L 1.10 0.37 0.06
320_I 129_A 1.10 0.37 0.06
261_S 21_G 1.07 0.35 0.06
319_L 153_L 1.07 0.35 0.06
135_S 21_G 1.07 0.35 0.06
292_T 104_G 1.07 0.35 0.06
63_A 18_L 1.07 0.35 0.06
257_L 35_L 1.07 0.35 0.06
272_G 46_W 1.06 0.34 0.05
69_H 32_Y 1.06 0.34 0.05
141_P 39_W 1.06 0.34 0.05
86_A 32_Y 1.05 0.34 0.05
268_H 42_R 1.05 0.34 0.05
125_W 31_V 1.05 0.34 0.05
390_R 18_L 1.04 0.33 0.05
227_C 70_L 1.04 0.33 0.05
351_Q 101_Q 1.04 0.33 0.05
139_L 138_V 1.03 0.32 0.05
102_F 59_W 1.03 0.32 0.05
253_A 25_V 1.03 0.32 0.05
233_F 124_D 1.03 0.32 0.05
323_L 35_L 1.03 0.32 0.05
286_Y 116_F 1.03 0.32 0.05
100_S 5_L 1.02 0.32 0.05
175_E 72_N 1.02 0.31 0.05
369_A 113_P 1.02 0.31 0.05
271_L 46_W 1.02 0.31 0.05
103_A 4_L 1.02 0.31 0.04
255_A 27_L 1.02 0.31 0.04
321_S 144_Q 1.01 0.31 0.04
264_C 40_Q 1.01 0.30 0.04
227_C 105_S 1.01 0.30 0.04
336_I 127_G 1.01 0.30 0.04
122_M 74_K 1.01 0.30 0.04
383_R 89_E 1.00 0.30 0.04
59_V 34_T 1.00 0.30 0.04
310_M 70_L 1.00 0.30 0.04
322_R 63_Q 1.00 0.30 0.04
327_Q 130_G 1.00 0.30 0.04
79_R 63_Q 1.00 0.29 0.04
179_L 25_V 0.99 0.29 0.04
255_A 153_L 0.99 0.29 0.04
66_C 124_D 0.99 0.29 0.04
105_L 100_L 0.99 0.29 0.04
270_M 25_V 0.99 0.29 0.04
262_S 27_L 0.99 0.29 0.04
294_K 21_G 0.99 0.29 0.04
83_Q 45_Q 0.99 0.29 0.04
276_D 68_R 0.98 0.28 0.04
83_Q 149_T 0.98 0.28 0.04
357_V 37_Q 0.98 0.28 0.04
88_L 16_R 0.98 0.28 0.04
59_V 61_R 0.98 0.28 0.04
389_G 95_L 0.98 0.28 0.04
115_A 123_L 0.98 0.28 0.04
258_L 8_W 0.98 0.28 0.04
152_G 115_D 0.97 0.28 0.04
100_S 7_L 0.97 0.28 0.04
143_V 157_R 0.97 0.28 0.04
350_L 148_V 0.97 0.28 0.04
364_Q 16_R 0.97 0.27 0.04
376_Q 109_L 0.97 0.27 0.04
56_P 23_A 0.97 0.27 0.04
267_D 43_E 0.96 0.27 0.04
176_T 30_L 0.96 0.27 0.04
219_A 26_L 0.96 0.27 0.04
274_Q 54_Q 0.96 0.27 0.04
390_R 112_Q 0.96 0.27 0.04
66_C 4_L 0.96 0.27 0.04
285_F 57_L 0.96 0.27 0.04
361_A 39_W 0.96 0.27 0.04
91_E 121_A 0.96 0.27 0.04
351_Q 46_W 0.96 0.27 0.04
343_F 20_L 0.95 0.26 0.03
362_L 127_G 0.95 0.26 0.03
343_F 69_Q 0.95 0.26 0.03
139_L 85_V 0.95 0.26 0.03
393_L 8_W 0.95 0.26 0.03
360_Q 55_A 0.94 0.26 0.03
331_D 128_Q 0.94 0.26 0.03
341_L 72_N 0.94 0.26 0.03
266_H 25_V 0.94 0.26 0.03
63_A 21_G 0.94 0.26 0.03
354_I 84_T 0.94 0.26 0.03
330_I 107_L 0.94 0.26 0.03
273_Q 111_V 0.94 0.25 0.03
101_H 57_L 0.94 0.25 0.03
378_G 109_L 0.94 0.25 0.03
261_S 44_A 0.94 0.25 0.03
362_L 83_S 0.94 0.25 0.03
304_Q 59_W 0.93 0.25 0.03
83_Q 71_R 0.93 0.25 0.03
277_A 41_N 0.93 0.25 0.03
183_L 98_V 0.93 0.25 0.03
200_D 114_A 0.93 0.24 0.03
70_R 107_L 0.92 0.24 0.03
371_A 66_L 0.92 0.24 0.03
339_R 140_A 0.92 0.24 0.03
73_L 97_I 0.92 0.24 0.03
326_L 149_T 0.92 0.24 0.03
365_F 28_I 0.92 0.24 0.03
171_G 32_Y 0.91 0.24 0.03
310_M 22_M 0.91 0.24 0.03
197_P 20_L 0.91 0.24 0.03
336_I 89_E 0.91 0.23 0.03
76_G 16_R 0.91 0.23 0.03
138_A 94_G 0.91 0.23 0.03
264_C 107_L 0.91 0.23 0.03
363_E 101_Q 0.91 0.23 0.03
229_R 67_I 0.91 0.23 0.03
384_A 60_M 0.90 0.23 0.03
180_D 144_Q 0.90 0.23 0.03
82_Q 66_L 0.90 0.23 0.03
45_D 10_Q 0.90 0.23 0.03
385_D 69_Q 0.90 0.23 0.03
297_V 7_L 0.90 0.23 0.03
247_R 62_Q 0.90 0.23 0.03
343_F 43_E 0.90 0.23 0.03
132_L 80_E 0.90 0.23 0.03
229_R 46_W 0.90 0.23 0.03
83_Q 111_V 0.90 0.23 0.03
227_C 57_L 0.89 0.22 0.03
88_L 101_Q 0.89 0.22 0.03
391_L 139_T 0.89 0.22 0.03
104_L 155_L 0.89 0.22 0.03
67_A 115_D 0.88 0.22 0.03
381_K 32_Y 0.88 0.22 0.03
154_S 39_W 0.88 0.22 0.03
71_V 82_P 0.88 0.22 0.03
257_L 41_N 0.88 0.22 0.03
192_I 58_Q 0.88 0.22 0.03
258_L 114_A 0.88 0.22 0.03
230_Q 45_Q 0.88 0.22 0.03
90_E 116_F 0.88 0.22 0.03
43_A 136_L 0.88 0.22 0.03
120_G 23_A 0.88 0.22 0.03
91_E 148_V 0.88 0.22 0.03
381_K 108_S 0.88 0.21 0.03
79_R 152_T 0.88 0.21 0.02
98_E 22_M 0.88 0.21 0.02
248_P 90_A 0.88 0.21 0.02
159_G 73_Q 0.88 0.21 0.02
346_A 25_V 0.88 0.21 0.02
252_A 16_R 0.87 0.21 0.02
390_R 99_R 0.87 0.21 0.02
360_Q 21_G 0.87 0.21 0.02
360_Q 37_Q 0.87 0.21 0.02
336_I 47_R 0.87 0.21 0.02
337_R 11_R 0.87 0.21 0.02
207_P 30_L 0.87 0.21 0.02
269_L 138_V 0.87 0.21 0.02
90_E 146_G 0.87 0.21 0.02
86_A 38_P 0.87 0.21 0.02
97_V 30_L 0.87 0.21 0.02
67_A 133_T 0.86 0.21 0.02
355_S 61_R 0.86 0.21 0.02
137_L 31_V 0.86 0.21 0.02
341_L 51_A 0.86 0.21 0.02
282_S 99_R 0.86 0.20 0.02
100_S 12_T 0.86 0.20 0.02
352_L 131_M 0.86 0.20 0.02
164_F 62_Q 0.86 0.20 0.02
368_R 26_L 0.86 0.20 0.02
377_T 95_L 0.86 0.20 0.02
277_A 88_R 0.86 0.20 0.02
285_F 61_R 0.86 0.20 0.02
313_A 147_W 0.86 0.20 0.02
89_L 15_E 0.85 0.20 0.02
184_T 23_A 0.85 0.20 0.02
261_S 30_L 0.85 0.20 0.02
217_A 131_M 0.85 0.20 0.02
393_L 119_L 0.85 0.20 0.02
259_L 85_V 0.85 0.20 0.02
307_L 54_Q 0.85 0.20 0.02
150_P 82_P 0.85 0.20 0.02
142_D 46_W 0.85 0.20 0.02
350_L 28_I 0.85 0.20 0.02
149_S 109_L 0.85 0.20 0.02
243_P 153_L 0.85 0.20 0.02
368_R 17_C 0.85 0.20 0.02
120_G 4_L 0.85 0.20 0.02
66_C 8_W 0.85 0.20 0.02
256_L 32_Y 0.85 0.20 0.02
106_H 21_G 0.85 0.20 0.02
311_K 73_Q 0.85 0.20 0.02
365_F 18_L 0.85 0.20 0.02
104_L 138_V 0.85 0.20 0.02
85_L 64_T 0.84 0.20 0.02
272_G 28_I 0.84 0.20 0.02
275_A 19_L 0.84 0.20 0.02
299_P 60_M 0.84 0.19 0.02
276_D 107_L 0.84 0.19 0.02
52_A 89_E 0.84 0.19 0.02
252_A 8_W 0.84 0.19 0.02
258_L 66_L 0.84 0.19 0.02
116_V 50_L 0.84 0.19 0.02
355_S 25_V 0.84 0.19 0.02
350_L 38_P 0.84 0.19 0.02
342_S 102_P 0.83 0.19 0.02
363_E 36_W 0.83 0.19 0.02
98_E 121_A 0.83 0.19 0.02
304_Q 63_Q 0.83 0.19 0.02
281_A 99_R 0.83 0.19 0.02
257_L 139_T 0.83 0.19 0.02
249_V 77_T 0.83 0.19 0.02
218_A 82_P 0.83 0.19 0.02
126_Q 141_V 0.83 0.19 0.02
118_G 123_L 0.83 0.19 0.02
303_M 51_A 0.83 0.19 0.02
127_A 20_L 0.83 0.19 0.02
385_D 105_S 0.83 0.19 0.02
330_I 113_P 0.83 0.19 0.02
285_F 60_M 0.82 0.18 0.02
142_D 117_Q 0.82 0.18 0.02
273_Q 92_R 0.82 0.18 0.02
288_Q 33_Y 0.82 0.18 0.02
48_L 14_R 0.82 0.18 0.02
173_A 148_V 0.82 0.18 0.02
303_M 7_L 0.82 0.18 0.02
290_F 63_Q 0.82 0.18 0.02
312_N 119_L 0.82 0.18 0.02
351_Q 22_M 0.82 0.18 0.02
362_L 34_T 0.82 0.18 0.02
181_Q 123_L 0.82 0.18 0.02
297_V 117_Q 0.82 0.18 0.02
330_I 118_A 0.82 0.18 0.02
66_C 119_L 0.82 0.18 0.02
52_A 119_L 0.82 0.18 0.02
117_V 58_Q 0.82 0.18 0.02
365_F 30_L 0.82 0.18 0.02
279_V 53_E 0.82 0.18 0.02
14_I 105_S 0.81 0.18 0.02
76_G 102_P 0.81 0.18 0.02
191_P 94_G 0.81 0.18 0.02
247_R 94_G 0.81 0.18 0.02
154_S 131_M 0.81 0.18 0.02
368_R 63_Q 0.81 0.18 0.02
378_G 117_Q 0.81 0.18 0.02
282_S 53_E 0.81 0.18 0.02
146_L 24_V 0.81 0.18 0.02
308_R 129_A 0.81 0.18 0.02
129_C 58_Q 0.81 0.18 0.02
233_F 111_V 0.81 0.18 0.02
362_L 122_W 0.81 0.18 0.02
382_P 12_T 0.81 0.18 0.02
88_L 137_A 0.81 0.18 0.02
272_G 49_T 0.81 0.18 0.02
386_G 4_L 0.81 0.18 0.02
175_E 148_V 0.81 0.18 0.02
213_L 26_L 0.81 0.18 0.02
98_E 24_V 0.81 0.18 0.02
191_P 15_E 0.81 0.18 0.02
308_R 94_G 0.81 0.18 0.02
91_E 86_I 0.81 0.17 0.02
122_M 100_L 0.81 0.17 0.02
393_L 54_Q 0.81 0.17 0.02
145_A 48_Q 0.80 0.17 0.02
379_E 105_S 0.80 0.17 0.02
174_V 25_V 0.80 0.17 0.02
352_L 92_R 0.80 0.17 0.02
163_L 44_A 0.80 0.17 0.02
363_E 115_D 0.80 0.17 0.02
378_G 97_I 0.80 0.17 0.02
142_D 9_Q 0.80 0.17 0.02
134_L 147_W 0.80 0.17 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2902 seconds.